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【R语言】获取基因组上某个区域内的SNP信息

有时候我们手上会有一些基因组的区域,当你想去看看这些区域里面是否包含一些比较重要的SNP(例如与疾病相关的SNP)的时候,大家一般会怎么做呢?...或者自己写个简单的脚本去看看每个SNP是否存在于给定的基因组区域内。...今天小编给大家介绍一个比较方便快捷的方法,这种方法不需要下载完整的SNP文件。当你的区域不多的时候,会比较方便快捷。...我们用到的工具叫biomart,前面小编也给大家介绍过这个工具 ☞biomart基因ID转换,获取转录本类型 接下来我们看怎么利用biomart来获取基因组上某个区域内的SNP信息 #安装biomaRt...信息 #filters设置根据什么信息过滤SNP #value是基因组的位置信息,chr8:148350-148612 #mart指定用什么数据库和数据集,就是刚刚定义的 snps <- getBM(attributes

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    现学现卖 | 如何查找某个物种的基因组大小

    今天,一位老师问我一个问题: ❝猪的基因组大小是多少? ❞ 我知道大约是2.5Gb,但是怎么查找呢? 这里介绍一个通用的方法,对于某个物种,如何查看它的基因组大小呢。 1....查看pig的界面 「猪的基因组大小为:2458.64Mb」 5. 试试猫的基因组大小 基因组大小:2493.14Mb 6. 试试狗的基因组 基因组大小:2344.09Mb 7....试试玉米水稻的 「玉米基因组大小:2192.4Mb」 「水稻基因组大小:386.486Mb」 8....猪存在于具有不同表型和核型的野生和驯化群体中。驯化猪的单倍体基因组估计为2800 Mb。二倍体基因组由18对常染色体和两条性染色体组成。由于其与人类的相似性,它是健康研究的重要模式生物。...猪在农业上也很重要,因为猪肉是全世界蛋白质的主要来源 ❞ 8.2 基因组大小,GC含量等 8.3 每个染色体的大小和长度 8.4 染色体图 好了,教程写完了。 现学现卖系列。

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    如何使用VBA统计字符串中某个特定字符

    标签:VBA,Split函数 如果要统计某单元格中指定的某特定字符的数量,可以使用LEN/SUBSTITUTE函数组合的经典公式(假设字符串位于单元格B2): =LEN(B2)-LEN(SUBSTITUTE...图1 如果要统计单元格区域(示例中为单元格区域B2:B5)中包含指定的某特定字符的数量,可以使用下面的公式: =SUMPRODUCT(LEN(B2:B5)-LEN(SUBSTITUTE(LOWER(B2...图2 如果将上述两种情况使用VBA来实现,应该如何编写代码呢? 也很简单。...如果要统计单元格B2中字符“f”的数量,使用代码: UBound(Split(LCase(Range("B2")),"f")) 代码使用Split函数以字母“f”为分隔符对字符串拆分,拆分后获得的数组上限值与字符数相等...如果要统计单元格区域B2:B5中字符“f”的数量,使用代码: UBound(Split(LCase(Join(WorksheetFunction.Transpose(Range("B2:B5")))),

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    我在组内的Nacos分享

    服务注册发现模型 [img.png] namespace:环境隔离、租户隔离;不同namespace服务无法相互发现 group:业务隔离;解决不同业务下serviceName相同的问题;可获取默认或指定...group实例 cluster:集群隔离;可定制化路由偏好;可获取全部或指定集群实例 临时实例 临时实例:靠client的心跳或连接保活,当不存活时,直接下线实例;适用于主动注册的服务,特别适合K8S下...ip漂移的场景 永久实例:注册后不用保活,靠服务端健康检查来判断实例是否健康,不健康实例也不用下线;适用于ip不常变化的场景 在Nacos中他们的主要区别如下: emphemral true...consumer:$[service_name]:${version}:${group}为服务名 路由模式 客户端路由模式 客户端(SDK)根据service,指定部分或全部group、cluster获取相应的实例...支持Nacos数据同步至MCP Server [img9.png] 优缺点分析 优点: AP模式,扩展性、多数据中心支持友好 服务发现模型设计支持逻辑上namespace、group、cluster等的隔离

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    SQL答疑:如何使用关联子查询解决组内筛选的问题

    ---- CDA数据分析师 出品 导读:本文主要介绍SQL环境下的关联子查询,如何理解关联子查询,以及如何使用关联子查询解决组内筛选的问题。...内部查询利用关联子查询涉及外部查询提供的信息,外部查询也会根据内部查询返回的记录进行决策。内部查询的执行依赖于外部查询,不能单独执行。 应用场景 在细分的组内进行比较时,需要使用关联子查询。...比如查询三门课程分数相同的学生,需要将各科考试成绩的记录按照学生进行分组,同一个学生的三科成绩分为一组,对组内的三科成绩进行比较是否相同,来筛选满足条件的学生。...再比如查询价格低于该品类平均价格的商品,需要将各品类的商品信息按照品类进行分组,同一个品类的商品记录分为一个组,对组内的多个商品计算平均价格,来筛选满足条件的商品。...因此,第一步:分组统计各职位的平均工资 第二步:比较每个员工的工资与其对应职位的平均工资 因为子查询返回结果是5行,因此这段代码根本无法执行。

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    Python统计共同参演电影最多的演员组合

    问题描述和样本数据请参考昨天的文章Python读取Excel文件统计演员参演电影 下面的代码是昨天代码的继续,在获取了每个演员参演的电影之后,继续使用最后排好序的那个列表actors,然后获取共同参演电影最多的一对演员组合...遍历演员和参演电影 for index, actor1 in enumerate(actors[:-1]): for _, actor2 in enumerate(actors[index+1:]): # 演员组合...1] # 列表中每个元素是一个元组 # 其中包含演员组合和共同参演的电影集合 result.append((actorPair, films)) return...result # 根据每个演员参演的电影 # 获取演员组合共同参演的电影 actorPairs = getActorPair(actors) for item in actorPairs: print...(item) # 获取共同参演电影最多的演员组合 closestPair = max(actorPairs, key=lambda item:len(item[1])) print(closestPair

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    组内观测次数不相等的方差分析如何进行多重比较

    前一段时间,一位统计学老师给我写了一封信,问了关于“组内观测次数不相等的多方差分析的多重比较”相关的问题: N0的计算方法如截图所示: 下面这个公式和上面公式是等价的 这个问题很有意思,正常来说,平均数的计算直接用...一、开始查阅资料 搜到了西安交大数学和统计学院的PPT:(https://gr.xjtu.edu.cn/c/document_library/get_file?...另外,翻看教科书,《农业试验设计与统计分析》 王福亭,1991,p12,也给出了同样的公式: 翻了一些英文的教材,关于组内观测值不相等的方差分析,也没有找到相关描述。 二、为何要计算N0?...换一种思路,可以手动计算每两组的sed,这样就能得到每两组的值了,即用原始的观测值个数去计算,这样标准误就是下面的公式,可以看出,当n1=n2时,标准误SE = sqrt(se^2/n)。...四、推荐结果 虽然,最后也没有找到平均数N0的计算来源,但是可以通过手动计算两两之间的se,进而计算sed和lsd,进行多重比较是没有问题的。 如果组数比较多,用软件计算就可以了。

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    Excel 表中某个范围内的单元格

    题目 Excel 表中的一个单元格 (r, c) 会以字符串 "" 的形式进行表示,其中: 即单元格的列号 c 。用英文字母表中的 字母 标识。... 即单元格的行号 r 。第 r 行就用 整数 r 标识。...找出所有满足 r1 的单元格,并以列表形式返回。 单元格应该按前面描述的格式用 字符串 表示,并以 非递减 顺序排列(先按列排,再按行排)。...示例 1: 输入:s = "K1:L2" 输出:["K1","K2","L1","L2"] 解释: 上图显示了列表中应该出现的单元格。 红色箭头指示单元格的出现顺序。...示例 2: 输入:s = "A1:F1" 输出:["A1","B1","C1","D1","E1","F1"] 解释: 上图显示了列表中应该出现的单元格。 红色箭头指示单元格的出现顺序。

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    【Python】元组 tuple ② ( 元组常用操作 | 使用下标索引取出元组中的元素 | 查找某个元素对应的下标索引 | 统计某个元素个数 | 统计所有元素个数 )

    一、元组常用操作 1、使用下标索引取出元组中的元素 - [下标索引] 使用下标索引取出 元组 tuple 中的元素 的方式 , 与 列表 List 相同 , 也是将 下标索引 写到中括号中 访问指定位置的元素...]) # 输出: 16 执行结果 : Jerry 16 2、查找某个元素对应的下标索引 - index 函数 调用 tuple#index 函数 , 可以查找 元组 中指定元素 对应的下标索引 ; 函数原型如下...index = t0.index(18) # 打印查询结果 print(index) 执行结果 : 2 3、统计某个元素的个数 - count 函数 调用 tuple#count函数 , 可以统计...", 18, "Tom", False, 3.1415926) # 查找元素个数 count = t0.count("Tom") # 打印查询结果 print(count) 执行结果 : 2 4、统计元组中元素的个数...- len 函数 调用 len(元组变量) 函数 , 可以统计 元组 所有元素 的个数 ; 函数原型如下 : def len(*args, **kwargs): # real signature unknown

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    使用命令统计nginx日志access.log中某个接口的QPS

    问题我们在平时的工作和开发中,会经常遇到这个问题:从nginx的日志access.log中统计getVideoInfo接口的QPS。...id=1解决思路首先nginx的日志是按照时间顺序的。因此计算QPS,只需要先统计条数,再计算时间差,二者相除就可以得到。...思路一:使用wc命令第一步: 使用wc命令获取条数wc -l access.log | awk '{print $1}'统计第一条和最后一条的时间并格式化成时间戳// 第一条日志时间戳date -d "...然后,我们指定了统计的时间范围(start_time 和 end_time)。接下来,我们打开日志文件并逐行解析每个日志条目。...如果满足条件,我们进一步检查时间戳是否在指定的时间范围内,并将符合条件的请求计数加1。最后,我们打印出统计结果,即目标接口的 QPS。

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    Python | 使用进程池统计指定范围内素数的个数

    实验目的: (1)了解使用Python标准库multiprocessing编写多进程程序的方法。 (2)理解进程概念以及进程调度的工作原理。 (3)理解进程池的概念及其工作原理。...(4)理解并熟练使用Python标准库time中的方法测试代码运行时间。 (5)根据需要熟练编写不同形式的素数判断函数。 (6)了解多处理器和多核的概念。...实验内容: (1)编写函数判断一个数字是否为素数,然后创建进程池使用进程池的map()方法把该函数映射到指定范围内的数字,使用内置函数sum()统计有多少素数。...同时,使用内置函数map()和sum()完成同样任务,比较两种方法的速度。 (2)调整进程池大小,即工作进程的数量,观察两种方法速度的变化。...(3)打开任务管理器,观察程序运行过程中对CPU资源占用的变化情况。下面是代码运行5秒和80秒时任务管理器的截图,尝试分析出现这种情况的原因。

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