今天学习一篇高分杂志中的复杂热图绘制，文献标题为：《KRAS mutant rectal cancer cells interact with surrounding fibroblasts to deplete...the extracellular matrix》，于 2021 年 10 月发表在 Mol Oncol 杂志上： 复杂热图介绍 这幅图展示了 两分组（KRAS-mt vs KRAS-wt）差异分析结果中...热图如下： 图注： To gain further insight into the biological role of KRAS mutations in LARC, we investigated...数据背景 这幅热图对应的数据在 GEO 中：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?...，可以 留言区给出你的图片来源，我们尽可能的复现出来，学会更多的高颜值绘图技巧！
之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...首先画热图 这个热图和常规的还稍微有点不太一样，可以简单的理解为带有缺失值的热图，缺失值是空白格，其他值分别填充颜色。...df1<-reshape2::melt(df) ggplot2画热图 library(ggplot2) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+ geom_tile(aes...(fill=value),color="black")+ theme(panel.background = element_blank()) 这个地方遇到一个问题是缺失值如何给他填充为白色，我想到的办法是给缺失值赋值为...，下一期推文介绍利用堆积柱形图给热图添加分组信息。
::install_github("xjsun1221/tinyarray") 1.带有侧边密度图的相关性点图呀 没错就是上次刚自己搓的代码，太长了，有点常用，写成函数方便用呀(ggstatplot...最新版本报错，旧版本又各种套娃) corscatterplot(iris,"Sepal.Length","Sepal.Width") 可以看帮助文档自行指定密度图的颜色，趋势线的颜色，支持ggscatter...corscatterplot(iris,"Sepal.Length","Sepal.Width",size = 0.5) image.png 侧边栏也可变成条形图 corscatterplot(iris...,"Sepal.Length","Sepal.Width",type = "histogram") image.png 2.相关性热图 同样是因为出镜率高，代码太长。。。...受示例数据限制，没有太多的发挥空间，放两个用它搞成的图： 横坐标斜着是横坐标数量多时自动的O(∩_∩)O
本文属于科学计算与可视化范畴，要点在于扩展库numpy、pylab、matplotlib的用法。
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍一款R包「roughnet」其最主要用来绘制网络图时添加纹理填充，小编测试后发现挺有趣的有多了一种图形展示方式。...install.packages(c("signnet","graphlayouts")) library(signnet) library(graphlayouts) library(dplyr) 绘制纹理填充网络图...[c(1,34)] 的形状设置为矩形 # 根据 Louvain 社区检测算法的结果，为节点设置不同的填充颜色 V(g)$fill 的大小设置为 30 V(g)$stroke 的边框粗细设置为 2 E(g)$color 的颜色设置为灰色...# 载入 "avatar" 数据集 main 的子图 w <- ifelse
当我们想要在一幅图中展示多个热图时，采用传统的一页多图的方式，会导致排版的混乱，第一个例子，同时展示两幅热图以及对应的图例，代码如下 >>> import matplotlib.pyplot as plt...可以看到，默认的宽高比情况下，图例的高度大大超过了热图的高度，这种情况相下，可以通过调节figure的宽高比来使得图形显示比例正常。...此时排版同样很混乱，而且无法通过简单的调整输出图像的宽高比来解决问题。 对于多副热图的排版问题，在matplotlib中，可以通过ImageGrid方法来调节。...通过ImageGrid，不仅可以解决图例的排版问题，还可以排版多副大小不一的热图，代码如下 >>> data1 = np.random.rand(50).reshape(5, 10) >>> data2...对于多副热图的排版而言，通过ImageGrid可以大大提高处理的简便性。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 原创不易，欢迎收藏，点赞，转发！
目前基于热图的绘制需求越来越高，让我们想到的事情逐渐成熟，却已经有人开始实现了这个功能，并上传到了CRAN。...复杂热图的绘制长期以来都是基础包omplexHeatmap来实现，现在可以使用了tidyHeatmap了.但是这也不是基于ggplot的版本，所以差强一步。...安装tidyHeatmap 遗憾的是，cran中包存在问题，我检查发现是版本问题，因此在github上的例子只能安装github版本的tidyHeatmap。...treate~ Ant2 2575 treated paire~ Intracel~ 0.329 ## # ... with 494 more rows 复杂热图...首先一定要明白，R语言是以长格式的数据来绘图的； 参数解释： .data “tbl”格式的数据框 .horizontal ：在热图中水平显示的列的名称 .vertical 在热图汇总垂直展示的列名称
JavaScript 函数中带有参数并返回值的函数 如下 image.png 代码如下 菜鸟教程 本例调用的函数会执行一个计算
当一个矩阵具有重复的特征值时，意味着存在多个线性无关的特征向量对应于相同的特征值。这种情况下，我们称矩阵具有重复特征值。...考虑一个n×n的矩阵A，假设它有一个重复的特征值λ，即λ是特征值方程det(A-λI) = 0的多重根。我们需要找到与特征值λ相关的特征向量。...首先，我们计算特征值λ的代数重数，它表示特征值λ在特征值方程中出现的次数。设代数重数为m，即λ在特征值方程中出现m次。 接下来，我们需要找到m个线性无关的特征向量对应于特征值λ。...当矩阵具有重复特征值时，我们需要找到与特征值相关的线性无关特征向量。对于代数重数为1的特征值，只需要求解一个线性方程组即可获得唯一的特征向量。...对于代数重数大于1的特征值，我们需要进一步寻找额外的线性无关特征向量，可以利用线性方程组解空间的性质或特征向量的正交性质来构造这些特征向量。这样，我们就可以完整地描述带有重复特征值的矩阵的特征向量。
导语 GUIDE ╲ 热图是一种流行的可视化高维数据的图形方法，其中一个数字表被编码为彩色单元格的网格。矩阵的行和列按顺序排列以突出显示模式，并且通常伴随有树状图。...热图在许多领域中用于可视化观察、相关性、缺失值模式等。...R包--heatmaply，交互式热图允许通过将鼠标悬停在单元格上来检查特定值，以及通过在相关区域周围拖动矩形来放大热图的区域，使用起来非常灵活方便。...p值，也可以做一个更高级的相关热图，将p值映射到点大小： r <- cor(mtcars) cor.test.p <- function(x){ FUN 热图上的字符值。
0.需求 就是在点图的侧边加上密度图 原来是ggstatplot可以直接画的，但这个包的最新版本画图直接报错，旧版本可以但是装包时各种套娃，依赖包各种过时各种限制版本，搞起来真的麻烦。
❝小闫语录：你可以菜，但是就这么菜下去是不是有点过分了 ❞ 每天不是在写 bug，就是在解 bug 的路上~更多精彩文章请关注公众号『Pythonnote』或者『全栈技术精选』 1.无参数函数作为参数传入调用...function fuc1() { console.log(1); } function fuc2(a) { a(); } fuc2(fuc1); // 1 2.有参数函数作为参数传入调用 一般的函数都有参数...console.log(param); } function fuc2(a, b) { a(b); } fuc2(fuc1, "欢迎关注微信公众号：全栈技术精选"); 3.有参数函数作为事件方法 现在要将传入的函数作为点击事件的处理程序
多分组的PCA图和top基因热图在转录组和蛋白组的差异分析中，我们常常在质控阶段需要做一下样本的PCA图和标准差top 基因的表达，来评价组内差异和组间差异。...以前主要做的二分组的比较，要想把多个分组的信息放在一张PCA图或者热图上，只需修改下Group值就行。...= F)#不以因子变量读取options(scipen = 20)#不以科学计数法显示load("step1_input.Rdata")exp 图-...# 2.top 1000 sd 热图---- g = names(tail(sort(apply(exp,1,sd)),200)) #day7-apply的思考题n = exp[g,]library(pheatmap...：匹配最后一个点号之前的所有内容。替换为空，保留最后一个点号后的内容。sub("\\d+$", "", ...)\\d+$：匹配末尾的所有数字。替换为空，去除末尾的数字。P1P2
大家对热图应该都不陌生，但是混合的复杂热图在我们的应用中并不是太多见。今天给大家介绍一个绘制复杂热图的R包ComplexHeatmap。...@size顶部高度这里的高度主要的值是eg:unit(8, "cm") bottom_annotation =new("HeatmapAnnotation")底部绘制的图像 bottom_annotation_height...#下面是中间的热图提供数据，此处直接可以不绘制热图只绘制我们想要结合在一起的图。...其中主要的函数是： oncoPrint（）其为绘制热图的核心函数，其主要可以对热图的中的cell进行分割，更加细致显示数据的分布。其主要参数如下： ?...运行这个函数可以允许我们在绘制的图形中进行选择对应的区域以及此区域包含的值。 ?
近期同事在讨论如何在PostgreSQL中一张大表，添加一个带有not null属性的，且具有缺省值的字段，并且要求在秒级完成。...因为此，有了以下的实验记录： 首先我们是在PostgreSQL 10下做的实验： postgres=# select version();...default 'test'; ALTER TABLE Time: 36803.610 ms (00:36.804) 明显看到时间花费相当长，其实PostgreSQL在这里将数据完全重写了，主要原因就是就是添加的字段带有...，如何快速添加这么一个字段： 首先，在这里我们涉及三张系统表，pg_class（表属性）、pg_attribute（列属性）、pg_attrdef（缺省值信息），接下来依次看一下三张表的信息： #pg_class...，这里只有原来的a9带有缺省值 postgres=# select * from pg_attrdef ; adrelid | adnum |
如果是要去除包含缺失值的行，直接使用na.omit()函数就可以了，但是如果要去除含有缺失值的列呢？...image.png 实现目的需要借助dplyr这个R包 用到的是select_if()函数 这个具体的写法怎么解释我暂时还没有搞明白，先背下来再说吧 dfpra library(dplyr) dfpra...这个代码是保留带有缺少值的列 ?...image.png 如果是要删除带有缺失值的列在any函数前加一个感叹号就可以了 dfpra<-data.frame(A=1:5, B=c(1:4,NA),...判断数据集是否至少存在一个数据满足指定的条件，返回值是TRUE或者FALSE 比如判断一组数据中是否存在负数 代码 x1<-c(1,2,3,4,5) any(x1<0) x2<-c(-1,2,3) any
7 ggmap 作者：David Kahle 网址：https://www.rdocumentation.org/packages/ggmap 简介：ggmap包整合了四种地图资源，分别是Google、...散点图、方框图、地图等，并在悬停时显示数据信息(例如数据值或标签)，如下图所示。...R统计和作图 在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet 别人的电子书，你的电子书，都在bookdown R语言 - 入门环境Rstudio R语言 - 热图绘制 (heatmap) R语言...- 基础概念和矩阵操作 R语言 - 热图简化 R语言 - 热图美化 R语言 - 线图绘制 R语言 - 线图一步法 R语言 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图） R语言 - 箱线图一步法 R语言 -...R语言可视化学习笔记之ggridges包 利用ComplexHeatmap绘制热图(一) ggplot2学习笔记之图形排列 R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换 不写代码，用下高颜值在线绘图
上一篇主要是想说一下大体的思路，就是一个主要的框架，我觉得在做一件事情之前，都需要有一个初略的设计，就是中提的想法，抓住问题的关键点。...（查询、添加、修改、删除、导出、打印等） （原来的说法：详细权限的划分） 4、在同一个页面里哪些人可以看到那些信息 （原来的说法：资源的访问权限） ...这里我只想表示表之间的关联，至于字段我只是写了几个主要的，字段的设计嘛，大家肯定各有各的方式，我想我写出来主要的就可以了。 ? 我的英文比较差，还是直接用中文吧，这样更直接一些。 ...记录打开的页面和相关的信息。 [项目—节点拥有的详细权限] 按钮组，一个功能节点（主要是列表页面）有哪些按钮，比如“添加”按钮，“修改”按钮等。记录按钮的名称、打开的页面和相关的信息。 ...[角色拥有的功能结点] 记录一个角色拥有哪些功能结点，功能结点里面有哪些具体的操作（添加、修改等） 不知道大家的项目的角色是在什么时候诞生的，是在设计的时候吗？
p=12430 ---- 在本文中，我将创建纽约市机动车碰撞的市镇级热图。数据来自纽约市数据。特别是，我将从镇级碰撞到街道级碰撞。在下面，我加载ggmap包和数据。...library(ggmap)comm=regexpr(',',d_clean$LOCATION)# create year variabled_clean$year=substr(d_clean$DATE...brook_freq,'violet')si_col=assign_col(si_freq,'darkgreen')q_col=assign_col(q_freq,'darkgoldenrod4') 最后，我使用ggmap...的get_map（）函数获取NYC的样式图并添加geom_path图层。...Geom_path（）使用直线或“路径”连接同一条街道上的所有经度和纬度点。组中的所有坐标都已连接。然后使用col =参数为每行赋予一个由assign_col（）确定的颜色。
因为在ggplot2中一直没有看到好的关于密度辐射图（或者称它为热力辐射图，就是那种PowerMap中可以通过颜色色度探查区域指标分布密度的图表类型）的合适解决方案，最近在看github官网上ggmap...的介绍帖，看到作者在ggmap函数中嵌套了geom_polygon图层并并使用fill=..level..参数和stat="density_2d"来来制作类似的热度辐射图。...) library(maptools) library(ggmap) 接下来导入两个数据集： 其中一个是中国省级边界轮廓图，早期关注过数据小魔方的用户大概都知道，我曾经共享过一个名为...5、可以给以上热图添加散点辅助观测 p<-p+geom_point(data=data,aes(x=lon,y=lat),col="white") ?...ggmap包中的，必须加载才能用 感兴趣的小伙伴儿可以移步去github官网上搜索ggmap官方介绍，里面使用ggmap调用谷歌地图做的热度图，效果很棒。
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