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不同转录组流程结果到底该如何比较

首先看 salmon这样无需比对流程结果和 hisat2+featureCounts差异 ? 可以看到,同一处理组样本在不同流程下面得到表达量直接相关性,是高于不同组,符合逻辑!...但是单独查看同一个样本不同流程表达量,如下所示: ? 可以看到,还是有不少基因在不同流程表现差异非常显眼!那同样,我们需要检查这些基因,简单看看5个差异最大基因吧。 ?...salmon这个样本结果如下: Name Length EffectiveLength TPM NumReads ENST00000445593.6 3173 2867.291...;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+ 3197 5453 5150 5346 4250 4775 5271 现在问题是如何判断这个基因是否有表达量...reads,这就是我们所说表达量。

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如何比较两次单细胞分群结果

肺癌单细胞数据集也有好几十个了,拿到表达量矩阵后第一层次降维聚类分群通常是: immune (CD45+,PTPRC), epithelial/cancer (EpCAM+,EPCAM), stromal...(CD10+,MME,fibo or CD31+,PECAM1,endo) 参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则,这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境复杂。...所以是很容易降维聚类分群啦, 今天结果如下所示: 今天结果 然后小伙伴打开了他昨天拿到代码和结果,详见:换一个分析策略会导致文章全部论点都得推倒重来吗 看起来似乎是完全不一样,但是实际上不应该是使用肉眼来判断...一个很简单方式是代码判断: load('phe.Rdata') phe2 = phe load('phe1/phe.Rdata') phe1 = phe ids = intersect(rownames...balloonplot(table( phe1[ids,'celltype'] , phe2[ids,'celltype'] )) 如下所示,可以看到两次结果其实是几乎是一模一样

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如何比较两次单细胞分群结果

直播展示单细胞降维聚类分群时候有小伙伴说我们昨天和今天大家结果居然不一样!...肺癌单细胞数据集也有好几十个了,拿到表达量矩阵后第一层次降维聚类分群通常是: immune (CD45+,PTPRC), epithelial/cancer (EpCAM+,EPCAM), stromal...(CD10+,MME,fibo or CD31+,PECAM1,endo) 参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则,这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境复杂。...所以是很容易降维聚类分群啦, 今天结果如下所示: 今天结果 然后小伙伴打开了他昨天拿到代码和结果,详见:换一个分析策略会导致文章全部论点都得推倒重来吗 看起来似乎是完全不一样,但是实际上不应该是使用肉眼来判断...balloonplot(table( phe1[ids,'celltype'] , phe2[ids,'celltype'] )) 如下所示,可以看到两次结果其实是几乎是一模一样

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Python 接口测试之结果比较封装

引言   接口测试执行完后,我们需要进行断言,断言主要目的是用代码来判断实际结果和预期结果是否一致,这跟手工测试中用肉眼去判断是一样思路。...既然这样,我们可以将已知预期结果和未知实际结果简单封装成一个类,然后写一个比较函数来判断,最后得到结果。   知识点预热   在讲代码之前,先了解一下python运算符is和==。...2、"=="是比较运算符,判断两个对象值是否相同,也就是value。...封装   上面已经介绍了如何比较两个对象是否相同,那么我们在比较两个结果,实际结果和预期结果是否相同也可以用这种方法,但是一定要记住是比较value还是内存地址。...现在我简单对判断测试结果进行封装,不过这里我用是包含,当然你可以用"=="。

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Python接口测试结果集实现封装比较

引言   接口测试执行完后,我们需要进行断言,断言主要目的是用代码来判断实际结果和预期结果是否一致,这跟手工测试中用肉眼去判断是一样思路。...既然这样,我们可以将已知预期结果和未知实际结果简单封装成一个类,然后写一个比较函数来判断,最后得到结果。 知识点预热   在讲代码之前,先了解一下python运算符is和==。...2、”==”是比较运算符,判断两个对象值是否相同,也就是value。 示例: # 数值型 ? # 字符串 ? # 元组 ? # 列表 ? # 字典 ? # 集合 ?...封装   上面已经介绍了如何比较两个对象是否相同,那么我们在比较两个结果,实际结果和预期结果是否相同也可以用这种方法,但是一定要记住是比较value还是内存地址。...现在我简单对判断测试结果进行封装,不过这里我用是包含,当然你可以用”==”。

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ug与solidworks比较_如何比较

要我说,UG和catia都是面向大型复杂设计,比如汽车,飞机,船舶,面Pro和solidworks是小型简单设计,比如非标设备,普通机械。你要学什么,关键看你想做什么类型工作。...,各种模具,ug还有牛逼后续辅助加工,ug综合性非常强。各种模具行业,机械加工行业都需要用ug。 (2)UG偏向于曲面、模具、数控制造,功能丰富。...它加工部分也很强大,也就是CAM功能强大。 (4)在加工和模具设计方面UG依旧是老大,机械设计这个很多都在做,模具设计UG是做最好。 SW: (1)装配体零部件后期管理是sw强项。...每一种软件适用范围不同。 UG偏向于曲面、模具、数控制造,功能丰富,但很难学。 solidworks偏向于机械设计、钣金,目前国内钣金设计使用solidworks特别多。...我是做数控机床机械设计,从传动系统、铸造、焊接,一直到机床外壳设计、渲染,全部用solidworks。

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各种软件包构建G矩阵结果比较

算完PCA发现GCTA算PCA结果居然和Plink不一样,然后就很好想知道为啥不一样,然后就开始研究各种软件/包构建G矩阵基于算法和结果异同。...PCA和Plink结果不一致,用Yang方法得到PCA结果和Plink一致。...方法,和Plink、GCTA GRM 0结果一致 所以2种方法结果差异还蛮大,那这2种方法相关系数高么?...有一个设想来验证,通过PCA结果,用一个聚类信息明确群体当做真值,分别使用2种方法构建矩阵做PCA,看看哪个方法得到PCA更接近群体真实聚类情况,不过不知道能不能行得通,猜测很有可能对于聚类明确群体...,使用哪个方法都能得到正确聚类结果,而对于聚类不明确或遗传背景不均一群体,两种方法得到结果会差异较大。

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如何结果集中获得随机结果

Oracle访问数据基本方法有: 1.全表扫描 2.采样表扫描 全表扫描(Full table Scan) 全表扫描返回表中所有的记录。...执行全表扫描,Oracle读表中所有记录,考查每一行是否满足WHERE条件。Oracle顺序读分配给该表每一个数据块,这样全表扫描能够受益于多块读. 每个数据块Oracle只读一次....SAMPLE选项: 当按行采样来执行一个采样表扫描时,Oracle从表中读取特定百分比记录,并判断是否满足WHERE子句以返回结果。...SAMPLE BLOCK选项: 使用此选项时,Oracle读取特定百分比BLOCK,考查结果集是否满足WHERE条件以返回满足条件纪录....Sample_Percent: Sample_Percent是一个数字,定义结果集中包含记录占总记录数量百分比。 Sample值应该在[0.000001,99.999999]之间。

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比较两幅图像相似度各种相似度量结果对比

对于人眼来说,很容易看出两个给定图像质量有多相似。例如下图将各种空间噪声添加到图片中,我们很容易将它们与原始图像进行比较,并指出其中扰动和不规则性。...在本文中,我们将看到如何使用一行代码实现以下相似性度量,并对比各相似度评分: Mean Squared Error (MSE) Root Mean Squared Error (RMSE) Peak...“Original”一栏显示是原始图像与自身比较分数,以便看到理想分数。 每一种噪声方法值都与上面图像网格直观获得值相对应。...在相似度评分中,我们可以看到,与其他噪声方法相比,Salt and Pepper和Poisson值更接近于理想值。类似的观察结果也可以从其他噪声方法和指标中得到。...从结果看来,ERGAS、MSE、SAM和VIFP能够足够敏感地捕捉到添加噪声并返回放大分数。 但这种简单量化有什么用呢? 最常见应用是重新生成或重建图像与其原始、干净版本进行比较

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UI一直做下去比较理想结果是什么?

讲一下美国IT业内设计师职业前景吧。个人感觉根据现在UX行业走势,未来几年国内情况会越来越接近美国状况,所以希望也能给国内同行做个参考。入行没几年,如果有资深同行欢迎指正。...现在公司更多希望招进来这样设计师,而业内这样设计师也越来越多,很多应届毕业生都有这个能力。在这样环境下,只是听产品经理的话做界面效果图纯UI设计师已经完全是过时概念了。...就和 @Yao Sun答案里说一样,作为一个设计师你职责并不是听从PM和工程师指挥,而是要以一个平等合作者身份对整个产品从头到尾体验负责。...之前也说了,UX设计在产品开发中分量和责任是很大,所以做到很牛设计师,哪怕没有下属,那也绝不是个"听人指挥角色"。...我们公司比较有名UX高管有Matias Duarte, Cordell Ratzlaff等。

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比较两种不同算法表达量矩阵差异分析结果

,各自独立分析都有差异结果,这个时候我们就可以比较两种不同算法表达量矩阵差异分析结果。...第一次差异分析结果(基于zscore表达量矩阵) 虽然GSE30122这个数据集作者给出来表达量矩阵是被zscore,但是也是可以走limma这样差异分析流程,就有上下调基因,可以绘制火山图和热图...第二次差异分析(基于cel文件) 同样也是可以走limma这样差异分析流程,就有上下调基因,可以绘制火山图和热图,如下所示: 基于cel文件 两次差异分析比较 这个时候需要载入上面的两个表达量矩阵各自差异分析矩阵...; 这个时候,可以重点看看两种不同算法表达量矩阵差异分析结果冲突那些基因,以及一致性那些基因功能情况。...,都是有生物学功能 原则上,我们肯定是相信我们从cel文件开始自己制作好affymetrix表达量芯片矩阵差异分析结果啦。

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如何生成比较像样假数据

问题 在做项目的时候经常会遇到这样问题: 根据数据模型建立了数据库,但是数据库中却没有数据,在给客户做Demo时候必须要一条一条添加假数据,而且这些假数据还得像模像样,不能乱输入,尽是看不出任何意义...要生成比较像样假数据主要是基于已有的系统,在真实数据基础上进行随机混淆和交叉,从而产生大量看起来比较真实但是实际上却全是假数据。...数字类型数据混淆最简单,使用随机函数RAND()即可,如果是整数则可以再乘以一个系数后取整,也可以用原来数据加上生成随机数,从而使得数据范围保持在原真实数据相同分布。...比如有Revenue字段,是从客户处收入,大客户和小客户参数收入数不能完全随机,可以在原有Revenue基础上随机增加10000以内数即可:Revenue+RAND()*10000 日期类型数据混淆可以在原日期或者当前日期基础上加减一个随机天数形成...优化 这里需要注意是第2步,使用了CROSS JOIN操作,也就是求两个表笛卡尔积,如果一个表中有10W条数据,那么将会产生100亿行结果,然后再进行排序,那将是近乎不可能完成任务,所以必须减少进行笛卡尔积数据量

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如何比较?Comparable还是Comparator

首先我想到了一个办法,就是直接实现Comparable接口,再实现接口定义方法,在方法中完成货物比较逻辑,虽然这样并不符合“开闭原则”,但我还是这么干了,于是这个类就变成了现在这个样子 public...System.currentTimeMillis()+1000)); Goods[] goodss = {g2,g1}; Arrays.sort(goodss); } } 比较逻辑中比较是货物编号...,g1比g2大,则返回1,小则返回-1,否则返回0;完成了这个比较逻辑,就可以进行排序了,简单调用Arrays.sort()就可以完美完成货物排序。...于是我赶忙把compareTo中比较对象换成了进货日期,完成任务后进入了“每日三省吾码”环节,这么写对嘛?还能怎样写?哪样写好呢?...结语 实现comparable接口或定义一个比较器都可实现自定义对象比较,不同是,comparable需要修改原本类信息来加入比较逻辑;而比较方式将类本身定义和类比较定义进行了分离,耦合性降低了

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面试官:两个nil比较结果是什么?

前几天在一个交流群里看到了一道非常有意思面试题,今天把它分享出来,我们先来看一下这个道题: fmt.Println(nil== nil) 两个nil比较结果是什么?...nil比较 nil比较我们可以分为以下两种情况: nil标识符比较 nil比较 我们先来看一下nil标识符比较,也就是我们开头那一道面试题,先看一下运行结果呢: # command-line-arguments...接着我们来看一看nil比较,因为nil是没有类型,是在编译期根据上下文确定,所以要比较nil值也就是比较不同类型nil,这又分为同一个类型nil值比较和不同类型nil值比较,分这两种情况我们分别来验证一下...// slice类型nil比较 fmt.Println(([]int)(nil) == ([]int)(nil)) // slice 只能与nil进行比较 } 运行结果: # command-line-arguments.../nil.go:27:18: too many errors 从运行结果我们可以得出,只有指针类型和channel类型与接口类型可以比较,其他类型之间是不可以相互比较

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如何快速地计算乘以11结果

陪孩子学数学,碰到了计算乘11技巧,恕我孤陋寡闻了,学习了解下。 "计算乘11"就是指某个数和11相乘,快速计算结果,公式就是"两头一拉,逐位相加"。 举些例子,可能更容易理解。...第二步:将被乘数十位和个位上数字相加,即:1+3=4。 第三步:将"4"填入到第一步括号内,得出结果是143。...(2) 25×11= 同(1)中方法,首先拆分被乘数2( )5,然后将被乘数中十位和个位上数字相加,即:2+5=7,得出结果等于275。...第二步:将被乘数百位和十位上数字相加,即:1+1=2,十位和个位上数字相加,即:1+2=3。 第三步:将2、3,按前后顺序序填入括号内,得出结果为1232。...(4)1234×11= 被乘数是四位数时, 第一步:将千位和个位上数字1、4分写两边,即:1( )( )( )4。

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如何有效沟通你机器学习结果

就此,他们发现了一直以来决策上失误——对于年轻病患,他们往往比较放心,因此缺乏足够留院观察和治疗;反倒是对老年人,照顾得更加精细。...造成结果,是本以为没事儿年轻人,再次重症发病入院;老年人却不少都治愈后健康回家了。 这种结果传递沟通,有效地改进了医生决策和行为方式。...通过文献阅读,我发现了其他机器学习研究人员为了解释结果所做努力。 在深度学习领域,现在做得比较,是卷积神经网络。 在《文科生如何理解卷积神经网络?》...一文中,我给你解释过卷积神经网络概念和使用方法。 ? 但是,我们当时,还只是给你讲解如何用它进行分类等,没有涉及解释方案。 你看这样一幅图,机器模型可以很容易分辨它为“非洲象”。 ?...只要能够真正影响对方决策,帮助他们更好地达成自己目标,你机器学习分析,便有了更佳效果。 如果你对数据科学感兴趣,不妨阅读我系列教程索引贴《如何高效入门数据科学?》

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