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高效R编程

高效编程5个技巧 1、小心,尽量不要增大向量大小 2、尽可能向量化代码 3、适当时机下使用因子 4、通过缓存变量避免不必要计算 5、字节编译包可使性能轻而易举大幅提升 一般性建议 底层语言如C,需要你自己进行内存管理...##1) 内在排序 因子可用于图形排序,通常read.csv()自动转换为因子,我们一般options(stringsAsFactors = F),但是作者出于可移植性考虑不建议将这个放到.Rprofile...##2)固定类别 比如月份排序因子可以实现,这指英语Dec这种。因子还比字符串稍微节约点空间。 Apply函数家族 可以看作是循环替代,第一次听说eapply()独立环境,这个我们应该用不到。...,R 函数闭包是包含函数及函数所依赖环境对象(包围环境)。...windows需要使用Rtools: 或者修改R.environ文件R_COMPILE_PKGS设为正整数并指定从source安装 install.packages("ggplot2", type=

1.3K30

温故而知新,ggplot2 饼图几点笔记

对于平面内任何一点 M,用 ρ 表示线段 OM 长度(有时也用 r 表示),θ 表示从 Ox 到 OM 角度,ρ 叫做点 M 极径,θ 叫做点 M 极角,有序数对 (ρ, θ) 就叫点 M 极坐标...通常来说,点(r, θ)可以任意表示为(r, θ ± n×360°)或 (−r, θ ± (2n + 1)180°),这里 n 是任意整数。...“A” 上,这样就反映出在图片实际分布数据和因子是反向对应。...小知识:scale_fill_brewer scale_fill_brewer 是一个 ggplot2 和 RColorBrewer 关联一个扩展调色板,其他可用于 scale_fill_brewer...在画饼图过程设定填充因子方向总和图片坐标方向相反,不过因子顺序和数据 dat$Num 对应关系是正向对应或者反向对应,会影响相关区块中心位置值计算方式,从而影响 geom_text

1.2K10

SAS,Stata,HLM,R,SPSS和Mplus分层线性模型HLM分析学生受欢迎程度数据|附代码数据

此比较仅对完全嵌套数据有效(不适用于交叉或其他设计数据,可以使用混合模型进行分析)。尽管HLM软件网站声明可以用于交叉设计,但这尚未得到确认。...ICC是结果变量中方差比例,由分层模型分组结构解释。它是根据级别误差方差与总误差方差之比来计算: 其中,是2残差方差,是1残差方差。...但是,出于比较这四个程序目的,我们仍然希望调查一个具有一个学生级别固定因子案例。 SAS结果 现在,我们对Extrav固定效果进行了估算。...我们将 Extraversion变量放在“ ||”之前 表示它是一个固定因子(具有非随机斜率)。这些结果与其他程序结果相同。...具有相互作用一个2因子和两个随机1因子  这是我们在班级变量Texp与学生变量Sex和Extrav之间进行交互唯一模型。

1.7K20

SAS,Stata,HLM,R,SPSS和Mplus分层线性模型HLM分析学生受欢迎程度数据|附代码数据

此比较仅对完全嵌套数据有效(不适用于交叉或其他设计数据,可以使用混合模型进行分析)。尽管HLM软件网站声明可以用于交叉设计,但这尚未得到确认。...ICC是结果变量中方差比例,由分层模型分组结构解释。它是根据级别误差方差与总误差方差之比来计算: 其中,是2残差方差,是1残差方差。...但是,出于比较这四个程序目的,我们仍然希望调查一个具有一个学生级别固定因子案例。 SAS结果 现在,我们对Extrav固定效果进行了估算。...我们将 Extraversion变量放在“ ||”之前 表示它是一个固定因子(具有非随机斜率)。这些结果与其他程序结果相同。...具有相互作用一个2因子和两个随机1因子  这是我们在班级变量Texp与学生变量Sex和Extrav之间进行交互唯一模型。

1.4K10

SAS,Stata,HLM,R,SPSS和Mplus分层线性模型HLM分析学生受欢迎程度数据

下面介绍六个模型都是两分层模型变体,也称为多级模型,这是混合模型特殊情况。此比较仅对完全嵌套数据有效(不适用于交叉或其他设计数据,可以使用混合模型进行分析)。...ICC是结果变量中方差比例,由分层模型分组结构解释。它是根据级别误差方差与总误差方差之比来计算: 其中,是2残差方差,是1残差方差。...但是,出于比较这四个程序目的,我们仍然希望调查一个具有一个学生级别固定因子案例 SAS结果 现在,我们对Extrav固定效果进行了估算。...我们将 Extraversion变量放在“ ||”之前 表示它是一个固定因子(具有非随机斜率)。这些结果与其他程序结果相同。...具有相互作用一个2因子和两个随机1因子 这是我们在班级变量Texp与学生变量Sex和Extrav之间进行交互唯一模型。

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使用SAS,Stata,HLM,R,SPSS和Mplus分层线性模型HLM

下面介绍六个模型都是两分层模型变体,也称为多级模型,这是混合模型特殊情况。此比较仅对完全嵌套数据有效(不适用于交叉或其他设计数据,可以使用混合模型进行分析)。...ICC是结果变量中方差比例,由分层模型分组结构解释。它是根据级别误差方差与总误差方差之比来计算: 其中,是2残差方差,是1残差方差。...但是,出于比较这四个程序目的,我们仍然希望调查一个具有一个学生级别固定因子案例。 SAS结果 现在,我们对Extrav固定效果进行了估算。...我们将 Extraversion变量放在“ ||”之前 表示它是一个固定因子(具有非随机斜率)。这些结果与其他程序结果相同。  ...具有相互作用一个2因子和两个随机1因子  这是我们在班级变量Texp与学生变量Sex和Extrav之间进行交互唯一模型。

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手把手教你学会风险因子关联图绘制

04 绘制riskScore高低风险分组显示点图 本质上就是每一个样本点图,只不过对点图按照riskScore从小到大排序,绘制成类似于线图形状,因此首先我们需要对riskscore进行排序根据选定...05 绘制热图 (此处我们给其加上列聚类),绘制热图我们采用热图好搭档pheatmap来实现,关于热图其他骚操作可以关注我们之前推出R绘图教程,对常见医学绘图问题都进行了教学,详情点击:这可能是目前最实用医学...R语言绘图教程 ?...06 组合骚操作 接着我们需要将这三张图拼成一列,我们接着cowplot工具包plot_grid 函数来实现.由于pheatmap绘制出p1对象不是ggplot2格式对象,因此我们需要借助ggplotify...产生图形如下: ? Ok,看到上面简单神奇操作是不是可以满足大家对风险因子关联图需求呢?

3.3K10

达观数据搜索引擎排序实践(上篇)

图1:达观团队获得CIKM数据挖掘竞赛冠军 经典搜索排序架构 通常在线搜索引擎要求实时响应(毫秒)用户搜索请求,使得在线对每个文档进行基于模型Ranking复杂计算不太现实,因而搜索过程被分成两个阶段...其中: N表示是文档集中总文档数; R表示与query相关文档数; ri表示与query相关文档中含有的第i个term文档个数; ni表示含有的第i个term文档总数; 0.5...fi 表示term在D词频,K因子表示文档长度考虑,其计算公式为: ?...一个大型搜索引擎排序因子往往多达数十个乃至上百个(Google搜索排序因子超过200个),如果模型参数过多,调参会变得非常困难,也很容易导致过拟合现象。...但正如前文所述,搜索引擎需要快速响应用户搜索请求,无法在毫秒时间内对每一个召回结果进行精确机器学习排序,业界主流做法是首先进行第一轮Top-k选取再对Top-k结果进行第二轮精确重排序

1.6K90

一个可供参考搜索引擎排序架构实践案例

fi 表示 term 在 D 词频,K 因子表示文档长度考虑,其计算公式为: ?...; qfi 表示在查询词频,k2 也为调节因子,因为在短查询下这部分一般为 1,为了放大这部分差异,k2 一般取值为 0~1000。...但正如前文所述,搜索引擎需要快速响应用户搜索请求,无法在毫秒时间内对每一个召回结果进行精确机器学习排序,业界主流做法是首先进行第一轮 Top-k 选取再对 Top-k 结果进行第二轮精确重排序...在类似电商时效性强应用场景,业务上经常需要根据商品库存、价格等变化及时调整排序结果,由于排序模型高度复杂性,人工干预只能做局部小范围调整,更多还是要对模型进行实时自动化更新。...搜索排序效果评估 搜索引擎排序是一个复杂过程,特征选择、算法变化、模型更新都会导致排序结果变化。那如何衡量一个排序结果好坏呢?

2.4K30

Day4:R语言课程(向量和因子取子集)

查看R数据结构 从数据结构对数据进行子集化。...我们使用R函数将取决于我们引入数据文件类型(例如文本,Stata,SPSS,SAS,Excel等)以及该文件数据如何分开或分隔。下表列出了可用于从常见文件格式导入数据函数。...索引表示一个向量元素数目(桶隔室编号)。R索引从1开始。编程语言如Fortran,MATLAB和R从1开始计数,符合人类思维模式。...---- 因子relevel 我们已经简要地讨论了一些因子,但只有在实战之后,这种数据类型才会变得更加直观。稍微绕道而行,了解如何在一个因素重新定义类别。...如前所述,expression因子级别按字母顺序分配整数,高= 1,低= 2,中等= 3。

5.6K21

关于南丁格尔图“绘后感”

关于数据整理,原则是根据呈现目标整理&根据R语言函数对数据要求整理。即既要满足想要呈现内容又要满足代码对输入数据要求。因此,要用计算机语言思考方式,根据自己目标整理数据。...Classification标签文字旋转相对简单一些,因为只有3种,我们可以根据Species标签画好后具体位置进行手动设置。...因此,我先将Species列按照字母排序后,再进行去重。...但在ggplot2各图层函数angle参数(设置旋转度数)值是以直角坐标系为参照,以角度为单位。...必须与变量值对应,因子水平没有的变量会被设置成缺失值(NA) 关于x轴顺序。由于本次数据x轴本身也是分类变量,理论上也要先因子化,才能进行映射画图。

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Rggplot2数据可视化

分组指的是在一个图形显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排图形上显示观察组。需要注意,ggplot2包在定义组或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面,并进行绘图。...用几何函数指定图类型 ggplot()函数指定要绘制数据源和变量,几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示。目前,有37个几何函数可供使用。以下列出常用函数。...分组 在R,组通常用分类变量水平(因子)来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型视觉特征分组变量来完成。...指定刻度标记、labels=指定刻度标记标签、limits=控制要展示范围 scale_x_discrete()和scale_y_discrete() breaks=对因子水平进行放置和排序,labels...Faculty Salary by Rank and Sex.png 图例 图例是指如何用颜色、形状、尺寸等视觉特征表示数据特征指南。标题和位置是最常用定制特征。

7.3K10

day4 呦呦鹿鸣——R for data science阅读笔记之ggplot()

使用 ggplot2 可视化单个变量分布&两个或多个变量之间关系。...、质量或属性行:观测值(data point observation )——在相似条件下进行一组测量值,包含不同变量多个值表格数据:一组与相应变量和观测值相关联值变量:所有企鹅属性观察值:单个企鹅所有属性...(penguins)View(penguins)开始可视化使用ggplot()第一个参数:在图形中使用数据集第二个参数:mapping:如何将数据集中变量映射到绘图视觉属性,在aes()定义使用...在简洁代码表达式中会省略,Visualizing distributions分类变量#绘制条形图检测某一分类变量分布ggplot(penguins, aes(x = species)) + geom_bar()#根据条形频率依据处理因子函数对条形重新排序...fct_infreq() :按每个级别的观测值数(最大在前)fct_inseq():按级别的数值。数值变量数值变量可以是连续,也可以是离散

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The Innovation | clusterProfiler:聚焦海量组学数据核心生物学意义

图1 GO富集分析 富集分析,GO术语以有向无环图形式组织,具有冗余性,一个节点显著富集,其父节点可能只因包含这个子节点而被富集,但其他子节点并无贡献,这会影响对关键节点分辨。...这类ChIPseeker和clusterProfiler联用策略,可以拓展到任意基因区域集合,探索它们在各类调控因子靶基因富集情况,从而发现其关键调控因子以及调控因子相互作用。...通过指定formula, 如Gene~time+treatment, 把基因按照时间点和不同处理进行分组,分别对8组数据进行富集分析,最后以x轴为时间点,分面为不同处理组,实现8组数据功能谱清晰呈现和对比...dplyr动词进行数据操作和ggplot2进行数据可视化(图5)。...富集结果进行排序、分组和切割,最终分别获得上、下调通路NES(归一化富集分数)最大五条通路,并使用柱状图进行呈现。

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生信技能树 R习题 1-10

嗯,看来我是没度过这个分水岭,多少年了这几个函数还是不会用)推荐R视频和书以及其他网络资源《A Handbook of Statistical Analyses_Using_R》 《Modern Applied...2.glm函数建模 3.predict预测#首先有原始数据mydata#mydata作为因子变量要使用factor函数转化为因子mylogit <- glm(admit ~ gre + gpa...,集合运算,reshape,以及merge总结(这一篇看起来像没有加载好)比较有用是两个按列对数据框进行排序代码dat[order(dat[,1]),]#得到按照dat第一列进行排序数据框dat...[order(dat[,1],dat[,2]),] #得到先按照dat第一列,再按照dat第二轮进行排序数据框求集合交、并、补A<-1:10B<-seq(5,15,2)C<-1:5#求A和B并集...也是一篇资源汇总文字,资源真的太多了6.厦门大学不再提供R语言镜像这一篇现在应该没有太多意义了7.用R语言写爬虫收集整理所有开放期刊影响因子及审稿时长一篇分析R可以如何分析杂志发文量小内容8.KEGG

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动态地理信息可视化——leaflet在线地图简介

该包代码对R语言文档输出系统有着良好支持,可以很方便嵌入knitr/rmarkdown文档,也能无缝嵌入shiny系统webapp,兼容性可称之为逆天。...: #该句加载地图数据,也可以说是对地图初始化操作,相当于ggplot2作图系统ggplot()函数,会建立一个没有内容空白图层面板。...m<-leaflet(data=province_city) #该句设定所要展示图层中心位置,参数为带有数据地图图层、经纬度信息以及呈现缩放级别(3~9不等)。...以上四局代码会制作出一个以province_city为数据源、以(116.38,39.9)为视觉中心,缩放级别为3,点标识对象为city中国行政地图出来。...(其实相当于对数值型变量进行划组,生成有序因子组,然后以分段因子变量形式进行颜色映射,但是这个过程在leaflet函数是自动化完成,无需我们手工生成新变量,这一点儿是leaflet函数相对于ggplot

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KDD22「Salesforce」基于向量化无偏排序学习

特征、偏差因子和点击之间相互作用在实践很复杂,通常不能以这种独立方式分解。 本文提出了一种基于向量EH方法,并将点击概率表示为两个向量函数点积。...基础 在本文中,使用粗体字母表示向量(如, \mathbf{r} ),使用细字母表示标量(如,r)。通常,LTR 核心是学习一个排序模型f。对于查询,可以按分数降序对文档进行排序。...\in \mathcal{T} 表示导致点击有偏差偏差因素,例如文档位置、上下文信息、文档周围其他点击或演示风格。...c(\mathbf{x,t})=\mathbf{r(x)}^{\top}\mathbf{o(t)} 3.2 使用相关embedding进行排序 但是,无法直接根据相关性embedding直接进行排序(...简单地对向量元素进行平均并根据平均值对所有向量进行排序是不合适

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