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BIB | APPTEST:深度学习方法与传统的NMR结构测定方法相结合,预测肽的三级结构

今天给大家介绍都柏林大学的Patrick Brendan Timmons 和Chandralal M. Hewage在Briefings in Bioinformatics上发表的文章“APPTEST is a novel protocol for the automatic prediction of peptide tertiary structures”充分了解肽的三级结构对于理解其功能及其与生物靶点的相互作用很重要。作者在文章中报告了一种新的算法APPTEST,它采用神经网络结构和模拟退火方法从一级序列预测肽的三级结构。APPTEST适用于5-40个天然氨基酸的线性肽和环状肽,并且它计算效率很高,可以在几分钟内返回预测的结构。作者团队对一组356个测试肽上进行了附加性能评估;每个肽的最佳结构偏离实验确定的主干构象平均为1.9 Å,97%的目标序列预测为天然或接近天然结构。在短、长和循环肽的基准数据集中,与PEP-FOLD、PEPStRMOD和PepLook的性能比较表明,APPTEST产生的结构平均比现有方法更符合原生结构。

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