我有大量fasta格式的蛋白质序列。R中的任何包都可以用来获得蛋白质序列的blast相似性分数？
浏览 0提问于2011-06-30得票数 7
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感谢diliop为我之前的问题提出的精彩解决方案。
score <- score(pairwiseAlignment(seqs[[i]]$seq, seqs[[i+1]]$seq, substitutionMatrixseq1 seq2 score
seq1 seq3 sc
浏览 0提问于2011-07-01得票数 0
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下载多种生物的蛋白质序列
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我试图使用生物巨蟒下载由特定机构排序的生物体列表中的所有蛋白质。我有有机体的名称和与每个有机体相关的生物项目；具体来说，我希望分析在最近的基因组序列中发现的蛋白质。id=mydictionary["BioPROJECT"][i],每个有机体大约有3000到4500种蛋白质</e
浏览 3提问于2013-09-13得票数 4
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有什么方法可以组合成对的文档相似性得分，以获得某个文档相对于文档集合的总体相似性得分？
如何根据文档集合计算文档相似度？- ResearchGate。可从：访问2016年8月22日。
浏览 16提问于2016-08-22得票数 0
在给定基因名称的情况下，我如何找到两个基因的相似性？所谓相似性，我想我指的是序列的相似性。我是这个领域的新手，我的教授给了我这项工作。我不知道有多少相似之处。
希望这可以用Biopython来完成？我的主要问题是，当我从数据库中检索基因序列时，一些结果是基因序列，另一些结果是蛋白质序列。我认为，如果我们想要比较它们，我需要确保它
浏览 2提问于2013-12-19得票数 0
我在pandas数据框中有一组文本(字母数字)，我想计算成对文本(例如文本1和2、2和3、3和4...)的相似度分数。
我正在使用序列匹配器进行计算，并能够获得分数。我创建了2个分数列来比较结果:分数1=非小写文本对的相似性分数(保留文本的原始大小写)分数2=小写文本对的相似性分数。我预计小写文本对的相似度得分(得分2)会更高，因为会有更多的字符匹配(例如&quo
浏览 0提问于2021-04-05得票数 0
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如何计算文本字符串的多序列比对
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我正在写一个程序，它必须计算一组字符串集的。我正在考虑用Python来做这件事，但如果更实用的话，我可以使用外部软件或其他语言。数据不是特别大，我没有很强的性能要求，我可以容忍近似(即。我只需要找到一个足够好的对齐方式)。唯一的问题是字符串是常规字符串(即，UTF-8字符串(可能包含应被视为常规字符的换行符)；它们不是DNA序列或蛋白质序列。我可以找到大量的工具和信息，用于生物信息学中的常见情况，具有特定的<
浏览 1提问于2011-04-28得票数 22
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我有一个分类问题(预测一个序列是否属于一个类)，对于这个问题，我决定使用多种分类方法，以帮助筛选出假阳性。
(问题在于生物信息学-将蛋白质序列归类为神经肽前体序列。如果有人感兴趣，，)。我的问题是:如何获得不同分类器和/或它们的投票预测的性能指标？也就是说，我想看看使用多个分类器是否能提高我的性能，或者它们的哪个组合可以提高我的性能。我的直觉可能是使用中
浏览 2提问于2014-02-01得票数 8
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问题
我必须为一个名为**的程序确定一个阈值，它比较小DNA母题*的PWMs*之间的相似性，N是字母A、C、G和T的任何线性组合的正则表达式。虽然这种近似是广泛有效的，但它不适用于几种蛋白质(Man & Stor
浏览 4提问于2014-11-26得票数 55
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Sequence N: ["DEF", "AAA", "ZZ123", "YYZZZ45", "AABBCC"]在数据集中，每天都会有数千个这样的序列。补充问题：
如何计算具有这样标签序列的序列之间的相似性(或差异)度量？如果是这样的话，我将如何在Python中做
浏览 0提问于2022-03-31得票数 1
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我有一个可以观察到的对象，包括通常的字段和其他可观察到的。我想得到包含这个场的序列，以及相应的可观测射击值和内部可观测性。例如： take(3), id: String.fromCharCode('A'.charCodeAtmap字段的序列。smth$.pipe(
浏览 0提问于2018-09-21得票数 4
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是否有一种方法可以让衍射库考虑字符串匹配中的删除？
我尝试过difflib.get_close_matches()，但它在关闭匹配输出中不考虑长度较低的字符串。例如。
浏览 6提问于2013-10-28得票数 5
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使用Solr搜索数值数据
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我用Solr做(不寻常的？)提供数字数据排序结果的用例。
由于记录集O是数亿条记录，因此几乎不可能与每一种相似性度量(如余弦或明考斯基)进行竞争。我使用On+1对象的参数运行范围查询，例如，在一个值的9.5-10.5个so +/-5%之间<em
浏览 3提问于2013-12-19得票数 1
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我有一个XSLT文件，它为每种蛋白质调用所有与该蛋白质具有相同accession编号的肽节点。下面是实现我所说的功能的代码(将变量的值从0更改为1，可以看到我所描述的两种情况)
现在，我需要做的是排序并选择得分最高的肽节点。因此，在XSLT文件调用共享相同accession编号的所有肽的情况下，我需要根据其
浏览 3提问于2011-12-19得票数 0
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我的数据集有一个1000个输入的训练集，有6个特征。(数据集大小为1000*6)。我将KPCA应用于数据集，并将特征数量减少到3。这意味着特征向量矩阵的维数现在是1000*3。我使用减少的数据集来训练神经网络。在训练完网络之后，现在，让我们想象一下，我想要对一个新数据(大小为1*6 )进行分类。显然，我必须将其转换为1*3的数据，然后将其呈现给网络，但我不知道该怎么做？
浏览 1提问于2016-02-02得票数 0
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我想以十六进制的形式读取数据，例如，我将展示数据的样子：
我想要的是将每个字节(两个六位数)输入到一个列表或其他一些数据结构中。但任何进步都会对我有帮助。我的尝试:首先，我试着阅读我所知道的方式： data = fp.read()编辑：由于下面的评论，我尝试使用'rb‘打开，但仍然没有运气。
浏览 1提问于2019-03-02得票数 0
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你好，我正在尝试对word2vec进行调优，以便在一大组类别列表中找到相关的类别。我想设置一个非常高的窗口，所以“一切都与一切相关”，但我不确定这是最好的方法。我有一个数据集的1200万个句子与500 K独特的类
浏览 6提问于2022-07-27得票数 0
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计算两个列表之间的相似度
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编辑:由于每个人都很困惑，我想简化我的问题。我有两个有序列表。现在，我只想计算一个列表与另一个列表的相似度。例如，1,7,5,4,9,6我有两个系统。一个最先进的系统和一个我实现的系统。给定一个查询，两个系统都会返回一个已排序的文档列表。现在，我想要比较
浏览 0提问于2012-02-21得票数 22
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的完整程序。提交的分数将等于所有不同字符的ASCII值的总和。最低分获胜！它必须是一个不需要输入的完整程序。它必须严格小于1000个字节长。目标是为每一种语言找出最低的分数，这样就不会有答案被标记为“接受”。下面是Python中的一个示例提交，它的得分为1279：
print"Hello, World!"最后，这里是一个TI
浏览 0提问于2020-03-24得票数 9
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