我开始我的PhD在转录组(亲和试验)分析。 我有一个表达矩阵(trans_data : 32000个基因x620个样本)和一个临床矩阵(clin_data : 620个样本x42个临床特征)。样品属于A-B-C-D 4个群体中的1个。我想要比较A和B群体之间的基因表达，而不是试图将这两个矩阵联系在一起。我想选择一个矩阵，每个基因在两个群体中的平均表达，然后是pva
浏览 12提问于2019-03-29得票数 0
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我想使用R来使用描述相同样本的两组变量来执行分层聚类。一组是微阵列基因表达数据(针对特定基因)，这些数据已经标准化并进行了批量效应校正。另一组也有一些描述相同样本的定量临床参数。然而，这些临床变量还没有被归一化或进行任何类型的转换(即原始连续值)。
例如，其中一个变量的值范围从2到35，而另一个变量的值范围从0.1到0.9，依此类推。因此，我的最终目标是实现分层聚
浏览 13提问于2017-01-28得票数 2
我对基因表达数据进行了基本的R分析。该分析旨在找出肾上腺的基因表达是否存在性别差异。
数据分为男性和女性，随后进行t检验。最后，我得到了一组p值，并对其进行了BH校正.但是我得到的调整后的p值，是单调的，相同的值，从头到尾都在重复。我找不到10 %重要水平的
浏览 3提问于2017-03-24得票数 1
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我有两个数据框架：“临床”和表达式“”这两个数据文件都有相同的病人(行)，并且仅在列中彼此不同。但是，每个dataframe中的行
浏览 1提问于2016-12-20得票数 0
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我想进行一个方差分析来识别差异表达的基因。在寻找差异表达的基因之前，我应该使用分位数归一化或中位数绝对偏差来缩放数据，还是应该直接对通过RMA获得的数据应用方差分析？
提前谢谢你
浏览 3提问于2011-03-02得票数 1
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问题是：
微阵列使生物学家能够测量基因在人类或其他物种中的表达水平。在一些研究中，对一些个体的基因表达水平进行了测量，其中一些人患有某种疾病，另一些人没有(对照组)，以确定哪些基因是差异表达的。目的是了解基因在所考虑的疾病发展中的作用。尽可能多地阅读下面的论文，并足够理解基本知识：相应的数据集(经过一些处理)可
浏览 1提问于2016-05-17得票数 1
我有一组来自3个不同亚型的乳腺癌样本的1500个基因的基因表达值及其临床参数。我需要根据乳腺癌亚型对基因表达进行聚类，以找到每个乳腺癌亚型的独特基因。我尝试过PCA和Kmeans，但无法解释子类型的名称。有什么方法可以做到这一点吗？提前谢谢。
浏览 15提问于2020-10-26得票数 0
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为了明确肿瘤形成的潜在致病机制，我们采用cDNA-代表性差异分析方法，比较了正常人垂体组织和临床上无功能垂体腺瘤基因表达的差异。我们克隆了一个在这些肿瘤中缺失的cDNA，它代表了一种新的转录本，来自于先前描述的MEG3，这是一种功能未知的母体印记基因。它在正常人促性腺激素中表达，其来源于临床上无功能的垂体腺瘤。
浏览 10提问于2022-03-20得票数 0
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我正在使用生物导体套件(所有数据集)，并试图对每个基因进行t.test。目的是观察性别之间的基因表达差异。我可以通过以下方法获得基本的t.test：> females<-exprs[, pData(ALL)$sex =="F"]
> t.test
浏览 0提问于2018-08-28得票数 0
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第一次从GEO上下载dCHIP（PM-MM model）算法处理的患者生物芯片数据（之前都是RMA处理的），dCHIP处理的数据能够直接进行差异分析吗？我看到有许多四位数的负值，请教一下应该用什么工具或者代码来处理以便后续对基因表达差异进行分析 ？
浏览 52提问于2024-02-29
我有两个数据集，每个数据集的形式如下：Gene2Name, 445...这两个数据集的基因名称是相同的。第二列上的数字是对应基因的表达计数。dds <-
浏览 18提问于2019-05-15得票数 0
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大家好，我是R的新手，我正在尝试使用R的统计能力进行分析。Gene_2 3.3 BGene_3 1.1 B我有一个数据框，里面有100个不同细胞系的10个基因的表达数据。每个细胞系中每个基因的表达都被检查了3次，这就是为什么我们要对重复进行</em
浏览 0提问于2019-09-12得票数 0
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基于功能的基因聚类
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我们希望使用分层或k均值聚类，根据基因的功能对数据集中的基因进行聚类。我们得到了每个基因的GO id，现在我们想根据功能将它们分组，最好是分层的。这意味着从底层(每个函数都是唯一的)到上层(我们有更多的泛化/函数组)。我们正在用R编写程序。
提前感谢您的帮助！
浏览 2提问于2014-03-10得票数 0
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我正在用R分析一些基因表达数据。我想要与eBayes做差异基因表达分析(limma是BioConductor的一部分)，但要做到这一点，我需要我的表达数据作为一个eset对象。详细说明我所拥有和想做的事情：，我有表达式数据，已经作为对数，归一化的肥胖值。数据在表达式矩阵中。大约有2万行，每一行都是一个基因，而行名是官方的
浏览 0提问于2014-08-30得票数 3
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给定已知处理的聚类策略
、、、、
是否有一种策略可以在一组中跨条件对共享属性进行聚类，同时知道该条件会激发两个组之间的差异？一个具体的例子:假设A组有4个人，B组有4个人，A组被介绍给StackOverflow，其他人只剩下他们的钢铁意志。对每个个体进行了30000个基因检测。与B组相比，我们期望A组个体相对没有压力，因此，我们寻找在B组中高表达但在A组中低表达的基因簇，确定这组基因</e
浏览 3提问于2016-01-17得票数 0
我需要比较细菌基因表达丰度的对照和疾病样本。我有一个由R.读取的大数据集，它包含58,000行不同的基因，以及6列。前三栏表示控制中的数值，其余三列来自疾病患者。
数据是一个矩阵，所有的值都是数值。我对R是新手，我试图弄清楚如何包含一个"if“来防止错误”数据本质上是恒定的“，我认为这是因为很多基因表达值在疾病组和对照组中都是相同的(两
浏览 1提问于2019-11-01得票数 0
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我对使用Cytoscape分析基因之间的分子关系很感兴趣，我一直在阅读Cytoscape网站上的教程，但我不确定如何使用Cytoscape进行“一对多”比较。在一个简单的“一对一”比较中，您可能有一个包含10个基因及其表达值的列表，这样每个基因的属性将是1)基因的名称和2)表达</em
浏览 1提问于2020-06-02得票数 1
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我是编程新手，正在做一些基因表达分析。我有一个非常天真的问题。我有几个基因表达数据框，以基因名称为行，以细胞名称为列Example gene exp. data frame。我想对数据进行对数转换，但是把log2和log+1搞混了。如何对R中的数据帧执行log2+1 ( log (x + 1))转换？它和log2转换是一样的吗？我应该做t=log(v+1)吗？
浏览 29提问于2021-10-12得票数 0
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我在excel中工作，有许多带有基因和相应表达值的文件。不同的文件(不同的样本)包含不同顺序的不同数量的基因。如何排列数据，使每个样本中的表达值与正确的基因对齐。Gene A - 9
Gene A - 10, 9Gene
浏览 61提问于2021-02-10得票数 0
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我有不同年龄和性别的人类数据。在使用seurat集成之后，在差异基因表达分析过程中如何最好地控制这些混杂因素。我在FindMarkers函数中看到了latent.vars的选项。
浏览 30提问于2020-05-18得票数 1
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