ggplot2自从2007年推出以来,成为世界范围内下载最频繁、使用最广泛的R包之一。许多人包括ggplot2的创建人Hadley Wickham将这一成功归功于ggplot2背后的哲学。这个软件包的灵感来源于Leland Wilkinson编写的《图形语法》一书,在此书中将graphs 分解成scales和layers,并将原始数据与表现形式分离开。
在进行数据可视化作品绘制时,我们需要在相应位置添加文本标签进行标注或者解释说明使用,少量数据点进行标注时相对简单,也比较明确,当需要标注的数据较多、或集中在一个区域时,标注文本就会产生相互叠加,影响标注内容和美观。如下:
geom_point():用于绘制散点图 参数 color:点的颜色 size:点的大小 shape :点的形状
上篇原创推文使用了geopandas进行了房价分布的地图推文教程,本期我们将使用绘图功能更加强大的ggplot2 以及其推展包进行地图绘制和图表美化工作,主要涉及的知识点如下:
https://www.nature.com/articles/s41467-022-29438-7
气泡图是一种多变量图表,是散点图的变体,也可以认为是散点图和百分比区域图的组合[1]。气泡图最基本的用法是使用三个值来确定每个数据序列,和散点图一样。气泡图通过气泡的位置及面积大小,可分析数据之间的相关性。
先前我介绍过ggrepel 这个包:[[67-R可视化11-用ggrepel更加美观的添加标记(火山图的实现)]]
有了基因集文件除了做scRNA分析|单细胞GSVA + limma差异分析-celltype分组?样本分组?GSVA分析,还可以计算每个细胞的目标基因集评分 。
将环境数据和生物数据按下图形式放入一个表格中,首列为样品名,首行为环境理化因子或者相关生物参数名称。数据选择适当的标准化,例如,除pH外,所有环境数据进行log处理。
此次带来的是带标签的火山图,众所周知我们在差异分析后会得到logFC和P值的表格,继而就是经典的火山图了。那么如何做出一张好看的火山图呢?
火山图 就是比热图更热的图~~~ 少废话,直接上代码~ 基于R.3.4.4 #载入相关包 library(ggplot2) library(ggrepel) library(ggsci) library(dplyr) #提取数据,resG是注释过基因名字的DEseq2结果 Vol.TG<-na.omit(resG) #给结果加上change,其中padj和log2FoldChange后面的值根据自己的需要修改 Vol.TG$change <- as.factor(ifelse(Vol.TG$padj <
火山图 就是比热图更热的图~~~ 少废话,直接上代码~ 基于R.3.4.4 #载入相关包 library(ggplot2) library(ggrepel) library(ggsci) library(dplyr) #提取数据,resG是注释过基因名字的DEseq2结果 Vol.TG<-na.omit(resG) #给结果加上change,其中padj和log2FoldChange后面的值根据自己的需要修改 Vol.TG$change <- as.factor(ifelse(Vol.TG$padj
umap/tsne图作为单细胞转录组的王牌图形之一,当seurat 或者 singleR 直接绘制的umap/tsne 图需要调整的时候,可能比较难调整,当然AI或者PS都可以办到 。但是本次主要分享使用ggplot2进行可视化,能比较方便的进行后期的微调 ,也学习回顾了ggplot2的基本参数。
上一讲我们提到了66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本(柱状图加计数)[2]
倾斜图,又名斜线图、斜率图,可以展示单指标不同时期的变化情况,既能展示值的大小变化,同时能展示排名变化。倾斜图可以看作简化后的折线图,如果我们对一条线如何发展的细节不感兴趣,而只想看看它沿哪个方向发展,那么斜率图就是一个不错的选择。尤其如果我们有很多折线,它们通常看上去没有普通的折线图那么混乱。以下是两个倾斜图的例子:
OpenGL ES 3.0实现了具有 可编程着色功能 的图形管线,由 OpenGL ES 3.0 API 和 OpenGL ES 着色语言3.0规范 组成。 下图中深色背景的 顶点着色器 和 片段着色器 为可编程阶段。
在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候,我们需要明确想要展示的信息,从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法,希望能够帮助到各位读者。
本期推文主要介绍的还是Matplotlib关于 线(lines) 图的制作,虽然Matplotlib 制作线图的灵活性无法和ggplot2 的geom_segment()相比,但对于使用 Python进行可视化绘制的小伙伴们,希望本期推文对你有所帮助
在图形上显示文本,或者标签(与文本的区别是在文本外有一个矩阵边框)是常规需求。用 ggplot2 画图时,有一个默认的几何对象 geom_text 在图上添加文本,但有时候表现得并不好,比如文本与点重叠在一起,文本与文本之间重叠在一起。
有时候画图需要给样本添加标签,当样本比较多,在图形中添加标签容易出现标签遮盖的问题,这个时候可以用ggrepel包的geom_text_repel()解决样本标签重叠问题。 当用geom_text()添加标签时会出现重叠现象:
这是有关创建自定义脚本渲染管线的系列教程的第15部分。我们将基于颜色和深度纹理来创建基于深度的淡入和扭曲粒子。
In the last year I have never had to write a single HLSL/GLSL shader. Bottom line, I can’t think of any reason NOT to use CG.
OpenGL ES _ 入门_01 OpenGL ES _ 入门_02 OpenGL ES _ 入门_03 OpenGL ES _ 入门_04 OpenGL ES _ 入门_05 OpenGL ES _ 入门练习_01 OpenGL ES _ 入门练习_02 OpenGL ES _ 入门练习_03 OpenGL ES _ 入门练习_04 OpenGL ES _ 入门练习_05 OpenGL ES _ 入门练习_06 OpenGL ES _ 着色器 _ 介绍 OpenGL ES _ 着色器 _ 程序 OpenGL ES _ 着色器 _ 语法 OpenGL ES_着色器_纹理图像 OpenGL ES_着色器_预处理 OpenGL ES_着色器_顶点着色器详解 OpenGL ES_着色器_片断着色器详解 OpenGL ES_着色器_实战01 OpenGL ES_着色器_实战02 OpenGL ES_着色器_实战03
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下一个版本的VisualStudio关于支持在ASP.NET中使用CSS3的一些改进
看到很多答主都给出了全面的回答,包括数据处理,统计建模等方面。而在这篇推文中,我将对自己较为擅长的领域(R语言可视化)进行详细的介绍。
geomnet是一个基于ggplot2可视化图形和网络的R包,它使用sna包计算网络布局,并且包含了使用ggplot2绘制圆的geom_circle函数。
这是关于渲染的系列教程的第十一部分。之前,我们使着色器能够渲染复杂的材质。但是这些材质一直都是完全不透明的。现在,我们将添加对透明度的支持。
OpenGL 深度测试是指在片段着色器执行之后,利用深度缓冲所保存的深度值决定当前片段是否被丢弃的过程。
Final Cut Pro for Mac 是一款专业视频非线性编辑器,Final Cut Pro拥有创新的视频编辑方式,强大的媒体整理功能, 优化输出视频效果,并可编辑iPhone 13 及iPhone 13 Pro 上以「电影效果」模式拍摄的影片,是您视频处理必不可少的软件,为您的作品增添更惊艳的效果!
全国巡讲课程结束后的一个月持续答疑环节,被问的最多的问题居然是如何在差异分析后的火山图上面标记出来感兴趣的基因,这里有必要派我们杰出能干的小洁老师出马!
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w
它并没有类型in、out或是uniform的声明,而是直接使用,且在后面的程序中也未被引用。原来它是默认是归一化的裁剪空间坐标,xyz各个维度的范围为-1到1,仅能在顶点着色器中使用,既是输入也是输出。gl_Position赋值范围就是float的取值范围(32位),只不过只有[-1,1]区间的片元被绘制。它是vec4类型的,不能重声明为dvec4等类型。
GPU渲染流水线,是硬件真正体现渲染概念的操作过程,也是最终将图元画到2D屏幕上的阶段。GPU管线涵盖了渲染流程的几何阶段和光栅化阶段,但对开发者而言,只有对顶点和片段着色器有可编程控制权,其他一律不可编程。如下图:
这是渲染系列的第二篇文章,第一篇讲述的是矩阵,这次我们会写我们的第一个Shader并且导入一张纹理。
今天在找R shiny的教程的时候发现了一幅比较漂亮的散点图,配色很好看,代码记录在这里。
pr 2022最新版本已经上线!pr 2022不仅可以帮助用户对各种视频进行剪辑、旋转、分割、合并、字幕添加、背景音乐等基础的处理,还能帮助用户进行视频颜色校正、颜色分级、稳定镜头、调整层、更改片段的持续时间和速度、效果预设等操作,功能十分的全面强大。
在进行数据可视化时我们常常需要在可视化作品上进行一些文字标注,譬如对散点图我们可以将每个散点对应的属性信息标注在每个散点旁边,但随着散点量的增多,或图像上的某个区域聚集了较多的散点时,叠加上的文字标注会挤在一起相互叠置,出现如图1所示的情况:
第三章从 GPU 运行原理和数据流程的角度阐述了顶点着色程序和片段着色程序的输入输出,即,应用程序(宿主程序)将图元信息(顶点位置、法向量、纹理坐标等)传递给顶点着色程序;顶点着色程序基于图元信息进行坐标空间转换,运算得到的数据传递到片段着色程序中;片段着色程序还可以接受从应用程序中传递的纹理信息,将这些信息综合起来计算每个片段的颜色值,后将这些颜色值输送到帧缓冲区(或颜色缓冲区)中。
你是否记得老式电视没有信号的噪点画面呢?或者说,当信号不好的时,失真的画面?如果你没有电视信号(失真)的概念,可以看下面的 GIF 图,你就会明白我说什么了。
像视图数据流转机制、底层渲染方案、视图更新策略等知识,都是构成一个UI框架的根本,看似枯燥,却往往具有最长久的生命力。
如果要创建一个更加真实的场景,我们就需要模拟光和物体表面的交互。这比我们之前制作的不受光的着色器要复杂的多。
想用Mac电脑做视频剪辑用哪个软件?Final Cut Pro的非线性视频编辑软件,导入并组织媒体、编辑、添加效果、改善音效、颜色分级以及交付 — 所有操作都可以在该应用程序中完成,支持创新的视频编辑、强大的媒体整理、引人注目的可自定效果、集成的音频编辑、直观的调色功能,能够让用户导入、剪辑并传输单视场和立体视场的 360° 全景视频,带给用户非凡的视频创作体验。
要绘制物体,CPU需要告诉GPU应该绘制什么和如何绘制。通常我们用Mesh来决定绘制什么。而如何绘制是由着色器控制的,着色器实际上就是一组GPU的指令。除了Mesh之外,着色器还需要很多其他的信息来协同完成它的工作,比如对象的transform矩阵和材质属性等。
与iOS、Android和React类似,作为一个UI框架,Flutter自然也提供了很多UI控件。而文本、图片和按钮,则是这些不同的UI框架中构建视图都要用到的三个最基本的控件。
我们在知识星球上创建的音视频技术社群关键帧的音视频开发圈已经运营了一段时间了,在这里群友们会一起做一些打卡任务。比如:周期性地整理音视频相关的面试题,汇集一份音视频面试题集锦,你可以看看这个合集:音视频面试题集锦。再比如:循序渐进地归纳总结音视频技术知识,绘制一幅音视频知识图谱,你可以看看这个合集:音视频知识图谱。
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