我有一些nii.gz格式的医学图像，它们有不同的形状。我想把所有东西都调整成相同的形状，以便提供给深度学习模型，我尝试使用nibabel的resample_img()，但它破坏了我的图像。我想做一些其他的函数来调整它的大小，比如(512,512,129)。 在这方面，请帮帮我。我在这个步骤中被困了相当长的一段时间。
浏览 572提问于2020-11-04得票数 0
我有一个Nifti文件，它的大小是62*62*38。如何将Nifti文件转换为.mat Matlab文件？
浏览 4提问于2015-03-17得票数 0
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我正在处理nii.gz格式的图像。因此，我使用来打开它们。问题是，当我打开图像，将它们转换为numpy数组并将它们转换回Nifti格式时，输出大小就会改变。= nib.Nifti1Image(data, affine=np.eye(4)) # Convert them to nifti初始文件为~45 MB，运行上述代
浏览 0提问于2018-10-10得票数 3
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我是新来的。目前，在Python上学习医学成像数据，并考虑是否能够识别NIFti图像的正确方向，以及如何进行转换。我在网上查了一下，找到了一些算法，可以通过一定角度的仿射变换来“旋转”成像数据(主要是JPG格式)，但是没有关于如何在nifti图像上“旋转”并通过nibabel将其保存为新的nifti图像的文档。来说明我的意思。我
浏览 6提问于2021-02-16得票数 1
我刚刚获得了82个.nii.gz格式的nifti文件的数据集，对于每个文件，我想要一个包含每个nifti文件的相对元数据信息的.JSON文件，我如何才能获得它？
浏览 8提问于2020-09-21得票数 0
我已经在JISC邮件档案中搜索了这个错误的解决方案，但没有成功。我的笔记本电脑上有很多可用的空间，所以这不是空间问题。我在多个Mac系统上也遇到过这个问题。当我运行代码"fslvbm_2_template -n“时，我希望创建一个名为template_4D_GM的文件，但在输出中得到以下错误代码： Running segmentation: ID=64663ftp.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/tutori
浏览 86提问于2019-10-11得票数 0
我正在尝试使用SimplyITK和Numpy从BraTS 2019年数据集加载大量的NIFTI图像。
"""
Read nifti files fromRead nifti files from a gziped file u
浏览 0提问于2020-08-11得票数 2
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我对医学图像处理是个新手。我正在尝试读取Nifti图像并将头信息写入csv文件。import nibabel as nibhdr = img.headersizeof_hdr :
浏览 10提问于2020-03-24得票数 0
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我实际上是在用Python制作MRI图像。图像格式是NIFTI格式，我知道如何可视化x，y或z斧头上的切片，但是现在，我希望在每个切片上使用Sobel滤波，并用这些切片创建一个新的NIFTI图像。为此：
nib.load(im_path))I nib.load(im_path))Create I加载主.nii.gz映像(img =再次加载主.nii.gz映像，新名称为" img_sobel“(img_sob
浏览 0提问于2020-03-02得票数 3
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我将读取一个nifti图像，并更改体素的值，然后保存新的nifti图像，与主图像相似，但只是体素值不同。换句话说，我希望我在分割图像中的标签是从0到7，而不是有不同的数字。可能的C/C++原型有: itk::simple::WriteImage(itk::simple::Image const &，std::string const &，bool) itk::simpleI
浏览 391提问于2021-01-05得票数 1
我是python的新手。我有一个NIFTI格式的3D大脑图像(.nii.gz)，我想用不同的方法对它进行插值(最近邻，双线性，样条，...)并比较结果。图像的体素大小是1*0.45*0.45，我希望它是0.45*0.45*0.45。
我知道这是一项非常简单的任务。我所做的和问题是:在Scipy中，函数只获得点，但在这里我有一个Image。而可用于获取图像输入的函数
浏览 1提问于2019-06-04得票数 0
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我有一个3D MR图像作为一个NIfTI文件(.nii.gz)。我也有一个‘掩码’图像作为一个NIfTI文件，这只是一堆0和1。这个面具图像中的1s代表了我感兴趣的3D MR图像的区域。我要检索存在于掩码中的3D MRI图像中像素的强度(即掩码图像文件中的1s )。我发现<e
浏览 30提问于2022-04-16得票数 0
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default, May 6 2020, 11:45:54) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)] 我正在尝试从BraTS 2019 dataset中使用SimplyITK和Numpy加载大量的NIFTI图像。这是我用来将图像加载到numpy数组中的代码。import SimpleITK as sitk
"""
Read nif
浏览 27提问于2020-08-11得票数 0
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我在蟒蛇上做单体素模拟，以产生附加噪声的模拟信号.然后，我希望将生成的numpy数组转换为nifti文件，其形状如下(100,100)。DWIs阵列我要用以下格式将这个矩阵保存到一个nifti文件中(10，10，1,100)。期望形状我不知道如何将numpy数组(DWIs
浏览 5提问于2021-12-17得票数 1
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我正在尝试使用.nii.gz在python中使用SimpleITK加载PyCharm文件。理想情况下，ITK有一个，我遵循这些，所以我假设SimpleITK在ITK中有一个NIFTI类的包装器。问题是我得到了一个奇怪的退出代码，它没有像google这样的文档代码非常简单：importSimpleITK as sitk
image = sitk.ReadImage(filenam
浏览 0提问于2016-10-07得票数 0
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我有一些大脑图像的NifTi文件，其中有很多我想用NAs替换的零，但我不知道怎么做。我在is.na()函数的描述中读到：“泛型函数是.NA<--将元素设置为NA”，所以我想我可以使用它，但它不起作用。以下是我特别尝试过的：out.path <- "R_Things/Outputs/"
浏览 6提问于2021-06-08得票数 1
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我对医学图像很陌生，我遇到了一种名为..nii/.nii.gz的格式--这个文件的形状是：(576,576，88) --它的高度和宽度是576，深度是88。在这种情况下，如何使用python实现这一点？我是这样做的；img1 = nib.load("path_to_the_file/segmentation.nii.gz")
浏览 3提问于2021-07-16得票数 0
我一直使用扩展名为.png，.jpg，.jpeg的图像，现在我已经看到了扩展名为.nii.gz的医学图像 我使用的是python，我用下面的代码阅读了它： path = ".with all paths of image.nii.gzimg = nib.load(path_list[0]).get_data() #load a single image 现在，该图像是一个array of float32，它具有以下形状的<
浏览 55提问于2021-08-07得票数 0
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我对医学图像配准非常陌生。我正在尝试配准两个CT卷，第一个是轴向扫描，大小为(384,384,31)，间距为(0.57,0.57,4.8)；第二个是矢状扫描，大小为(384,384,15)，间距为(0.67,0.67,2.2)，所以问题是体积有不同的方向，以及不同的视野。也就是说，矢状扫描中的轴向切片只包含轴向扫描中存在的一小部分，换句话说，我需要裁剪轴向扫描中的轴向切片以匹配矢状切片的视场，依此类推，以便为simp
浏览 4提问于2018-07-13得票数 1
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