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Jellyfish: 快速统计长序列每个K-mers出现次数

Jellyfish,是此研究开发,可以快速统计长序列每个K-mers出现次数软件。 基于K-mers应用很广,包括基因组组装、测序读长错误纠正、快速多序列比对、重复检测、引物设计等等。...因此对K-mers高效统计对提高效率十分重要。 Jellyfish可并行运算,快速统计不超过长度31个碱基K-mers。...总的来说,Jellyfish相较之前软件占用内存低一个数量级,而速度则高一个数量级。 目前Jellyfish已经更新到了2.0版本,最近一次更新是2015年更新到Jellyfish 2.2.3。...2.0版本最大优化是不再限制K-mers长度。...上也有说明文档: https://github.com/gmarcais/Jellyfish/tree/develop/swig 目前jellyfish也已经被写入到了Python, Ruby和Perl

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Python如何统计文本词汇出现次数?

问题描述: 有时遇到一个文本需要统计文本内词汇次数时候,可以用一个简单python程序来实现。...解决方案: 首先需要是一个文本文件(.txt)格式(文本内词汇以空格分隔),因为需要是一个程序,所以要考虑如何将文件打开而不是采用复制粘贴方式。...这时就要用到open()方式来打开文档,然后通过read()读取其中内容,再将词汇作为key,出现次数作为values存入字典。...图 1 txt文件内容 再通过open和read函数来读取文件: open_file=open("text.txt") file_txt=open_file.read() 然后再创建一个空字典,将所有出现每个词汇作为...key保存到字典,对文本从开始到结束,循环处理每个词汇,并将词汇设置为一个字典key,将其value设置为1,如果已经存在该词汇key,说明该词汇已经使用过,就将value累积加1。

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python字典统计元素出现次数简单应用

如果需要统计一段文本每个词语出现次数,需要怎么做呢? 这里就要用到字典类型了,字典构成“元素:出现次数对,非常适合“统计元素次数”这样问题。...下面就用一道例题,简单学习一下: 列表 ls 存储了我国 39 所 985 高校所对应学校类型,请以这个列表为数据变量,完善 Python 代码,统计输出各类型数量。...: 1、构建一个空字典 想要构成“元素:出现次数对,那首先肯定就是要先生成一个空字典。...喜大普奔~~~~~ 如果wordIs里接下来取到词不是“综合”,那就是重复以上步骤; 如果取到词还是“综合”,因为健对'综合':'1'已经字典里了,所以d.get(word, 0) 结果,就不是...通过循环操作,两行代码就生成了一个字典,里面的健对,就是词语及其出现次数

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【刷题】统计每个元音字母字符串中出现次数【2】

【刷题】统计每个元音字母字符串中出现次数【2】 一、题目 1.题目描述 二、解题报告 1.思路分析 2.代码详解 3.注意事项C++ 一、题目 1.题目描述 题目:统计每个元音字母字符串中出现次数...输入:输入数据首先包括一个整数n,表示测试实例个数,然后是n行长度不超过100字符串 输出: 示例 : 二、解题报告 1.思路分析 循环进行通过switch匹配计数 2.代码详解...printf("a:%d\ne:%d\ni:%d\no:%d\nu:%d\n",a,e,i,o,u) ; } } } 3.注意事项C++ 输入测试是字符串,而且输入是带有空格句子...要用C++内置函数gets()进行输入,gets()可以无限读取,以回车结束读取。...注意对于输入完样例次数那个回车,gets会将它作为输入,所以要多加一个gets吸收这个回车 字符串初始化char s[1000] 判断句子结束用 最后一个字符=‘\0’ 输出格式 之前多次测试实例有一个空行隔开

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每日一问_01_Python统计文件每个单词出现次数

Github : https://github.com/XksA-me/daily_question 图片来自@AIGC 公众号:简说Python 今日每日一题 问题: 请写出一个 Python 代码,统计一个文件每个单词出现次数...考察点: 文件操作、字符串处理、字典操作、循环语句、统计算法 问题分析和解答 问题分析: 首先,我们需要读取文件内容。 接下来,我们将文件内容分割成单词。 然后,我们需要统计每个单词出现次数。...通过统计单词出现次数,可以分析文本关键词、词频分布等信息,有助于对文本数据进行更深入分析。...遍历单词列表,去除单词标点符号(如有需要可以将单词转换为小写),以确保统计准确性。 统计单词出现次数并更新 word_count 字典。...最后,遍历 word_count 字典并输出每个单词出现次数。 拓展分享: 这个例子展示了如何使用 Python 处理文本文件并统计单词出现次数

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JavaScript | 获取数组单词并统计出现次数

HTML5学堂(码匠):如何通过JavaScrip实现数组元素查找?一个数组当中,找到所有的单词,并统计每个单词出现次数。...功能需求 一个自定义数组当中,包含多个单词,请使用JavaScipt获取数组每个单词,并统计每个单词出现次数。...功能分析与实现思路 可以借助对象特性,使用对象属性表示数组具体单词,使用对象属性属性表示相应单词出现次数。 完整代码实现 ? 代码输出结果 ?...很适用于不确定对象中有什么属性时候使用。基本语法为: for(变量 in 对象){ 语句 } 其中随着循环进行,变量表示对象各个属性,而“对象[变量]”则表示对象属性对应属性。...通过for循环,检测数组每个是否obj存在,如果不存在,则设置这个属性,并将属性赋值为1,如果当前obj已存在相应单词,则令属性+1。 3.

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c++统计字符串某个字符出现次数_统计字符串出现次数

参考链接: C++程序查找字符串字符频率 手机边亲爱大家好!   今天我要给大家分享一个示例:统计出某个字符串某表某字段中出现次数。  ...大家先来看一下结果效果图:   先来讲一下原理,其实就是循环数据库所有表,然后找模糊查找,找到了就记录表名、表字段、统计出现次数。  ...知道了原理就可以开始做了,今天我们换个套路,不要再之前一步一步方式来教大家了,只告诉关键步骤。0   1表   其中,我们要建一张表,用于保存统计数据,具体查看截图。  ...0   2函数   这次代码只分享给大家一个关键函数,然后大家自己去调用一下   查找函数    1Private Sub Snoop(SnoopFor As String) 2 3    On Error...Err.Description, vbCritical70    Resume Snoop_Exit7172    Exit Sub7374End Sub0   3测试   最后一步就是测试了,大家可以将按上面的步骤,在按钮控件单击事件里来调用上面的函数

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Pandas数据处理4、DataFrame记录重复出现次数(是总数不是每个数量)

Pandas数据处理4、DataFrame记录重复出现次数(是总数不是每个数量) ---- 目录 Pandas数据处理4、DataFrame记录重复出现次数(是总数不是每个数量) 前言...环境 基础函数使用 DataFrame记录每个出现次数 重复数量 重复 打印重复 总结 ---- 前言         这个女娃娃是否有一种初恋感觉呢,但是她很明显不是一个真正意义存在图片...,我们模型训练可以看到基本上到处都存在着Pandas处理,最基础OpenCV也会有很多Pandas处理,所以我OpenCV写到一般就开始写这个专栏了,因为我发现没有Pandas处理基本上想好好操作图片数组真的是相当麻烦...,可以很多AI大佬文章中发现都有这个Pandas文章,每个写法都不同,但是都是适合自己理解方案,我是用于教学,故而我相信我文章更适合新晋程序员们学习,期望能节约大家事件从而更好将精力放到真正去实现某种功能上去...Pandas数据处理——渐进式学习1、Pandas入门基础 Pandas数据处理——渐进式学习、DataFrame(函数检索-请使用Ctrl+F搜索) ---- DataFrame记录每个出现次数

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利用python内置函数,快速统计单词文本中出现次数

as file1:#打开文本文件 str1=file1.read().split(' ')#将文章按照空格划分开 print "原文本:\n %s"% str1 print "\n各单词出现次数...:\n %s" % collections.Counter(str1) print collections.Counter(str1)['was']#以字典形式存储,每个字符对应键值就是文本中出现次数...counter作为一个容器,可以跟踪相同增加了多少次。这个类可以用来实现其他语言中常用 bag 和 multiset 数据结构来实现算法。...str1=['a','b','c','d','a','a','b','c'] m=collections.Counter(str1) print str1 print m print m['a']#字符a出现次数...print m['b']#字符b出现次数 下面选取一个英文文本,并对其中单词出现次数进行统计,返回某个单词出现次数 python一行代码能实现功能,就不要用两行、 链接: http

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