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LncRNA芯片的一般分析流程

前面我们系统性的总结了circRNA的相关背景知识: 首先了解一下circRNA背景知识 circRNA芯片分析的一般流程 circRNA-seq分析的一般流程 ceRNA-芯片分析的一般流程 同样的策略...所以昨天我们发布了:lncRNA的一些基础知识 ,那么接下来我们需要分享的就是lncRNA芯片的一般分析流程和lncRNA-seq数据的一般分析流程!...都是走标准分析流程,火山图,热图,GO/KEGG数据库注释等等。...学徒作业:下载这个文章的这个数据集也走差异分析流程,并且进行GO/KEGG数据库功能富集注释看看是否与文章相符合。...reveals developmentally regulated lncRNA repertoire in the mouse male germline 实验设计的很好,主要是分析太简陋了,生物学故事很一般

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circRNA芯片分析的一般流程

虽然我一直讲解的GEO数据挖掘,都是基于mRNA这样的表达芯片,但实际上miRNA,lncRNA,甚至circRNA芯片也是大同小异的分析流程。...临床课题设计的一般原则 毕竟高通量技术成本不非,测序也好,芯片也罢,一下子对成百上千病人队列都做经济上有压力,所以通常是少数几个病人得到结果后,进一步筛选10个左右的靶基因进行后续大规模人群实验验证说明我们高通量数据分析结果的可靠性...但是数据分析流程是没有区别的。都是走标准分析流程,火山图,热图,GO/KEGG数据库注释等等。...这些流程的视频教程都在B站和GitHub了,目录如下: 第一讲:GEO,表达芯片与R 第二讲:从GEO下载数据得到表达量矩阵 第三讲:对表达量矩阵用GSEA软件做分析 第四讲:根据分组信息做差异分析 第五讲...生物信息学数据分析流程 通常是描述一下所采用的芯片,然后分析方法,这个文章里面的并不是最佳分析方法。其实你看上面的火山图就看得出来,典型的半边天火山图呀,详见:惊!画出来的火山图居然缺半边? ?

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解决机器学习问题的一般流程

本期将针对机器学习的新朋友,为大家讲解解决机器学习问题的一般思路: 很多博客、教程中都对机器学习、深度学习的具体方法有很详细的讲解,但却很少有人对机器学习问题的流程进行总结,而了解解决机器学习问题的一般流程对于新手而言还是非常必要的...,所以本文是非常适合机器学习入门者的一篇文章,它会让你对机器学习的整个流程有很好的理解。...当我们拿到一个机器学习问题时,通常处理的流程分为以下几步,如图1所示: ? 图1 机器学习的一般流程 数据收集 业界有一句非常著名的话:“数据决定了机器学习的上界,而模型和算法只是逼近这个上界。”...若是存在数据过度拟合的现象,说明我们可能在训练过程中把噪声也当作了数据的一般特征,可以通过增大训练集的比例或是正则化的方法来解决过拟合的问题;若是存在数据拟合不到位的情况,说明我们数据训练的不到位,未能提取出数据的一般特征

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circRNA-seq分析的一般流程

前面我们已经介绍过circRNA的基础概念: 首先了解一下circRNA背景知识,背景知识,以及 circRNA芯片分析的一般流程,但是跟mRNA一样,不仅仅是芯片可以检测,也是可以使用NGS技术,就是...in plasma exosomes from early‐stage lung adenocarcinoma and the potential biomarkers 来看看cirRNA-seq分析的一般流程...circRNA数据分析流程 重中之重其实就是circRNA的定量,在普通的mRNA-seq或者大家熟知的lncRNA-seq里面,我们都是正常的比对,每个reads都会有基因组坐标,然后跟我们的参考gtf...其实本研究还统计了circRNA在不同染色体的数量,还有其它数据库收录与否等等 表达矩阵的标准的差异分析 其实circRNA-seq和circRNA-array最后都是得到表达矩阵,然后就是走标准分析流程...这些流程的视频教程都在B站和GitHub了,目录如下: 第一讲:GEO,表达芯片与R 第二讲:从GEO下载数据得到表达量矩阵 第三讲:对表达量矩阵用GSEA软件做分析 第四讲:根据分组信息做差异分析 第五讲

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详细分析一般贸易出口流程

一、报价 在国际贸易中一般是由产品的询价、报价作为贸易的开始。...四、备货 备货在整个贸易流程中,起到举足轻重的重要地位,须按照合同逐一落实。备货的主要核对内容如下: 1 、货物品质、规格,应按合同的要求核实。...1 、一般出口包装标准:根据贸易出口通用的标准进行包装。 2 、特殊出口包装标准:根据客户的特殊要求进行出口货物包装。...配货毛重一般为 22 吨 , 体积为 68 立方米 . 45 尺高柜 : 内容积为 :13.58 米 X2.34 米 X2.71 米 , 配货毛重一般为 29 吨 , 体积为 86 立方米 . 20...一切险的承报保责任范围相当于水渍险和一般附加险的总和。 ( 2 ) 附加险别。附加险别有一般附加险和特别附加险两种类型。

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甲基化芯片的一般分析流程

前面我们系统性的总结了circRNA的相关背景知识: 首先了解一下circRNA背景知识 circRNA芯片分析的一般流程 circRNA-seq分析的一般流程 ceRNA-芯片分析的一般流程 同样的策略...(M,U) Design I illumina甲基化芯片计算 illumina的软件(Illumina GenomeStudio软件)自动就把450k芯片的IDAT原始文件转换成了甲基化信号文件,一般是...因此,β值的范围从0(完全未甲基化)到1(完全甲基化) 一般来说,具体的β值的意义是: 任何等于或大于0.6的β值都被认为是完全甲基化的。 任何等于或小于0.2的β值被认为是完全未甲基化的。...R包是:EpiDISH 甲基化芯片数据分析的一般流程 大部分情况下的甲基化芯片数据分析,与mRNA表达芯片拿到的表达矩阵下游分析并没有本质区别。...成型的甲基化芯片数据分析流程 其实我们生信技能树前面的多个教程也系统性介绍过,比如850K甲基化芯片数据的分析 ,还有Bioconductor的DNA甲基化芯片分析流程 可以很清楚的看到,也是以差异分析为主

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企业网站设计制作上线流程

企业网站通常做为企业官方在网上的一个公司宣传营销平台,目前绝大部分的企业都做了企业网站,新成立的公司也在注册前后会找网站设计制作公司来建设网站。那么企业网站设计制作上线的流程是如何呢?...1,网站需求定位策划 企业网站在设计制作前先需企业内部决策人员予以先制定下企业网站的需求和定位,简单来说就是要对企业网站上放置什么内容要先计划清楚,好后续和网站建设公司顺利沟通。...2,网站设计制作公司选择 在将网站需求定位清楚后,企业就需寻找专业而且诚信的网站建设公司来予以设计制作网站,网站设计制作市场上什么价位的都有,什么层次的也都有,需要公司决策人员谨慎决策。...4,网站设计沟通,网站制作 又专业网站设计公司设计网站页面效果图,然后与客户企业方面沟通,确认后开始网站程序的制作,完成后执行下一步的验收工作。...5,网站验收,上线 网站制作完毕后,会由客户企业方面进行验收测试,各方面均无问题后,网站配置进行上线。

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怎样制作网站的流程和步骤

那么,接下来就由小熊优化来告诉大家怎样制作网站的流程步骤?下面几点内容可能会让你对网站制作有一定的帮助。 一、网站定位 怎样制作网站?需确定建站的原因?想在网站上提供什么样的内容和服务?...服务器主机能依据具体的用途来进行购买,分别有虚拟主机、云主机等等,看看自己都需要什么样的服务器主机,一般来说虚拟主机比较便宜,但是性能,速度都不如云服务器快速和稳定,这个可以根据企业的预算来决定。...四、制作网站 制作网站可主要三种方式:1、找建站公司,2、在线建站,3、采用cms系统自行搭建,这个需要根据企业的实际需求出发,在线建站不建议大家使用,是因为在线建站基本就是鸡肋,做出来的网站搜索引擎不收录...这里需要注意,网站制作完毕后,一定要对方提供网站部署文件,很多公司没有这个觉悟,导致第二年被索要高额的维护费。...上面几点是制作网站的一些步骤和注意事项,对大家在制作网站时候应该能起到一定的帮助。

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