ggside 包旨在使用户能够轻松地将metadata添加到他们的 ggplots 中。ggside对于一些复杂数据的处理优于patchwork。
在本课中需要制作与每个样本中的平均表达量相关的多个图,还需要使用所有可用的metadata来适当地注释图表。
漂亮的圆形图。我不确定对数据分析师本身是否有额外的好处,但如果能吸引决策者的注意,那对我来说就是额外的价值。
文章来源:"Preoperative immune landscape predisposes adverse outcomes in hepatocellular carcinoma patients with liver transplantation" (2021,npj Precision Oncology),数据与代码全部公开在https://github.com/sangho1130/KOR_HCC。
treatment = rep(c("elevated","ambient"),150))
tidyverse包其中包含着一个重要的可视化包---ggplot2。 Ggplot2是由Hadley Wickham制作的数据可视化软件包,它基于一组称为图层的原则。 基本思想是ggplot2将数据的几何对象(圆圈,线条等),主题和比例放在上面。 几何对象的形式由geom_xxx()函数定义,基于数据变量的几何对象的属性(位置,大小,颜色)由美学(aes())函数指定( 在geom_xxx()函数中)。任何ggplot图的基础层都是由ggplot()函数定义的空ggplot层,它描述了用于绘图的数据框。
Highcharter是基于HighCharts javascript库及其模块的R包。这个包的主要功能是:可以创建交互式的各种图表,如散点图、气泡图、时间序列、热图、树形图、条形图等;支持各种R对象;支持Highstocks图表、Choropleths;支持管道方法和各种各样的主题与外观。
经济时间序列的分析通常需要提取其周期性成分。这篇文章介绍了一些方法,可用于将时间序列分解为它们的不同部分。它基于《宏观经济学手册》中Stock和Watson(1999)关于商业周期的章节,但也介绍了一些较新的方法,例如汉密尔顿(2018)替代HP滤波器,小波滤波和经验模态分解。
本章将教您如何使用ggplot2可视化您的数据。 R有几个用于制作图形的系统,但ggplot2是最优雅和最通用的系统之一。 ggplot2实现了图形语法,它是一个用于描述和构建图形的系统。如果您想在开始之前了解更多关于ggplot2理论基础的内容,我建议您阅读“The Layered Grammar of Graphics”,
plot函数中,x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标;函数中的...为附加的参数。plot函数默认的使用格式如下:
如你所见,直方图上叠加核密度图,专业来说,核密度估计是用于估计随机变量概率密度函数的一种非参数方法。核密度图是用来观察连续型变量分布的有效方法。绘制密度图的方法:
标题:DiffusionDet: Diffusion Model for Object Detection
cowplot包提供了很多函数用于注释图形,包括图形下方的注释,图内数学表达式,组合图的总标题等。因为ggplot2 v2.2.0本身就支持这些特性,所以推荐优先使用ggplot2本身的方法。未来两种相同的功能将从cowplot移除。
❝最近看到一篇论文通过系统发育树添加饼图来展示数据,本节来简单介绍一下如何绘制一个类似的图。下面小编通过一个小案例来进行展示,图形过程仅供展示用,希望各位观众老爷能够喜欢,代码可直接复制粘贴运行。 ❞
之前的推文零散笔记:R安装xlsx包遇到报错以及github下载指定文件夹的内容 记录了安装xlsx包时的报错,今天记录解决办法
桑基图(Sankey diagram),即桑基能量分流图,也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名,此后便以其名字命名为“桑基图”。
添加其他变量的一种方法是aesthetics。 另一种对分类变量特别有用的方法是将绘图分割为多个子图,每个子图显示一个数据子集。要通过单个变量来划分您的绘图,请使用facet_wrap()。 facet_wrap()的第一个参数应该是一个公式,你用〜后跟一个变量名创建(这里“formula”是R中数据结构的名称,而不是“equation”的同义词)。 传递给facet_wrap()的变量应该是离散的。
细胞类型注释是单细胞转录组中非常重要的环节,2021年 Nature protocols 中发表了一篇细胞注释的教程综述Tutorial: guidelines for annotating single-cell transcriptomic maps using automated and manual methods,含有细胞注释常见的流程,以及每个步骤可用的软件以及一些资源和建议。
为了严格实现图形语法,ggplot2提供了一种非常直观和一致的方式来绘制数据。ggplot2的绘图方法不仅确保每个绘图包含特定的基本元素,而且在很大程度上简化了代码的可读性。
在分享完即可统计又可可视化绘制的优秀可视化包后(具体内容可看统计绘图 | 既能统计分析又能可视化绘制的技能 。就有小伙伴私信问我“需要绘制出版级别的可视化图表有什么快速的方法?“。鉴于我是一个比较宠粉的小编,几天就给大家推荐一个技巧,让你快速绘制出符合出版要求绘图技能。主要内容如下:
先前提到了60-R可视化-8-用ggsignif做统计分析绘图 (qq.com)这个包。
火山图(Volcano Plot)常用于展示基因表达差异的分布,横坐标常为Fold change(倍数),越偏离中心差异倍数越大;纵坐标为P value(P值),值越大差异越显著。得名原因也许是因为结果图像火山吧
在BBC数据团队开发了一个R包,以ggplot2内部风格创建可发布出版物的图形,并且使新手更容易到R创建图形。 例如:
前面我们已经对xaringan进行详细的入门介绍:R沟通|用xaringan包制作幻灯片,并且做了一个小小的拓展:R沟通|设置xaringan主题。今天介绍下另一个与xaringan幻灯片息息有关的包:xaringanExtra[1]。
关系正确返回TRUE 否则FALSE== 相等 != 不相等>大于< 小于 ps:字母多的字符串比少的大
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/FN433596
-可以通过将部分子图包装在括号中来制作嵌套布局。在这种情况下,画布布局的范围为不同的嵌套级别。
接着创建一个行,命名这个行为标题,设置他的高度为自动,背景色为白色,以及为了之后内容的垂直对齐,设置他的垂直对齐为居中即可:
从图中可以非常直观的看出来不同样本在不同表达区间的分布情况。由于报告没有给出源代码,我们模仿的画一画。
考虑到公众号后台数不胜数的提问其实并不是生物学知识或者数据处理知识的困惑,仅仅是绘图小技巧以及数据转换的困难。所以我们一再强调系统性掌握编程知识的重要性,在这个打基础方面我让实习生“身先士卒”,起码每个人在每个编程语言上面都需要看至少五本书而且每本书都需要看五遍以上,并且详细的记录笔记。
Josh Devlin 2017年2月21日 Pandas可以说是数据科学最重要的Python包。 它不仅提供了很多方法和函数,使得处理数据更容易;而且它已经优化了运行速度,与使用Python的内置函数进行数值数据处理相比,这是一个显著的优势。 刚开始学习pandas时要记住所有常用的函数和方法显然是有困难的,所以在Dataquest(https://www.dataquest.io/)我们主张查找pandas参考资料(http://pandas.pydata.org/pandas-docs/stab
Genomic insights into the origin, domestication and diversification of Brassica juncea
相关矩阵显示相对大量连续变量之间的相关系数。 然而,虽然R提供了一种通过cor函数创建这种矩阵的简单方法,但它没有为该函数创建的矩阵提供绘图方法。ggcorr函数提供了这样的绘图方法,使用ggplot2包中实现的“图形语法”来渲染绘图。 在实践中,其结果在图形上接近于corrplot函数的结果,这是优秀的arm包的一部分。
Geom_text()将文本直接添加到绘图中。 geom_label()在文本后面绘制一个矩形,使其更易于阅读。
patchwork是基于ggplot2的拼图包,因为ggplot2本身没有强大的拼图语法,而一般使用的gridExtra与cowplot的拼ggplot2图形都存在不少问题。
filter()函数用于筛选出一个观测子集,第一个参数是数据库框的名称,第二个参数以及随后的参数是用来筛选数据框的表达式。
正好来复习一下前面[[111-R可视化35-结合grid与ggplot输出]] 的用法。
说明没问题,是得到了dataframe;这样:数据准备好了,作图的工具也准备好了,那么我们就开始作图:
第一步:准备数据,使用的数据包括三列,len长度,supp是分类变量,dose是0.5mg,1mg和2mg三个变量。
箱线图展示的就是分位数,中间的线表示的是中位数,也就是50%分位数,如果非要在箱线图上画上表示平均值的线段也是可以实现的,今天介绍一下实现代码
前面我们学习了ggplot2中组合图形的绘制,在科研论文中,组合图形每张子图通常需要加上ABCD等标签,如下图所示。
偶然见到一张将拟时序分析的结果映射到umap中的图(https://www.jianshu.com/p/e2f0dc8a485c),想了下只需要获取 时序分析的结果 + umap的位置信息 ,使用ggplot2是不是就可以绘制了?
style包为易于切换的绘图『样式』增加了支持,它们与matplotlibrc文件参数相同。
单细胞RNA-seq分析介绍 单细胞RNA-seq的设计和方法 从原始数据到计数矩阵 差异分析前的准备工作 scRNA-seq—读入数据详解
折线图和散点图是最常用的展示两个变量间关系的图表,在seaborn中,通过以下两个函数来绘制对应的图形
话不多说,上网址: https://www.r-graph-gallery.com/ r-garp-gallery收入了大量利用R语言绘制的图形,这些图形包含了很多方面,通过这个网站,我们可以方便直观观察到R语言所能做的一些图形。
在先前的内容里:[[66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本(柱状图加计数)]],我们提到过添加文本的方法。但是,对于散点图来说,我们需要找到的是一个坐标,而这个坐标,最好可以反映位置散点的中心或附近区域,对这个坐标进行标识。
前言 前两天给大家派送了小编自己定制的2021年日历和月历,看到好多读者下载了,小编表示很欣慰?。上期推送可见:R可视乎|2021年日历大派送 今天来说说这个包吧,非常简单,比起ggplot2包绘制日
ggplot2包中的主要功能是ggplot(),它可用于使用数据和x / y变量初始化绘图系统。 例如,以下R代码将数据集初始化为ggplot,然后将一个图层(geom_point())添加到ggplot上,以创建x = Sepal.Length的散点图y = Sepal.Width:
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