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《Python分布计算》 第6章 超级计算机使用Python (Distributed Computing with Python)典型HPC群任务规划器使用HTCondor运行Python任务

本章,我们学习另一种部署分布Python应用方法。即使用高性能计算机(HPC)群(也叫作超级计算机),它们通常价值数百万美元(或欧元),占地庞大。...任务规划器会分配算力资源,分配节点上运行应用。 这种间接方法会造成额外开销,但可以保证每个用户都能公平分享使用计算机群,同时任务是有优先级,大多数处理器都处于忙碌状态。...如果做这个试验,会看到第一种情况下(抛出一个异常),响应STDERR文件不是空。第二种情况错误难以察觉。...另一个产生问题来源是提交主机文件系统代码、数据不能适用于全部计算节点。这种情况下,推荐使用数据转移功能(HTCondor提供),数据阶段预处理文件。...Python代码常用方法是使用虚拟环境,虚拟环境里先安装好所有的依赖(按照指定安装版本)。完成之后,再传递给任务规划器。 在有些应用中,传输数据量十分大,要用许多时间。

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高通量计算框架HTCondor(一)——概述

与高性能计算(HPC)不同,高通量计算(HTC)应对问题是高性能同时能够长时间稳定运行能力,并充分利用集群或网络内计算资源。...HTCondor提供了如下功能: 发布任务:根据设定集群内计算资源条件,将任务发布到集群计算机。 调度任务:任务能够发送到满足条件计算机中运行,或者迁移到另外一台计算机。...当然,也可以尝试搭配分布文件系统如hdfs进行计算。 准备在这一系列博文中,通过一个具体实例,总结下HTCondor使用过程,也算对分布计算或者集群计算有个感性认识。 2....3.高通量计算框架HTCondor(三)——使用命令 介绍了HTCondor使用环境,以及经常使用命令。...4.高通量计算框架HTCondor(四)——案例准备 准备一个实际案例做分布计算。 5.高通量计算框架HTCondor(五)——分布计算 使用一个实例进行简单分布计算。

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高通量计算框架HTCondor(六)——拾遗

拆分任务也是使用者值得考虑问题,很多密集运算其实不太方便拆分,拆分后大概率要进行合并操作,这种合并操作可能也相当耗时,且只能单机运算不能进行分布计算。...所以,如果条件允许情况下,最好还是使用分布文件管理系统,当然这又是另外一个问题。...如果给一个8核机器提交任务,这台机器就会同时运行8个任务,如果恰好这个任务是与IO密集相关,就会造成IO性能浪费。毕竟硬盘总是只有一个磁头,单个磁头磁盘中反复移动,会造成磁盘损耗。...也就是HTCondor任务程序虽然无法访问网络资源,但是可以计算之前把文件共享做好,把需要数据提前传送到任务机器上去,保证任务程序访问本地资源即可。...HTCondor帮助文档7.2.4节"Executing Jobs as the Submitting User"提到了访问任务程序网络资源问题: By default, HTCondor executes

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高通量计算框架HTCondor(四)——案例准备

任务划分 使用高通量计算第一步就是要针对密集运算任务做任务划分。将一个海量、耗时、耗资源任务划分成合适粒度小任务,需要综合考虑资源、数据等多方面因素。...HTCondor并不参与这方面的工作,任务划分需要用户自己实现。 默认情况下HTCondor会把一个CPU核心当成一个计算资源。...这样,因为同样数据量同样计算机资源,进行分布计算时理论上会同时完成,也就达到了负载均衡。 这里就准备了这样一个任务例子,假设任务已经划分好,已经放到同一个目录中: ?...任务程序 既然要进行计算任务,那么不可或缺就是运行任务程序了。说到底分布计算基础还是单机运算,必须要保证发送每个任务单机下就能正确运行,才能谈任务调度问题。...将这个程序编译可执行程序放到bin目录中,保证单机情况下,能够正常运行。 ? 在下一章中,将会介绍如何通过HTCondor框架运行这个实例。 2. 相关 代码和数据地址 上一篇 目录 下一篇

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高通量计算框架HTCondor(二)——环境配置

概述 HTCondor是开源跨平台分布计算框架,在其官网上直接提供了源代码和Windows、Linux以及MacOS安装包。...因为平台限制原因,Windows下功能是有所限制,但其使用也是最直观方便。为了更加便于了解使用情况,这里我还是采用Windows,建议后期有更多需求或者基础足够好,可以直接上Linux。...如上图所示,中央管理主机上创建HTCondor Pool,并将其命名为“HTC_Host”。...但是对于想要连接到HTCondor Pool机器,应该勾选“Join an existing HTCondor Pool”,"Hostname of Central Manager"中填入中央管理主机...集群/网络所有的机器上都能互相看到计算机资源,就说明HTCondor环境搭建是正确。 4. 相关 上一篇 目录 下一篇

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高通量计算框架HTCondor(五)——分布计算

如果要使用一些高级功能,可以使用standard环境,standard环境提供了断点和迁移功能,不过需要一些额外重链接操作生成特定可执行程序。...HTCondor采取了一种ClassAds匹配策略,每台计算机会一直Pool中广播关于自己资源Ad,通过这个参数,可以匹配该任务是否与该计算机适配。...使用"name == "slot1@USER-EHN3KRBP1V"形式,甚至可以指定到某一核来运行。 executable也就是上一篇中实现可执行程序。...HTCondor任务程序计算过程中,会把任务程序传送到对应任务机器,也就是任务机器HTCondor安装目录execute目录中,运行时会看到任务程序,以及传送过来数据等: ?...至此,一个简单分布计算流程就算完成了。实际运用当然没这么简单,但是总体思路都是这样: 拆分任务——提交任务——监视任务——任务完成——合并结果。 2.

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高通量计算框架HTCondor(三)——使用命令

目录 HTCondor环境配置完成后,安装文件目录如下: ? 其中bin目录里面存放了一系列condor_开头可执行程序,正是通过这些指令程序来实现分布计算。...这些后台进程具体功能可以参考HTCondor文档。其中,发送计算任务程序会进一步封装成condor_exec,在任务机器运行。 3....命令 HTCondor可以命令提示符中运行一系列condor_开头命令(与bin目录中可执行程序对应),其中最重要命令有以下几个: 3.1. condor_q 显示是当前任务队列中任务运行情况...3.2. condor_status 显示是当前计算机集群中计算资源情况: ?...3.4. conodr_rm 通过任务ID,删除特定任务: conodr_rm 任务ID 一般来说,通过以上简单命令,就可以完成初步分布计算。 4. 相关 上一篇 目录 下一篇

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NVIDIA Jetson 嵌入计算机使用 NVIDIA VPI 减少图像Temporal Noise

这些算法实现在 NVIDIA Jetson 嵌入计算机或独立 GPU 上可用不同硬件引擎上得到加速。...$ make TNR 示例应用 VPI 提供了一组 CV 算法,这些算法利用多个后端来有效地使用设备可用计算资源。TNR 是一种降噪方法,常用于 Jetson 设备上运行计算机视觉应用程序。...流目的是强制执行数据需要通过排队步骤序列来完成特定计算机视觉任务。这些步骤可能包括数据预处理或后处理,甚至包括 TNR 等成熟算法。图 2 显示了 VPIStream 对象示例。...VPI 适应不同范围管道复杂性。您可以使用单个流实现一个简单管道,或者使用多个并行流实现更复杂实现,这些并行流将不同阶段卸载到不同计算后端。...同步完成后,该帧已准备就绪并可在连接到指定后端输出缓冲区中使用。为了能够将其写入输出视频流(本例中为文件),必须锁定图像,以便 CPU 可以使用缓冲区。

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生信自动化流程搭建 06 | 指令

它要求Docker守护程序必须在执行管道计算机中运行,即在使用本地执行器本地计算机 或在通过网格执行器部署管道群集节点中运行。...和HTCondor执行程序才考虑使用此指令。...executor指令允许配置进程必须使用执行程序,可以使用以下值: 名称 执行者 local 启动Nextflow计算机中执行该过程 sge 该过程使用Sun Grid Engine / Open...pbs 使用PBS / Torque作业计划程序执行该过程 pbspro 该过程使用PBS Pro作业计划程序执行 moab 该过程是使用Moab作业计划程序执行 condor 使用HTCondor...可以将所有指令分配给动态值,但以下各项除外: executor maxForks 可以使用变量来检索流程脚本中动态指令的当前值,该隐变量task 包含当前流程实例中定义指令值。

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《Python分布计算》 第8章 继续学习 (Distributed Computing with Python)前两章工具云平台和HPC调试和监控继续学习

使用越多,越会发现线程和系统编程C和C++很像。协程优点之一就是避免竞争条件。多个进程,虽然一台机器上相当笨重,但为更一般分布计算架构铺平了道路。...如果这些方法不成,还可以考虑并发、并行和分布结算,但会提高复杂性。 一个简单办法是使用数据并行(例如,对不同数据启用多个代码实例)。可以使用任务规划器,比如HTCondor。...HPC使用工具,在这几十年来还是只限于自身范围,没怎么用到其他领域。 虽然有若干原因导致了这个问题,还是要学习下任务规划器,如HTCondor,和如何使用它。...HTCondor可以许多不同环境中使用。它是一个强大分布计算中间件,适用于小型和大型应用。 现在任务规划器提供了大量功能,它们容错、工作流管理和数据移动规划等领域尤其强大。...在这种情况下,就需要更牢固分布系统理论。在线和离线都有许多可用资源。许多大学都开设有关这个课程,其中一些是在线免费

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3分钟短文 | Linux 登陆痕迹查看,last 锁定所有可疑对象

引言 如果要管理多用户系统,则通常需要知道谁,何时以及从何处登录到计算机。 last是一个命令行实用程序,用于显示有关系统用户最后登录会话信息。...last读取文件wtmp文件并打印有关用户登录和注销信息。从最近记录开始,记录按时间倒序打印。 last没有任何选项或参数情况下调用时,输出看起来像这样: ?...本节中,我们将介绍最常见几个用法。 要指定打印行数,请将数字前加单个连字符 - 传递给last。...默认情况下,last不显示秒和年。...使用-F,--fulltimes选项查看完整登录和注销时间和日期: last -F -i(--ip)选项强制last始终显示IP地址,以及使用-d(--dns)来显示主机名: last -i 写在最后

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Windows服务器主机加固分享

”“强制密码历史”设置为“记住5个密码”“用可以还原加密来存储密码”设置为“禁用” 加固前: ?...五、设置不显示上次使用用户名 本地安全设置系统登录时不显示上次使用用户名。...进入“控制面板->管理工具->本地安全策略”,“本地策略->安全选项”; “交互登录:不显示上次用户名”设置为“已启用” 加固前: ? 加固后: ?...八、磁盘配额配置 磁盘配额可以限制指定账户能够使用磁盘空间,这样可以避免因某个用户过度使用磁盘空间造成其他用户无法正常工作甚至影响系统运行操作流程:进入“我电脑->C盘->属性->配额”, “启用磁盘管理...启用此策略设置,则达到指定时间后将从服务器中删除已断开连接会话操作流程:进入“运行->gpedit.msc->计算机配置->管理模板->wondows组件->远程服务->远程桌面会话主机->会话时间限制

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dotnet publish

执行显还原有意义某些情况下,例如 Azure DevOps Services 中持续集成生成中,或在需要显控制还原发生时间生成系统中,dotnet restore 命令仍然有用。...建议发布配置文件中而不是命令行中指定 PublishReadyToRun。 PublishSingleFile 将应用打包到特定于平台单个文件可执行文件中。...例如, win-x64 计算机上,指定 --arch x86 会将 RID 设置为 win-x86。 如果使用此选项,请不要使用 -r|--runtime 选项。...--force 强制解析所有依赖项,即使上次还原已成功,也不例外。 指定此标记等同于删除 project.assets.json 文件。 -?|-h|--help 打印出有关如何使用命令说明。...--nologo 不显示启动版权标志或版权消息。 自 .NET Core 3.0 SDK 起可用。 --no-restore 运行此命令时不执行隐还原。

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Armada|如何使用Kubernetes在数千个计算节点上运行数百万个批处理作业

我们大部分业务使用大型计算网格来执行分布数据科学和数值处理——大型、嘈杂真实世界数据集中寻找模式。直到最近,我们主要是使用运行在 Windows 上HTCondor[2]来实现这一点。...支持多个集群,这样我们就可以超越单个 Kubernetes 集群限制,并获得多个集群操作优势。我们目标是运行一个由数千台服务器组成机队。...我们很快就产生了一个概念验证,并有了一个应用程序,我们可以 AWS 中使用它来证明 Kubernetes 能够多个集群(每个集群有数百个节点)上运行数万个作业。...我们为用户设计了一个简单 UI,使用户能够更容易地可视化他们工作系统中流动,同时也使管理员更容易地从整体上理解系统。.../ [2] HTCondor: https://research.cs.wisc.edu/htcondor/ [3] https://github.com/kubernetes/kubernetes/pull

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Pytest系列(30)- 使用 pytest-xdist 分布插件,如何保证 scope=session fixture 多进程运行情况下仍然能只运行一次

https://www.cnblogs.com/poloyy/category/1690628.html 背景 使用 pytest-xdist 分布插件可以加快运行,充分利用机器多核 CPU 优势...,这意味着不同测试过程中,要求高级范围 fixture(如:session)将会被多次执行,这超出了预期,某些情况下可能是不希望 尽管 pytest-xdist 没有内置支持来确保 scope...=session fixture 仅执行一次,但是可以通过使用锁定文件进行进程间通信来实现 前置知识 pytest-xdist 分布插件使用详细教程可看 https://www.cnblogs.com.../poloyy/p/12694861.html 分布插件原理可看 https://www.cnblogs.com/poloyy/p/12703290.html fixture 使用详细教程 https...可以看到 fixture 只执行了一次,不同进程下测试用例共享一个数据 token 重点 读取缓存文件并不是每个测试用例都会读,它是按照进程来读取 比如 指定三个进程运行,那么有一个进程会执行一次

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dotnet build

执行显还原有意义某些情况下,例如 Azure DevOps Services 中持续集成生成中,或在需要显控制还原发生时间生成系统中,dotnet restore 命令仍然有用。...例如, win-x64 计算机上,指定 --arch x86 会将 RID 设置为 win-x86。 如果使用此选项,请不要使用 -r|--runtime 选项。...--force 强制解析所有依赖项,即使上次还原已成功,也不例外。 指定此标记等同于删除 project.assets.json 文件。 -?|-h|--help 打印出有关如何使用命令说明。...此标记关闭增量编译,并强制完全重新生成项目依赖项关系图。 --no-restore 在生成期间不执行隐还原。 --nologo 不显示启动版权标志或版权消息。...这是用于设置运行时标识符 (RID) 简写语法,其中提供值与默认 RID 相结合。 例如, win-x64 计算机上,指定 --os os 会将 RID 设置为 os-x64。

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Windows系统安全|Windows本地安全策略

密码必须符合复杂性要求: 密码长度最小值 密码最长使用期限 密码最短使用期限 强制密码历史 用可还原加密来储存密码 账户策略 账户锁定阈值 账户锁定时间 复位账户锁定计数器 审核策略 安全审核对于任何企业系统来说都极其重要...关闭系统:此安全设置确定哪些本地登录到计算机用户可以使用关机命令关闭操作系统。误用此用户权限会导致拒绝服务。从网络访问此计算机:此用户权限确定允许哪些用户和组通过网络连接到计算机。...安全选项 常用安全选项设置示例 交互登录: 不显示最后用户名 该安全设置确定是否 Windows 登录屏幕中显示最后登录到计算机用户名称。...交互登录: 提示用户密码过期之前进行更改 确定提前多长时间(以天为单位)向用户发出其密码即将过期警告。借助该提前警告,用户有时间构造足够强大密码。默认: 14 天。...通过使用“仅来宾”模型,您可以平等地对待所有用户。以来宾身份验证所有用户,使所有用户都获得相同访问权限级别来访问指定资源,这些权限可以为只读或修改 来源:谢公子博客 责编:Zuo

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linux目录结构及文件管理

/proc         虚拟文件系统(计算机内核信息,CPU...)...-i:  交互                    -f:  强制删除                    -r:  递归删除目录树 [root@bogon ~]# ls /data/ file2...-b 列出文件辨识结果时,不显示文件名称。   ...-k  压缩时保留源文件   -d  解压缩   -#  指定压缩比,#表示数字1-9,默认为6   bzcat  不解压情况下查看文件内容 xz命令:   xz[OPTION]......-k  保留源文件   -d  解压   -#  指定压缩比,#表示数字1-9,默认为6   bzcat  不解压情况下查看文件内容 打包压缩: zip命令:跨平台压缩工具  -r 处理指定目录和指定目录下使用子目录

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