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沙龙
1
回答
如何
重新
编码
丢失
的
基因型
代码
在
plink
的
ped
文件
中
是
“-”
、
我试图从公共参考面板输入
基因型
数据,但我
的
文件
未能通过Sanger Imputation服务器上
的
文件
健全性检查,并给出以下错误: failed sanity check : of Non-ACGTN/
plink
--bfile chr1 --recode vcf --out chr1_vcf --missing-genotype修复这个问题--但是它给出了错误
的
下划线,出现在示例it
中
。但我仍然
在
新
的</
浏览 45
提问于2021-06-30
得票数 0
1
回答
Plink
:将数据子集导出到txt或csv
、
、
、
我
在
PLINK
中
执行了GWAS,现在我想查看一小部分SNP
的
数据,每行列出一个SNP,
在
一个名为snps.txt
的
文件
中
。 我想将这些特定SNP
的
数据从
PLINK
导出到.txt或.csv
文件
中
。理想情况下,这个
文件
应该包含这些SNP
的
单个ID和
基因型
,这样我以后就可以将其与我
的
表型
文件
合并,并
浏览 7
提问于2014-05-23
得票数 2
2
回答
如何
将所有染色体合并到一个
文件
中
、
、
我下载了1000个基因组数据(染色体1-22),这是VCF格式.我怎么能把所有的染色体组合在一个
文件
里?我应该先把所有的染色体转换成二进制
文件
,然后再做--bmerge mmerge-list吗?
浏览 0
提问于2018-04-04
得票数 4
1
回答
在
R(或Python)
中
编码
从核苷酸到0/1/2
的
基因型
、
、
我有一个数据表,其中dbSNP
的
in作为行,示例作为列,格式如下:rs10000011TT TG GG在这个表中有超过1,000个样本和547000个来自
的
位点,我想做一个大规模
的
主成分分析(样本根据总体着色)。为了做到这一点,我需要首先对我
的
基因型
进行
编码
。
浏览 5
提问于2015-06-16
得票数 0
3
回答
循环遍历R
中
S4对象
中
的
列
、
、
我有一个名为'
plink
‘
的
snp矩阵,其中包含我
的
基因型
数据(作为$genotypes、$map、$fam
的
列表),并且
plink
$ subject有: SNP名称作为列名(2个SNP),主题标识符作为行名数据集复制以下
ped
和map
文件
,并将它们分别保存为'
plink
.
ped
‘和’
plink
.map‘: 1 1 0
浏览 11
提问于2011-11-29
得票数 0
2
回答
如何
将
ped
文件
从r写到epact?
、
有没有一个包可以让我从我
的
R-dataset
中
编写一个.
ped
文件
,以便与EPACTS一起使用,并带有适当
的
标头? 我不能用谷歌搜索它,只能找到一种方法来阅读它
浏览 0
提问于2016-08-23
得票数 0
2
回答
将
文件
输入
plink
有困难
、
我有问题,简单地输入
文件
到
plink
(我
是
相当新
的
编码
)。目前,我只是想用
plink
制作一个床铺
文件
。 我最近运行了一个HD SNP阵列,以寻找拷贝数
的
变化。
在
我尝试输入
ped
和映射
文件
到
plink
之前,一切似乎都进行得很顺利。最初,我收到了“.
ped
文件
中
的
半缺失调用”
的
错误消息,但是当我
浏览 0
提问于2019-07-25
得票数 0
2
回答
读取到R时,将
Plink
PED
文件
中
的
缺失值(-9)转换为NAs
、
我有两个
文件
:pedigree.
ped
和pedigree.map。可以使用这两种
文件
格式。我
如何
将这两个
文件
转换成
在
R中使用?
如何
将缺失
的
值更改为NA?我
的
数据样本: <e
浏览 0
提问于2013-04-06
得票数 3
回答已采纳
1
回答
转换为二进制
文件
时出现
的
Plink
错误:.
ped
文件
的
第1行
的
令牌比预期
的
少
、
、
是否有人在从“
ped
”、“map”格式转换到二进制对应
的
“bed”、“bim”、“fam”时,
在
plink
(全基因组关联分析工具集)
中
遇到以下错误?我使用
的
是
Linux和
plink
v1.90b3j。<em
浏览 2
提问于2015-07-06
得票数 3
回答已采纳
1
回答
在数据帧
的
同一列
中
具有数字数据类型和字符数据类型?
、
、
对于熟悉
PLINK
的人,我
在
R中有一个大
的
数据框架(570行200000列),我正在尝试为GWAS分析创建一个
PED
文件
。
Plink
要求每个缺失字符都
编码
为零。不缺少
的
值
是
"A“、"T”、"C“或"G”。 PT6 A A P
浏览 4
提问于2012-10-02
得票数 1
1
回答
估计总体
的
子样本之间
的
遗传相关性
、
、
我有我
的
Bed/Bim/Fam
文件
,里面有很多人(100,000+)。我想要估计一个亚组A和另一个亚组B之间
的
遗传相关性,而不必估计完整
的
(A+B) x (A+B)。我
在
PLink
和GCTA中都找不到这个选项。有没有其他软件可以做到这一点
的
方法?(如果有示例命令或
代码
,我们将非常感谢)
浏览 35
提问于2019-11-22
得票数 0
2
回答
如何
在Snakemake中使用
plink
定义两个规则
、
我将在一个简单
的
示例中演示,我有两个名为a.map和a.
ped
的
文件
,它们
是
plink
格式
的
。我想使用两个命令,第一个转换为bfile格式,第二个转换为原始格式。我
的
文件
: a.map、a.
ped
:1 snp2 0 2 1 1 0 0 1 0 1b.bim b.fam
浏览 0
提问于2019-04-09
得票数 1
1
回答
在
R中使用1000个基因组数据进行ldheatmap软件包
、
我正试图形象化1Mb内
的
LD块,旁边
是
SNP。我不想使用Haploview,因为它使用
的
是
Hap 3 (build 17程序集),这是非常过时
的
。因此,我从1000个基因组阶段3下载了SNP数据,使用在线工具"VCF到
PED
转换器“。我有.
ped
和.info
文件
。然后我使用了一个R包‘LDheatmap’(它可以计算r^2
中
的
LD,并可以
在
热图中可视化LD )。但是来自1000个基因组<e
浏览 1
提问于2015-11-25
得票数 2
2
回答
从R内部运行
Plink
、
、
、
、
我正在尝试使用Windows计算机SSH到Mac服务器,运行一个程序,然后将输出数据传输回我
的
Windows。我已经能够使用成功地手动完成此操作。但是,我想使用R将其自动化,以简化数据分析过程。不幸
的
是
,它似乎没有找到
Plink
,尽管通过shell向终端传递命令
是
有效
的
浏览 7
提问于2015-01-15
得票数 0
1
回答
遗传算法
的
starter实现
、
、
、
我最近对遗传算法很感兴趣,并试图写一个简单
的
遗传算法
代码
作为一个初学者来理解它。我使用了一个函数f(x)=x^2,并希望
在
域{0,1,....31}上最小化它。现在我知道最佳值
是
31,但是我想使用GA来实现它,所以我写了一段
代码
。我想知道(i)我
的
代码
是否接近GA所做
的
事情,(ii)如果它是一个像样
的
初学者级别的
代码
,在这方面可以做哪些改进,(iii)因为在这个问题中,我知道值应该是31,但是我
的
G
浏览 3
提问于2020-04-22
得票数 1
1
回答
手动更改伴随着.bgen
的
.sample
文件
:
如何
从R导出带有两个“头行”
的
.txt
文件
?
、
、
我不得不手动更改随我
的
推测
基因型
数据一起出现
的
(存储
在
.bgen
中
),因为它缺少性信息(所有NAs),然后我分别为男性和女性填写了1s和2s。
plink
不允许我以原样运行我
的
数据附带
的
原始.sample
文件
,因为
在
性专栏中有NA,而我得到了Error: Invalid sex code on line 3 of .sample file.。我首先将“新”.sample
文件
保存为R
中</em
浏览 4
提问于2021-10-11
得票数 0
2
回答
从.bim、.bed和.fam
文件
创建VCF
、
、
、
、
我有一个带有标记
的
.fam、.bed和.bim
文件
,供几个人使用。我需要将其转换为VCF
文件
。 有人能帮我创建一个VCF
文件
吗?有没有开源工具可以做到这一点?
浏览 9
提问于2014-08-05
得票数 0
2
回答
Git、
plink
和cmd.exe:
如何
将
plink
.exe设置为GIT_SSH
、
、
、
当git运行时,我
如何
将
plink
.exe配置为冗长?我需要找到根本原因,并使连接可靠,而不需要
重新
尝试一些。错误:无法生成
plink
.exe -v:没有这样
的
文件
或目录 事实证明,GIT_SSH必须
是
一个可执行
文件
或包装器脚本。创建这样一个批处理<
浏览 0
提问于2013-03-04
得票数 3
回答已采纳
1
回答
为什么老鼠要用这么多
的
记忆?
、
、
我试图用R包小鼠来推测缺失
的
基因型
数据。第一个数据集由一个大小为1851x47992
的
基因型
矩阵组成,包括0、1、2和NA's (大部分条目为0),以及长度为0和1
的
表型载体。下面
是
我用来启动计算
的
代码
(
丢失
的
数据以-1
的
形式存储
在
文件
中
;我不得不将其更改为NA): genotype <- as.matrix(read.table
浏览 2
提问于2020-03-21
得票数 1
回答已采纳
2
回答
通过
plink
连接并重定向到
文件
,而不是
在
文件
中
获得所有所需
的
输出。
、
、
、
我
在
Windows中使用一个批处理
文件
通过SSH连接到Linux计算机,并使用
plink
查看两个特定
文件
是否
是
最新
的
(它们必须有今天
的
日期)。我
在
Windows批处理
文件
中用于执行
plink
的
命令:Windows当一个
文件
<
浏览 1
提问于2014-03-19
得票数 2
回答已采纳
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