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转录组分析 | 使用SAMtoolsSAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引

接下来,我们要做的事情就是使用SAMtoolsSAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引。 一.SAMtools介绍 SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。...可以在输入文件名后指定一个或多个空格分隔的区域规范,以输出限制为仅覆盖指定区域的那些对齐。使用区域规范需要一个协调排序和索引的输入文件(BAM或CRAM格式)。...建立索引产生后缀为.bai的文件,用于快速的随机处理。很多情况下需要有bai文件的存在,特别是显示序列比对情况下。...当不使用格式选项,这是当前的默认设置。 -c 创建CSI索引。默认情况下,索引的最小间隔大小为2^14,与BAI格式使用的固定值相同。 -m INT 创建CSI索引,最小间隔大小为2^INT。...建立索引(samtools index) samtools sort命令,按默认染色体位置排序,顺利建立Index,如果前面排序有出入,可能不能正确建立索引。 这里我就一次建立索引了。

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时间序列数据处理,不再使用pandas

可以使用 .from_series() Pandas 序列方便地转换为 Darts: darts_str1 = TimeSeries.from_series(storewide[1]) darts_str1...只需使用 .pd_dataframe(): # darts 数据框转换为 pandas 数据框 darts_to_pd = TimeSeries.pd_dataframe(darts_df) darts_to_pd...Darts--转换为 Numpy 数组 Darts 可以让你使用 .all_values 输出数组中的所有值。缺点是会丢弃时间索引。 # 所有序列导出为包含所有序列值的 numpy 数组。...可以长式Pandas数据框转换为Gluonts。 Gluonts--从长表格式 Pandas 数据框 gluons.dataset.pandas 类有许多处理 Pandas 数据框的便捷函数。...图(3)中的宽格式商店销售额转换一下。数据帧中的每一列都是带有时间索引Pandas 序列,并且每个 Pandas 序列将被转换为 Pandas 字典格式。

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Pandas的datetime数据类型

t2 = datetime(2023,4,21) now-t2 # datetime.timedelta(days=251, seconds=31427, microseconds=546921) pandas...\FileStorage\File\2023-12\country_timeseries.csv') ebola.iloc[:5,:5] 从数据中看出 Date列是日期,但通过info查看加载后数据为object...类型 某些场景下, (比如从csv文件中加载进来的数据), 日期时间的数据会被加载成object类型, 此时需要手动的把这个字段转换成日期时间类型 可以通过to_datetime方法把Date列转换为...TSLA.csv',parse_dates=[0]) tesla.info() tesla.loc[(tesla.Date.dt.year==2015) & (tesla.Date.dt.month == 8)] 索引设为...可以时间索引排序,排序之后再选取效率更高 crime_sort = crime.sort_index() %timeit crime.loc['2015-3-4':'2016-1-1’] %timeit

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数据分析的利器,Pandas 软件包详解与应用示例

他的身份神秘,江湖传言,他曾经是 pandas 门派的传人,精通数据的种种变化,能够运用 pandas 的绝学数据操控于掌握之中。...Pandas库是大多数数据分析师和数据科学家在处理和分析数据的首选工具。 安装和导入Pandas库 首先,确保你已经安装了Pandas库。...']) # 查看时间序列DataFrame print(timeseries_df) 我们使用pd.date_range创建了一个包含三个日期的索引,然后生成了一些随机数据作为时间序列的值。...Pandas的DataFrame自动索引识别为日期时间类型,并提供了许多用于处理时间序列数据的方法。...然后使用fillna方法所有缺失值替换为0,使用drop_duplicates方法删除重复的行。这样我们就得到了一个干净、整洁的数据集。

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股市预测,销量预测,病毒传播...一个时间序列建模套路搞定全部!⛵

为了数据放入所需的数据结构中,我们使用 TimeSeries 的函数 .from_pd()。...# 没有缺失值情况的简单案例 from merlion.utils import TimeSeries import pandas as pd import numpy as np # 注意,这里需要手动设置...对象 ts = TimeSeries.from_pd(ts_df) 如果输入的『单变量时间序列』包含缺失值或 nan 值,Merlion 会删除它们及其对应的索引。...在输入『多元时间序列』面临多序列不对齐的情况,Merlion 工具库可以检查多元时间序列『是否包含任何缺失值』或『每个变量的索引是否未对齐』(调用 TimeSeries 的 .is_aligned 属性...Merlion 的 TimeSeries 数据结构,之后检查数据集是否对齐(比如有没有缺失的索引),最后我们可以数据拆分为训练集和测试集。

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时间序列预测全攻略(附带Python代码)

1、index_col:使用pandas 的时间序列数据背后的关键思想是:目录成为描述时间数据信息的变量。所以该参数告诉pandas使用“月份”的列作为索引。...2、date_parser:指定将输入的字符串转换为可变的时间数据。Pandas默认的数据读取格式是‘YYYY-MM-DD HH:MM:SS’。如需要读取的数据没有默认的格式,就要人工定义。...我们要注意两点: 跟数值索引不一样,结束索引在这儿是被包含的。...同时,你应该注意到, 在这种情况下残差转换为原始值对未来数据不是很直观。 预测时间序列 我们看到不同的技术和它们有效的工作使得时间序列得以稳定。...这是因为我们第一个月份取为滞后值,一月前面没有可以减去的元素。差分转换为对数尺度的方法是这些差值连续地添加到基本值。一个简单的方法就是首先确定索引的累计总和,然后将其添加到基本值。

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Prometheus TSDB分析

设计思路 PrometheusTimeseries数据按2小一个block进行存储。...最新写入的数据保存在内存block中,达到2小后写入磁盘。为了防止程序崩溃导致数据丢失,实现了WAL(write-ahead-log)机制,timeseries原始数据追加写入log中进行持久化。...该API接口使用自定义的protocol buffer over HTTP并且并不稳定,后续考虑切换为gRPC。...index用于索引timeseries在wal文件里的位置。 ./data/01BKGV7JC0RY8A6MACW02A2PJD ....为提高删除效率,删除时序数据,会记录删除的位置,只有block所有数据都需要删除,才block整个目录删除。因此block合并的大小也需要进行限制,避免保留了过多已删除空间(额外的空间占用)。

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十分钟快速了解Pandas的常用操作!

-0.0352160.679529-0.95375975%0.4287150.7909630.815643-0.756068max0.9865761.7407651.6330550.042866 数据置...欢迎微信搜索公众号【早起Python】关注 后台回复pandas获取相关习题! 统计 在进行统计操作需要排除缺失值! 「描述性统计?」...Concat 在连接/合并类型操作的情况下,pandas提供了各种功能,可以轻松地Series和DataFrame对象与各种用于索引和关系代数功能的集合逻辑组合在一起。...0.072719B1.3198551.262336C0.3747581.600168threeA0.190056NaNBNaN-1.526206C-1.367669NaNtwoANaN-1.019282B0.387701NaNCNaN0.093161 时间序列 对于在频率转换期间执行重采样操作(例如,秒数据转换为.../timeseries.html#timeseries [5] https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/user_guide/10min.html#plotting

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Pandas行列转换的4大技巧

本文介绍的是Pandas中4个行列转换的方法,包含: melt 置T或者transpose wide_to_long explode(爆炸函数) 最后回答一个读者朋友问到的数据处理问题。...pandas中的T属性或者transpose函数就是实现行转列的功能,准确地说就是置 简单置 模拟了一份数据,查看置的结果: [008i3skNgy1gxenewxbo0j30pu0mgdgr.jpg...] 使用transpose函数进行置: [008i3skNgy1gxenfoqg6tj30ia0963yt.jpg] 还有另一个方法:先对值values进行置,再把索引和列名进行交换: [008i3skNgy1gxengnbdfxj30ua0c4wfm.jpg...] 最后看一个简单的案例: [008i3skNgy1gxenhj6270j30p20riwgh.jpg] wide_to_long函数 字面意思就是:数据集从宽格式转换为长格式 wide_to_long...;默认是False,保持原来的索引 模拟数据 [008i3skNly1gxere8xz47j310w0ecwgk.jpg] 单个字段爆炸 对单个字段实施爆炸过程,宽表转成长表: [008i3skNly1gxerf4aekzj30pu0j4ta8

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数据处理利器pandas入门

Pandas主要有两种数据查询选择操作: 基于标签的查询 基于整数的位置索引查询 Pandas在选择列,无需使用 date[:, columns] 的形式,先使用 : 选择所有行,再指定 columns...对于时间序列数据而言,数据的缺失可能会导致分析出现问题。因为,我们需要补齐所有时刻。....apply 方法,对date 和 hour列分别进行了数据类型的转换,然后两个字符串进行了连接,转换为时间。...索引切片: 可以理解成 idx MultiIndex 视为一个新的 DataFrame,然后将上层索引视为行,下层索引视为列,以此来进行数据的查询。...上述操作返回的列仍然是 MultiIndex,因为此时只有一个站点了,我们可以使用 .xs 方法列从MultiIndex转换为Index。

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