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数据分析必备：掌握这个R语言基础包1%的功能让你事半功倍！（附代码）

数据文件被读取到R工作环境中的第一步通常为调用str函数来对该数据对象进行初步检视，下面的代码列出了该函数最简单的使用方式。...这里同样也只指定了一个非默认参数，其他参数全部都为默认值。str的输出结果由5个主要部分组成，具体说明如下。...下面只演示在导入数据的过程中，如何进行简单的默认值、空白预处理，代码如下： > flights_uneven <- read.table(file = "flights_uneven.csv", header...处理的思路是先将数据读取到R中，然后使用unique函数找到指定列中的非重复观测值，选取指定观测值并保存到一个向量内，然后将向量指定给na.strings参数来进行替换，代码如下： > flights_uneven...因为replace是一个字符串向量，所以可以使用“[”按位置选择其中的值，当然也可以不选择任何值，直接全部替换。

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数据分析必备：掌握这个R语言基础包1%的功能，你就很牛了

数据文件被读取到R工作环境中的第一步通常为调用str函数来对该数据对象进行初步检视，下面的代码列出了该函数最简单的使用方式。...这里同样也只指定了一个非默认参数，其他参数全部都为默认值。str的输出结果由5个主要部分组成，具体说明如下。...下面只演示在导入数据的过程中，如何进行简单的默认值、空白预处理，代码如下： > flights_uneven <- read.table(file = "flights_uneven.csv", header...处理的思路是先将数据读取到R中，然后使用unique函数找到指定列中的非重复观测值，选取指定观测值并保存到一个向量内，然后将向量指定给na.strings参数来进行替换，代码如下： > flights_uneven...因为replace是一个字符串向量，所以可以使用“[”按位置选择其中的值，当然也可以不选择任何值，直接全部替换。

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针对SAS用户：Python数据分析库pandas

PROC PRINT的输出在此处不显示。 下面的单元格显示的是范围按列的输出。列列表类似于PROC PRINT中的VAR。注意此语法的双方括号。这个例子展示了按列标签切片。按行切片也可以。...Pandas使用两种设计来表示缺失数据，NaN（非数值）和Python None对象。 下面的单元格使用Python None对象代表数组中的缺失值。相应地，Python推断出数组的数据类型是对象。...显然，这会丢弃大量的“好”数据。thresh参数允许您指定要为行或列保留的最小非空值。在这种情况下，行"d"被删除，因为它只包含3个非空值。 ? ? 可以插入或替换缺失值，而不是删除行和列。....fillna()方法返回替换空值的Series或DataFrame。下面的示例将所有NaN替换为零。 ? ?...正如你可以从上面的单元格中的示例看到的，.fillna()函数应用于所有的DataFrame单元格。我们可能不希望将df["col2"]中的缺失值值替换为零，因为它们是字符串。

12.1K20

R语言第二章数据处理(9)数据合并

函数 join函数： join(x, y, by = NULL, = 'left', match = 'all') x,y 为合并的数据框 by 为排序依据，默认值Null时按名字相同的量匹配,此时,...first，只匹配y中的第一个记录 match，匹配y中所有记录 如何理解inne，left，right，可以看之前的博客： Python数据处理从零开始----第二章（pandas）（十）pandas...join函数： join(x, y, by = , copy = FALSE, ) x,y 为合并的数据框，不要求x,y中排序列唯一 by 为排序依据，默认值Null时按名字相同的量匹配,此时,要求必须有相同列名的列...显示x中所有能在y匹配到行,并对显示结果按匹配依据进行了排序; 列：显示x中的所有列。...,data2, c('city' = 'city')) anti_join函数 结果, 行：显示x中所有未能在y中匹配到行, 并对显示结果按匹配依据进行了排序; 列：显示x中的所有列。

2.4K20

R语言 常见函数知识点梳理与解析 | 精选分析

10、round（），floor（）和ceiling（） 11、sign（） 符号函数 12、%in% 检验x是否为集合y中的元素（x%in%y ） 13、ls( )用来列出现存的所有对象 常见函数列表...（）可以判断对象中是否数据完全，然后返回TRUE, FALSE。...12、%in% 检验x是否为集合y中的元素（x%in%y ） > y <- c(1,3,5) > 5%in%y [1] TRUE > 4%in%y [1] FALSE 13、ls( )用来列出现存的所有对象...，gsub：模式匹配与替换 16、因子 factor：因子 codes：因子的编码 levels：因子的各水平的名字 nlevels：因子的水平个数 cut：把数值型对象分区间转换为因子 table...dim：对象的维向量 dimnames：对象的维名 row/colnames：行名或列名 %*%：矩阵乘法 crossprod：矩阵交叉乘积（内积） outer：数组外积 kronecker：数组的Kronecker

2.3K21

R学习 数据结构和简单处理

同一向量中无法混杂不同类型或模式的数据 c()可用来创建向量 c(1,2,3,4) c("1","2","3","4") c(TRUE,FALSE) c(1:4) 1、2、3行分别生成数字、字符、逻辑型变量...生成一个矩阵，元素为1-20，大小5*4，byrow=T代表按行填充，默认按列 数据框 最常处理的数据结构 来源 （1）新建 （2）由已有数据转换或处理得到 （3）读取文件 （4）R语言内置数据 查看...R语言内置数据 data() #列出已载入的包中的所有数据集 data(package =.packages(all.available = TRUE)) #列出已安装的包中的所有数据集 新建数据框 name...) 新建列 df$class <- c(2,2,3,4)#后接不存在的行名 两个数据框的连接 test1 <- data.frame(name = c('jimmy','nicker','Damon',...筛选数据框中的数据 df$class[df$class>2] 引用自生信技能树，小洁老师

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R语言学习笔记-Day08

因子对照组的levels在前#默认的levels按首字母顺序排序，允许自己设置factor(Group)#没设置levels，采用默认按照首字母设置#相当于unique(Group)并按首字母排序levels...#提前一步获取并保存View(pkg_all)#查看探针编号并搜索或：pkg_allpkg_all$gpl==gpl_number,2获取ids#需将示例中hgu133plus2全部替换成所需探针注释#...——> //成为grange对象寻找对应关系——>提取对应行并cbind一个探针对应多个基因——非特异性探针1* 去除2* 去除MiRNA（...困难且没必要）多个探针对应同一个基因1* 随机去重distinct(test,Species,.keep_all)2* 保留行和/行平均值最大的探针apply(test,1,sum/mean)3* 取多个探针的平均值...Group = Group)#以样本名为行名创建数据框并分组pheatmap(n,#以n中数据作图 show_colnames = F,#不显示列名 show_rownames

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GEO数据挖掘-基于芯片

require()函数中的quiet参数用于控制加载包时的消息输出：quiet = FALSE（默认值）：输出加载包的消息。quiet = TRUE：抑制加载包的消息，保持输出简洁。...pd = pd[s, ]重新排列临床信息数据框 pd 的行，使其顺序与交集 s 中的样本顺序一致。这样做的目的是确保在后续分析中，每个样本的表达数据和临床信息能够正确对应。...scale = "row"：按行标准化，使每行数据的均值为0，标准差为1。breaks = seq(-3, 3, length.out = 100)：设置颜色梯度的分布范围为 -3 到 3。...这一步将表达矩阵中的探针 ID 替换为对应的基因符号，使得矩阵更加易读。提取差异基因diff_gene = deg$symbol[deg$change !...show_rownames = F：不显示行名。 scale = "row"`：按行标准化数据，使得每个基因的表达值在同一范围内进行比较。

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C++20 飞船运算符补充——默认运算符

默认 运算符默认函数通过依次比较自定义数据类型的父类(从左到右深度优先)和自己的非静态成员对象来执行字典顺序比较，以计算判定的结果，同时会递归地比较数组成员(按下标递增的顺序)...同时，是否对于虚基类的子对象的比较是不确定的。 返回值类别 如果重载操作符函数的返回值为auto，实际返回类型是要比较的基类和自己的成员对象和成员数组元素的通用比较类别。...其返回值类型可以有三种，强序、弱序、部分顺序，如何确定应该使用哪种返回值呢？ 强序：要求比较自定义数据类型内的所有成员（含基类），但顺序与默认值不同。...切记一定要比较所有成员，出现遗漏则替换行可能会受到影响。 弱序：不能满足比较所有成员的条件时或不能满足完全相等时（大小写），返回弱序。...，遇到非相等值立即返回。

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RNA-seq 详细教程：Wald test（10）

给定设计公式中使用的因素，以及存在多少个因素水平，我们可以为许多不同的比较提取结果。在这里，我们将介绍如何从 dds 对象获取结果，并提供一些有关如何解释它们的解释。...现在让我们看看结果中存储了哪些信息：res_tableOE %>% data.frame() %>% View()图片我们可以使用 mcols() 函数来提取有关存储在每列中的值代表什么的信息：mcols...DESeq2 遗漏的基因满足以下三个过滤标准之一：所有样本中计数为零的基因如果在一行中，所有样本的计数均为零，则没有表达信息，因此不会测试这些基因。...res_tableOE[which(res_tableOE$baseMean == 0),] %>% data.frame() %>% View()这些基因的 baseMean 列将为零，log2 倍数变化估计...如上所述，可以通过在 lfcShrink() 函数中添加参数类型来更改默认值。对于大多数最新版本的 DESeq2，type="normal" 是默认值，并且是早期版本中的唯一方法。

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RNA-seq 详细教程：Wald test（10）

给定设计公式中使用的因素，以及存在多少个因素水平，我们可以为许多不同的比较提取结果。在这里，我们将介绍如何从 dds 对象获取结果，并提供一些有关如何解释它们的解释。...现在让我们看看结果中存储了哪些信息： res_tableOE %>% data.frame() %>% View() res_tableOE 我们可以使用 mcols() 函数来提取有关存储在每列中的值代表什么的信息...DESeq2 遗漏的基因满足以下三个过滤标准之一： 所有样本中计数为零的基因 如果在一行中，所有样本的计数均为零，则没有表达信息，因此不会测试这些基因。...res_tableOE[which(res_tableOE$baseMean == 0),] %>% data.frame() %>% View() ★ 这些基因的 baseMean 列将为零，log2...如上所述，可以通过在 lfcShrink() 函数中添加参数类型来更改默认值。对于大多数最新版本的 DESeq2，type="normal" 是默认值，并且是早期版本中的唯一方法。

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R语言函数的含义与用法，实现过程解读

is.na(x)) & x>0] -> z     表示创建一个对象z，其中的元素由向量x+1中与x中的非缺失值和正数对应的向量组成。 2....5.5 矩阵的运算 构建分区矩阵：cbind()和rbind()，cbind()按照水平方向，或者说按列的方式将矩阵连接到一起。rbind()按照垂直的方向，或者说按行的方式将矩阵连接到一起。...此时文件要符合特定的格式： 1 第一行应当提供数据帧中每个变量的名称； 2 每一行(除变量名称行)应包含一个行标号和各变量的值。...10.9 类别，通用函数和对象定位 一个对象的类别(class)决定了他会如何被通用函数(generic function)处理。...这两个参数唯一的区别是mfcol把图按列排入，mfrow把图按行排入。上图所示的版式可用mfrow=c(3,2)创建；上图显示的是绘制四幅图后的情况。

5.6K30

(DESeq2) Why are some p values set to NA?

对象dds(建立DEseq数据矩阵) colData <- data.frame(row.names=colnames(exprSet),group_list=group_list) colData...http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.html#pvaluesNA 如果在一行中，所有样本的计数都为零...，则基础平均值（baseMean）列将为零，log2 FC、p值和调整后的p值都将被设置为NA 如果一行平均归一化计数较低，会被自动独立过滤掉，只有调整后的p值将被设置为NA 上述两条都很好理解，我们往期推文无论是使用...对于异常值替换，在 DESeq中保留原始计数，并将替换计数保存为矩阵，命名为 assays(dds)中的 replaceCounts。...： 如果在一行中，所有样本的计数都为零，则基础平均值（baseMean）列将为零，log2 FC、p值和调整后的p值都将被设置为NA 如果一行平均归一化计数较低，会被自动独立过滤掉，只有调整后的p值将被设置为

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R语言函数的含义与用法，实现过程解读

is.na(x)) & x>0] -> z     表示创建一个对象z，其中的元素由向量x+1中与x中的非缺失值和正数对应的向量组成。 2....5.5 矩阵的运算 构建分区矩阵：cbind()和rbind()，cbind()按照水平方向，或者说按列的方式将矩阵连接到一起。rbind()按照垂直的方向，或者说按行的方式将矩阵连接到一起。...此时文件要符合特定的格式： 1 第一行应当提供数据帧中每个变量的名称； 2 每一行(除变量名称行)应包含一个行标号和各变量的值。...10.9 类别，通用函数和对象定位 一个对象的类别(class)决定了他会如何被通用函数(generic function)处理。...这两个参数唯一的区别是mfcol把图按列排入，mfrow把图按行排入。上图所示的版式可用mfrow=c(3,2)创建；上图显示的是绘制四幅图后的情况。

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