行列引用、条件筛选等可以简单的数据管理,但其在无法有效处理多次、多重、有规律的循环和判断问题,而控制流却可以通过循环、判断、跳错等等操作轻松处理此类问题。
个人理解,向量是有方向的,由大于等于2个元素构成的数据类型。也就是说,向量的所有元素必须属于同种模式(mode),或数据类型(见1.2),比如数值型,字符型等。其类型可以用typeof()查看。 标量只含有一个元素,在R中没有0维度或标量类型。单独的数字或字符串本质是一元向量。
当前编译器已经能够把很多C语言的源程序编译成可以在java虚拟机上运行的字节码,但一直存在一个问题是,编译出的字节码存有冗余语句,例如赋值语句: a = 1; 它编译成java字节码后情况如下: aload 0 sipush 1 astore 0 假设变量a在虚拟机局部变量队列中的存储位置为0,那么上面代码冗余之处在于多出了一条语句aload 0, 要给变量a赋值,只需下面两条语句便足够了。之所以产生冗余语句,是因为编译器的实现有问题,在编译器解析代码时,一旦遇到变量名,它就会把该变量加载到虚拟机的执行堆
sql2java是我几年年开始写的一个sql2java是一个轻量级数据库(SQL)访问代码(java)生成器。这几年一直在根据工作需要维护升级,最近的项目中需要对数据库的记录提供导出excel的功能。 就开始学习apache的POI,参照网上的示例实现了单张表的导出。并进一步将它封装成一个通用库成为sql2java下的子项目sql2java-excel.以方便在其他项目中技术复用。 本文开始介绍sql2java-excel的使用spring 支持的部分
-(3)注意:之前提到过,矩阵的某一列不能单独转换数据类型,需要把矩阵转换成数据框再转换某列的数据类型;或者把这列单独提取出来再转换其数据类型;
数据框函数- 排序arrange()和desc参数、distinct()去重复、mutate()数据框新增列
这个包以一种统一的规范更高效地处理数据框。dplyr 包里处理数据框的所有函数的第一个参数都是数据框名。
提示:R-project网站 https://www.r-project.org/
switch 好理解,是一个替代if else else else接口而提出的,如下,switch 后跟变量,case 后跟常量,只要变量值和常量匹配,就执行该分支下的语句。
关系正确返回TRUE 否则FALSE== 相等 != 不相等>大于< 小于 ps:字母多的字符串比少的大
[1] "The birch canoe slid on the smooth planks."
semi_join anti_join实际上没有发生过两个数据框的连接,其实是对左边的数据框取子集
x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."
citation("ggplo2")取包引用信息,RStudio.Version()可以获取RStudio引用信息。
R语言 控制流:for、while、ifelse和自定义函数function|第5讲
在前面两篇文章R语言入门系列之一与R语言入门系列之二中,我分别介绍了R语言中的对象与结构、数据的输入输出及可视化。基于前面的基础,今天我介绍一下R语言中基础的程序结构,来帮助我们完成更复杂的数据处理任务。此外,如果你有大批量数据处理、可视化任务,需要着重学习R脚本在命令行的调用方式以及命令行参数的使用方法。
关于此图的讨论已经有一段时间了。我发现一个事实,对此图教程表现出强烈渴望的小伙伴名字后面都有“生态”二字。不管是土壤生态、草地生态还是水生态。非生态的大佬及吃瓜群众也被图形的美学及提供的丰富信息量所吸引。R小白的我也尝试着去还原文中的美图,但是一直进展缓慢。这几天,擂台赛似的相继出来了几种画法:“坐标法”,“python法”(原谅我也不知道用的什么法),“拼接法”,原图的效果大致都出来了:
哈喽,我是学习生物信息学的阿榜!非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记,将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误,欢迎指正。让我们一起加油,一起学习进步鸭? 这份学习目录可以
AWK是Linux上卓越的文本处理工具,它具有非常简单的语法结构,拥有强大的文本处理能力。AWK 是一种解释执行的编程语言,AWK 的名称是由它们设计者的名字缩写而来 —— Afred Aho, Peter Weinberger 与 Brian Kernighan。
x2 = str_split(x," ")[[1]];x2 #是list 所以用[[]]
主成分分析 (PCA) 在数据科学、生物信息学等多个领域具有广泛的适用性。作为一种数学降维方法, PCA利用正交变换 (orthogonal transformation)将一系列可能线性相关的变量转换为一组线性不相关的新变量,也称为主成分,从而利用新变量在更小的维度下展示数据的特征。
Shell 脚本是运行在 shell 环境中的脚本语言,用于自动执行重复性任务、管理系统配置、以及通过编写脚本和运行脚本来执行一系列命令。shell 脚本可以帮助我们完成系统管理、软件安装、文件操作等需求。
我们不建议使用这种方式,因为一个无效测量不代表所有测量都是无效的。此外,如果数据质量不高,若对每个变量都采取这种做法,那么你最后可能会发现数据已经所剩无几!
CXCL9:SPP1 macrophage polarity identifies a network of cellular programs that control human cancers.
专题一:玩转字符串1.检测字符串长度x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."xstr_length(x)#检测字符串内的字符数,空格也算length(x)#向量里面元素的个数2.字符串拆分str_split(x," ")#以空格为分隔符号将字符串拆分开x2 = str_split(x," ")[[1]];x2y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")str_split(y," ")str_split(y,"
在观察某一事件是否发生时,如果该事件受到其他事件的阻碍,在这种所谓的竞争风险研究中可能会有多个结果事件,有些结果会阻止感兴趣的事件发生或影响其发生的概率。所有形成竞争关系的结果事件,互为竞争的风险事件。
例如 y=c("nihaoa 11","niyehaoa 22","zhangsongwen 33")
if else,并不是一个非常坏的关键字,只不过有人把他用坏了。尤其在接到产品需求如下这样;
在这个例子中,IfElse op比起Switch花费更少的时间(大约一半),因为它只计算两个变量中的一个。
awk不仅仅是linux系统中的一个命令,而且是一种编程语言;它可以用来处理数据和生成报告(excel);处理的数据可以是一个或多个文件;可以是直接来自标准输入,也可以通过管道获取标准输入;awk可以在命令行上直接编辑命令进行操作,也可以编写成awk程序来进行更为复杂的运用。
有时候,我们需要对数据框添加新的列,比较常见的场景就是需要根据现有数据框的某列增加新的分类。比如样本分为正常与肿瘤,成绩按照排名区分低、中、高。
现有如下文本,格式如下:即左边是随机字母,右边是随机数字, 即将相同的字母后面的数字加在一起,按字母的顺序输出
前面介绍了自己利用cellranger count的结果进行seurat分析,但是整合数据方面做得还是不如原作者优秀,虽然我们不知道他们是如何处理的,但还是可以继续向下进行,而且这一次将会使用他们合并好的数据
大多数数据都可以用数字来衡量,如身高和体重。然而,诸如性别、季节、地点等变量则不能用数字来衡量。相反,我们使用虚拟变量来衡量它们。
i :代称,比如第一次循环则代表in后面向量的第一个元素;第二次则为第二个元素,直到完成in后面向量里所有元素的循环为止。如in后面的向量有8个元素,则8次循环。
1写在前面 作为现在最火的scRNAseq分析包,Seurat当之无愧。😘 本期开始我们介绍一下Seurat包的用法,先从基础质控和过滤开始吧。🥳 2用到的包 rm(list = ls()) library(Seurat) library(tidyverse) library(SingleR) library(celldex) library(RColorBrewer) library(SingleCellExperiment) 3示例数据 3.1 读取10X文件 这里我们提供一个转成gene symbo
1.字符串图片1.str_length图片x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."x### 1.检测字符串长度str_length(x)length(x) #返回字符串的个数2.str_splitsplit返回列表,但是列表不能进行计算,对列表进行取子集### 2.字符串拆分str_split(x," ")x2 = str_split(x," ")[[1]];x2y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")st
这是一个六边形热图可视化程序,主要用到的知识RColorBrewer,fields,也就是R中的可视化绘图库。
将竞争风险模型的cmprsk包加载到R中,使用cuminc()函数和crr()函数可以进行考虑竞争风险事件生存数据的单变量分析和多变量分析。以往推文我们已经详细描述了基于R语言的实现方法,这里不再赘述。那么,您如何看待竞争风险模型呢?如何绘制竞争风险模型的列线图?在这里,我们演示如何绘制基于R的列线图。
博客原文:https://suzan.rbind.io/2018/01/dplyr-tutorial-1/ 作者:Suzan Baert
subset()函数是返回符合条件的元素,但是会忽略NA值。注意:条件应该为逻辑值,否则会报错
switch...case会生成一个跳转表来指示实际的case分支的地址,而这个跳转表的索引号与switch变量的值是相等的。从而,switch...case不用像if...else那样遍历条件分支直到命中条件,而只需访问对应索引号的表项从而到达定位分支的目的。
作者:小傅哥 暖暖的春风迎面吹,桃花多多开 小傅哥 | https://bugstack.cn 沉淀、分享、成长,专注于原创专题案例,以最易学习编程的方式分享知识,让自己和他人都能有所收获。目前已完
在require()函数中,如果直接传递包的名称作为参数,不需要加引号;如果包的名称以字符串形式存储在变量中,则需要使用character.only = TRUE来指定这个变量是一个字符串
项目中有这样一个场景,在公园放置了用来拍摄人像的识别杆,根据用户在不同识别杆之间采集的图象来计算用户的运动距离。由于涉及到许多公园,每个公园的布局不同,识别杆之间距离不同,算法也不同。但代码中每个不同的公园的算法区别都采用ifelse来进行判断处理。
图片 专题1 玩转字符串 图片 检测字符串长度 代码1 str_length(x) if(!require(stringr))install.packages('stringr') library(stringr) x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x [1] "The birch canoe slid on the smooth planks." str_length(x) [1] 42 ### 1.检测字符串长度,包含空格和符号 le
转载于36大数据,原文作者:Selva Prabhakaran 译者:fibears
step1 对matrix进行转置:使gene名变为列名,将样本名转化为data.frame中的第一列
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