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bioinfo05-GWAS学习

第六列以后为各个SNP的等位基因，两列一组，可以使用具体的碱基，也可以使用拷贝数(0,1)。 map map，与ped文件相伴随的文件，主要包含ped文件中SNP的位置信息。一般包含4列。...每行一个SNP，顺序与ped文件中的SNP相对应。 因为纯文本格式占用大量储存空间，实际操作中尽量使用二进制格式，一组ped/map文件可转换成一组bed/bim/fam文件。...bed+bim+fam bed 不同于在基因组比对时，使用的记录位置信息的bed 文件，这里为二进制格式，存储基因型，可以想象成ped文件中除去前6列，剩下基因型数据组成的矩阵。...plink 输入 输入主要是上述的ped/map 或 bed/bim/fam文件。...3-质控SNP文件 检查missing比例 这里是如何判断为丢失的呢？ 查看每个样本或SNP 各自的missing数目。

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plink PED 文件格式介绍

plink是进行全基因组关联分析常用的软件之一，该软件需要两种基本格式的输入文件，ped和map。本篇重点介绍一下ped格式。...对于ped格式而言，包含了以下几种信息 家系结构； 性别信息； 表型信息； snp calling信息； ped格式是一个纯文本的文件，至少需要6列，每列有空格或者\t分隔。...对于关联分析而言，除了表型相关信息，还需要基因型信息。在ped格式的文件中，剩余的列通常用来表示基因型信息。...在ped文件中，每个snp位点的基因型需要两列来表示，分别表示major allel 和 minor allel。在表示基因型时，既可以使用A,C,G,T字母的形式，也可以采用1,2数字编码的形式。...T T 5 1 0 0 1 2 C C G T 6 1 0 0 1 2 C C T T 在这个ped文件中，所有样本之间相互独立，没有亲缘关系，所以每个样本有一个唯一的family ID；对于样本而言

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plink软件cookbook

plink软件是我平时工作中最常用的软件之一，它的特点有两个： 快 功能强大 快，真的是快，我用perl或者Python编写的代码运行需要50s，plink不到1s完成，在C语言面前，我掌握的语言是苍白的...第九列, 第十列为第二个基因型 第十一列, 第十二列为第三个基因型 2 plink操作练习 2.1 练习1 ped格式是1 1 2 2 的格式转化为0 1 2 这里1 1之间有空格 「test1.ped...“-9”, 基因型值缺失的部分变为了NA, snp的major变为了0, snp的minor变为了2, 杂合变为了1. 2.2 练习2 ped格式是11 22 的格式转化为0 1 2 这里11中间没有空格...文件中, SNP的分型是1 1 2 2 还是11 22 还是AA TT 还是 AA 22不影响结果 2, ped文件中, SNP转化为012的标准是, 主等位基因为0, 杂合为1, 次等位基因为2 3,...plink命令中, 如果使用–file name, 那么ped和map文件名为: name.ped 和 name.map 3 plink软件格式转化 plink软件是GWAS分析中常用的软件，它也是一个数据格式

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笔记 | GWAS 操作流程2-1：缺失质控

同样的道理，如果某个SNP，在500个样本中，缺失率为20%（即该SNP在100个个体中都没有分型结果），我们也可以认为该SNP质量较差，将去删除。当然，这里的20%是过滤标准，可以改变质控标准。...查看基因型个体和SNP数量 wc -l test.map test.ped ? 可以看出，共有165个基因型个体，共有1447897个SNP数据。 「预览一下ped文件：」 ?...结果生成两个文件，分别是一个个体ID上SNP缺失的信息，另一个是每个SNP在个体ID中缺失的信息。...个体缺失位点的统计在plink.imiss中 单个SNP缺失的个体数在plink.lmiss.中 ?...「R语言做直方图」 代码的意思是读取这两个文件，然后用频率的那一列作图，将图保存为pdf输出。

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plink软件初体验2--常用参数

plink软件是GWAS分析中常用的软件，它也是一个数据格式，plink里面有很多非常强大的功能，运算速度很快，是我日常分析中常用的软件之一。...同样的道理，如果某个SNP，在500个样本中，缺失率为20%（即该SNP在100个个体中都没有分型结果），我们也可以认为该SNP质量较差，将去删除。当然，这里的20%是过滤标准，可以改变质控标准。...❞ 现有文件： $ ls a* a.map a.ped 「某个SNP在样本中缺失大于10%，删除该SNP：--geno」 plink --file a --geno 0.1 --recode -...现有文件： ❞ $ ls a* a.map a.ped 「某个SNP在哈温平衡检验中p值小于1e-5，那么该SNP删掉：--hwe 1e-5」 plink --file a --hwe 1e-5...文件提取 文件提取，可以提取plink个数中的样本信息，也可以提取特定的SNP位点信息。

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Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式

有时候，我们会遇到Excel格式的基因型数据，这篇博文介绍一下如何手动转为plink格式。 可以在Excel中整理，也可以在R语言中整理。...数据量少的话，就在Excel中整理，数据量大的话，就在R语言中整理就行。 主要思路是根据plink的格式特点，针对性的满足，然后导出，就可以了。 1....Excel中的基因型数据格式 第一列是snpID，第二列是染色体，第三列是物理位置，第四列是参考基因组分型，第五列以后是每个样本的具体分型。...)」 第三列为0 第四列为SNP所在染色体的坐标 「.ped格式」格式说明链接:http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#ped ❝bed格式的文件, 主要包括...数据整理 下面这个代码复杂一点，主要的逻辑： 去除中间的及列 然后进行转置 变为plink的格式 ped = dat %>% select(-c(1:4)) %>% t() %>% as.data.frame

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统计遗传学：第七章，基因型数据格式介绍

基因组数据的原始PLINK 1.0文本格式由两个文件组成。第一个文件是所谓的谱系文件。谱系文件，在PLINK中使用后缀。ped包含样本信息（即基因型个体列表）。...A.因此，ped文件有大量列，正好是6+（K×2），其中K是SNP基因型的数量。A、 ped文件可以在任何文本编辑器中打开，尽管其尺寸和大量列可能会使读取变得困难。....ped文件必须附带.map文件，以提供个体样本基因型的完整信息。A、 map fle提供了关于哪些SNP已被基因分型以及如何在基因组中定位它们的信息。...如前所述，存储遗传数据的一种常见方式是二进制文件。特别是，PLINK二进制文件压缩包含在中的基因型信息。ped文件。...该格式有时被称为Oxford文件格式，在软件GTOOL和SNPTEST中使用。基因组数据存储在两个文件中（类似于ped和.map-PLINK文件）：基因型文件和样本文件。

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BGEN格式如何使用？有经验的家长已经给孩子收藏了。。。

介绍一下BGEN格式的数据，他的文件格式是这样的：a.bgen，这是一个新的数据格式，目前应用不如plink的二进制文件：.bim,.bed,.fam。这里介绍一下如何相互转换。...对于PLINK二进制（.bid）文件，标识数据存储在单独的文件（.bim文件）中，因此时间实际上为零。对于基于文本的格式，文件压缩的使用和读取性能之间存在显著的权衡。...BGEN以334Mb存储了22.5亿个基因型的整个数据集，每个基因型略多于一位，在该测试中耗时1.5秒。...的文件（ped,map） 注意，plink读取bgen文件时，需要指定： • .bgen • .sample 这两个文件都要存在。...：ref-last，表示ref是放到后面，而不是默认的major为ref • --sample 文件，指定 t1.sample，后面跟着sample文件，这两个文件要分开指定 • --export ped

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plink软件初体验1--初试牛刀

准备写一系列plink软件常用的命令，最近在数据分析时，需要将基因型的数据转化为0-1-2的形式，编程实现效果太差，100万的数据，plink十几秒完成，真的是厉害，非常值得学习，所以，开始搞起！...第九列, 第十列为第二个基因型 第十一列, 第十二列为第三个基因型 练习1 ped格式是1 1 2 2 的格式转化为0 1 2 这里1 1之间有空格 「test1.ped」 1 1 0 0 1 0...练习2 ped格式是11 22 的格式转化为0 1 2 这里11中间没有空格「test2.ped」 1 1 0 0 1 0 11 22 11 1 2 0 0 2 0 22 00 21 1 3 1 2 1...文件中, SNP的分型是1 1 2 2 还是11 22 还是AA TT 还是 AA 22不影响结果 2, ped文件中, SNP转化为012的标准是, 主等位基因为0, 杂合为1, 次等位基因为2 3,...plink命令中, 如果使用--file name, 那么ped和map文件名为: name.ped 和 name.map

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plink格式的ped和map文件及转化为012的方法

plink两种格式介绍map和ped .map格式 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息...第九列, 第十列为第二个基因型 第十一列, 第十二列为第三个基因型 练习1 ped格式是1 1 2 2 的格式转化为0 1 2 这里1 1之间有空格 test1.ped 1 1 0 0 1 0 1...练习2 ped格式是11 22 的格式转化为0 1 2 这里11中间没有空格 test2.ped 1 1 0 0 1 0 11 22 11 1 2 0 0 2 0 22 00 21 1 3 1 2 1...文件中, SNP的分型是1 1 2 2 还是11 22 还是AA TT 还是 AA 22不影响结果 2, ped文件中, SNP转化为012的标准是, 主等位基因为0, 杂合为1, 次等位基因为2 3,...plink命令中, 如果使用—file name, 那么ped和map文件名为: name.ped 和 name.map

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一文掌握Plink文件格式转换

Plink是我们常用的全基因关联分析工具，具有多种文件格式。许多分析工具都需要Plink的文件格式作为输入文件，今天小编就带大家掌握多种Plink文件格式的转换，解决分析过程中遇到的输入文件问题。...## 使用plink plink --vcf snp.vcf --recode --out snp ped和map文件是Plink的基本格式。...ped文件包含以下几列： 第一列：Family ID。 第二列：Individual ID。自然群体这列和Family ID是一样的。 第三列：Paternal ID。未提供信息的话这列为0。...第七列开始就是个体在每个标记位点的基因型。 map文件包含以下几列： 第一列：染色体编号。 第二列：SNP编号。 第三列：遗传距离。未提供信息的话这列为0。 第四列：物理位置。...## tped/tfam转换为ped/map plink --tfile snp_test --recode --out snp ped/map 与 bed/bim/fam互换 ## ped/map转换为

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GWAS实战之制作PLINK格式的文件（上）

开头的ID只是样本在GEO中的ID，不是原始数据里样本的ID），我们需要将原始的样本ID提取出来，代码如下： id <-unlist(strsplit(as.character(pdata$title)...在PLINK软件中，我们通常需要两个文件，一个是以.map为后缀的文件，另一个是以.ped为后缀的文件。...而.ped文件存储了样本信息，包括表型和基因型，其列数在6列以上，前六列数据和.fam文件的前六列一致，在往期推文中可以查到------初探PLINK文件格式（bed，bim，fam）。...因为在这套数据里的ID这一列是作为突变的marker在基因型文件中使用的，它是用来和基因型文件匹配用的，而Name这一类又包含rsID的信息，是后续注释用的，因此我们需要把这两列提取出来。...\t', col.names=F)# 保存数据并去掉列名，使用\t分割 关于表型文件和.map文件的制作就先讲到这里，下期我将介绍如何制作.ped文件，敬请期待！

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GWAS实战教程之制作PLINK格式的文件（下）

在上期推送中，我带领大家制作了表型文件和.map文件，今天我们学习一下如何制作.ped文件，关于.ped文件的信息请参见往期内容GWAS实战之制作PLINK格式的文件（上）。...由于我们使用的数据集中最显著的位点是位于1号染色体的DDR2基因上（PMID：29216386），因此为了处理简单，我只挑选1号染色体上的位点用于分析。...<-geno[which(geno$ID_REF%in%annot$V2),] # 选择基因型文件中位于1号染色体上的位点 dim(geno) ##[1]24675 1620 markerID <-....fam文件的前六列，后面就是基因型信息。...fwrite(myped, 'myWES_chr2.ped', sep=' ',col.names=F) 关于.ped文件的制作就讲到这里，后续我会和大家介绍如何用PLINK做GWAS研究。

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统计遗传学：第八章，基因型数据质控

将PLINK文件重新编码为其他格式 了解数据管理的基础，以选择特定标记或个体子样本的信息 获取等位基因频率、表型、，和缺失值 合并不同的基因文件 将表型与PLINK文件相关联 在个体、标记和全基因组关联研究水平上理解和执行质量控制程序...上一章向读者介绍了不同类型的基因组数据，本章的目的是为那些不习惯在命令行环境中工作并且从未使用过计算机程序PLINK的人提供如何使用遗传数据的温和介绍。...然而，hapmap ceu数据中的上述三个链接文件是无法读取的二进制格式。可以使用选项将二进制文件转换为人类可读的文件集——使用下面的命令重新编码。...例如，我们可能希望将分析限制在个体子集或某些标记上。如果我们需要合并数据集进行分析，PLINK可以用于确保报告的遗传变异等位基因以相同的方式编码。我们在另一章中讨论了协调以不同方式编码的SNP的方法。...edu/plink/res.shtml。 下载中文和日文样本（CHB和JPT），并进行以下分析：1。将文件重新编码到地图和。ped文件。 2、计算等位基因频率和缺失值。

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plink2.0和plink1.9的忧伤笔记

比如1000个Genomes，比压缩的gzip文件小70%，且不丢失任何信息。压缩文件空间更小，速度更快。...可以支持plink1.9的文件格式，无论是map和ped数据，还是bed，bim和fam格式。 • 4，分析模块，进行了优化。...标准的logistic回归分析失败产生NA或者无意义的结果，--glm比plink1.9的--linear速度提升1000倍。尤其是填充的剂量效应的基因型值（比如0.2,1.8这样的非整数型数据）。...2.0/ 也可以在命令行中调出帮助文档： 比如直接键入plink2，出现基础参数： $ plink2 PLINK v2.00a3.7LM AVX2 Intel (24 Oct 2022)...想查看一下--export的用法，可以看到主要功能： • A，是0-1-2编码 • ped，是map和ped格式 • vcf，是vcf格式 • bgen-1.x，包括1.1, 1.2， 1.3，都是bgen

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基因型数据清洗常规操作

大家好，我是飞哥。 今天介绍一下基因型数据清洗的一般步骤，我们知道很多分析之前，都要做基因型数据清洗，包括： GWAS分析 GS分析 …… 这里介绍一下常用的基因型数据清洗方法。...数据 《统计遗传学》中的章节介绍，有关代码实操部分，单独列出来，进行展示。...我已经下载整理好了，下载本书的电子版pdf+数据+代码，链接：书籍及配套代码领取--统计遗传分析导论 1 二进制文件 文件中包括二进制的三个文件： 2. plink二进制文件变为文本文件（ped和...map） 命令 plink --bfile hapmap-ceu --recode --out hapmap-ceu --bfile 是指定二进制plink的前缀名称 --recode是生成文本ped...和map的二进制文件 --out是指定输出的结果文件前缀名称 日志 PLINK v1.90b5.3 64-bit (21 Feb 2018) www.cog-genomics.org

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PLNIK 的多种文件格式转换

--out snp ped和map文件是Plink的基本格式。...ped文件包含以下几列： 第一列：Family ID。 第二列：Individual ID。自然群体这列和Family ID是一样的。 第三列：Paternal ID。未提供信息的话这列为0。...第七列开始就是个体在每个标记位点的基因型。 map文件包含以下几列： 第一列：染色体编号。 第二列：SNP编号。 第三列：遗传距离。未提供信息的话这列为0。 第四列：物理位置。.../tfam转换为ped/map plink --tfile snp_test --recode --out snp ped/map 与 bed/bim/fam互换 ped/map转换为bed/bim/...染色体的设置 因为PLINK默认的设置是人的染色体， 所以动物中，我们应该设置 --chr-set 19 # 猪 已有的选择： --cow --dog --horse --mouse --

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利用GCAT工具做PCA分析

在PCA(Principal Component Analysis)分析中，常用的工具有EIGENSOFT工具的smartpca，GCTA工具的PCA模块和R包中做PCA分析的princomp函数或glPCA...在群体遗传中，R包从读取vcf文件、PCA分析到可视化，对内存要求较高。 在这里我们主要介绍，针对测序得到的SNP数据（一般为vcf格式），如何利用GCTA工具进行PCA分析。...GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,128 在FORMAT一列中，GT表示样本基因型，AD表示覆盖到REF和ALT上碱基的read数；DP表示覆盖到该位点的总read数，GQ...输入的vcf文件，如果是单一的染色体文件，需要用bcftools进行合并，具体过程如下： 1....用vcftools做格式转换 ##--plink输出plink可处理的文件格式vcftools --vcf A01.vcf --plink --out A01 生成.map和.ped（.ped文件具体信息可查看单倍型分析软件

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