这段代码是一个更大的函数的一部分。我已经创建了一个分子量列表，还定义了我的数据中所有片段的列表。我正在试图弄清楚如何才能通过碎片列表，计算它们的分子量，并检查它是否与另一个列表中的数字相匹配。如果匹配，则将该序列追加到一个空列表中。circular = True):print(frags) 我猜我不完全知道SeqUtils.molecular_weight命令在Python语言中是如何工作的</em
浏览 16提问于2020-12-23得票数 0
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目前，我正在使用生物工程循环列表与登录号，以检索一些有关蛋白质的信息。我想检查一下等电点，氨基酸组成，理论pI，氨基酸数量和分子量。有些是我能找到的，但有些我不知道如何得到。希望有人能帮我。请在下面找到我的代码摘要：handle = ExPASy.get_sprot_raw(accessionrecord = SwissProt.read(handle)
Sequence_l
浏览 2提问于2019-08-26得票数 0
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我想比较两个DNA序列。但是，我想取第一个序列的第一个蛋白质，并将其与第二个序列的全长进行比较，以此类推。DNASequence2: ABCHIKABTIYO
因此，它获取了序列A中的第一个蛋白质，并将其与第二个序列进行了比较，产生了两个匹配。等等，直到所有的蛋白质都被比较了。
浏览 1提问于2015-12-08得票数 0
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我正在使用HMMER 3.0 (具体地说是hmmalign)将整个人类蛋白质组与Pfam文件进行比对。我获得了蛋白质组和Pfam文件，并使用以下命令下载了文件Pfam-A.hmm.gz：
hmmalign -o human.out Pfam-A.hmm Homo_sapiens.GRCh38.pep.all.fa
浏览 2提问于2018-02-01得票数 0
print (hsp.expect)
这就是我得到的全部错误"Option name %s was not found." % name)
我正在检查我的目录我打算解析human.fa，用Blast在mouse.fa数据库中查找同源序列，并打印出人类序列ID、
浏览 18提问于2020-10-23得票数 0
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下载多种生物的蛋白质序列
、、、、
我试图使用生物巨蟒下载由特定机构排序的生物体列表中的所有蛋白质。我有有机体的名称和与每个有机体相关的生物项目；具体来说，我希望分析在最近的基因组序列中发现的蛋白质。我最近试图下载所有的蛋白质FASTA序列的相关有机体如下：
net_handle = Entrez.efetch(db="protein",，所以使用研究和尝试一次提取每一种<e
浏览 3提问于2013-09-13得票数 4
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如何根据小序列(<=40残基)在初始蛋白质中的位置来表示它们的分布？3 30 46 5 22 46 7 25 50 9 46 63
这些序列并不都来自相同<e
浏览 1提问于2014-04-03得票数 0
好的，我有几百个感兴趣的蛋白质片段(699个序列)，我想要比对并建立一个邻居加入树。在许多情况下，这些片段彼此不能很好地对齐(相同或相似蛋白质的不同区域)。然而，整个蛋白质序列已经被定义并提交到NCBI和其他数据库等。也有文献中为这些蛋白质制作的树。有没有办法从我的元基因组中提取我的片段，并将它们与已知序列进行比对，以定义我的每
浏览 0提问于2012-01-28得票数 0
例如，您可以找到您感兴趣的特定生物项目，然后“单击”相关的蛋白质：，它允许您查看bioproject "207383“和基因组"994”中的所有蛋白质。我想使用python自动获得这些蛋白质序列。然后，这个请求将允许我获得所需的一切。
好的，所以一切都很好，它工作得很好，但是，我从我的"elink.fcgi?“中获得的蛋白质UID<e
浏览 4提问于2013-11-14得票数 1
我有序列翻译器，和一个可以读取dna和蛋白质序列的python代码。代码读取dna序列并将其翻译为蛋白质序列，读取蛋白质序列，将其与翻译的蛋白质序列进行比较，并打印出存在于读取的蛋白质序列中的蛋白质序列的列表。我如何打印它们中都存在
浏览 2提问于2019-03-25得票数 0
下面是一些真实的例子：** TOMTOM是一个将DNA主题与已知主题数据库进行比较的工具。有关更多信息，请参见。* PWM代表位置权重矩阵：
位置权重矩阵(PWM)或类PWM模型被广泛用于表达蛋白质的DNA结合偏好(Stormo，2000)。* DN
浏览 4提问于2014-11-26得票数 55
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我想用LSTM神经网络对蛋白质序列根据寄主种类进行分类。属于狗然后，与受内存衰退影响的简单RNN不同，LSTM的概念是在较长的时间内存储事件(长期内存)。因此，
浏览 0提问于2022-02-06得票数 1
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我们有一个数据库，其中包含了所有的质粒标识符和它们编码的蛋白质序列。换句话说，我想构建一个类似于NCBI blast的工具，它将在
浏览 2提问于2022-04-21得票数 2
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基本上我有两个大的fasta序列文件，第一个是蛋白质组fasta序列(所有的蛋白质序列)，第二个是同一生物体的转录因子序列fasta文件，我想知道是否有任何方法可以用这两个文件将非转录序列提取为fasta
浏览 0提问于2016-04-16得票数 0
我正在尝试创建一种基于两个字符的蛋白质序列分割方法：R和K。假设我有一个蛋白质序列= GLSDEWQKFEGREGKFWERGLSDEWQK
Dim
浏览 6提问于2021-03-17得票数 0
我有大约500个fasta格式的蛋白质序列，这是我从blastp搜索得到的。从这些序列中，我需要有蛋白质名称、有机体、Uniprot ID，如果可能的话，还要有蛋白质家族，这样我就可以用这些信息构建一个表。
有没有什么办法可以用python做到这一点？一些与Uniprot通信功能？如何解析fasta报头中的信息？
浏览 2提问于2013-02-13得票数 1
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我是一个初学python的用户(试图学习生物信息学)，我很难让我的最后一个'for loop‘正确。我使用了一个基于网络的生物信息学程序来评估某些蛋白质的亚细胞定位(包含在ORF中的蛋白质名称和序列)，我正在尝试解析结果(包含在targetp中)。我使用的基于web的程序截断了蛋白质的名称(不包括序列)，我想解析我的结
浏览 0提问于2013-11-21得票数 1
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在函数的开头，我计算了一个蛋白质序列的总重量，并将其定义为seq_weight。在此之后，我计算了几个片段的重量，并将这些权重与第一个蛋白质序列的总重量相加。第一个print语句正确地打印了总权重，但是在函数的末尾，当我想将它定义为和的结果时，它似乎忘记了这个值。当我手动输入值时，我得到了我想要的结果：
def fragment
浏览 1提问于2020-12-18得票数 1
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我有一个蛋白质序列的文件。我想知道hxxhcxc序列是否存在于文件中，如果存在，则打印拉伸。在这里，h=hydrophobic，c=charged，x=any (包括剩余的)剩余/秒。我能想到的是做3个阵列-疏水，带电和所有残基。将每个数组与具有FASTA序列的文件进行比较。除此之外，我想不出任何其他的东西，特别是如何维持秩序--这是主要的事情。我是Perl的</
浏览 2提问于2012-09-03得票数 0
我有一个肽序列列表，我想把它映射到任何开放数据库中的正确的蛋白质名称，比如Uniprot，也就是属于蛋白质的肽。能否有人指导如何找到蛋白质名称并绘制它们的地图，谢谢。
浏览 5提问于2022-11-10得票数 -3
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