首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

如何让一个处理golang的TSV程序像‘cut`一样高效?

要让一个处理golang的TSV(Tab-Separated Values)程序像cut一样高效,可以采取以下几个步骤:

  1. 使用适当的数据结构:在处理大型TSV文件时,选择适当的数据结构非常重要。可以使用bufio.Scanner来逐行读取文件,并使用strings.Split函数将每行拆分为字段。这样可以避免一次性加载整个文件到内存中,提高程序的效率。
  2. 并发处理:如果处理的TSV文件非常大,可以考虑使用并发处理来提高程序的效率。可以将文件分成多个部分,每个部分由一个goroutine处理。使用goroutine和通道来实现并发读取和处理,可以充分利用多核处理器的优势。
  3. 优化字段提取:如果只需要提取TSV文件中的特定字段,可以通过设置字段索引来减少不必要的字段拆分操作。可以使用strings.Fields函数将每行拆分为字段切片,然后根据需要提取特定索引的字段。
  4. 内存优化:在处理大型TSV文件时,内存的使用是一个关键问题。可以使用缓冲区来减少内存分配的次数,例如使用bytes.Buffer来拼接字段值。此外,可以使用sync.Pool来重用临时对象,减少垃圾回收的压力。
  5. 使用并行计算:如果处理的TSV文件需要进行复杂的计算操作,可以考虑使用并行计算来加速处理过程。可以使用Go语言的并发原语(如goroutine和通道)来实现并行计算,提高程序的效率。

总结起来,要让一个处理golang的TSV程序像cut一样高效,关键是选择适当的数据结构、并发处理、优化字段提取、内存优化和使用并行计算等技巧。通过合理的设计和优化,可以提高程序的效率和性能。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

M1 Mac上更好 Golang 使用方案

本篇文章,将分享如何在苹果 M1 Mac 设备上,来进行高效、可靠 Golang 开发环境安装和管理。...写在前面 如果你是一个 Golang 用户,那么你大概率会遇到管理和维护 Golang 版本诉求,如果你恰好同时需要开发调试两个不同版本项目,在不考虑强制跳版本情况下,你或许就需要使用“Golang...接着就是和上文中提到一样,根据自己需求使用 use 来激活命令了。...上面这段程序中,其实存在两个问题。不过,我们先来解决上文提到一个问题:Binary Go unavailable for this platform。...-f 2 调整为 cut -d "." -f 1 来解决在 macOS 11.6 ~ macOS 12 以上系统版本中,原始程序获取版本出错问题。

1.2K20

M1 芯片 Mac 上更好 Golang 使用方案

本篇文章,将分享如何在苹果 M1 Mac 设备上,来进行高效、可靠 Golang 开发环境安装和管理 写在前面 如果你是一个 Golang 用户,那么你大概率会遇到管理和维护 Golang 版本诉求...暂且不说我是如何解决问题,让我们先来看看,怎么能够在数秒、几分钟内完成 Golang 开发环境安装和切换吧。...接着就是和上文中提到一样,根据自己需求使用 use 来激活命令了。...上面这段程序中,其实存在两个问题。不过,我们先来解决上文提到一个问题:Binary Go unavailable for this platform。...-f 2 调整为 cut -d "." -f 1 来解决在 macOS 11.6 ~ macOS 12 以上系统版本中,原始程序获取版本出错问题。

2.2K20
  • UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册

    熟练地进行文本文件处理,对于生信数据分析来说非常重要。比如为特定程序准备相应输入文件,或者从结果文件中提取需要信息。...有时候确实可以这么说,因为现在有许多软件/包都写得非常完善了,只需要准备好相应输入文件,一行代码即可完成分析。 可以说,善于文本文件处理,生信数据分析就站在了一个非常高起点。...UseGalaxy.cn平台有非常强大文本数据处理功能,本文就来系统地介绍这些文本处理工具用法。...测试数据 Libraries > Table data: heatmap_test.tsv一个模拟 RNA-seq 表达量矩阵数据。 1....: heatmap_test.tsv 结果: 增加列到一个数据表 工具: Text Manipulation > Add column to an existing dataset 目标: 在最后一列增加一个

    22220

    物以类聚人以群分,通过GensimLda文本聚类算法构建人工智能个性化推荐系统(Python3.10)

    协同过滤算法利用用户之间相似性来推荐物品,如果两个用户对某些物品评分相似,则协同过滤算法会将这两个用户视为相似的,并向其中一个用户推荐另一个用户喜欢物品。    ...LDA聚类主要目的是将文本分为几类,使得每类文本主题尽可能相似。     LDA聚类算法工作流程大致如下:     1.对文本进行预处理,去除停用词等。    ...Python3.10实现     实际应用层面,我们需要做主题模型能够识别在文本里主题,并且挖掘文本信息中隐式信息,并且在主题聚合、从非结构化文本中提取信息。    ...严谨起见,我们可以针对分词结果进行过滤操作,过滤内容是停用词,停用词是在文本分析、自然语言处理等应用中,用来过滤掉不需要。...('mymodel.model') lr.test_text("巧如范金,精比琢玉,一分钟高效打造精美详实Go语言技术简历(Golang1.18)")     至此,基于聚类推荐系统构建完毕

    1K20

    Alevin — 更快单细胞定量

    工欲善其事必先利其器 1Alevin Alevin 是一个专为单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据设计软件工具,它是Salmon软件一个组成部分,由Rob Patro及其研究团队开发。...其具有以下特性 快速准确细胞分配和表达量估计: Alevin使用了先进算法来对单细胞测序数据进行预处理、错误校正和表达量估计。这包括从原始读取数据中准确识别和量化细胞特异性表达模式。...端到端处理流程: Alevin提供了一个从读取数据到细胞-基因表达矩阵一体化解决方案,极大简化了单细胞数据处理步骤。...高效内存和时间性能: 通过优化数据结构和算法,Alevin能够在保持高准确度同时,显著降低内存使用和加快数据处理速度。.../raw/*gz|cut -d"_" -f 1 |sort -u|cut -d"/" -f 3 | cut -d "_" -f 1 ) > ..

    17310

    搭建可维护 Golang 开发环境​

    本篇文章将聊聊如何快速搭建 Linux 环境中 Golang 开发环境。 在《基础篇》[1]内容中,我们聊过了如何基于 Ubuntu 22.04 搭建基础 Linux 学习环境。...Golang 环境安装和配置使用 关于 Golang 多版本管理和安装,我曾经写过两篇相关内容,一篇是半年前内容,分享如何对 “Golang 进行多版本管理[2]”,另外一篇则是这篇补充内容,分享如何针对...=on export GOPROXY="https://goproxy.cn" 和上文中配置 gvm 一样,我们将上面的内容添加到所使用 SHELL “rc” 配置后,需要重新创建一个终端会话,配置生效...随便创建一个程序目录,然后在其中创建一个名为 main.go 文件,引用 “gojieba”,并对一些句子和词汇进行处理: package main import ( "fmt" "...,我们将在程序目录得到一个名为 main 可执行文件。 手动执行命令 ./main,不出意外,将得到和上面 run 一样输出结果。至此,Golang 环境验证也就结束啦。

    69520

    搭建可维护 Golang 开发环境

    本篇文章将聊聊如何快速搭建 Linux 环境中 Golang 开发环境。在《基础篇》内容中,我们聊过了如何基于 Ubuntu 22.04 搭建基础 Linux 学习环境。...Golang 环境安装和配置使用关于 Golang 多版本管理和安装,我曾经写过两篇相关内容,一篇是半年前内容,分享如何对 “Golang 进行多版本管理”,另外一篇则是这篇补充内容,分享如何针对...=onexport GOPROXY="https://goproxy.cn"和上文中配置 gvm 一样,我们将上面的内容添加到所使用 SHELL “rc” 配置后,需要重新创建一个终端会话,配置生效...随便创建一个程序目录,然后在其中创建一个名为 main.go 文件,引用 “gojieba”,并对一些句子和词汇进行处理:package mainimport ("fmt""strings""github.com...,我们将在程序目录得到一个名为 main 可执行文件。手动执行命令 ./main,不出意外,将得到和上面 run 一样输出结果。至此,Golang 环境验证也就结束啦。

    1K40

    这近100种单细胞亚群2348个标记基因好用吗

    我喜欢肉眼看自己收集整理好基因列表去人工给标准降维聚类分群后单细胞亚群生物学名字,比如前面我们系统性梳理了各种器官上皮细胞细分亚群,以及其对应标记基因列表 乳腺上皮细胞单细胞亚群 肝上皮细胞单细胞亚群...上游分析流程 02.课题多少个样品,测序数据量如何 03. 过滤不合格细胞和基因(数据质控很重要) 04. 过滤线粒体核糖体基因 05....去除细胞效应和基因效应 06.单细胞转录组数据降维聚类分群 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 08.把拿到亚群进行更细致分群 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较 但是这样的人工给标准降维聚类分群后单细胞亚群生物学名字非常依赖于自己收集整理好基因列表...有意思是,作者收集整理基因跟我想象很不一样,比如; cut -f 1 noBlood_Fibroblasts.tsv MYOC SFRP2 VEGFD 而且作者这里也不是采用我们标准单细胞可视化标记基因方法...以前我们做了一个投票:可视化单细胞亚群标记基因5个方法,下面的5个基础函数相信大家都是已经烂熟于心了: VlnPlot(pbmc, features = c("MS4A1", "CD79A")) FeaturePlot

    42330

    PyClone推断肿瘤细胞克隆组成

    由癌细胞分裂后代呈现基因组水平差异,随着肿瘤进化而形成不同克隆或亚克隆,如何根据测序数据来进行推断肿瘤克隆和亚克隆组成,就是 PyClone 所要解决问题。...: import matplotlib matplotlib.use('agg') 测试数据 如果是使用原始步骤,则需要按照要求一步步处理数据,如果是根据作者给 pipeline,则需要输入 tsv...生成 PDF 是可视化结果,可以看出来这个病人有 4 个样本中,总共是有9个亚克隆,不同样本亚克隆比重不一样,图表具体含义我们后面再讲: ?...数据处理 在实际运行时,输入数据所要求前 4 列信息是可知,这里我从 肿瘤外显子数据处理系列教程(八)不同注释软件比较(中):注释后转成maf文件 VEP 注释后得到 maf 文件获取前四列信息...结果探索 在 pyclone 给出结果中,有一个 tsv 文件,如 ./9.pyclone/case1_pyclone_analysis/tables/loci.tsv ,记录了每个突变位点在每个样本中

    5.3K30

    2022如何学习golang,为什么学习它

    golang静态类型可帮助开发人员避免代码中非常简单错误。 golang一个平衡语言,它c语言一样,有着强大性能,同时又像python语言一样,简单语法和使用起来非常方便。...golang有时候会显得很独裁,不过这并非坏事,就像python一样,仁慈独裁者也许更有利于语言发展。...如何快速学习它 无论是在b站还是油管,你都可以找到大量golang教学视频,无论是个人入门教学视频,还是培训机构教学视频,选择一个自己顺眼视频,然后沉下心来跟着视频学习,并且多多练习编写代码。...Go Web Programming : 一本讲解golang 网页开发书籍,教您如何使用现代设计原则在 Go 中构建 Web 应用程序。...通过学习依赖注入等设计模式来编写优雅,高效web应用程序

    32030

    关键单细胞亚群辅助判定之生存分析

    其实这个文章第一层次降维聚类分群详见:换一个分析策略会导致文章全部论点都得推倒重来吗,然后文章针对上皮细胞进行细分后,使用inferCNV判断了恶性亚群,接下来就使用生存分析从恶性亚群里面的挑选了增殖亚群...如下所示: 增殖亚群(UBE2C+) 生存分析三步走 生存分析主要是需要一个病人队列而且病人生存时间信息以及其最后状态信息是齐全,然后我们需要病人表达量矩阵信息,这样的话就可以从矩阵里面挑选感兴趣基因或者说基因列表去矩阵里面打分后...,详见:换一个分析策略会导致文章全部论点都得推倒重来吗,就知道如何输出如下所示cosg_celltype__marker_cosg.Rdata文件啦: rm(list=ls()) library(survival...gsva处理过表达量。...'),width = x2,height = y2) 因为它并不是中位值高低分组,所以两个分组病人数量是不平衡, 如下所示: 数量是不平衡 很明显可以看到,它取巧了,所以基本上可以每个单细胞亚群特异性基因列表

    92060

    如何用 Pandas 存取和交换数据?

    下面我们分别看看几种输出格式如何导出,以及它们特点和常见问题。...def cleancut(s): s = s.replace('\t', '') s = s.replace('\n', '') return list(jieba.cut(s)) 我们生成一个数据框...然而,我们需要验证一下: pd.read_csv('data_list.csv').text.iloc[0][0] 这次程序给我们返回第一行文本分割一个元素,是这样: '[' 不应该是“这”吗?...pd.read_csv('data_list.tsv', sep='\t') ? 这结果,立刻人心里凉了一半。 因为列表里面每个元素两旁单引号都在啊。...你看,这里列出格式列表,除了 csv 和 tsv (已被我们验证过不适合处理分词列表)之外,还有一个 JSON 。 JSON JSON 绝对是数据交换界一等公民。

    1.9K20

    一文搞定基本cellranger定量

    基于标签方法能够利用特异性分子标记(Unique Molecular Identifiers, UMIs)提高定量准确度,但是呢,这种限制了转录组一端方法有降低了转录本可拼接性,以后isoform...,并且介绍了如何用cellranger来处理这些不同情况 主要根据sample、library、flowcell数量来定义分析复杂程度(由浅入深) 先学最简单一个sample 一个library.../raw/*gz|cut -d"_" -f 1 |sort -u|cut -d"/" -f 3 | cut -d "_" -f 1 | uniq | while read id;do nohup $cellranger...,下面又包含了 barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz,是下游Seurat、Scater、Monocle等分析输入文件 filtered_feature_bc_matrix.h5...,自定义一套参考信息 当处理多个生物学样本或者一个样本存在多个重复/文库时,最好操作就是先分别对每个文库进行单独count定量,然后将定量结果利用 aggr组合起来

    1.2K41

    记一次Windows日志分析:LogParse

    下面就给大家分享一下我关于一款功能非常强大 LogParse 理解以及如果被黑客入侵如何进行调查取证。...一、调查取证面临问题 Windows 下每个工作站、Domain Controller 等都有 安全、应用程序和系统日志。...最重要是它们包含了所有有价值安全信息和系统信息,并且会产生 IIS 日志、Exchange Server(电邮服务组件)、MSSQL Server Log 等,由于这些日志格式和结构参差不齐,那如何对它们进行高效调查取证分析呢...LogParser 还可以读取逗号分隔 (.CSV) 文件、ODBC 数据库文件、通过回车划分文本文件;输入处理器把每个日志类型转换成统一格式,这样 LogParser 数据引擎就能够一个数据库处理表格那样处理日志文件...2>数据引擎: 在数据引擎处理输入数据并且产生一个结果以后,输出处理器接受并且格式化该结果,并输入到一个表中 3>输出处理器: 与输入处理一样,支持许多文件格式,因此你可以任意格式化输出表--->从纯文本文件到

    1.5K20

    芯片未来,靠这些技术了

    立体封装概略来说,意即直接使用硅晶圆制作「硅中介板」(Silicon interposer),而不使用以往塑胶制作「导线载板」,将数个功能不同芯片,直接封装成一个具更高效芯片。...此项封装最大技术挑战便是,要在芯片内直接制作硅穿孔困难度极高,不过,由于高效能运算、人工智能等应用兴起,加上TSV 技术愈来愈成熟,可以看到越来越多CPU、GPU 和记忆体开始采用3D 封装。...也就是说,首度把芯片堆叠从传统被动硅中介层与堆叠记忆体,扩展到高效能逻辑产品,如CPU、绘图与AI 处理器等。...顶部芯片可以EMIB 技术一样与其他小芯片进行通讯,同时还可以Foveros 技术一样,通过硅通孔(TSV)与下面的底部裸片进行垂直通讯。 ? 英特尔Foveros技术概念。...Chiplets就像拼图一样,把小芯片组成大芯片 Chiplets 概念最早源于1970 年代诞生多芯片模组,其原理大致而言,即是由多个同质、异构等较小芯片组成大芯片,也就是从原来设计在同一个SoC

    79920

    为什么我放弃了运维必学必会 Python,而选择了更加高大上 Go?

    这些多核处理器能同时运行多个线程,同时也能带来并发能力。我们稍后会讨论它。 因此,如果我们不能依赖于硬件改进,唯一出路就是找到一个高效软件来提升性能,但遗憾是,现代编程语言都不是那么高效。...这些问题都使得很难在这些语言上创建一个多线程应用程序。 例如,在 Java 中创建新线程会消耗大量内存。...以上这些点,能使 Go 能 Java、C 或者 C++ 一样拥有强大并发处理能力,同时在保证并发执行代码严谨性基础上, Erlang 一样优美。 ?...代码可读性和效率对比 如上图所示,Go 几乎与 C/C++ 一样高效,同时 Ruby、Python 以及其他一些语言一样保持代码语法简洁,对于人类和处理器来说,这是一个双赢局面!!!...Go 提供了 C/C++ 一样高性能, Java 一样高效并发处理以及 Python/Perl 一样编码乐趣。

    1.3K10

    转--Stackful 协程库 libgo(单机100万协程)

    libgo 是一个使用 C++ 编写协作式调度stackful协程库, 同时也是一个强大并行编程库。...设计之初是为高并发分布式Linux服务端程序开发提供底层框架支持,可以链接进程序同步第三方库变为异步库,不影响逻辑前提下提升其性能。...目前支持两个平台: Linux (GCC 4.8+) Windows (Win7、Win8、Win10 x86 and x64 使用VS2013/2015编译) 使用libgo编写并行程序,即可以golang...一样开发迅速且逻辑简洁,又有C++原生性能优势。...,随时随地变更调度线程数; 4.支持多线程调度协程,极易编写并行代码,高效并行调度算法,可以有效利用多个CPU核心 5.可以链接进程序同步第三方库变为异步调用,大大提升其性能。

    1.7K90

    能从源头解决数据分析瑕疵吗

    从软件部署到上游分析 PRJNA713302这个10x单细胞fastq实战 一次曲折且昂贵单细胞公共数据获取与上游处理 只能下载bam文件10x单细胞转录组项目数据处理 不知道10x单细胞转录组样品和...如下所示全部测序fq文件: ls -lh SRR*gz |cut -d" " -f 5- |head -20 15G 1月 12 18:20 SRR19996402_1.fastq.gz...因为每一个gsm样品会对应多个srrid编号,所以这个文件名修改会比较复杂。...我们这里直接给大家最终代码大家看看,其中两个gsm样品如下所示: $cat change_R1.sh ln -s SRR19996442_1.fastq.gz GSM6294356_normal1.../raw/*gz|cut -d"_" -f 1 |sort -u|cut -d"/" -f 3 | cut -d "_" -f 1 | uniq | while read id;do nohup $cellranger

    13310
    领券