内置数据多用于新手练习,eg:iris、volcano、letters、LETTERS
哈喽,我是学习生物信息学的阿榜!非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记,将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误,欢迎指正。让我们一起加油,一起学习进步鸭? 这份思维导图可以
约等于表格:1.数据框不是一个具体文件,只是R语言内部的一个数据;2.数据框每一列只能有一种数据类型
约等于表格 但是:列有要求(同一列只允许同一种数据类型);不是文件(可以导出来成为一个文件);
数据框来源主要包括用代码新建(data.frame),由已有数据转换或处理得到(取子集、运算、合并等操作),读取表格文件(read.csv,read.table等)及R语言内置数据
生信技能树-数据挖掘课程笔记 数据框 #数据框的新建 df = data.frame(gene = paste0("gene",1:6),change = rep(c("up","down"),each = 3)) #数据框的读取 df df = read.csv("gene.csv") #数据框的属性 dim(df) #查看行数和列数 nrow(df) #查看行数 ncol(df) #查看列数 rownames(df) #查看行名 colnames(df) #查看列名 输出结果: 图片 图片 数据框的操
初级统计函数 max() ,min() , mean() , median() ,var()方差 , sd()标准差 , sum()总和, length(x) # 长度(x中元素的个数), unique(x) #去重复(第一次出现不为重复,第二次出现为重复),duplicated(x)#检查重复值 , table(x) 重复值(因子)统计 ,sort(x) #排序 , dim() 查看行列数, nrow()查看行数,ncol() 查看列数
坑:rnorm(10,mean = 0,sd = 18)rnorm(10,mean = 0,sd = 18)<(-2) :[]中和[]外是两个向量。
Note that the echo = FALSE parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.
5.3 增加新一列 e.p df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05)
matrix 矩阵-二维,只允许一种数据类型;data.frame数据框-二维,每列只允许一种数据类型。
When you click the Knit button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:
新鲜出炉的第三版,更新也很大,全面拥抱了ggplot体系。对我来说,比较新的知识点可能是一些小技巧,这里借花献佛给大家。
---title: "2-R语言数据结构"output: html_documentdate: "2023-02-02"---矩阵:只允许一种数据类型的二维结构数据框:每一列只允许一种数据类型列表:可以装各种数据类型#重点:数据框#1.数据框来源# (1)用代码新建# (2)由已有数据转换或处理得到# (3)读取表格文件# (4)R语言内置数据#2.新建和读取数据框df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4), change =
Vector向量----一维 matrix矩阵----二维,只允许一种数据类型 data.frame数据框----二维,每列只允许一种数据类型 list列表----可装万物 图片 数据框来源: 图片 内置数据框 x=iris volcano View(volcano) ##表格视图 > class(volcano) ##数据框中包括哪些数据类型 [1] "matrix" "array" heatmap(volcano) ##热图 > letters [1] "a" "b" "c" "d" "e" "f
Pandas是数据处理和数据分析中最流行的Python库。本文将为大家介绍一些有用的Pandas信息,介绍如何使用Pandas的不同函数进行数据探索和操作。 包括如何导入数据集以及浏览,选择,清理,索引,合并和导出数据等常用操作的函数使用,这是一个很好的快速入门指南,如果你已经学习过pandas,那么这将是一个不错的复习。
今天延续Day2讲完了全部的几个重要数据类型,都是后续生信分析非常重要的知识点以及小Tips,同时深深感受到代码思维的重要性。要写能换个环境和场景依然可运行的代码,而不是一次性的玩意儿
df1 <- data.frame(gene=paste0("gene",1:4),
---title: "生信R"author: "JB"date: "2023-04-14"output: html_document---R Markdown#重点:数据框#1.数据框来源# (1)用代码新建: #df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4), #change = rep(c("up","down"),each = 2), #score = c(5
包是否下载成功的唯一标准是library()没有error,当提示package not available时,原因可能为:
klib提供了一系列非常易于应用的函数,具有合理的默认值,几乎可以用在任何DataFrame上,用于评估数据质量、获得灵感、执行数据清洗和可视化,从而更轻便、更高效的处理Python Pandas DataFrame数据。
R语言data.table包是自带包data.frame的升级版,用于数据框格式数据的处理,最大的特点快。包括两个方面,一方面是写的快,代码简洁,只要一行命令就可以完成诸多任务,另一方面是处理快,内部处理的步骤进行了程序上的优化,使用多线程,甚至很多函数是使用C写的,大大加快数据运行速度。因此,在对大数据处理上,使用data.table无疑具有极高的效率。这里我们主要讲的是它对数据框结构的快捷处理。
约等于“表格”原因:数据框不是独立的文件,是二元内部的一个数据,电脑上可能并没有这样一个文件,不是在电脑上真实存在的文件;excel表格没有要求一列只有一种数据类型,而数据框要求一列只能有一种数据类型。
本文帮助客户运用关联规则方法分析中医治疗脑出血方剂,用Apriori模型挖掘所选用的主要药物及其用药规律,为临床治疗脑出血提供参考。
each和times的区别是times输出的是abcdabcdabcd,each输出的是aaabbbcccddd
数据框(和矩阵)有2个维度(行和列),要想从中提取部分特定的数据,就需要指定“坐标”。和向量一样,使用方括号,但是需要两个索引。在方括号内,首先是行号,然后是列号(二者用逗号分隔)。以metadata数据框为例,如下所示是前六个样本:
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、数据框、矩阵和列表1. 数据框来源(1)代码新建数据框图片#新建和读取数据框df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4), change = rep(c("up","down"),each = 2), score = c(5,
再例如,corr_interactive_plot基于plotly构建交互式相关性图表,
方式:RStudio中,菜单栏File→NewProject→NewDirectory→NewProject→DirectoryName
用基础安装中的anova()函数可以比较两个嵌套模型的拟合优度。所谓嵌套模型,即它的一
数据规约: 对于中型或小型的数据集而言,通过前面学习的预处理方式已经足以应对,但这些方式并不适合大型数据集。由于大型数据集一般存在数量庞大、属性多且冗余、结构复杂等特点,直接被应用可能会耗费大量的分析或挖掘时间,此时便需要用到数据规约。 数据规约类似数据集的压缩,它的作用主要是从原有数据集中获得一个精简的数据集,这样可以在降低数据规模的基础上,保留了原有数据集的完整特性。在使用精简的数据集进行分析或挖掘时,不仅可以提高工作效率,还可以保证分析或挖掘的结果与使用原有数据集获得的结果基本相同。 要完成数据规约这一过程,可采用多种手段,包括维度规约、数量规约和数据压缩。
举一个IO为文件对象的例子, 有些时候file文件路径的包含较复杂的中文字符串时,pandas 可能会解析文件路径失败,可以使用文件对象来解决。
数据类结构 数据类型 一维 vector 向量 数值、字符、逻辑都可;只有长度;只允许一种数据 二维 matrix 矩阵 向量二维化 只允许一种数据类型 二维 data.frame 数据框-二维,每列只允许一种数据类型 1.数据框来源 1)用代码新建 2)由已有数据转换或处理得到 3)读取表格文件 4)R语言内置数据 2.新建和读取数据框 df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4),change = rep(c("up","down"),each = 2),
修改行名和列名,其实就是修改向量,要修改全部行名就给全部赋值,如果要改一个列名就给取子集赋值。如:修改第二列的列名,就是修改【列名这个向量】的第二个元素
【导读】工具包 datatable 的功能特征与 Pandas 非常类似,但更侧重于速度以及对大数据的支持。此外,datatable 还致力于实现更好的用户体验,提供有用的错误提示消息和强大的 API 功能。通过本文的介绍,你将学习到如何在大型数据集中使用 datatable 包进行数据处理,特别在数据量特别大的时候你可以发现它可能比 Pandas 更加强大。
图片本文讲解使用Panel、hvPlot等工具库,简单快速地制作可交互的数据仪表板,对180万起野火数据进行空间可视化,更直观地对起火原因、火势大小、持续时长进行单维或多维分析。---💡 作者:韩信子@ShowMeAI📘 数据分析实战系列:https://www.showmeai.tech/tutorials/40📘 本文地址:https://www.showmeai.tech/article-detail/335📢 声明:版权所有,转载请联系平台与作者并注明出处📢 收藏ShowMeAI查看更多精彩内容图片
今天给大家分享一篇内容,介绍了8个使用Python进行数据分析的方法,不仅能够提升运行效率,还能够使代码更加“优美”。
1)现在学“表格” 二维:二维有两个:(1)matix 矩阵 —— 二维,只允许一种数据类型。(2)data.frame 数据框—— 二维,每列只允许一种数据类型(列与列之间相不相同都行)。
从许多方面来看,回归分析是统计学的核心。它其实是一个广义的概念,通指那些用一个或多个预测变量(也称为自变量或解释变量)来预测响应变量(也成因变量、效标变量或结果变量)。
2、read.csv(" ") ⚠️文件在当前的工作路径中可以直接使用文件名,否则需要使用绝对路径,否则就会报错。
title: "数据框取子集、修改和连接的方法" output: html_document date: "2023-03-18" 先生成一个数据框df1作为示例数据框 df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4), change = rep(c("up","down"),each = 2), score = c(5,3,-2,-4)) df1 ## gene change scor
不管是参加Kaggle比赛,还是开发一个深度学习应用,第一步总是数据分析,这篇文章介绍了8个使用Python进行数据分析的方法,不仅能够提升运行效率,还能够使代码更加“优美”。
R语言 控制流:for、while、ifelse和自定义函数function|第5讲
文件名$列名 = c()赋值修改后的向量($提取的是一个全新的列名,之前不存在的)
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