color='leiden',size=4,legend_loc="on data")
2.获取用于评分的基因集合
基本上大家使用的各种评分的基因集,都多数来自于gsea网站,gseapy包可以帮我们下载和读取网站上的数据...CD151', 'CD302', 'CD36', 'CDKN2C', 'CHCHD10', 'CHUK', 'CIDEA', 'CMBL', 'CMPK1', 'COL15A1', 'COL4A1', 'COQ3...', 'COQ5', 'COQ9', 'COX6A1', 'COX7B', 'COX8A', 'CPT2', 'CRAT', 'CS', 'CYC1', 'CYP4B1', 'DBT', 'DDT',...如果你已经从别处下载或得到了基因列表,也是可以和上面的gene_set一样使用。
例如我的test.txt里放了一列基因。...那么我们就可以读取并转换为python列表:
gene_set2 = pd.read_table('test.txt',header=None)[0].tolist()
print(gene_set2)