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0.0000000 0.02270478 0.4612034 0.3191430 0.13170009 0.24160383 0.1388863 然后，我使用pheatmap创建了一个热图，代码如下 pheatmap(log10(line_tab+1), color = col.pal.red, fontsize_row = 5,
浏览 12提问于2019-07-03得票数 1
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我真的很喜欢pheatmap包在R中创建非常漂亮的热图的方式。然而，我正在尝试将x和y轴标签添加到输出中(如果只是在plot()中，就会使用: xlab = 'stuff')。下面是一个简单的例子。require(pheatmap)
d <- matrix(rnorm(25), 5, 5)rownames(d) = paste(&
浏览 7提问于2013-07-09得票数 10
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我认为软件包"pheatmap.type“可以工作，但不幸的是，RVersion4.0.2无法使用它。我不能发布确切的数据(机密)，但我已经附加和示例文件，我将描述我做了什么，到目前为止，并张贴代码。然后，我尝试以几种不同的方式将组信息添加到数据帧中，从而创建注释行。pheatmap(df_HM_matrix_1, color=my_palette,
fontsize=14,m
浏览 2提问于2020-09-17得票数 1
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我正在使用hclust在266个观察值中寻找集群。所有的变量都是绝对的。我正在尝试创建从daisy函数创建的相异矩阵的热图，以可视化集群内的相似性。我正在使用heatmap函数： distfun = dist, hclustfun = hclust, add.expr, symm = FALSE, revC = identical(C
浏览 2提问于2019-09-09得票数 0
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我正在尝试将基于k-means的聚类算法的结果显示为pheatmap。至于pheatmap，我只找到了annotation选项，但它是按列工作的，而不是按行工作的。有没有办法突出显示pheatmap中的行聚类
我的另一个想法是将cluster-column作为单独的颜色添加到热图中。然而，我需要使用另一种配色方案，而不是热图的其余部分，所以我不确定这是否可能。
浏览 1提问于2012-04-24得票数 2
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我只想在pheatmap的绘图区域内添加一段文本。 由于pheatmap函数已经包装了其中的所有内容，因此我很难弄清楚这一点。在下面的MWE中，我只想在绘图下面添加long_text，或者最好是添加到空白的右下角(相应地调整绘图区域，使用适当的换行符，如果可能的话，使用斜体)。colnames(mymat) <- paste("sample_", 1:15)
rownames(mymat) <- paste("gene", 1:dim(mymat)[1], sep="_"
浏览 122提问于2020-04-27得票数 0
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我一直在努力解决如何将2个或更多的pheatmap(热图)组合到最终图中，但没有成功。c("TD6 vs SH", ))hm_data1 <- pheatmap(as.matrix(data1
浏览 17提问于2018-08-01得票数 3
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我有一个数据，我只想用树状图为该列绘制一个热图。我怎样才能做到这一点呢？这是我的代码，它不能工作。library(RColorBrewer) XXX_LV_06.ip = 0.985, XXX_SP_06.ip = 0.932, XXX_LN
浏览 0提问于2014-03-20得票数 8
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我有一个基因表达的大型数据集。这些行就是基因。柱子是特定的组织--因此它是该组织中的基因表达。heatmap(expression_all_tissues_matrix, scale= "column",col=brewer.pal(9,"Blues"))谢谢!
浏览 3提问于2021-05-05得票数 0
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我已经在生物星论坛()上发了一个关于这个问题的帖子，但是没有得到很多回复。我用R和包装EMA绘制了转录数据。然而，“基因名称”(纵坐标)写得太大了，我看不出所有的基因名称。我想每个隔间有一个基因名。这是我的代码： dendro=TRUE, dendro.sup=TRUE, names=TRUE, names.sup=TRUE, names.dist=TRUE, trim.heatmap=0.
浏览 4提问于2020-08-03得票数 1
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有没有办法将R中pheatmap图的背景由白色改为黑色 library(pheatmap)test = matrix(rnorm(200), 20, 10)Test", 1:10, sep = "")# Draw heatmapspheatmap(test)
pheatmappheatmap(tes
浏览 118提问于2019-10-14得票数 1
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我刚刚开始学习网格和grob，我想我知道问题是什么: pheatmap是一个网格对象，包含grob对象，不允许我将其放在arrangeGrob中。这是真的吗？我是否需要以某种方式将qplot放在一个网格中，将pheatmap放在一个网格中，然后将这些网格放入一个新的网格？library(grid)library(pheatmap)hmdat=rbind(c(1,2,3),c(3,4,5),
浏览 21提问于2016-09-20得票数 10
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我有以下代码：产生了下面的情节。wt.Move 将mpg和qsec节点移动到最左边的mpg disp和hp节点。更新phtmap <- pheatmap::pheatmap(mtcars)
col_dend &
浏览 2提问于2020-08-11得票数 1
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我的代码是： library(pheatmap)test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seqtest) = paste("Test", 1:10, sep = "")pheatmap
浏览 67提问于2020-09-29得票数 0
我想在我的pheatmap中编辑行名和列名，或者最终删除并添加新的要编辑的行名和列名。在本例中，我将show_colnames和show_rownames设置为FALSE。library("pheatmap")
pheatmap(scale(dat), show_colnames = T, show_rownames = T,legend = TRUE,
浏览 10提问于2015-08-17得票数 2
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使用R包pheatmap绘制热图。有没有一种方法可以给输入矩阵中的NAs分配颜色？似乎在默认情况下，NA会被染成白色。例如：m<- matrix(c(1:100), nrow= 10)m[10,10]<- NA
pheatmap(m, cluster_rows
浏览 0提问于2014-09-19得票数 13
4回答
我有一个大约4000行和100列的data.matrix。我正在制作数据的热图，如下所示：但我得到的问题是，出现在列中的标签太过分组，因此不可能正确地可视化它们。如何调整热图的大小，以便可以看到列标签的值？我试着把它打印成pdf格式，但它只有一条黑色的条纹。谢谢
浏览 5提问于2012-10-26得票数 1
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热图输出
、、、
我喜欢这个软件，但是我想从它中得到我使用pheatmap软件包得到的相同的颜色输出。因此，我希望这两个命令产生相同的输出：pheatmap (scale (mtcars))
有办法这样做吗？提前谢谢。阿图罗
浏览 4提问于2020-05-21得票数 1
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我正在尝试为使用R包pheatmap创建的图表中的任意单元格着色。简短的示例： library (pheatmap)
color = colorRampPalette
浏览 56提问于2019-09-13得票数 1
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我有以下数据框：library(RColorBrewer)
#> motif_b -9.184523 32.821805 22.79930 -49.23769p <- pheatmap
浏览 0提问于2018-03-28得票数 3
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