带日期x轴的R ggplot2热图-删除灰色区域 - 腾讯云开发者社区

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ggplot2优雅绘制热图添加双箭头注释

❝本节来介绍如何使用「ggplot2」来绘制热图并添加双向箭头添加注释，下面小编通过一个案例来进行展示，图形仅供展示用，希望各位观众老爷能够喜欢。。...❞ 原图结果图加载R包 library(tidyverse) library(readxl) library(magrittr) library(grid) library(cowplot)...= unit(0.01,"in"), # 设置图例内部的水平间距 plot.margin = ggplot2::margin(10,60,10,60)) # 设置图的边距添加注释...(p,x = 0, y =0) + # 添加主图（热图） draw_line(x = c(0.9,0.9), y = c(0.08,0.98),lineend = "butt",size =1,...0.875,y=0.11,height = 0.85,width=0.05)+ # 添加一个灰色的矩形 draw_text(text = "EDC genes", size = 12, x = 0.9

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ggplot2绘制堆积柱形图

前面给大家简单介绍了如何用☞R绘制堆积柱形图，今天我们来看看如何用ggplot2这个包来绘制堆积柱形图。...我们还是使用☞R绘制堆积柱形图中用到的all_pool_species_sample.txt这套数据。...数据的格式如下利用ggplot绘制堆积柱形图，需要对数据格式进行转换 library(ggplot2) raw=read.table("sample_bacteria_percentage.txt...axis.title.x=element_blank(), #删除X轴标题 axis.title.y=element_blank(), #删除Y轴标题...panel.background = element_blank() #删除灰色背景 )

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R包reshape2 |轻松实现长、宽数据表格转换

蓝色阴影表示我们想要表示的各个行的ID变量，红色表示想要转换成列名的变量名，灰色表示要在单元格中填充的数据。...入门环境Rstudio R语言 - 热图绘制 (heatmap) R语言 - 基础概念和矩阵操作 R语言 - 热图简化 R语言 - 热图美化 R语言 - 线图绘制 R语言 - 线图一步法 R语言 -...箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图） R语言 - 箱线图一步法 R语言 - 火山图 R语言 - 富集分析泡泡图 R语言 - 散点图绘制 R语言 - 韦恩图 R语言 - 柱状图 R语言 - 图形设置中英字体...、线性模型 1初识ggplot2绘制几何对象 2图层的使用—基础、加标签、注释 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布 4语法基础 5通过图层构建图像 6标度、轴和图例 7定位-分面和坐标系 8主题设置...试试好看的弦状图获取pheatmap聚类后和标准化后的结果一个震撼的交互型3D可视化R包 - 可直接转ggplot2图为3D 赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化是Excel的图，不！

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「R」ggplot2精要：线图

这个R教程讲解如何使用R和ggplot2包创建线图。在一个线图中，观察值都按照x排列并连接起来。可以使用函数geom_line()、geom_step()或geom_path()。...x值可以是：日期：对于时间序列数据文本离散的数值连续的数值 ?...ggplot2 line plot - R software and data visualization 基本的线图数据这里使用的数据来自数据集ToothGrowth，描述了不同剂量药物下牙齿的生长情况...阅读ggplot2图例： ggplot2 legend[5] 带数值型x轴的线图如果x轴的变量是数值型，我可以可以将它根据自己的需要看做连续值或转换为因子变量。...x轴是日期的线图这里是有economics数据集： head(economics) ## date pce pop psavert uempmed unemploy ## 1

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R语言ggplot2科研数据数据可视化实用手册~第八章热图（heatmap）

Chapter 8 R语言ggplot2热图今天下午7点到9点直播讲解如下代码，腾讯会议，感兴趣的参加，给推文打赏10元获取腾讯会议直播链接 8.1 pheatmap热图 R语言里做热图最快捷的方式是用...pheatmap这个R包,优点是用非常少的代码就可以出一个比较好看的图，缺点是细节修改不是很方便，比如要用热图展示基因表达量的数据，准备数据的格式如下 pheatmap不是R语言自带的R包，第一次使用需要先安装...ggplot2也有直接做热图的函数 geom_tile(),ggplot2做热图可能代码稍微繁琐，但是优点是细节调整方便，基本上所有的细节都可以用代码来调整 ggplot2做热图还需要掌握的一个知识点是...6 这个是最基本的长宽格式数据转换，如果数据集有很多列，有时候转换会相对比较复杂，这里就不做介绍，因为我也搞不懂有时候 8.2 ggplot2热图以下介绍ggplot2做热图的代码都是假设已经拿到了长格式数据...气泡热图图如果x 和 y都是离散的，把热图函数geom_tile()换成geom_point()函数，然后用表达量的值映射点的大小同时映射颜色也可以归为热图的一种比如 library(readxl

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R语言绘图之ggplot2

那么今天我们就为大家介绍一下目前在R语言中流行的绘图包ggplot2。 1. ggplot2的安装：install.packages("ggplot2")。...，由斜率和截距指定 geom_area 面积图（即连续的条形图） geom_bar 条形图 geom_bin2d 二维封箱的热图 geom_blank 空的几何对象，什么也不画 geom_boxplot...二维密度图，用六边形表示 stat_boxplot 绘制带触须的箱线图 stat_contour 绘制三维数据的等高线图 stat_density 绘制密度图 stat_density2d 绘制二维密度图...("text",x=23,y=200,parse=T,label ="x[1]==x[2]") labs : labs(x= "这是 X 轴", y = "这是 Y 轴", title = "这是标题"...一组连续数据可以映射到X轴坐标，也可以映射到一组连续的渐变色彩。

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R语言ggplot2作图离散变量更改坐标轴范围

首先是示例数据 image.png 使用R语言的ggplot2做一个热图 #install.packages("see") df<-read.csv("20210809_example.csv") library...() image.png 增加y轴的上下空白 ggplot(data=df,aes(x=gene_name,y=variable))+ geom_tile(aes(fill=value))+...(expand=expansion(mult=c(1,0))) image.png 如果是要更改x轴左右的间距把scale_y_discrete()换成scale_x_discrete()就可以了...这个有啥用，其中一个用途是画环状热图的时候可以增加中间的空白区域比如默认环状热图 ggplot(data=df,aes(x=gene_name,y=variable))+ geom_tile(aes...(expand=expansion(mult=c(0,0.2))) image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python

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R语言学习 - 热图绘制 (heatmap)

热图绘制热图是做分析时常用的展示方式，简单、直观、清晰。可以用来显示基因在不同样品中表达的高低、表观修饰水平的高低等。任何一个数值矩阵都可以通过合适的方式用热图展示。...本篇使用R的ggplot2包实现从原始数据读入到热图输出的过程，并在教程结束后提供一份封装好的命令行绘图工具，只需要提供矩阵，即可一键绘图。...# aes: aesthetic的缩写，一般指定整体的X轴、Y轴、颜色、形状、大小等。...# 在最开始读入数据时，一般只指定x和y，其它后续指定 p x=variable,y=ID)) # 热图就是一堆方块根据其值赋予不同的颜色，所以这里使用...调整背景和背景格线以及X轴、Y轴的标题。

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R语言ggplot2画右三角方块热图的简单小例子

还是这幅图 ? image.png 本来以为今天的推文可以重复出来的，但还是高估自己了，实现过程遇到了问题，暂时还不知道如何解决，后面想到办法再来介绍吧！...今天的推文先介绍右上角的方块热图实现办法吧! 首先是方块四周的灰色边框这里使用到的是geom_tile()函数。...image.png 如果是画三角热图示例数据如下 ?...,variable.name="y") %>% na.omit() -> dftmp 自定义x，y轴的顺序，通过改变因子水平来实现 dftmp$xx,...image.png 除了用方块的形状，我们还可以使用ggstar这个包中的其他形状，比如我们来一个心形关于ggstar这个包可以参考之前的推文 R语言ggstar包：给散点图的形状提供更多的选择 library

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R语言入门系列之二

日期往往以数值形式存储，日期值可以运算比较，但是在读取数据时往往读取为字符串格式，as.Date()函数可以将字符型日期转换为数值型进行储存，如下所示：可以看到在R中日期值是以yyyy-mm-dd形式储存...在这里R可以识别yyyy-mm-dd和yyyy/mm/dd格式的日期数据。..."/yaxt="n"：禁用x/y轴的刻度线 xlim：xlim=c(a,b)将x轴刻度范围限定在a到b ylim：ylim=c(a,b)将y轴刻度范围限定在a到b xaxs：控制x轴显示范围，默认为“r...=c(1,1))设置作图区域为1行两列共两幅图，图片宽之比2:1，高之比1:1。...）则可以将绘图区域分为若干个子区域来绘图。

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ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢”

theme是解决图是否美观的一个工具，其与scale最大的区别在于不受数据左右。先把scale做好，就是一张合格的图；再处理theme，则是一张出色的图。...可以看到上图的标题，轴标签和图例已经默认设置好了，是否可以个性化修改呢？当然可以！！！ R控制台输入?...element_rect()：使用element_rect()修改基于矩形的组件，如绘图区域和面板区域的背景。...其中legend.justification参数可以将图例设置在图中，legend.position参数用来将图例设置在图表区域，其中x和y轴的位置(0,0)是在图表的左下和(1,1)是右上角。...学习ggplot2的八大基本元素，了解legend的基本设置后，现在也清楚了主题的相关设置，就可以画出一张出色的图了?

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ggplot2热图扩展包（ggalign）的细节

前面我们在人工智能大模型不会告诉你的热图绘制技巧演示了如何使用ggplot2热图扩展包（ggalign），可以快速替代之前的 pheatmap：比如我们可以先去geo数据库里面下载 GSE104171...它使你能够使用熟悉的 ggplot2 语法创建复杂热图。...你可以无缝使用任何 ggplot2 geoms、stats 和 scales 来构建复杂布局，包括垂直或水平排列的多个热图。...与 ComplexHeatmap 比较优点与 ggplot2 生态系统完全集成。热图注释轴和图例自动生成。树状图可以轻松自定义和着色。对图表大小和间距有灵活的控制。...ggplot2 对象的数据包含以下列： .xpanel 和 .ypanel: 列和行的panel groups .x 和 .y: x 和 y 坐标 .row_names 和 .column_names:

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常用 7 大类型图形可视化——变化趋势图形

包时间序列图：基于数据框如果想设置特定的时间间隔，则需要使用 scale_x_date() 函数。...# X轴文本的标签和 break 值 brks <- economics_y$date[seq(1, length(economics_y$date), 12)] lbls x_date() 将更改 X 轴断点和标签，scale_color_manual 将更改行颜色。...堆叠面积图与折线图类似，只是图下方的区域全部着色。...此外，关于坡度图的绘制，也有些大佬已经集成 R 包了，例如：CGPfunctions[6] 包中的 newggslopegraph() 、slopegraph [7] 包中的 ggslopegraph(

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2023.4生信马拉松day6-绘图

常用可视化R包-（1）作图：base包、ggplot2、ggpubr（ggpubr对ggplot2进行了简化和美化，适用于新手入门，可操作空间较小）#示例体验#1.基础包略显陈旧了解一下plot(iris...= x, y = y)) + geom_point()# 修改列名p x = "新的 x 轴标签", y = "新的 y 轴标签", title = "新的图形标题")-（5）几何对象用...()函数用于设置横坐标区域就是一种位置调整；此外还有堆叠式直方图v.s.并列式直方图这种位置调整，二者可以用position=doge这一参数进行变换；#普通的点图ggplot(data = iris,...", y="Petal.Length", color="Species")#在ggplot2后+theme=classic可以去掉背景的灰色和格子，达到ggpur的主题效果...-（2）去哪里找现成的画图代码现成的代码不难找——① 火山图、热图直接到搜索引擎搜代码；② STHDA网站上找代码、数据、教程；③ 扩展资料-R_03工作目录下的各种扩展学习（基础包500行代码&ggplot2

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R包：gtable包用于处理ggplot2图像

ggplot2是基于grid的绘图工具，它绘制的图像其实是由多个grob（grid graph object）组成的，比如一张点图，它的标题是titleGrob，点图的基本单元包括pointsGrob。...很多工具包都可以进行拼图或嵌图，比如cowplot、patchwork、ggpubr、gridExtra等等，但是gtable是相对底层的进行操纵ggplot2对象的包。...比如将第二张图的宽和高设置为以前的30%，并且将其放在绘图区域的右上角（绘图区域（0.6，0.6）是待嵌图的左下角。）...这里的0.6是相当于整个绘图区域而言（下图灰色部分），而不是第一张图的坐标轴显示区域，其值是相对值，最宽最高代表值为1。...不同于cowplot嵌图，在这里可以指定图片只嵌到坐标轴指示的panel区域。让嵌入的图是主图的panel区域的40%大小。

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R4R语言作图

多，但图会好看点，没有灰色背景，只留横纵坐标，不能满足所有需求，新手友好型 ggplot2简化和美化褒贬不一library(ggpubr)ggscatter(iris, x="Sepal.Length...()#代码不报错不代表结果没错，应该有50个点，但图上展示只有十几个点，应加个x轴抖动+geom_jitter()函数#5.统计变换-柱状图View(diamonds)#diamonds内置数据table.....prop.., group = 1))#将自动统计计算ycount改成prop#6.位置关系# 6.1抖动的点图ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Species...再重新运行出图代码或dev.new()#2.ggplot系列图(包括ggpubr)通用的简便保存 ggsave .pngp x = "Species",...轴和y轴的标题ggplot(mtcars, aes(mpg, wt, colour = cyl)) + geom_point() + xlab(label='new x')+ ylab(label

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跟着Nature microbiology学画图~堆积柱形图+箱线图以及组合图

需要的R 包即具体实现过程： install.packages('ggplot2') #安装ggplot画图包 library(ggplot2)#导入ggplot包然后就是要读取数据了,为了方便初学者...', width =柱子的宽度 , position = 'fill' 则会铺满整个高度，如果删除则会显示如下这种图(复制以下代码再运行就会明白)) ggplot(df,aes(x=Status,y=Relative.abundance...image.png 删除横坐标轴的名称： ggplot(df,aes(x=Status,y=Relative.abundance.......这下就按照第一个堆积图的后续修饰，删除横坐标标签： ggplot(bp, aes(x=Diet, y=Richness, fill=Diet)) + geom_boxplot()+theme(axis.title.x...image.png 箱图2：带p value的箱图的绘制先要安装另外两个包：ggsignif这个显著性检验的包 install.packages('ggsignif') 和ggthemr包：

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一步一步教你使用ggtree

ggtree是R语言中一个强大的系统发育树可视化及注释软件包，在Bioconductor中发布，同时兼有ggplot2的优点。...在R中ggtree的安装方法如下： source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ggtree") ggtree需要依赖Bioconductor...，geom_nodepoint和geom_text2控制显示节点及其节点支持率，theme_tree2控制显示x轴，xlim则调节x轴的范围，通过脚本可以看出ggplot2的语法特征，图片元素通过图层叠加的方法来进行调整...接下来我们还可以使用gheatmap在发育树后面绘制每个物种的序列分布热图，gheatmap支持矩阵作为输入数据，完整脚本如下： library(ggplot2) library(ggtree) library...#创建热图并融合两边坐标轴 graph #查看图形上面图形仍十分粗操，接下来对图形进行调整美化，调节展示方式、颜色范围、图例位置等，完整脚本如下： library(ggplot2) library

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R语言之可视化（27）ggplot2绘制线图

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ggplot2:正负区分条形图及美化

在数据分析报告中，条形图是很常见的一种表现形式，可以的反应各项之间的比较情况。在实际的应用中，为了更加直接、美观，对图表的展现形式也有了越来越高的要求。...通过强大的ggplot2包，也可以画出有特色的条形图。在网上看到有人画的正负区分条形图，花了点时间打磨其中的美化细节，基本也算是原样画出了。...实现过程首先，载入ggplot2包，并随机生成二维数据。 ? 接下来，用ggplot()＋geom_bar()画出基本的条形图。 ?...设置x、y轴标签，y轴刻度，并将坐标轴翻转。 ? ? 到此为止，基本形态已经搞定，下面就进入精细的美化过程。依次进行如下操作：去掉灰色背景删除指定网格及边框修改字体 ? ?...最后，我们修改图例的颜色、字体，并在条形图两侧加入标签文字，就可以得到最终的效果了。 ? ? 想要图表做的好看，工具的使用是一方面，审美与图表思维的培养也是特别重要。从模仿开始，是不错的学习方式。

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ggplot2优雅绘制热图添加双箭头注释

ggplot2绘制堆积柱形图

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「R」ggplot2精要：线图

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