列表是一种特别的对象集合,它的元素也由序号(下标)区分,但是各元素的类型可 以是任意对象,不同元素不必是同一类型。元素本身允许是其它复杂数据类型,比如,列表 的一个元素也允许是列表。例如:
R语言data.table包是自带包data.frame的升级版,用于数据框格式数据的处理,最大的特点快。包括两个方面,一方面是写的快,代码简洁,只要一行命令就可以完成诸多任务,另一方面是处理快,内部处理的步骤进行了程序上的优化,使用多线程,甚至很多函数是使用C写的,大大加快数据运行速度。因此,在对大数据处理上,使用data.table无疑具有极高的效率。这里我们主要讲的是它对数据框结构的快捷处理。
R语言 控制流:for、while、ifelse和自定义函数function|第5讲
tibble 是一种简单数据框,它对传统数据框的功能进行了一些修改,其所提供的简单数据框更易于在 tidyverse 中使用。
apply函数族是R语言中数据处理的一组核心函数,通过使用apply函数,我们可以实现对数据的循环、分组、过滤、类型控制等操作。但是,由于在R语言中apply函数与其他语言循环体的处理思路是完全不一样的,所以apply函数族一直是使用者玩不转一类核心函数。
首先准备测试数据*(mtcars) 分别为CSV. TXT read.table 默认形式读取CSV(×)与TXT(效果理想) ① > test<-read.table("C:/Users/ad
**2018博客之星评选,如果喜欢我的文章,请投我一票,编号:No.009** [支持连接](https://blog.csdn.net/HHTNAN/article/details/85330758) ,万分感谢!!!
这个功能很简单也很常用,但是不加注意还是容易写错,比如只对每一行的前两个元素求和:
1、merge(a,b),纯粹地把两个数据集合在一起,没有沟通a、b数据集的by,这样出现的数据很多,相当于a*b条数据;
step1 对matrix进行转置:使gene名变为列名,将样本名转化为data.frame中的第一列
要纵向合并两个数据框,可以使用 rbind( )函数。被合并的两个数据框必须拥有相同的变量,这种合并通常用于向数据框中添加观测。例如:
mpg" "cyl" "disp" "hp" "drat" "wt" "qsec" "vs" "am" "gear" "carb 1 Mazda RX4” 21 6 160 110 3.9 2.62 16.46 0 1 4 4\r\n”Mazda RX4 Wag” 21 6 160 110 3.9 2.875 17.02 0 1 4 4\r\n”Datsun 710” 22.8 4
首先准备测试数据*(mtcars) 分别为CSV. TXT read.table 默认形式读取CSV(×)与TXT(效果理想) ① > test<-read.table("C:/Us
由于不同的列可以包含不同模式(数值型、字符型等)的数据,数据框的概念较矩阵来说更为一般。它与你通常在SAS、SPSS和Stata中看到的数据集类似。数据框将是你在R中最常处理的数据结构。
Data Frame一般被翻译为数据框,感觉就像是R中的表,由行和列组成,与Matrix不同的是,每个列可以是不同的数据类型,而Matrix是必须相同的。
do包是我提交到CRAN的一个包,全称是data operator,数据操作者。
数据结构是指在计算机中存储和组织数据的方式,不同的数据结构有不同的特点和适用场景。R语言中的常用数据结构,包括向量、矩阵、数组、列表和数据框。关于数据结构的使用,我们将分四篇文章分别介绍每种数据结构的操作方法和代码示例。
1、获取数据 从 QQ 消息管理器中导出消息记录,保存的文本类型选择 txt 文件。这里获取的是某群从 2016-04-18 到 2016-05-07 期间的聊天记录,记录样本如下所示。 2、数据预处理 打开 R 软件,先通过 File—>Change dir 切换到聊天文件所在目录。 引入包: library(stringr) library(plyr) library(lubridate) library(ggplot2) library(reshape2) library(igraph) 没有的包要
变量可归结为名义型、有序型或连续型变量。名义型变量是没有顺序之分的类别变量。类别(名义型)变量和有序类别(有序型)变量在R中称为因子(factor)。因子在R中非常重要,因为它决定了数据的分析方式以及如何进行视觉呈现。因子(factor)是R语言中比较特殊的一个数据类型, 它是一个用于存储类别的类型,举个例子,从性别上,可以把人分为:男人和女人,从年龄上划分,又可以把人分为:未成年人(<18岁),成年人(>=18)。R把表示分类的数据称为因子,因子的行为有时像字符串,有时像整数。因子是一个向量,通常情况下,每个元素都是字符类型,也有其他数据类型的元素。因子具有因子水平(Levels),用于限制因子的元素的取值范围,R强制:因子水平是字符类型,因子的元素只能从因子水平中取值,这意味着,因子的每个元素要么是因子水平中的字符(或转换为其他数据类型),要么是缺失值,这是因子的约束,是语法上的规则。
R是一种语法非常简单的表达式语言(expression language),大小写敏感。 可以在R 环境下使用的命名字符集依赖于R 所运行的系统和国家(系统的locale 设置),允许数字,字母,“.”,“_”
使用Rcurl包可以方便的向服务器发出请求,捕获URI,get 和 post 表单。比R socktet连接要提供更高水平的交互,并且支持 FTP/FTPS/TFTP,SSL/HTTPS,telnet 和cookies等。本文用到的函数是basicTextGatherer和getURL。想详细了解这个包的可以点击参考资料的链接。
有小伙伴拿自己的数据试了一下,反馈预测结果太多了。一般对于多个数据库或者多个软件预测的结果,可以通过取交集来提高预测结果的可信度,并且这样也能大大减少最后预测结果的数目。
除此之外,还有两种不常见的:参见:https://www.cnblogs.com/mfrank/p/14051513.html
今天发烧了一个上午,躺尸了整整一个上午,然后老板夺命连环call直接给我整pofang了,害,不说了,开始今天滴学习~
1、字段抽取 字段抽取,是根据已知列数据的开始和结束位置,抽取出新的列 字段截取函数:substr(x,start,stop) tel <- '18922254812'; #运营商 band <- substr(tel, 1, 3) #地区 area <- substr(tel, 4, 7) #号码段 num <- substr(tel, 8, 11) tels <- read.csv('1.csv'); #运营商 bands <- substr(tels[,1], 1, 3) #地区 areas <-
生信技能树练习题大全:http://www.biotrainee.com/thread-1754-1-1.html by Jimmy老师
tidyverse就是Hadley Wickham将自己所写的包整理成了一整套数据处理的方法,包括ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr、forcats。出版有《R for Data Science》(中文版《R数据科学》),这本书详细介绍了tidyverse的使用方法。
碎碎念:这个没啥好仔细展示的,含义也很直观,主要是要记住有这个函数,等需要用的时候回来找
list是R语言中包容性最强的数据对象,几乎可以容乃所有的其他数据类型。 但是包容性最强也也意味着他对于内部子对象的类型限制最少,甚至内部可以存在递归结构,这样给我们提取数据带来了很大的困难。 如果你对R语言的list结构非常熟悉,又熟练控制流等函数的操作,自然可以通过构建循环来完成目标数据的提取。但是在数据量大、结构及其复杂的情形下,自建循环无论是性能还是代码量上都很不经济。 好在确实有开发者在针对list数据结构进行操作上的优化,任坤老师的大作——rlist就是一个强大的list解析神器,它可以让我们像
通常是使用Cytoscape、igraph包等来可视化网络,虽然能够创建美观的网络图,但它们只是静态的。对于创建交互式网络可视化,可以使用R中的特定包—visNetwork,有许多参数来创建个性化网络。
认识Tidy Data1.Reshape Data2.Handle Missing Values3.Expand Tables4.split cells一、测试数据1.新建数据框2.用tidyr进行处理3.按照geneid排序4.空值操作用表二、Dplyr能实现的小动作1.arrange 排序2.fliter3.distinct4.select5.mutate6.summarise7.bind_rows8.交集、并集、全集9.关联
回答一个问题:save(a,file="test.RData")这句代码如果报错object a not found,是为什么,应该怎么解决?
df$A可以索引数据框df中列名为A的列的所有值。那么假如列名是一个R对象怎么做?
关于R语言字符串格式化之前无论是专题还是案例教程中均有所涉及,今日这一篇之所以重提是因为又找到了一个很好用的字符串格式化包。 这个包的语法源于Python风格,这样可以让那些从Python迁移过来的R语言学习者无需额外的记忆负担,即可平稳掌握R语言中的字符串格式化语法。 提到字符串格式化语法,我们一定能想到paste/pasteo函数,或者str_c函数,这两个函数的用法差不多,都是通过字符串与变量之间的拼接完成字符串格式化任务,但是问题是R语言中的字符处理并不想Python中那么灵活(仅靠“+”即可拼接字
R语言中有几个常用的函数,可以按组对数据进行处理,apply, lapply, sapply, tapply, mapply,等。这几个函数功能有些类似,下面介绍下这几个函数的用法。
DataFrame是一个表格型的数据结构,它含有一组有序的列,每列可以是不同的值类型(数值、字符串、布尔值等)。DataFrame既有行索引也有列索引,它可以被看做由Series组成的字典(共用同一个索引)。跟其他类似的数据结构相比(如R的data.frame),DataFrame中面向行和面向列的操作基本上是平衡的。其实,DataFrame中的数据是以一个或多个二维块存放的(而不是列表、字典或别的一维数据结构)。
大多数程序员写的代码都没有考虑,如何让别人看着更方便!最后,实在忍受不了看其他人的丑陋代码时,有人开始制定代码编程规范;又有人实现代码的自动化排版工具。formatR就是这样的一个R语言自动化排版的工具。
这两天在合并数据的时候发现了一个神奇的现象,rbind竟然可以合并不同列名的矩阵,而且不做任何提醒,在三个版本的R上都遇到了这个现象,看来不是个例。这样会明显造成数据错误呀!
背景:下载某数据库的数据做数据分析,发现下载的数据结构是多层list嵌套,与平时遇到的数据表(data.frame)不同,并且第二层list的名称是本人需要的变量。
豆花寄语:学生信,R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
在R中,一个object可以是任何可以赋值给变量的东西(数据结构、函数、甚至是graph),一个object有两个重要的东西叫mode和class,前者决定这个object的存储方式(numeric,character,logical),后者决定函数如何处理这个object。虽然有object的概念,但是R本身仍然是一种自顶向下式的编程方式,大部分功能都是通过各式各样的函数来实现的。
整理数据的本质可以归纳为:对数据进行分割(Split),然后应用(Apply)某些处理函数,最后将结果重新组合(Combine)成所需的格式返回,简单描述为:Split - Apply - Combine。plyr包是Hadley Wickham为解决split – apply – combine问题而写的一个包。使用plyr包可以针对不同的数据类型,在一个函数内同时完成split – apply – combine三个步骤。plyr包的主函数是**ply形式的,函数名的第一个字符代表输入数据的类型,第二个字符代表输出数据的类型,其中第一个字符可以是(d、l、a),第二个字母可以是(d、l、a、_ ),不同的字母表示不同的数据格式,d表示数据框格式,l表示列表,a表示数组,_则表示没有输出。
上述一串代码意思是新增一列列名为“new”、数值是Sepal.Length * Sepal.Width的列
下图总结了主要程序包,希望读者在日常练习和工作中遇到不同格式的文件时,能够瞬间反应出读取该格式所需的包及对应的函数。(限于篇幅,本文未包含图中“平面文档格式”这部分的内容,如果你有兴趣,可以继续关注大数据后续文章。)
朴素贝叶斯算法 学习与分类算法 1 训练数据 X1<-c(1,1,1,1,1,2,2,2,2,2,3,3,3,3,3) X2<-c("S","M","M","S","S","S","M","M","L
专题一:玩转字符串1.检测字符串长度x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."xstr_length(x)#检测字符串内的字符数,空格也算length(x)#向量里面元素的个数2.字符串拆分str_split(x," ")#以空格为分隔符号将字符串拆分开x2 = str_split(x," ")[[1]];x2y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")str_split(y," ")str_split(y,"
SNP是单核苷酸多态性,人的基因是相似的,有些位点上存在差异,这种某个位点的核苷酸差异就做单核苷酸多态性,它影响着生物的性状,影响着对某些疾病的易感性。SNPedia是一个SNP调査百科,它引用各种已经发布的文章,或者数据库信息对SNP位点进行描述,共享着人类基因组变异的信息。我们可以搜索某个SNP位点来寻找与之相关的信息,也可以根据相关疾病,症状来寻找相关的SNP。
设计目的:进行地理文件的加载、数据转换及基础处理,将地理信息数据与业务数据的融合(sp与sf数据模型),添加地理标签,应用地理坐标轴,最终完成一个地理空间可视化的小demo。
1.str() 在很多语言里可以将其他类型转化为字符串,不过在R中会返回数据类型。
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