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4
回答
将
分子
名称
转
换为
微笑
?
、
我想知道,有没有办法把IUPAC或普通
分子
的名字变成笑脸?我想要做到这一点,而不必手动转换每一个使用在线系统的人。任何意见都将非常感谢!
浏览 91
提问于2019-03-01
得票数 7
回答已采纳
1
回答
无法使用rdkit
将
分子
转
换为
指纹
、
、
我正在尝试用rdkit把
分子
的
微笑
转换成指纹。我有两个
微笑
: Nc1cccc(N)n1和Nc1cc(CSc2ccc(O)cc2)cc(N)n1。第一个扩展为第二个。我正在尝试
将
这个片段转换成
分子
,然后再转换成指纹,以计算与参考
分子
的相似性。 Desired transformation 但我得到了一个错误:‘无法对原子进行kekulize’,使用这些原子的索引。这对我来说很奇怪,因为所有的
微笑
(两个输入的
微笑
和产生的片段
微笑
)都可以很
浏览 43
提问于2021-04-28
得票数 0
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4
回答
使用python从
微笑
格式中获取
分子
名称
、
我有一些
微笑
格式的
分子
,我想从
微笑
格式的
分子
中获得
分子
名称
,我想使用python进行转换。
浏览 1
提问于2013-04-21
得票数 2
1
回答
一个巨蟒函数,它抛弃太相似的
分子
,基于Tanimoto系数?
、
、
我正在尝试编写一个python函数,它使用两个列表作为输入:一个包含一些
分子
微笑
代码,另一个包含
分子
名称
。然后,它计算出所有
分子
对之间的TANIMOTO系数(我已经有了一个函数),并返回两个新的列表,其中分别包含
微笑
和
名称
,这些
分子
与任何其他
分子
都不高于某个阈值。这是我迄今为止所做的,但它给出了错误的结果(我得到的大多数
分子
几乎是相同的.): def TanimotoFilter(molist,namelist,th
浏览 0
提问于2015-10-16
得票数 2
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1
回答
如何利用RDKit计算
微笑
结构列表的
分子
指纹和相似性?
、
、
、
、
我用RDKit计算了两个
微笑
结构的
分子
列表之间的
分子
相似度。现在,我能够从两个单独的csv文件中提取
微笑
结构。我想知道如何
将
这些结构放入RDKit中的指纹模块,以及如何计算两个
分子
列表之间的相似性。std::char_traits<wchar_t>, std::allocator<wchar_t> > from this Python object of type float 然后我检查了文件,在
微笑
栏里只有
微笑
但是当我手
浏览 0
提问于2018-08-04
得票数 4
回答已采纳
1
回答
使用
微笑
字符串(子结构指纹)确定化学结构中是否存在子结构。
、
、
微笑
(简化的
分子
输入线输入系统)字符串)是使用ASCII字符表示化学结构的字符串。例如,水(H_2O)可以用
微笑
写成H-O-H。📷📷📷📷 可以表示为C#N或N#C
浏览 0
提问于2020-06-12
得票数 9
2
回答
如何根据附加在某一原子上的氢原子数量来区分
分子
的列表?
、
、
、
我有
分子
式C9H17B的烯烃
分子
。我如何
将
这些
分子
分成三类,一类是C-B-H2类,一类是C2-B.类,另一类是C3-B类。我该怎么做?我试过用
微笑
,也用了摩尔,但我的方法行不通。
浏览 5
提问于2022-07-25
得票数 2
回答已采纳
2
回答
如何从
微笑
中获取
分子
结构信息?
、
、
、
、
我的问题是:有没有什么算法可以
将
微笑
结构转
换为
拓扑指纹?例如,如果甘油是输入,那么答案将是3x -OH,2x -CH2和1x -CH。作为输入,我想让我的
分子
的结构/指纹从
微笑
结构开始。 我对-rdkit和摩根指纹已经很熟悉了,但这不是我要找的。我还意识到我可以在rdkit中使用“匹配子结构”搜索,但这样我就必须定义所有不同的子组。
浏览 18
提问于2021-03-22
得票数 3
回答已采纳
3
回答
如何从
微笑
分子
表示中生成图形?
、
、
我有一个用
微笑
字符串表示的
分子
数据集。我试着把这个表示成图表。是否有办法这样做?例如,假设我有字符串CC(C)(C)c1ccc2occ(CC(=O)Nc3ccccc3F)c2c1,是否有一种通用的方法将其转
换为
图表示,即邻接矩阵和原子向量?我看到了关于的问题,我知道rdkit有MolFromSmiles,但是我找不到从
微笑
字符串中获取图形的东西。
浏览 1
提问于2019-07-16
得票数 13
回答已采纳
2
回答
如何从Python中的
微笑
字符串中解析和获取单个元素,而不是字符
、
、
、
在Python中,我试图
将
一个
微笑
字符串分解为一个有效的
微笑
元素列表。我想问一下,RDKit是否已经有了一种方法来解构
微笑
串?我确实分别创建了一个有效的
微笑
元素列表。例如,我想将这个字符串CC(Cl)c1ccn(C)c1
转
换为
这个列表“C”、“C”、“(‘’、'Cl‘、’‘)、'c’、'1‘、'C’、'n‘、'(’、'c‘、’‘)、'c’、'1‘。其他有效的
微笑
元
浏览 10
提问于2022-10-26
得票数 0
1
回答
我需要从一个
微笑
字符串(或.xyz文件)中找到一个所有可能的键的列表,即一个
分子
中原子之间的角度
、
我正在尝试开发力场,为了做到这一点,我需要一个列表,列出所有可能的键,角和
分子
中的二面体,从
微笑
字符串oe .xyz文件。 有没有可能用RDkit做到这一点?如果是这样的话,是怎么做的?
浏览 17
提问于2019-10-15
得票数 0
4
回答
绘制有机化合物并输出到SVG的在线工具?
、
、
我希望能够快速生成有机化合物,并将其导出为SVG格式。特别是,我需要能够绘制带有括号的聚合物单元。有在线工具吗?
浏览 0
提问于2015-09-01
得票数 2
1
回答
Python请求:上传一个文件,然后解析来自重定向的数据
、
、
我正在尝试使用这个在线转换器: DataBank
将
一个PDB (蛋白质格式)文件转换成一个
微笑
字符串(
分子
的表示) 当您提交一个PDB文件并按下“翻译”按钮时,它将重定向到一个新的url,其中包含
微笑
字符串如何使用请求从重定向url解析输出
微笑
字符串?所有选项都可以保持默认状态。
浏览 1
提问于2020-07-21
得票数 0
回答已采纳
2
回答
将
微笑
数据集转
换为
图表
、
、
我的想法是创造一个VAE或GAN,能够产生新的药物,使用图表来表示我的
分子
。现在我问的是真正的问题:CC(=O)Nc1ccc(O)cc1,重量= 151.16,… CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)
浏览 20
提问于2021-12-23
得票数 1
1
回答
如何使用sed以百分比编码
将
ASCII转
换为
URL
、
、
、
、
化学物质可以用简化的
分子
输入线输入系统来表示(
微笑
)。请参阅:[O-]C(=O)CCC1(CC([O-])=O)O[Mo]23(OC1=O)[S]1[Fe]45S[Fe]67[S]8[Fe]9[S]6[Fe]6%10S[Fe]%11([S]24)[S]3[Fe]11S[Fe]8([S]96)[N]57%10%111我需要将%符号转
换为</e
浏览 0
提问于2013-08-12
得票数 0
回答已采纳
2
回答
RNN变分自动编码器中的字符串输入输出表示
、
、
、
分子
自编码器使我们可以对化合物进行插值和梯度优化。在论文中,他们用空格
将
短字符串填充到120个字符。我在理解本文时遇到的问题是确定输入和输出结构是什么样子的。 本文在输入输出结构上
浏览 3
提问于2016-10-15
得票数 1
2
回答
将
mol2
分子
数据库分成N个较小的集合
、
我从锌的数据库()中得到了一大堆mol2 ()格式的
分子
。我希望能够
将
这个数据库分成N个较小的数据库的任意集合。用python、bash或perl编写脚本的最佳方法是什么?我读到过openbabel,但它只能产生单个
分子
的集合。塔克斯
浏览 0
提问于2009-12-30
得票数 3
回答已采纳
2
回答
使用rdkit或其他python模块
将
微笑
转
换为
化学
名称
或IUPAC
名称
、
、
有没有办法使用RDKit或其他python模块
将
微笑
转
换为
化学
名称
或IUPAC
名称
? 我在其他帖子中找不到非常有帮助的东西。 非常感谢!
浏览 76
提问于2020-10-13
得票数 4
回答已采纳
1
回答
如何
将
包含数组的字符串转
换为
python中的数组?
、
、
、
我已经从
微笑
转
换为
一组
分子
的指纹(Fp),数据框架如下: 指纹类型是: 然后用to_csv
将
文件保存到CSV文件中。
浏览 4
提问于2022-05-18
得票数 0
1
回答
具有自定义模型的自定义拥抱面托卡器
、
、
、
我正在研究
分子
数据的表示法叫做
微笑
。一个
分子
串的例子看起来像Cc1ccccc1N1C(=O)NC(=O)C(=Cc2cc(Br)c(N3CCOCC3)o2)C1=O。我希望通过regex解析的
微笑
字符串
将
单个字符指定为令牌,如下所示: SMI_REGEX_PATTERN = r"""(\[[^\]]+]|Br?|Cl?
浏览 5
提问于2021-05-13
得票数 1
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