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1
回答
将
信息
添加到
pheatmap
、
、
0.0000000 0.02270478 0.4612034 0.3191430 0.13170009 0.24160383 0.1388863 然后,我使用
pheatmap
创建了一个热图,代码如下
pheatmap
(log10(line_tab+1), color = col.pal.red, fontsize_row = 5,
浏览 12
提问于2019-07-03
得票数 1
1
回答
R中
pheatmap
中的x轴和y轴标签
、
、
我真的很喜欢
pheatmap
包在R中创建非常漂亮的热图的方式。然而,我正在尝试
将
x和y轴标签
添加到
输出中(如果只是在plot()中,就会使用: xlab = 'stuff')。下面是一个简单的例子。require(
pheatmap
) d <- matrix(rnorm(25), 5, 5)rownames(d) = paste(&
浏览 7
提问于2013-07-09
得票数 10
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1
回答
使用
pheatmap
按行注释对数据进行排序?
、
、
我认为软件包"
pheatmap
.type“可以工作,但不幸的是,RVersion4.0.2无法使用它。我不能发布确切的数据(机密),但我已经附加和示例文件,我
将
描述我做了什么,到目前为止,并张贴代码。然后,我尝试以几种不同的方式
将
组
信息
添加到
数据帧中,从而创建注释行。
pheatmap
(df_HM_matrix_1, color=my_palette, fontsize=14,m
浏览 2
提问于2020-09-17
得票数 1
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1
回答
R:有没有一种方法可以只生成相异矩阵的热图并按聚类排序?
、
、
我正在使用hclust在266个观察值中寻找集群。所有的变量都是绝对的。我正在尝试创建从daisy函数创建的相异矩阵的热图,以可视化集群内的相似性。我正在使用heatmap函数: distfun = dist, hclustfun = hclust, add.expr, symm = FALSE, revC = identical(C
浏览 2
提问于2019-09-09
得票数 0
2
回答
pheatmap
集群注释
、
我正在尝试
将
基于k-means的聚类算法的结果显示为
pheatmap
。至于
pheatmap
,我只找到了annotation选项,但它是按列工作的,而不是按行工作的。有没有办法突出显示
pheatmap
中的行聚类 我的另一个想法是
将
cluster-column作为单独的颜色
添加到
热图中。然而,我需要使用另一种配色方案,而不是热图的其余部分,所以我不确定这是否可能。
浏览 1
提问于2012-04-24
得票数 2
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1
回答
R:向
pheatmap
中的绘图区域添加一些文本
、
、
、
我只想在
pheatmap
的绘图区域内添加一段文本。 由于
pheatmap
函数已经包装了其中的所有内容,因此我很难弄清楚这一点。在下面的MWE中,我只想在绘图下面添加long_text,或者最好是
添加到
空白的右下角(相应地调整绘图区域,使用适当的换行符,如果可能的话,使用斜体)。colnames(mymat) <- paste("sample_", 1:15) rownames(mymat) <- paste("gene", 1:dim(mymat)[1], sep="_"
浏览 122
提问于2020-04-27
得票数 0
1
回答
在R中组合
pheatmap
、
、
、
我一直在努力解决如何
将
2个或更多的
pheatmap
(热图)组合到最终图中,但没有成功。c("TD6 vs SH", ))hm_data1 <-
pheatmap
(as.matrix(data1
浏览 17
提问于2018-08-01
得票数 3
回答已采纳
2
回答
如何仅对R heatmap.2中的列进行聚类?
、
、
我有一个数据,我只想用树状图为该列绘制一个热图。我怎样才能做到这一点呢?这是我的代码,它不能工作。library(RColorBrewer) XXX_LV_06.ip = 0.985, XXX_SP_06.ip = 0.932, XXX_LN
浏览 0
提问于2014-03-20
得票数 8
1
回答
如何在R中将图例
添加到
我的热图?
、
、
、
我有一个基因表达的大型数据集。这些行就是基因。柱子是特定的组织--因此它是该组织中的基因表达。heatmap(expression_all_tissues_matrix, scale= "column",col=brewer.pal(9,"Blues"))谢谢!
浏览 3
提问于2021-05-05
得票数 0
2
回答
如何在特定的R图上获得可读的刻度?
、
、
我已经在生物星论坛()上发了一个关于这个问题的帖子,但是没有得到很多回复。我用R和包装EMA绘制了转录数据。然而,“基因名称”(纵坐标)写得太大了,我看不出所有的基因名称。我想每个隔间有一个基因名。这是我的代码: dendro=TRUE, dendro.sup=TRUE, names=TRUE, names.sup=TRUE, names.dist=TRUE, trim.heatmap=0.
浏览 4
提问于2020-08-03
得票数 1
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1
回答
更改
pheatmap
绘图背景颜色
、
、
有没有办法
将
R中
pheatmap
图的背景由白色改为黑色 library(
pheatmap
)test = matrix(rnorm(200), 20, 10)Test", 1:10, sep = "")# Draw heatmapspheatmap(test)
pheatmap
pheatmap
(tes
浏览 118
提问于2019-10-14
得票数 1
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1
回答
在arrangeGrob中使用
pheatmap
、
、
我刚刚开始学习网格和grob,我想我知道问题是什么:
pheatmap
是一个网格对象,包含grob对象,不允许我将其放在arrangeGrob中。这是真的吗?我是否需要以某种方式
将
qplot放在一个网格中,
将
pheatmap
放在一个网格中,然后
将
这些网格放入一个新的网格?library(grid)library(
pheatmap
)hmdat=rbind(c(1,2,3),c(3,4,5),
浏览 21
提问于2016-09-20
得票数 10
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1
回答
如何在
pheatmap
中翻转分层聚类节点
、
、
、
我有以下代码:产生了下面的情节。wt.Move
将
mpg和qsec节点移动到最左边的mpg disp和hp节点。更新phtmap <-
pheatmap
::
pheatmap
(mtcars) col_dend &
浏览 2
提问于2020-08-11
得票数 1
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1
回答
使用来自
pheatmap
的行上的图例添加颜色
、
我的代码是: library(
pheatmap
)test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seqtest) = paste("Test", 1:10, sep = "")
pheatmap
浏览 67
提问于2020-09-29
得票数 0
1
回答
在
Pheatmap
中编辑行名和列名
、
我想在我的
pheatmap
中编辑行名和列名,或者最终删除并添加新的要编辑的行名和列名。在本例中,我
将
show_colnames和show_rownames设置为FALSE。library("
pheatmap
")
pheatmap
(scale(dat), show_colnames = T, show_rownames = T,legend = TRUE,
浏览 10
提问于2015-08-17
得票数 2
回答已采纳
5
回答
pheatmap
: NA的颜色
、
、
使用R包
pheatmap
绘制热图。有没有一种方法可以给输入矩阵中的NAs分配颜色?似乎在默认情况下,NA会被染成白色。例如:m<- matrix(c(1:100), nrow= 10)m[10,10]<- NA
pheatmap
(m, cluster_rows
浏览 0
提问于2014-09-19
得票数 13
4
回答
如何调整列标签的大小?
、
我有一个大约4000行和100列的data.matrix。我正在制作数据的热图,如下所示:但我得到的问题是,出现在列中的标签太过分组,因此不可能正确地可视化它们。如何调整热图的大小,以便可以看到列标签的值?我试着把它打印成pdf格式,但它只有一条黑色的条纹。谢谢
浏览 5
提问于2012-10-26
得票数 1
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1
回答
热图输出
、
、
、
我喜欢这个软件,但是我想从它中得到我使用
pheatmap
软件包得到的相同的颜色输出。因此,我希望这两个命令产生相同的输出:
pheatmap
(scale (mtcars)) 有办法这样做吗?提前谢谢。阿图罗
浏览 4
提问于2020-05-21
得票数 1
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1
回答
为
pheatmap
图中的特定单元格着色
、
、
我正在尝试为使用R包
pheatmap
创建的图表中的任意单元格着色。简短的示例: library (
pheatmap
) color = colorRampPalette
浏览 56
提问于2019-09-13
得票数 1
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2
回答
如何从R
pheatmap
获取颜色比例值(行z分值)
、
、
我有以下数据框:library(RColorBrewer) #> motif_b -9.184523 32.821805 22.79930 -49.23769p <-
pheatmap
浏览 0
提问于2018-03-28
得票数 3
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