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Drug Discov. Today | 生物信息学资源支持蛋白质-蛋白质相互作用的药物靶标发现

今天为大家介绍的是来自杨光富团队的一篇论文。蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)对于多种细胞性过程至关重要,为药物靶点发现提供了一个有前景的途径。PPIs的特征是多层次的复杂性:在蛋白质层面,可以利用相互作用网络来识别潜在的靶点;而在残基层面,可以利用单个PPIs的相互作用细节来检查一个靶点的可药性。在通过多层次PPI相关的计算方法进行靶点发现方面,已经取得了巨大的进展,但这些资源尚未得到充分讨论。在这里,作者系统地调查了用于识别和评估潜在药物靶点的生物信息学工具,检查它们的特性、限制和应用。这项工作将帮助将更广泛的蛋白质到网络的上下文与详细的结合机制分析相结合,以支持药物靶点的发现。

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数据库的分类

1.1 什么是数据库? 简单的说,数据库(英文Database)就是一个存放数据的仓库,这个仓库是按照一定 的数据结构(数据结构是指数据的组织形式或数据之间的联系)来组织、存储的、我们可以通过 数据库提供的多种方法来管理数据库里的数据更简单的形象理解。 1.2 数据库的种类 早期比较流行的数据库模型有三种,分别为层次式数据库、网络式数据库和关系型数据库。 而在当今的互联网中,最常用的数据库模型主要是两种,即关系型数据库和非关系型数据库。 1.3 关系型数据库介绍 (1)关系型数据库由来 网络数据库和层次数据库很好地解决了数据的集中和共享问题,但是在数据独立性和抽象 级别上仍有很大欠缺。用户对这两种数据库进行存取时,依然需要明确数据的存储结构, 支出存储路径。而关系数据库就可以较好地解决这些问 (2)关系型数据库介绍 关系型数据库模型是把复杂的数据结构归结为简单的二元关系(即二维表格形式)。 1.4分布式数据库与面向对象数据库 分布式数据库是数据库技术与网络技术相互结合的产物,他的重要特性就是数据分布的透明性 ,分布式数据库系统是一个统一的整体,用户不需要关心数据的逻辑分布,更不必关心数 据的物理分布 面向对象数据库是数据库技术与面向对象设计方法相结合的产物。在这一新型的数据库系统中 ,任何被开发的应用都成为对象目标库的一部分,由开发者和用户共享。

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