首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

Cytoscape插件1:Centiscape

Cytoscape的插件或多或少都有一些弊端,Centiscape是目前(文章时间2009)唯一一个可以一次计算多个中心值的插件(相对于network analysis等).它可以根据拓扑和生物学属性寻找最显著差异的基因。它只适合于无向网络,可以计算的参数有(average distance,diameter直径,degree度数,stress压力,betweenness中介性,radiality放射性,closeness紧密度(接近中心性),centroid value质心值,eccentricity离心值。插件的帮助文件有以上的定义,描述,生物学意义和计算的复杂性。每个参数的max,min,mean值都有提供。还可以可视化。右边的滑动块可以调整作者的值(默认是mean)。如果必要的话,可以把其中几个参数给deactive掉,也就是不勾选acitive复选框。用户可以选择其中几个参数more/equal而另外的选择less/equal,也可以假如AND-OR 参数。这些可以马上知道结果例如“哪些节点有高中介性值和高stress同时低离心值?”要注意的是,threshold也可以手动设置。一旦根据用户的选定设置,相应的子图就可以提取显示。两类图的输出可以被支持,根据centrality 画图,根据node画图,以上两种都支持其他工具所不支持的分析。 The plot by node 可以提供任何一个node 的所有计算的centiscape值,并以bar 图展示。Mean,max,min以不同颜色显示。图中的所有值都是标准化的,当用鼠标指向某一个时候显示的是真实值。 The plot by centrality 根据中心性画图。可以有五种方式画图 1 centrality vs centrality 2.centrality vs experimental data 3.experimental data vs experimental data 4.centrality vs itself 5.experimental vs itself 仔细看怎么用(plot by centrality可以发掘根据特殊的拓扑或实验特性聚成一类的群。并可以提取子网络进一步分析。拓扑特性和实验数据的结合可以用来对子网络的功能进行更多的有意义的预测或实验证实。 文章作者然后用一个例子来具体说明 整个网络的拓扑性质的总体会首先看到诸如min,max,mean等。例如,degree的平均值是13.5,平均距离是3显示这是一个高度连接的网络,也就是其中蛋白发生了强烈的相互作用。为了找到最高分蛋白的找出,我们可以应用“plot by centrality”。 画degree over degree,显示,分布是不均匀的,大多数nodes有低degree,很少的有高degree的。这和已知的生物网络的无尺度架构一致。下面这个是我的ucco的值,结果差不多,低degree的多余高degree的。

03

DEAP:使用生理信号进行情绪分析的数据库(三、实验分析与结论)

研究人员提出了一个分析人类情感状态的多模态数据集DEAP。该数据集来源于记录32名参与者的脑电图(EEG)和周围生理信号,每个人观看40段一分钟长的音乐视频片段。参与者根据唤醒,效价,喜欢/不喜欢,主导和熟悉程度对每个视频进行评分。在32位参与者中,有22位还录制了正面面部视频。提出了一种新颖的刺激选择方法,该方法通过使用来自last.fm网站的情感标签进行检索,视频高亮检测和在线评估工具来进行。提供了对实验过程中参与者评分的广泛分析。脑电信号频率和参与者的评分之间的相关性进行了调查。提出了使用脑电图,周围生理信号和多媒体内容分析方法对唤醒,效价和喜欢/不喜欢的等级进行单次试验的方法和结果。最后,对来自不同模态的分类结果进行决策融合。该数据集已公开提供,研究人员鼓励其他研究人员将其用于测试他们自己的情感状态估计方法。

02

机器学习中如何用F-score进行特征选择

目前,机器学习在脑科学领域的应用可谓广泛而深入,不论你是做EEG/ERP研究,还是做MRI研究,都会看到机器学习的身影。机器学习最简单或者最常用的一个应用方向是分类,如疾病的分类。对于有监督机器学习(如我们常用的SVM)来说,首先需要提取特征值,特征值作为机器学习的输入进行训练,得到模型。但是,在实际的例子中,不太可能把提取到的所有特征值输入到机器学习模型中进行训练,这是因为过多维度的特征值往往会包括冗余成分,这不仅会大大降低学习速度,而且还会产生过拟合现象,进而影响机器学习模型的性能。最典型的列子是我们做MRI研究,可能会提取到上万个特征值。因此,我们需要首先对提取到的特征值进行特征选择,去除冗余特征,即所谓的特征降维。 目前,特征降维的方法很多,笔者这里就不一一列举(可自行度娘),而F-score是其中比较简单和有效的方法,也是很常用的一种方法。今天,笔者在这里就详细讲解一下F-score如何计算,并给出Matlab程序。 第i个特征的F-score的计算公式如下所示:

00
领券