我有一个大约3 GB的Genbank文件,其中包含大约20,000个细菌基因组序列的完整Genbank注释。我的目标是使用BioPython解析这些序列,并为非重复序列编写单独的fasta文件,如下所示: from Bio import SeqIO
records = SeqIO.parse(r'C:\Users\aaa\aaa\file.gb', 'genbank')
for record in records:
if seq_name not in organism_dict:
with open(output_folder + s
我正在使用BioPython遍历GenBank文件中的开放阅读框。更具体地说,我考虑了在GenBank中标注为“CDS”的特性。所以我的代码是这样的:
from Bio import SeqIO
gbk_dat = SeqIO.read(genbank_filepath, 'genbank')
for feature in gbk_dat.features:
if feature.type == 'CDS':
# Identify coding frame
我想知道是否有可能确定一个基因相对于整个基因组在哪个编码框架中?即。如果一个基
大家好,
我开始用Biopython编程,我想知道如何从具有所有特征坐标的基因组GenBank文件(*.gb)中提取基因序列和蛋白质标识符。
我的想法是创建一个包含蛋白质标识符、基因坐标和基因序列的文本文件。
如果你有任何想法,我将不胜感激。
到目前为止,我已经尝试过了:
for seq_record in seq_record.features:
if seq_record.type == 'CDS':
x=seq_record.qualifiers['protein_id']
i=seq_record.location.
我已经使用genbank Entrez模块下载了一个与类似的BioPython文件列表。在随后解析这些文件时,我遇到了一个错误,因为我从Entrez下载的genbank文件是给予基因组不完整的有机体的临时RefSeq的一部分()。当我尝试读取这个文件时,我得到一个记录错误,并且我的脚本停止。我正在尝试编写一个函数来避免这些记录。最简单的方法是按大小过滤记录,但我想知道如何更“生物地”地做这件事--测试一个文件是否包含记录,如果不包含,则排除它。当前的ValueError消息被引发,但将停止脚本。
#the error message is something like this
fro
我对Java非常陌生,我想要构建一个可以将GenBank文本文件转换成FASTA格式的程序。基本上有两个文本框:一个是我上传GenBank格式文件的地方,另一个是显示转换后的FASTA格式文件的文本框。
这是一个GenBank格式文件:
LOCUS AB000263 368 bp mRNA linear PRI 05-FEB-1999
DEFINITION Homo sapiens mRNA for prepro cortistatin like peptide, complete
cds.
ACCESSIO
为了解析序列,我尝试将一堆.gbff基因库文件转换为.gbk。我有以下代码来工作和转换单个文件,
import Bio
from Bio import SeqIO
count = SeqIO.convert("filename.gbff", "genbank", "filename.gbk", "genbank")
但是,我不能让任何代码与"*.gbff“工作。例如。
from Bio import SeqIO
count = SeqIO.convert("*.gbff", "genbank"
我的脚本的主要目标是将genbank文件转换为gtf文件。我的问题是从codon_start所有 CDS条目中提取CDS信息(基因、位置(例如CDS 2598105..2598404)、protein_id、db_xref)。我的脚本应该打开/解析一个genbank文件,从每个CDS条目中提取信息,并将信息写入另一个文件。脚本不会产生错误,但在终止之前只会从genbank文件的前1/2写入信息。这是我的密码。
import Bio
from Bio import GenBank
from Bio import SeqIO
fileList = ['data_files/e_coli_
我感兴趣的是确定基因组特定位置的特征(即基因/cds)。例如,什么基因(如果有的话)包含2,000,000个位置。我知道如何使用for循环和循环遍历基因组中的每个特征(代码包含在下面),但这是我想要在随机化研究中做数亿次的事情,这将花费比我希望的更长的时间。
下面包含的代码提供了我正在尝试做的更具体的示例:
from Bio import SeqIO
import random
GenomeSeq = SeqIO.read(open("reference_sequence.gbk", "r"), "genbank")
interesting_p
我可以手动下载一个FASTA文件,如下所示:
>lcl|CR543861.1_gene_1...
ATGCTTTGGACA...
>lcl|CR543861.1_gene_2...
GTGCGACTAAAA...
通过点击“发送到”并选择“基因特征”,FASTA核苷酸是上唯一的选项(这很好,因为这就是我想要的)。
用这样的脚本:
#!/usr/bin/env perl
use strict;
use warnings;
use Bio::DB::EUtilities;
my $factory = Bio::DB::EUtilities->new(-eutil =>
我有一个文件,其内容如下:
NC_014378.1 Protein Homology CDS 192004 192117 . + 0 ID=cds185;Parent=gene211;Dbxref=Genbank:WP_013277182.1;Name=WP_013277182.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_005487032.1;product=50S ribosomal protein L36;protein_id=WP_013277182.1;transl_ta
我正在研究2600+基因组,希望研究不同群体的基因组、基因和基因间的特征。如果分类组只有很少的代表,就没有问题。在分类组具有多个基因组的情况下,我应该在什么基础上删除相似的基因组,以便从每个分类组中只获得几个代表。我是否应该使用lenght或GC%或其他特征来删除基因组-例如,如果两个基因组的GC%变异小于1%,我将删除它。类似这样的事情。请建议接受的方式,并友好地解释原因以及。
Example:
I have around 60 genomes of Mycobacterium sps
More than 20 are of M. tuberculosis alone which have
我是Python的新用户,我尝试导入genbank和fasta格式的文件。在他们的文档中,他们提供了一个示例,说明如何将数据集导入到Python中。具体地说,他们在Biopython教程和Cookbook的第16页中提供了以下示例:
from Bio import SeqIO
for seq_record in SeqIO.parse("ls_orchid.gbk", "genbank"):
print seq_record.id
print repr(seq_record.seq)
print len(seq_re
我不知道我是否能很好地面对这个问题。我有一个带有标识的文件,然后有10个文件,其中一些标识带有数据库名称(每个Id相同,但文件之间不同)。我尝试做的是将这10个文件的所有I与只有标识的文件进行匹配,除非之前已经匹配了标识。
这10个文件如下所示:
File 1:
Id Data Data Data Database_name
Id1 ... ... ... GenBank
...
Id20 ... ... ... GenBank
File 2:
Id Data Data Data Database_name
Id2 ... ... ...
我刚接触Biopython,在解析genbank文件时遇到了性能问题。
我必须解析很多gb文件,从中我有登录号。在解析之后,我只想检查文件的分类法和器官。现在,我有这样的代码:
from Bio import SeqIO
from Bio import Entrez
gb_acc1 = Entrez.efetch(db='nucleotide', id=access1, rettype='gb', retmode='text') #Where access1 contents the accession number
rec = SeqIO.
我正在处理一些genbank文件,并有以下代码:
for seq_record in SeqIO.parse("datafile_location, "genbank"):
虽然它可以通过seq文件中的大多数seqs运行(其中包含多个seqs),但我得到以下错误。对如何解决这个问题有什么想法吗?
也许会删除冒犯的seq?它可以记录92126 of 93145,然后抛出错误。
我试过重新下载seq文件,但这并不能解决问题。
文件"C:\python38\lib\site-packages\Bio\GenBank\Scanner.py",第516行,在pa
尝试使用Seq和SeqIO对象在BioPython中读取包含基因组序列的文件。无法使用“打开”命令。程序应该接受一个命令行参数,其中包含包含输入基因组的FASTA文件的名称。
它生成了文件,但文件中没有任何内容。不知道我错过了什么?
这就是我所拥有的:
from Bio.Seq import Seq
from Bio import SeqIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Alphabet import I
我有一个名为genbank.pm的Perl模块文件,它有一个子例程new;这个Perl模块没有使用Exporter,也没有定义@EXPORT或@EXPORT_OK。在同一个目录中,我有一个名为test.pl的Perl文件,test.pl的代码是:
require 'genbank.pm';
use strict;
our $result = genbank::new();
当我用Komodo运行它时,它报告:
Undefined subroutine &genbank::new called at /home/mrs/scripts/test.pl line 3;
在我
这里我写了一个代码,用"id“来提取基因的"locus_tag”。如何将输出结果以制表符分隔的格式保存到文件中?代码采用并修改了
from Bio import SeqIO
foo = open("geneid.txt")
lines = foo.read().splitlines()
genbank_file = open("example.gbk")
for record in SeqIO.parse(genbank_file, "genbank"):
for f in record.features:
你好,
我试图编写一个程序,它读取一个包含多个DNA序列的FASTA格式文件,识别一个序列中所有重复的4-mers (即所有多次发生的4-mers ),并打印出重复的4-mer和在其中找到它的序列的头。k-mer只是一个k核苷酸序列(例如“aaca”、“gacg”和“tttt”是4-mers).
这是我的密码:
use strict;
use warnings;
my $count = -1;
my $file = "sequences.fa";
my $seq = '';
my @header = ();
my @sequences = ();
my $li
我有一个包含3个染色体字符串的文件,我想把它连接到一个基因组中。然后,我必须跨多个线程访问这个连接字符串(我使用pthread_t)。为此,我必须在提取数据时使用pthread_mutex_lock,然后使用strcat连接使用const *函数fai_fetch提取的数据,然后将数据保存为char* (参见下文)。
// genome_size the size of all the chromosomes together
// chr_total the number of chromosomes I wish to concatenate
char* genome = (char*)