本文属于科学计算与可视化范畴，要点在于扩展库numpy、pylab、matplotlib的用法。...fontproperties='STKAITI', fontsize=24) #图形标题 pl.title('sin-cos函数图像', fontproperties='STKAITI', fontsize=32) #设置图例
R具有强大的统计计算功能和便捷的数据可视化系统。目前R主要支持四套图形系统：基础图形（base）、网格图形（grid）、lattice图形和ggplot2。...其中ggplot2凭借强大的语法特性和优雅的图形外观，逐渐成为R中数据可视化的主流选择。...书中绝大多数的绘图案例都是以强大、灵活制图而著称的R包ggplot2实现的，充分展现了ggplot2生动、翔实的一面。...本文根据《R数据可视化手册》整理ggplot2包的图形参数（图形外观、注解、图例、坐标轴、分面、配色）。...自定义颜色分配的顺序，可以使用带有名称的向量参数 scale_colour_manual(values=c(m="blue", f="red")) 6.5 使用色盲友好型调色板 使用函数scale_fill_manual
当使用ggplot2作图的时候如果多个图拼接到一起，图例互相之间有一样的时候，比如如下的情况（我们用R语言内置的鸢尾花的数据集做三个散点图） ?...image.png 实现上面图片的代码是 library(ggplot2) library(ggpubr) df<-iris colnames(df)<-paste0("V",1:5) p1<-ggplot...image.png 图例放到顶部，默认的布局是3行3列，如果要改成1行6列呢？ggplot2里应该有对应的参数可以修改吧？...但是目前还不知道如何使用ggplot2自带的函数来操作，查资料的时候发现了一个R包lemon里有一个reposition_legend()函数 参考资料的链接是 https://cran.r-project.org...如果将ggplot2的图例设置为顶部，默认结果如下 p4<-ggplot(df,aes(x=V1,y=V2))+ geom_point(aes(color=V6))+ theme_bw()+
首先做一幅简单的散点图，使用的数据集是R语言里自带的iris library(ggplot2) ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+ geom_point...下面对图例进行操作 首先是更改图例的标题 现在上面的图图例的标题是Species，我现在想把他改为cultivar 第一种方法是直接在原数据集上改，因为这个图例的标题对应的是数据的列名，我把列名改了就可以了...image.png 不想要图例的标题可以直接加theme(legend.title="none") 接下来是更改图例的大小 如果更改点的大小，右侧图例的大小也会跟着改变 比如 ggplot(iris1,...这个时候我想要让右侧图例的小一点 参考 https://stackoverflow.com/questions/15059093/ggplot2-adjust-the-symbol-size-in-legends...接下来是更改三个图例的文字标签 比如我想把 三个品种名分别改成A,B,C 第一种方法还是直接改数据 第二种方法使用factor()函数，原来这个函数还有一个label参数 参考 http://t-redactyl.io
遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...geom_tree(aes(color=group))+ geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 这样就把图例去掉了...geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_manual(values=colors, na.translate=FALSE) 将图例的线更改的粗一点
在用RStudio的ggplot2包进行画图时常常记不住对应的美化代码，检索又要花费大量的时间。...ggThemeAssist[1]是一个RStudio的扩展R包，提供了一种用于修改ggplot2主题的图形交互式界面。...可以调节的内容有图形的比例（Settings）、调色板和背景（Panel&Background）、坐标轴（Axis）、标题和标签（Title and label）、图例（Legend）、副标题和说明文字...演示 示例数据 本次我们采用ggplot2的内置数据diamonds，考虑到diamonds的数据太多，我们随机选出部分做演示。...= element_rect(fill = "gray90"), legend.position = "bottom", legend.direction = "horizontal") 图例
今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。 本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...如果我们要改变图例顺序，按下面的操作，将color变成1，然后fill使用默认排序： # And we can reverse the order p + guides( color = guide_colorbar...当然，如果你理解了上面的英文文档，怎么设定怎么排都是可以的。
目 正文 自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件，通常通过theme（）命令来完成。 此页面受到ggplot2（？theme）帮助页面的强烈启发。...另外，请访问非常强大的ggplot2文档以获取更多信息。...我们从mtcars数据集和默认图例开始： library(ggplot2) basic=ggplot(mtcars, aes(wt, mpg, colour = factor(cyl), shape =...image.png 删除图例中的一类 basic + guides(shape=FALSE) ?...一些自定义图例的测试 # 图例被红框包裹 basic + theme( legend.box.background = element_rect(color="red", size=2),
三、ggplot2中的数据变换 一、基本绘图 ggplot2绘图是逐步叠加式的，由+号进行连接，每个函数控制着自己的部分。...使用调色板 如果不想自己去取颜色，还可以调用R中自带的调色板 命令：scale_fill_brewer(palette='xxx') RColorBrewer::display.brewer.all...此外，修改图例的顺序还可以通过scale_fill_discrete(breaks=c())等命令(但是它是将原图例和新的图例一起呈现的 (6) 多图汇总 当需要结合多组图片进行说明时，就需要将其放置一张画布上呈现...，可以实现对图片指定位置摆放 三、ggplot2中的数据变换 通过上述的介绍，我们可以知道，其实ggplot中图例的出现是由于aes中fill(或者color、shape)的设置。...，还有很多细节控制命令，因篇幅限制尚未涉及。
背景介绍 在我们日常的科研绘图中，经常会使用到ggplot2绘图，这也给我们带来很大的方便，但是在设置主题的时候，要想得到一个完美的颜色，还是需要大量的代码去实现，要想实现自由搭配还是比较麻烦的，这时候小编要给大家介绍一个主题配置神器...ggthemr是发布在github上的开源ggplot插件包，可以方便快捷的配置各种风格的主题，并且改变字体类型、大小，图例、坐标轴、背景等各种元素。...我们可以使用如下命令清除主题并返回到ggplot2的默认设置： ##清除主题 ggthemr_reset() 由于ggplot2函数会存在一些bug，在绘图的时候可能会返回错误（如：颜色名称未知），我们可以通过调用...03 定制调色板 在ggthemr包中还提供了非常个性化的选择，我们可以通过define_palette（）函数制作自己的主题，就像上面的各种调色板一样，这些主题可以传递给ggthemr（）。...upper = random_colours[2L]) ) ggthemr(ugly) example_plot + ggtitle(':(') 我们可以使用define_palette（）定义调色板的所有元素
image.png 在一个交流讨论群里看到有人讨论这个图，很早之前就看到过这个图，当时记得有一个现成的R包可以做。如果让自己使用ggplot2来实现当时还真没有思路。...现在有一些思路，这个就是点 和 线段 的组合，把握好坐标位置就好了 但是这个图里的线段是带有弧度的，之前画图的线段都是直线，所以就查了一下ggplot2画带有弧度的线段的办法，找到了参考资料 Line...segments and curves — geom_segment • ggplot2 (tidyverse.org) 没有弧度的线段使用的是geom_segment()函数 有弧度可以使用geom_curve...()函数 下面是一个小例子 library(ggplot2) b <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) + geom_point() df <- data.frame(...y1, xend = x2, yend = y2, colour = "segment"), data = df) image.png 这里有一个参数可以控制弧度curvature library(ggplot2
ggplot2 line plot - R software and data visualization 基本的线图 数据 这里使用的数据来自数据集ToothGrowth，描述了不同剂量药物下牙齿的生长情况...阅读更多线型： ggplot2 line types[2] 如果你想要更改点的类型，阅读文章 ggplot2 point shapes[3]。...() : 使用灰度调色板 # 使用自定义的调色板 p+scale_color_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9")) # 使用brewer调色板...阅读更多关于ggplot2颜色 : ggplot2 colors[4] 更改图例位置 p <- p + scale_color_brewer(palette="Paired")+ theme_minimal...阅读ggplot2图例： ggplot2 legend[5] 带数值型x轴的线图 如果x轴的变量是数值型，我可以可以将它根据自己的需要看做连续值或转换为因子变量。
主要内容： 准备数据 基本点图 在点图上添加摘要统计信息 添加平均值和中位数 带有盒子图和小提琴图的点图 添加平均值和标准差 按组更改点图颜色 更改图例位置 更改图例中项目的顺序 具有多个组的点图...定制的点图 相关信息 第一步：准备数据，使用的数据包括三列，len长度，supp是分类变量，dose是0.5mg,1mg和2mg三个变量。...，然后修改点的大小，然后翻转X，Y轴 library(ggplot2) # Basic dot plot p<-ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) +...也可以使用以下功能手动更改点图颜色： scale_fill_manual（）：使用自定义颜色 scale_fill_brewer（）：使用RColorBrewer包中的调色板 scale_fill_grey...（）：使用灰色调色板 # Use custom color palettes p+scale_fill_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9"))
对色阶的进一步控制包括name参数（用于设置其标题），legend.size参数（用于设置图例文本的大小）和legend.position参数（用于控制图例的显示位置）。...后两个只是ggplot2主题中相同参数的快捷方式，由于该图是一个ggplot2对象，所有其他相关的主题和指南方法也适用： ggcorr(nba[, 2:15], name = expression(rho...控制调色板 ggcorr使用默认的颜色渐变，从亮红色到浅灰色到亮蓝色。...参数使用ColorBrewer调色板。...注意：尝试在颜色标度上使用ColorBrewer调色板时，调色板中的颜色比调色板中的颜色多，将向用户返回警告（实际上是两个相同的警告）。
ggplot 中 scale 的使用 ggplot画图是画图中的战斗机，但是往往在我们用ggplot2画图时候，需要根据需求更改坐标，图例等，最常见的就是更改x，y坐标系的名称。...在ggplot2中，坐标系与比例尺和参考线是自动生成的，并且生成得很好。...我们会使用scale_color_和scale_fill_来更改调色板，今天我们就来介绍如何在ggplot中调整比例尺，调整中断和标签，修改轴和图例等。...强大的 Scale包，可以实现在ggplot基础上，对图形进行微调及更改。...1.基础底图 Scale包为ggplot底图提供了四种样式的比例尺： demo_continuous() and demo_log10() for numerical axes demo_discrete
堆叠小提琴图 #使用paletteer包来调用awtools包中的调色板函数 library(paletteer) color ggplot2进行美化 因为VlnPlot是一个ggplot的对象，所以可以基于ggplot2进行美化。...y 轴的刻度标签； 隐藏图例； 设置 x 轴标题和刻度线的颜色和大小； 完全取消 y 轴的刻度和网格线，以简化图形展示。...： 将 x 轴标签旋转 45 度并右对齐； 隐藏 y 轴的刻度标签； 设定轴标题的字体大小； 移除图例； 自定义填充颜色； 添加标题和轴标签。...提取数据使用ggplot2进行美化 小谢私认为基于ggplot2的theme函数美化VlnPlot结果已经比较好看了，但由于是VlnPlot结果的框架下，可能还是会有些限制 如果需要高度定制化小提琴的图的结果
❝今天来介绍一款新包ggPlantmap，专门用于绘制植物相关的图形。基于ggplot2开发，因此ggPlantmap继承了ggplot2的语法和功能，但增加了针对植物数据的特定功能。...「定制和扩展」：由于ggPlantmap基于ggplot2，用户可以利用ggplot2的功能进一步定制和扩展图形，例如更改颜色、添加图例和标题等。...，设置`ROI.id`为绘图参数并隐藏图例 ggPlantmap.plot(ggPm.At.shootapex.longitudinal,layer=ROI.id,show.legend = FALSE...") # 使用`ggPlantmap.plot`函数绘制`ggPm.At.leaf.topview`数据的图形，并设置颜色调色板 ggPlantmap.plot(ggPm.At.leaf.topview...它结合了ggplot2的功能和针对植物数据的特定功能，使得绘制植物图形变得非常简单和直观。
在使用ggplot2初步绘制（ggplot2|详解八大基本绘图要素）出需要展示的图形后，还需要对标题，坐标轴（ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢”）和legend（ggplot2...一 载入R包 数据 为方便展示，使用ggplot2内置的iris数据集 library(ggplot2) p <- ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width...vjust=.5), # X axis text axis.text.y=element_text(size=10)) # Y axis text 四 图例设置...“总结”，ggplot2|详解八大基本绘图要素也有简单的介绍。...ggplot2的scale系列函数有很多，命名和用法是有一定规律的。
之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...首先画热图 这个热图和常规的还稍微有点不太一样，可以简单的理解为带有缺失值的热图，缺失值是空白格，其他值分别填充颜色。...df1<-reshape2::melt(df) ggplot2画热图 library(ggplot2) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+ geom_tile(aes...接下来是美化 调整一下y轴的的顺序 df1$A<-factor(df1$A,levels = rev(df$A)) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+ geom_tile...如果需要本文的示例数据，直接在文末留言就好了
做柱形图的时候如果要区分不同的类别 最直观的方式就是用不同的颜色，但是有的期刊如果要求黑白灰配色的话，用颜色可能就不太好区分，这个时候可以用添加底纹的形式。...R语言的ggplot2包没有提供直接绘制带有底纹的柱形图的函数，如果想要实现需要借助扩展包patternplot，参考链接 https://cran.r-project.org/web/packages...画图代码 library(patternplot) library(readxl) library(ggplot2) df1<-read_excel("patternplot/patternplot_example.xlsx...数据集 代表x轴的变量名 代表y轴的变量 density是底纹的密度 pattern.type是底纹的类型 通过 ?...暂时还不知道如何解决 今天的内容先到这里了
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