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如果指定了--drmaa-log-dir,则snakemake作业将失败

如果在使用Snakemake时指定了--drmaa-log-dir参数,但该目录不存在或无法访问,则Snakemake作业将失败。

Snakemake是一个用于构建和运行数据分析工作流的工具。它使用Python编写,并提供了一种简洁的方式来描述工作流中的任务和它们之间的依赖关系。Snakemake可以自动化地管理任务的执行顺序,并根据输入和输出文件的状态来决定是否需要重新运行任务。

--drmaa-log-dir参数用于指定Snakemake作业的DRMAA日志目录。DRMAA(Distributed Resource Management Application API)是一种用于与集群调度系统交互的API。通过指定--drmaa-log-dir参数,Snakemake将会将作业的DRMAA日志输出到指定的目录中。

如果指定了--drmaa-log-dir参数,但该目录不存在或无法访问,Snakemake将无法将作业的DRMAA日志输出到指定的目录中,从而导致作业失败。因此,在使用--drmaa-log-dir参数时,需要确保指定的目录存在并且具有适当的访问权限。

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​宏转录组学习笔记(三)--通过脚本和snakemake实现自动化

您可以通过重新运行上面的脚本而不删除目录来观察此行为rnaseq/-该mkdir命令打印错误,因为目录仍然存在,但是每个shell脚本的一个很好的补充就是使它在第一个错误时失败。...你可能会注意到,shell脚本为您提供它的运行命令的输出,但不告诉你它的运行命令。 如果添加 set -x 在Shell脚本的顶部,然后重新运行它, cd ~/ rm -fr quality ....如果您运行的工作流需要4天,并且在最后更改了命令,必须手动进入,然后运行依赖于已更改命令的内容。 其次,它是非常明确的,并且不是很通用。如果要在其他RNAseq数据集上运行,必须更改许多命令。...然后,如果snakemake再次运行,您将发现它不需要执行任何操作-所有文件都是“最新的”。 添加环境 在整个研讨会中,我们一直在使用conda环境。...其他资源 今天,我们已经介绍snakemake的一些基础知识,但是,如果您需要其他教程,可以在这里[2]添加一个。

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rule all 一个特殊的rule,只有输入文件,为最后的要输出的结果文件,如果一个snakemake中存在多个rule需要加上这个rule否则只会输出第一个rule的结果 params 指定运行程序的参数...在最后一个总的snakefile中导入其他snakefile ❝include: "path/to/other.snakefile ❞ configuration 适合多样本,样本比较多的时候,生成yaml文件,所需的样本名或者其他信息全部写入...指定运行的核数,若不指定使用最大的核数 -f 重新运行第一条rule或指定的rule -F 重新运行所有的rule,不管是否已经有输出结果 ❞ ❝sankemake -np ❞ 很有用,通过假运行...,可以检查自己的文件是否正确 可视化 ❝snakemake --dag | dot -Tpdf > dag.pdf ❞ 即可输出流程图,描述每个rule的前后关系 流程的自动部署 在其他环境下同样使用相同的流程...# --j N: 在每个集群中最多并行N核 ❞ Reference [1] snakemake文档: https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/

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沉浸式体验WGBS(上游)

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Snakemake — 可重复数据分析框架

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s只能是GSM6001951或GSM6001952,|就是正则表达式中或的意思;u只能是L1-L4,如果你的样本分成了多个fastq文件那么可以用u指定样本后边的lane等信息。...jihulab.com,只需要在原来的wrapper前面写上我的仓库地址就OK。...后来才知道,reason不是推测的意思,而是名词原因的意思,这一步为什么会执行,因为输出文件不在指定的位置,换言之,如果我们跑完fastp_se后中断了snakemake流程,下次在接着跑流程,是不会跑...rule1的输出是rule2的输入那么,他们是串联关系,如果没有这种输入和输出依赖关系,那么rules可以并联同时执行。...所以如果rule1的输出在之后的rule中没有用到,那么就应该写在rule all中,否则,rule1不会被执行。

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GitLabCI系列之流水线语法第二部分

tags可让您使用指定标签的跑步者来运行作业,此runner具有ruby和postgres标签。...---- allow_failure allow_failure允许作业失败,默认值为false 。启用后,如果作业失败,该作业将在用户界面中显示橙色警告....但是,管道的逻辑流程认为作业成功/通过,并且不会被阻塞。假设所有其他作业均成功,作业的阶段及其管道显示相同的橙色警告。但是,关联的提交将被标记为"通过",而不会发出警告。...on_failure当前面阶段出现失败执行。 always 执行作业,而不管先前阶段的作业状态如何,放到最后执行。总是执行。...retry 配置在失败的情况下重试作业的次数。 当作业失败并配置retry ,再次处理该作业,直到达到retry关键字指定的次数。

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CronJob

它与传统的cron定时任务非常类似,可以根据用户指定的时间表达式,在指定的时间点运行一次或者定期运行。CronJob对象定义一个作业的规范,该作业将在指定的时间点运行,并在任务完成后终止。...如果作业失败CronJob尝试重试任务,直到任务成功完成为止。CronJob对象的组成CronJob对象由以下几个部分组成:metadata:元数据包括对象的名称、命名空间和标签等。...CronJob对象的工作流程当创建一个CronJob对象时,Kubernetes将在指定的时间表达式下创建一个Job对象。如果Job成功启动并成功完成了其任务,CronJob将被标记为已完成。...如果Job失败CronJob尝试重试,直到达到指定的重试次数为止。...这些字段指定Job对象历史记录的最大数量,以及Kubernetes可以在将它们删除之前保留多少个成功或失败的Job对象。

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, % , @ ---- before_script 用于定义一个命令,该命令在每个作业之前运行。必须是一个数组。指定的script与主脚本中指定的任何脚本串联在一起,并在单个shell中一起执行。...after_script 用于定义将在每个作业(包括失败作业)之后运行的命令。这必须是一个数组。指定的脚本在新的shell中执行,与任何before_script或script脚本分开。...before_script失败导致整个作业失败,其他作业将不再执行。作业失败不会影响after_script运行。 ---- stages 用于定义作业可以使用的阶段,并且是全局定义的。...deploy阶段运行成功后提交状态标记为passed状态。如果任何一个阶段运行失败,最后提交状态为failed。 未定义stages 全局定义的stages是来自于每个job。...如果job没有定义stage默认是test阶段。如果全局未定义stages,则按顺序运行 build,test,deploy。 如果作业中定义其他阶段,例如"codescan"则会出现错误。

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