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我有数以千计的DNA序列，范围在100到5000 bp之间，我需要对指定对进行比对并计算身份得分。Biopython pairwise2做得很好，但只适用于短序列，当序列大小超过2kb时，即使使用了'score_only‘和'one_alignment_only’选项，它也会显示严重的内存泄漏，从而导致the scriptjob 4945543.1 died through signal XCPU (24)
我知道还有其他用于<e
浏览 1提问于2015-11-10得票数 4
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序列比对
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关于序列对齐，我有以下问题：
我们知道，全局对齐算法是非常有用的，当您想要强迫两个序列在其整个长度上对齐时，局部对齐会找到两个序列之间相似性最高的区域，并从那里向外构建对齐。当我们有一个很长的序列和一个小序列库时，在库中找到最小对齐代价的小序列连接的最佳算法是什么？
浏览 0提问于2011-12-10得票数 2
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序列比对
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我想用uniprot和pdb序列进行成对比对。我有一个包含uniprot和pdb I的输入文件，如下所示。Q078891f1s Q53591
首先，我需要读取输入文件中的每一行2)从pdb.fasta和uniprot.fasta文件中检索pdb和uniprot序列3)进行比对并计算序列同一性。通常，我使用以下程序进行成对比对和seq.identity计算。
浏览 6提问于2013-02-08得票数 0
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我想知道是否有人知道有什么工具可以让我在多序列比对中的任何特定位置计算氨基酸的频率。例如，如果我有三个序列：Species 2 - MMLSA我想找到一种按位置搜索以下输出的方法：
Position 1 -我对R和Linux很熟悉，但如果有其他软件可以做到这一点，我相信我可以学到。
浏览 11提问于2022-09-09得票数 0
我需要用biopython翻译对齐的DNA序列。有没有办法把'tt-‘翻译成X，这样整个翻译后的序列就是'XKM’了？ 这将在翻译比对序列时非常有用。例如，比对的序列集以pandas DataFrame的形式存储，命名为"df“，如下所示： import pandas as pd
df = pd.DataFrame([['A',Seq("tt-aaaatg在我看来，我必须消除比对序列中的所有
浏览 70提问于2019-05-04得票数 0
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我想访问从BioAlignments.jl中的Julia pairalign函数返回的比对数据的索引，以了解在原始序列的上下文中比对发生在哪里。但是，我希望知道在我提供作为输入的原始序列中，比对发生在哪里，并知道如何调用存储此索引的变量。在文档中似乎找不到这一点。
浏览 12提问于2020-09-21得票数 2
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有什么最简单的方法来修剪或填充一组biopython fastfa文件，直到它们都达到一定的长度，以便我可以将它们添加到多个序列比对中？类似于这里的答案，除了多个序列，没有文本文件，最后它都应该被合并到一个多序列比对中。最终目标是所有序列都是570个字符。我打算将所有这一切合并成一个门类树。
浏览 15提问于2019-12-01得票数 0
我有一个大约有80000个事件序列的数据集。 每个序列是在时间步t处发生的事件的列表。'Event 5','Event 4]
['Start Event','Event 1', 'Event 7', 'Event 4','Event 3']] 序列的长度在作为预处理步骤，我希望在训练神经网络进行异常检测之前对这些序列进行比对(我在这里使
浏览 32提问于2020-08-25得票数 0
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我想要找到大约10KB序列的新颖和已知的RNA和转录本。如果序列在ensembl和UCSC浏览器中没有很好的注释，那么使用生物信息学工具最简单的方法是什么？拼接EST和RNA测序数据是一种选择吗？
浏览 5提问于2012-09-04得票数 0
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如何计算文本字符串的多序列比对
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唯一的问题是字符串是常规字符串(即，UTF-8字符串(可能包含应被视为常规字符的换行符)；它们不是DNA序列或蛋白质序列。
浏览 1提问于2011-04-28得票数 22
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如何在R中执行基本的多序列比对？
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(我试过在上问这个问题，但文本挖掘的人可能会认为有更好的解决方案，所以我也在这里转发这篇文章)我没有一个基本的模式可以匹配。我所知道的是，"True“模式的长度应该是"30”，并且我的序列在随机点上引入了缺失值。
浏览 2提问于2010-12-21得票数 9
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我有一个多序列比对(Clustal)文件，我想读取这个文件，并以这样一种方式排列序列，使其在顺序上看起来更清晰和精确。我想要做的是在每行中只打印50个序列，并一直打印到比对文件的末尾。
我希望从输出。
浏览 5提问于2010-05-22得票数 0
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我想提取两个字符串(DNA序列)并生成比对分数。我找到了解密包，但它只允许我生成比对，而不是比对分数。我也试过使用“生物字符串”，但我无法生成分数。 谢谢你的帮忙!
浏览 9提问于2019-08-30得票数 0
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我对“氨基酸使用”和“氨基酸同一性”这两个术语有一点混淆。如何计算氨基酸的使用量？我听说过"CodonW“。我们还有其他选择吗？谢谢
浏览 1提问于2018-08-10得票数 0
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多序列比对
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请记住，我不会对齐超过4-5的序列，小于100-200个符号长度。
注意:我知道javascript并不是这类事情的最佳选择。相信我，我必须用javascript来做这件事是有原因的。
浏览 6提问于2011-02-13得票数 0
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高级序列比对
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到目前为止我所做的:尝试使用最长公共子序列方法。它检测一组线性的匹配文本。在上面的示例中，它将检测D或AC (取决于它们的长度)
我需要的是:一种处理这个问题的原则性方法。
浏览 0提问于2013-04-11得票数 3
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我需要对齐两个DNA序列(它们是字符串)。匹配的字符必须与垂直线|对齐，不匹配的字符必须与空格对齐。这是我的代码，整个程序运行得很好，我只是找不到一种方法来对齐字符串。
浏览 0提问于2014-02-27得票数 0
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在进行成对序列比对时，序列文件的典型大小是多少？我们能把生物体的整个基因组统一起来吗？
浏览 4提问于2014-04-06得票数 0
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如何根据小序列(<=40残基)在初始蛋白质中的位置来表示它们的分布？3 30 46 5 22 46 7 25 50 9 46 63
这些序列并不都来自相同的蛋白质考虑到蛋白质并不都有相同的长度，将这些序列映射到横坐标上，看看它们是更多地位于蛋白质的
浏览 1提问于2014-04-03得票数 0
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