我从R.中的一个数据框架中生成了一个排序图,该数据框架包括按站点(行)排列的物种(列)。在矩阵中有一组经过“处理”的站点和一组控制站点。但是,我计算排序的方式不需要矩阵中的其他变量(即,没有明确的标识符说明站点是否“被处理”)。问题:我可以在不构造分类变量的情况下,逐组标记图中的点吗?或者,我是否可以给处理行(例如第1:7行)一种符号类型,而控件(例如8:14)另一种类型?
下面是一个例子:
#guess i don't have the reputation to post images...hmmm...
#looks something like this (first col
我想比较几个不同度量(即Bray-Curtis,Jaccard,Gower)的行为。我见过使用主成分双线图来实现这一点(即参见Legendre和Caceres,2013 ):
有什么建议吗?下面提供了示例数据:
# Load the required packages
library(ade4)
library(vegan)
library(FD)
#Load data
data(dune)
# Calculate a series of dissimilarity measures for the data
dune.bc <- vegdist(dune, method=
我有一个简单的问题,它花了我大约100个小时的谷歌今天,它仍然没有解决。我希望这里有人能奇迹般地回答这个问题。
我试图建立一个bray不同的矩阵,和nMDS,然后运行一个高拉诺瓦为我的物种社区数据。问题是,当我把社区分配给每个小区时,并不是所有的物种都是呈现出来的,原因很明显,对吧?现在,来自纯素包的函数metaMDS不允许我创建任何东西。如何处理矩阵中的零?有人有什么剧本、想法或神奇的东西来弥补我的一天吗??
this is my code so far:
Crabdata3<- read.csv("Crab_Edited_Plots_02_12.csv")
str(C
我正在尝试使用这些数据创建一个Bray-Curtis相异度矩阵,以基于单位努力捕获量(CPUE)来调查从2017采样年到2019采样年的社区变化。2017和2019将被视为不同的“站点”,因此我可以计算这两个站点之间的组成差异。
我最感兴趣的是在每个生命阶段(成鱼和幼鱼),本地鱼与非本地鱼之间的关系。老实说,我甚至不知道从哪里开始。任何帮助都是非常感谢的。以下是数据
Species Year Age_Class CPUE
1 Native Fish 2017 Juvenile 0.01538462
2 Native Fish 2017 Adu
我试图改变我的NMDS图中的轴,以放大到我的站点被绘制的位置。我假设在物种点的乘积中选择的空间不是我所绘制的。我尝试将xlim添加到我的代码中,但没有结果,我想知道我是否把它放在了错误的位置,或者是否需要另一个操作。下面是我的代码副本。
#NMDS on pooled abundance with NA's omitted
NMDS_HPA<-metaMDS(HP_Abundance_omit[,-1],k=2, trymax=1000)
plot(NMDS_HPA, type="n", display="sites", xlim=c(-1.5,1
我有一个不断增长的语料库,目前大约有36000个文档(每天都在增长),我想要计算每对文档之间的相似性。在计算相似性分数之后,我想要过滤结果,只包含高于0.9的分数,并将(row label, column label, metric)捕获到一个可以写入CSV文件的元组列表中。
我目前拥有的进程按预期工作,但随着文档集的不断增长,我现在在尝试处理实际数据集时收到一个MemoryError。
使用实际数据集生成的错误:
2020-08-10 10:37:08,933 There are 35845 records loaded
2020-08-10 10:37:19,570 Completed p
当我试图绘制我在R的vegan包中用vegdist创建的模型时,我得到了以下错误。
#Error in x$vectors[take, axes][ch, ] : incorrect number of dimensions
我正在试着看看在一个地点,动物的种类组合是否在一周的几天里有所不同。下面列出了我的代码,以及我在每个步骤中尝试做的事情的注释。
#reshape my data (df1) into a new multivariate dataframe
dfnew<-dcast(df1, DayOfWeek + SessionID ~ SpeciesName, fill = N