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序列比对长度限制

前几天做序列比对,试了MUCSLE和MAFFT,但是程序总是被kill。刚开始以为是序列格式不对,但是检查到最后发现是序列太长了。以前没注意过这些比对算法对长度要求,此文记录一下。...MUSCLE再linux上使用之前介绍过: Linux下运行MUSCLE MUSCLE对序列长度没有明确限制,但是使用32位软件时候,能够出结果最大长度约为10,000。...在MUSCLE官网还有文章讨论了多条序列比对是否有意义。作者认为对于多序列比对,几乎不可能得到一个良好比对结果。多重比对隐含假定为唯一重要突变是置换、短随机序列插入和删除。...这对于少数密切相关序列来说是一种合理简化,但是随着序列散度或序列数量增加,这种简化越来越不准确。...这种方法需要一个参考序列。 较少序列可以有多种算法选择,如 200条序列以下,多个保守位点选择E-INS-i; 单个保守位点和长gap选L-INS-i; 具有全局同源性选G-INS-i。

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MySQL online DDL 更改Varchar字段长度

对于VARCHAR大小为0到255个字节列,需要一个长度字节来编码该值。对于VARCHAR 大小为256字节或更大列,需要两个长度字节。...就地 ALTER TABLE不支持增加 VARCHAR列,从小于256个字节到等于或大于256个字节大小。在这种情况下,所需长度字节数从1更改为2,仅表副本(ALGORITHM=COPY)支持。...注意 一个字节长度VARCHAR列是依赖于字符集字节长度 。 减少VARCHAR使用就地尺寸ALTER TABLE不被支持。减小VARCHAR 大小需要表副本(ALGORITHM=COPY)。...总结 在数据量很大时候,varchar通过Online DDL做到快速进行更改字段长度。但是前提条件就是不会进行锁表和copy数据过程。 这个前提条件就是数据库支持5.7及5.7以上。...3.还有就是更改varchar大小小于256

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对称字符串最大长度

题目:输入一个字符串,输出该字符串中对称子字符串最大长度。比如输入字符串“google”,由于该字符串里最长对称子字符串是“goog”,因此输出4。...判断一个字符串是不是对称函数,可以用这个字函数逐一检查原字符串中所有的子字符串,然后输出长度最大即可。 怎样判断一个字符串是不是对称字符串?...-->可以用两个指针分别指向字符串第一个字符和最后一个字符,判断是否相等,如果不相等直接返回false,如果为真则接着比较下  一对字符。 如何遍历原字符串所有字串?...解法一:O(n3)算法 现在我们试着来得到对称子字符串最大长度。最直观做法就是得到输入字符串所有子字符串,并逐个判断是不是对称。如果一个子字符串是对称,我们就得到它长度。...        pBegin++;           pEnd--;       }   return true;   }   /*************************** *求最大对称字串长度

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最长连续元素序列长度

题目描述 给定一个无序整数类型数组,求最长连续元素序列长度。 例如: 给出数组为[100, 4, 200, 1, 3, 2], 最长连续元素序列为[1, 2, 3, 4]....返回这个序列长度:4 你需要给出时间复杂度在O(n)之内算法 思路: 先排序,记住三个数 int count=1;//当前连续序列长度 int last=num[0];//上一个数字(连续判断条件...) int max=1;//前面最大连续序列长度时候搞错了一个点,就是1,1,2,3,算连续三个,我算成连续四个了,后来改掉了 代码: public int longestConsecutive...(int[] num) { // 给定一个无序整数类型数组,求最长连续元素序列长度。...[0];//上一个数字(连续判断条件) int max=1;//前面最大连续序列长度 for (int index=1;index<num.length;index++

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最大 String 字符长度是多少?

在 String 类中,是使用一个字符数组来维护字符序列,其声明如下: private final char value[]; 这也就是说,String 最大长度取决于字符数组最大长度,我们知道,...这也就是说,数组最大长度就是 int 类型最大值,即 0x7fffffff,十进制就是 2147483647,同理,这也就是 String 所能容纳最大字符数量。...不过,这个最大值只是在理论上能够达到值,在我们实际使用中,一般情况下获得最大长度比理论值要小。下面我们写一个最简单程序来看。...总结 在 String 类内部,是使用一个字符数组(char[])来维护字符序列。...String 最大长度也就是字符数组最大长度,理论上最大长度为 int 类型最大值,即 2147483647。

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关于http header最大长度那些事

引言 之前在项目中遇到一个关于http协议header部分最大长度限制问题,个人觉得很有意思,于是写下这篇文章记录这个问题。...从日志信息可知,requestheader部分太大,超过了tomcat允许最大值。默认情况下,tomcat(8.0版本)允许http请求header最大值是8024个字节(8KB)。...那么如何解决这个问题呢?可以从两个方面考虑: 增加tomcat允许http header最大值。这个配置参数maxHttpHeaderSize可以设置tomcat允许http header最大值。...减少headersize,比如不要添加无关header到request。 扩展 在研究这个问题过程中,其实还有一些其他疑问。首先,一个request转发流程大致如下: ?...原因是,每个web服务器http header最大长度默认值不一样,同时随语言、版本不同也会不一样。举个例子tomcat 5http header size默认值是4K。

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Java中字符串最大长度

Java中字符串最大长度 看String源码可以看出来,String实际存储数据是char value[],数组长度是int类型, 整数在java中是有限制,我们通过源码来看看int类型对应包装类...u2是无符号16位整数,因此理论上允许最大长度是2^16-1=65535。 总结一下:在Javac编译器下,字符串String最大长度限制也即是U2类型所能表达最大长度65534。...又由于java中字符是以16位存储,因此大概需要4GB内存才能存储最大长度字符串。...我们可以看到Integer最大范围是2^31 -1,由于数组是从0开始,所以数组最大长度可以使【0~2^31】通过计算是大概4GB。...主要原因是JDT核心具有渐进式编译能力,这意味着它会逐步编译代码中更改(这也是Eclipse不需要编译按钮原因,因为它会在检测到更改时自动编译)。但OracleJDK不支持增量编译。

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杂记:ggpairs更改配色;ggplot2极坐标添加直线;seqkit计算fasta序列长度和gc含量

image.png 计算序列长度 seqkit.exe fx2tab --name --only-id -l output.fasta -o seqlen.txt ?...image.png ggpairs更改配色 这个只是一种方案,还有好多问题没有解决,比如如何给下三角和上三角赋予不同颜色 代码 library(GGally) ggpairs(iris,columns...image.png ggplot2 作图 极坐标情况下添加直线 自己没有想法如何实现,搜索引擎搜索关键词 ggplot2 polar and then add straight lines找到参考链接...image.png 欢迎大家关注我公众号 小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、...群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己学习笔记!

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最大序列和问题

article/details/7505785 参考:数据结构与算法分析——Java语言描述 (美) Mark Allen Weiss 给定整数 A1,A2,……AN  (可能有负数),求这个整数序列最大序列和...(原书假定如果所有整数为负数,则最大序列和为0。...我们可以这样想,这个子序列可能从第1个元素开始,也有可能从第2、第3、……个元素开始。我们初始假设最大序列和 maxSum 是第一个元素。...那么最大序列和可能出现在三处:前半部分某子序列(设其和为maxLeft),后半部分某子序列(设其和为maxRight),中间部分某子序列(设其和为maxCenter)。前两种情况可以通过递归求解。...第三种情况,我们通过分析可知,这种情况下最大和可以通过求出前半部分最大和(包含前半部分最后一个元素)以及后半部分最大和(包含后半部分第一个元素)而得到。

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四种获取fasta序列长度方法

在处理fasta序列时候,我们经常需要获取每一条fasta序列长度。今天小编就跟大家来分享四种获取fasta序列长度方法。 一、awk awk '/^>/{if (l!...fai文件如下,前两列正好就是fasta序列名字和长度。....fai文件每一列具体含义 第一列 NAME : 序列名称,只保留“>”后,第一个空白之前内容; 第二列 LENGTH: 序列长度, 单位为bp; 第三列 OFFSET :...第一个碱基偏移量, 从0开始计数,换行符也统计进行; 第四列 LINEBASES : 除了最后一行外, 其他代表序列碱基数, 单位为bp; 第五列 LINEWIDTH : 行宽, 除了最后一行外..., 其他代表序列长度, 包括换行符, 三、seqkit conda install seqkit seqkit fx2tab --length --name --header-line test.fasta

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查找最大不重复子串长度

查找最大不重复子串长度是一个常见字符串处理问题,有多种解决思路。...动态规划 使用动态规划数组dp,其中dp[i]表示以字符s[i]结尾最长不重复子串长度。通过状态转移方程更新dp[i],并维护一个变量记录最大长度。 O(n),需要遍历整个字符串。...在最坏情况下,字符集大小可能是常数,因此空间复杂度是 O(1)。 下面以滑动窗口为例,介绍下如何通过滑动窗口来查找最大不重复子串长度,该方法是一种有效解决子串问题策略。...•更新当前字符在 charIndex 中位置为当前位置 end。•计算当前窗口长度 currentLength = end - start + 1,并更新最大长度 maxLength。...在每一步迭代中,如果字符已经在窗口中,更新窗口起始位置为字符上一次出现位置下一个位置。然后,更新字符最后出现位置,并计算当前窗口长度,更新最大长度

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Python 中字符串最大长度是多少?

Python 中支持字符串最大长度取决于系统上可用内存量以及正在使用 Python 版本实现限制。...在 Python 默认实现(即 CPython)中,字符串作为字符数组存储在内存中,最大长度限制为 2⁶³ - 1 字节,即近 9 万 TB。...但是,由于 CPython 实现字符串方式,此限制可能会有所不同,具体取决于字符串包含字符。 这意味着只要有足够内存,并且字符串长度在您使用 Python 版本实现限制范围内。...您可以通过为变量分配新值来将文本更改为所需任何内容 - 例 my_string = "Goodbye, world!" 现在my_string包含不同文本字符串。...总之,只要计算机上有足够可用内存,并且字符串长度在您使用 Python 版本实现限制范围内,Python 中字符串就没有最大长度

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查找最大不重复子串长度

查找最大不重复子串长度是一个常见字符串处理问题,有多种解决思路。...动态规划 使用动态规划数组dp,其中dp[i]表示以字符s[i]结尾最长不重复子串长度。通过状态转移方程更新dp[i],并维护一个变量记录最大长度。...下面以滑动窗口为例,介绍下如何通过滑动窗口来查找最大不重复子串长度,该方法是一种有效解决子串问题策略。...更新当前字符在 charIndex 中位置为当前位置 end。计算当前窗口长度 currentLength = end - start + 1,并更新最大长度 maxLength。...在每一步迭代中,如果字符已经在窗口中,更新窗口起始位置为字符上一次出现位置下一个位置。然后,更新字符最后出现位置,并计算当前窗口长度,更新最大长度

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