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R绘图笔记 | 一般的散点图绘制

可先阅读文章：R绘图笔记 | R语言绘图系统与常见绘图函数及参数 1.利用plot()绘制散点图 R语言中plot()函数的基本格式如下： plot(x,y,...) plot函数中，x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标...3.其他散点图函数 除了上面的包和函数可以绘制散点图外，还有一些包也可以绘制复杂性的散点图。比如说car包中的scatterplot()函数和lattice包的xyplot()函数。...car包中的scatterplot()函数增强了散点图的许多功能，它可以很方便地绘制散点图，并能添加拟合曲线、边界箱线图和置信椭圆，还可以按子集绘图和交互式地识别点。...# 为TRUE，则按分组拟合回归线； xlab、ylab # x轴和y轴标签； log # 绘制对数坐标轴； jitter # 包含x、y或两者都有的列表；指定散点图中点的水平和垂直坐标的抖动因子；...cex # 设置绘图字符的大小，默认为1； # 其他参数为cex.axis、cex.lab、cex.main和cex.sub等； col # 未分组时，直接指定绘制颜色；分组时，设置参数长度应等于组数的颜色向量

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跟着Nature microbiology学画图~R语言ggplot2以原点为中心画坐标轴

前天的推文里跟着Nature microbiology学画图~ggplot2散点图添加分组边界模仿论文中的散点图以原点为中心花了一个坐标轴，R语言的ggplot2画图通常坐标轴是在左下角，如果想把坐标轴改成以原点...x和y 用summary()函数看一下数据的范围 summary(iris) ?...=7) label_frame 首先是基本的散点图 ggplot(iris,aes(x=Petal.Length,y=Petal.Width))+ geom_point(color="red",size...image.png 接下来简单修饰 包括 去灰色背景 更改坐标轴范围 添加最外圈的方框 去掉最外圈的文字和小短线 ggplot(iris,aes(x=Petal.Length,y=Petal.Width...image.png 添加坐标轴的线和刻度以及文字标签 ggplot(iris,aes(x=Petal.Length,y=Petal.Width))+ geom_point(color="red",size

1.4K10
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R可视乎|气泡图

气泡图 气泡图是一种多变量图表，是散点图的变体，也可以认为是散点图和百分比区域图的组合[1]。气泡图最基本的用法是使用三个值来确定每个数据序列，和散点图一样。...前两部分可见（跳转）： 趋势显示的二维散点图 分布显示的二维散点图 该书对气泡图的绘制并不是非常详细，小编将内容进行了大量拓展。下面的例子将一步步带你完成气泡图的绘制。...使用ggplot2，可以通过geom_point()函数构建气泡图。aes()设定至少三个变量:x、y和size。其实就是散点图绘制的升级版吧，aes()中多了一个参数。...包的theme_ipsum() 使用xlab和ylab自定义轴标题 为圆添加描边：将形状改为21，并指定颜色(描边)和填充 library(hrbrthemes) library(viridis) #...如果不喜欢圆形的气泡图，可以将代码中的shape=21进行更改，正方形是shape=22，得到的图如下： ?

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R语言之可视化（28）蜜蜂图

R语言之可视化⑤R图形系统 R语言之可视化⑥R图形系统续 R语言之可视化⑦easyGgplot2散点图 R语言之可视化⑧easyGgplot2散点图续 R语言之可视化⑨火山图 R语言之可视化⑩坐标系统...） R语言之可视化①⑦调色板 R语言之可视化①⑧子图组合patchwork包 R语言之可视化①⑨之ggplot2中的图例修改 R语言之可视化（20）之geom_label（）和geom_text（） R...包） R语言之可视化（26）ggplot2绘制饼图 R语言之可视化（27）通过R语言制作BBC风格的精美图片 R语言之可视化（28）蜜蜂图 蜜蜂图 蜜蜂图beeswarm 是R语言的附加软件包。...蜜蜂图beeswarm是类似于“带状图”stripchart的一维散点图，不同之处在于，蜜蜂图beeswarm重叠的点是分开的，因此每个点都是可见的。...---- 将蜜蜂图与箱型图结合 boxplot(len ~ dose, data = ToothGrowth, outline = FALSE, ## avoid double-plotting

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R in action读书笔记（22）第十六章 高级图形进阶（下）

split选项将页面分割为一个指定行数和列数的矩阵，然后将图形放置到该矩阵中。...它弥补了R中创建图形缺乏一致 性的缺点，使得用户可以创建有创新性的、新颖的图形类型。ggplot2中最简单的绘图方式是利用qplot()函数，即快速绘图函数。...16.4 交互式图形 16.4.1 与图形交互：鉴别点 可对散点图中的点进行鉴别和标注的函数：identify()。...依赖于GTK+ GUI，用户可以使用鼠标编辑图形 与identify()函数不同，playwith()既对R基础图形有效，也对lattice和ggplot2 图形有效。...该包提供了交互式马赛克图、柱状图、箱线图、平行坐标图、散点图和直方图，以及颜色刷，并可将它们结合在一起绘制。

1.4K20

R语言基础绘图教程——第2章：散点图

利用plot()绘制散点图 R语言中plot()函数的基本格式如下： plot(x,y,...) plot函数中，x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标；函数中的...为附加的参数。...（2）main参数 字符串，给出图形的标题； （3）sub参数 字符串，给出图形的子标题； （4）xlab 和 ylab参数 字符串，用于给出x轴和y轴的标签。...x <- runif(50,0,2) y <- runif(50,0,2) plot(x, y, main="我<em>的</em>第一个<em>散点图</em>", sub="subtitle", xlab="横坐标", ylab...利用ggplot2绘制散点图 利用ggplot2绘图，请记住下面这个格式，因为这个格式ggplot2绘制其他图形都是这一格式。...ggplot(data, aes(x, y)) + geom_point() aes中的x,y值分别表示在x,y轴的变量；geom_point表示增加散点图图层。

4.3K20

R语言十八讲(七)

R的画图功能是非常强大的,这非常有利于数据可视化,对于R画图,我们一 般使用三个画图系统,分别是R自带的画图系统,另外还有两个包,他们的画图功能也很强大,即lattice包和GGplot包,一般我们从自带的系统画图功能开始学起...,今天,主要介绍一下系统常见的画图函数,暂且称为初级画图. 1.高级绘图函数与低级绘图函数....R中的画图函数有高级画图函数和低级画图函数,所谓高级画图函数就是,它占用一个画板上,在此画板上绘制图像,而低级绘图函数,则不占用画板,它在高级绘图函数的基础上,进行绘制图像,也就是说,低级绘图函数只是在高级绘图函数绘制的图形基础上修改...，可以添加的参数，下面这些参数在有的绘图函数中可以添加，有的不能，我们也不需要加以背诵，使用多了，自然就记住了，那在我们还没有熟悉之前，我们如果不知道可以使用哪些参数，有一个很简单的办法，就是打开绘图函数的帮助文档...，如需要更加高级，更加多的绘图知识，可以去阅读相关书籍，另外，在接下来的连载中，我们也会涉及许多其他的绘图函数，和绘图方式．欢迎你继续阅读．

1.1K60

原创 | R的基础及进阶数据可视化功能包介绍

R 作为入门级编程语言，被经常运用在数据整理、数据可视化、以及机器学习中。 本篇文章将主要介绍在R中如何可视化数据 (基础+进阶)。 R绘图的原理 使用R绘图，我们需要在脑海中明确几个必要元素。...与R plot()的基本作图系统相比，ggplot2旨在运用简单的编程语言绘制及美化数据可视化图表。...我们将使用R Studio中自带的数据集mpg来进行ggplot2可视化演示根据R绘图原理，我们需要在ggplot2中将一个图表拆分成若干个子元素并进行叠加绘制。...不同于R plot(),我们可以将ggplot()的绘制理解为两个步骤：首先我们先将需要的数据以及颜色等一些参数输入ggplot()中，其次叠加geom_*()语句，来绘制指定的图表的几何图像类型，比如散点图...参考R绘图原理，ggplot2中我们可以将图表拆分为如下常用元素： 1. 数据(data): 需要可视化的数据 2. 映射(mapping): 数据中可调配的参数，如X、Y值，颜色等 3.

3.6K30

数据视化的三大绘图系统概述：base、lattice和ggplot2

)等；还提供了更加高级的图形系统lattice和ggplot2. base基本图形系统相关内容可参照：《R语言 图形初阶：hist、plot和图形布局layout | 第6讲》，作为R语言图形绘制的入门一节...后续将分别就lattice和ggplot2可视化绘图系统进行简要介绍。...1.条件变量的用法~ x | A表示因子A各个水平下数值型变量x的分布情况；y ~ x | A * B表示因子A和B各个水平组合下数值型变量x和y之间的关系。...Split/position 数值型向量，在一页上绘制多幅图形 Type 字符型向量，设定一个或多个散点图的绘图参数，（如p=点，l=线，r=回归，smooth=平滑曲线，g=格点） xlab/ylab.../ inferential 坐标系统（Coordinante）：坐标系统控制了图形的坐标轴并影响所有图形元素 图层（Layer）：将包含有各种图形元素的图层叠放在一起，组合成最终效果 分面（Facet

4.4K30

Python、R对小说进行文本挖掘和层次聚类可视化分析案例

我喜欢整本书中语言的创造性使用和荒谬人物的互动。本文对该小说进行文本挖掘和可视化。 数据集 该文有大约175,000个单词，分为42章。我在网上找到了这本书的原始文本版本。...我使用正则表达式和简单字符串匹配的组合在Python中解析文本。 我shiny在R中以交互方式可视化这些数据集。...() + borders("world", colour="black", fill="lightyellow") +ylab(NULL) + xlab(NULL) +# 仅在有条件的情况下尝试绘制位置和路径...该图基本上代表了书中提到不同人物的序列。 我将数据绘制为标准散点图，章节为x轴（因为它与时间相似），人物为离散y轴。...用于构建此可视化的数据与前一个中使用的数据完全相同，但需要进行大量的转换。 聚类为此图添加了另一个维度。在整本书上应用层次聚类，以尝试在角色中找到社群。使用AGNES算法对字符进行聚类。

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R绘图笔记 | 二维散点图与统计直方图组合

参考前文：R绘图笔记 | R语言绘图系统与常见绘图函数及参数 ---- 前面介绍了散点图、柱状图、直方图和核密度估计图，有时候散点图不能很直观的看的出数据的分布情况，这里介绍散点图与统计直方图组合绘制...部分参数解释： data是用于绘图的数据，x和y分别指定数据中的x轴和y轴，group指定一个分组变量，shape指定点的形状【参考：散点图】。...library(gridExtra) #(a) 二维散点与统计直方图 # 绘制主图散点图，并将图例去除，这里point层和path层使用了不同的数据集 scatter <- ggplot() +...，可以用空白图作为右上角的图形也可以，但为了好玩加上了R的logo，这是一种在ggplot中增加jpeg位图的方法 # logo <- read.jpeg("d:\\Rlogo.jpg") # empty...，可以用空白图作为右上角的图形也可以，但为了好玩加上了R的logo，这是一种在ggplot中增加jpeg位图的方法 # logo <- read.jpeg("d:\\Rlogo.jpg") # empty

1.5K10

数据可视化完美指南-R-python

基于R和Python做的源代码，这里我们不仅可以得到大量优秀的源代码，同时我们可以得到一张决策树，用于知道如何使用代码。这两个人相当厉害了，不仅仅给大家了工具，还叫大家如何使用。...作为无私的分享，如果对大家有用，请在文章中致谢他们。如果我们需要交流代码，和谁交流呢？那必须是Yan Holtz，这位主要负责代码部分。Conor Healys负责图形设计工作。 ?...基于有顺序的二维数据框的出图 这是基于时间序列的一份二维数据。作者提供了数据下载地址. as.Date函数将数据转化为时间序列。...这里使用最后的60个数据进行可视化 这里做了折线图和点线图。我们ggplot出图就是这么随意，图形相加就是拼图。...R语言学习 - 散点图绘制 分组时间序列可视化 library(babynames) # Load dataset data % filter(name %in

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R|散点图+边际图（柱形图，小提琴图），颜值区UP

ggplot2-annotation|画图点“精”，让图自己“解释” R-ggpmisc|回归曲线添加回归方程，R2，方差表，香不香？ 本文简单的介绍2种散点图添加边际图的方法。...二 ggplot2 + ggExtra绘制边际散点图 使用ggplot2绘制散点图，然后利用ggExtra包的函数添加边际柱形图 2.1 绘制基础散点图 p1 <- ggplot(iris, aes(...2.2 添加一点点细节 1）添加横轴，数轴线； 2）添加R2 和 P值 3）添加回归曲线 p2 <- ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width)) +...既然是ggplot2绘制的，那更多细节还不是按照需求直接加就行嘛 ? 。...OK，文献中常见的带边际图的散点图就绘制好了！更多参数设置详见参考资料。

1.2K20

67-R可视化11-用ggrepel更加美观的添加标记（火山图的实现）

= state.name[1:10] ) p <- ggplot(d, aes(x1, y1, xend = x2, yend = y2, label = lab, col = lab)) +...我先前写过：66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）[3] 这样有个小箭头，好像也还不错~ p <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg...) + labs(title = "position_nudge_repel()") gridExtra::grid.arrange(p1, p2, ncol = 2) 参数 这里我都是节选的官方说明文档中的介绍...= -0.1 # 改善一下你的线段的风格 direction # x轴放置还是y 轴放置 再来改善一下火山图 灵感和代码参加：RNAseqStat/enhance_volcano.R at master...10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）: 66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）.md [3]66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）

3.1K30

二分类资料校准曲线的绘制

评价模型的好坏主要看区分度和校准度，校准度方面目前最推荐的还是校准曲线（calibration curve），可用于评价模型预测概率和实际概率一致性。...如果你明白了校准曲线就是真实概率和预测概率的分箱平均值散点图，你其实可以自己画，并不局限于logistic和cox，像随机森林、lasso、SVM等很多模型都可以画出校准曲线。...本期目录： 加载数据 calibration 方法1 calibration 方法2 多个calibration画在一起 方法1 方法2 加载数据 使用lowbirth数据集，这个数据集是关于低出生体重儿是否会死亡的数据集...简单的把人种分为白色和黑色人种（无序分类变量需要设置哑变量），再去掉race这一列，然后其余分类变量因子化。...= "Observerd RISK", bars = F) plot of chunk unnamed-chunk-9 非常神奇的是，还可以用ggplot2来画！

1.4K40

R|散点图+边际图（柱形图，小提琴图），颜值UP

散点图作为一种展示2组连续变量关系的常用可视化方式之一，添加点，线，箭头，线段，注释，甚至函数，公式，方差表都没有问题。 本文简单的介绍2种散点图添加边际图的方法。...一 载入数据，R包 使用经典数据集iris library(ggplot2) #加载ggplot2包 library(ggExtra) library(ggstatsplot) data(iris) head...(iris) 二 ggplot2 + ggExtra绘制边际散点图 使用ggplot2绘制散点图，然后利用ggExtra包的函数添加边际柱形图 2.1 绘制基础散点图 p1 <- ggplot(iris...和 P值 3）添加回归曲线 p2 <- ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width)) + geom_point(color = "#00AFBB")...OK，文献中常见的带边际图的散点图就绘制好了！更多参数设置详见参考资料。

1.2K20

R可视乎 | 散点图系列（1）

1.前言 散点图（scatter graph、point graph、X-Y plot、scatter chart ）是科研绘图中最常见的图表类型之一，通常用于显示和比较数值。...散点图是使用一系列的散点在直角坐标系中展示变量的数值分布。在二维散点图中，可以通过观察两个变量的数据变化，发现两者的关系与相关性。...该书第四章——数据关系型图表中展示的散点图系列包括以下四个方面： 趋势显示的二维散点图 分布显示的二维散点图 气泡图 三维散点图 本文主要对第一部分进行介绍，并加上小编自己的理解。...我们对以下代码进行详细分析： 以x为横坐标，y为纵坐标，geom_point()绘制散点图，以Abs_Residuals的大小来填充点和尺寸，颜色为黑色。...4.3 有趣的拓展 R 中的ggimage[3]包提供了geom_image()函数可以将对应的圆形数据点使用图片替代展示。我们将其运用到上面的数据集中，就可以得到有趣的图了。

2.2K30

用ggpubr包制图

简介 Hadley Wickham撰写的ggplot2[1]是好用的软件包，是可视化工具的必备包。但是，需要知道ggplot2一定的理论与原理，对新手来说，入门门槛还是比较高的。...而ggpubr软件包提供了一些易于使用的功能，基于ggplot2编写，语法十分简单的的图标。对于一些刚了解R语言，而想用R做可发表的图表的人来说，这真的太好用了！...偏差图 偏差图显示了定量值与参考值的偏差。在下面的R代码中，我们将绘制来自mtcars数据集的mpgz-score变化（标准化的一种）。...散点图 棒糖图 棒糖图是条形图的另一种选择，最终图像像棒棒糖一样。.../english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/ 往期推荐 R可视乎 | 散点图系列（2） R可视乎 | 散点图系列（1） R 可视乎 | 华夫饼图

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R语言绘图：复杂散点图绘制

# 如果设置span，那么该参数会被添加到smoother.args中。 spread # 是否添加用于展示分散度和对称信息的直线，默认值是by.groups参数值取反。...高密度散点图 2.1 smoothScatter()函数 基础包中的smoothScatter()函数，可以利用核密度估计生成用颜色密度来表示点密度的散点图。...()函数，把二元变量的封箱放到六边形单元格中，xbins是水平封箱的数量： hexbin(x, y, xbins = 30) 该函数创建了一个hexbin对象，最基本的组成是一个cell和落入每个cell...三维散点图 三维散点图用于对三个变量之间的交互关系进行可视化，scatterplot3d包中的函数scatterplot3d()，可以用于绘制三维散点图： scatterplot3d(x, y=NULL...xlab,ylab,zlab # 各个坐标轴的标签 scale.y # y轴相对于x和z的标度 angle # x和y轴之间的角度 axis # 是否绘制坐标轴 tick.marks, label.tick.marks

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