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DMU遗传评估从入门到出家系列

DMU是一个数量遗传学工具包,主要功能包括估计方差组分和固定效应,预测育种值。DMU的开发历史可以追溯到25年前,大部分功能基于数量遗传学研究的需求而开发。在丹麦动物育种研究中,DMU是一个主要的统计研究工具(估计和预测)。此外,DMU也应用于丹麦牛,羊,貂和马等常规遗传评估研究。因此,DMU不但在一些特定的项目中具备高性能优势,也适用于常规数量遗传学研究。“DMU”名称最初来自于程序包中用来进行初始化的过程名字缩写。这些过程利用约束最大似然法(REML),通过Derivative-free方式执行MUltivariate analysis,因此得名DMU。但是,在当前的DMU版本中,并不包括DF-REML模块,现在D仅代表DJF(丹麦农业科学学院的缩写)。

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R语言基础教程——第3章:数据结构——因子

变量可归结为名义型、有序型或连续型变量。名义型变量是没有顺序之分的类别变量。类别(名义型)变量和有序类别(有序型)变量在R中称为因子(factor)。因子在R中非常重要,因为它决定了数据的分析方式以及如何进行视觉呈现。因子(factor)是R语言中比较特殊的一个数据类型, 它是一个用于存储类别的类型,举个例子,从性别上,可以把人分为:男人和女人,从年龄上划分,又可以把人分为:未成年人(<18岁),成年人(>=18)。R把表示分类的数据称为因子,因子的行为有时像字符串,有时像整数。因子是一个向量,通常情况下,每个元素都是字符类型,也有其他数据类型的元素。因子具有因子水平(Levels),用于限制因子的元素的取值范围,R强制:因子水平是字符类型,因子的元素只能从因子水平中取值,这意味着,因子的每个元素要么是因子水平中的字符(或转换为其他数据类型),要么是缺失值,这是因子的约束,是语法上的规则。

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