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Protein science︱王舒禹团队:贝叶斯与图神经网络结合预测突变对蛋白质稳定性的影响

近期,东北大学王舒禹团队在国际学术期刊PROTEIN SCIENCE预发表了题为“BayeStab: Predicting Effects of Mutations on Protein Stability with Uncertainty Quantification”的文章。该研究得到了密歇根大学左磊教授的大力支持与帮助。作者将图神经网络与贝叶斯网络方法结合来量化不确定性的方法,并分解其为模型引起的不确定性和数据噪声引起的不确定性。该方法通过端到端深度学习模型可以有效地学习分子特征,进而高效准确地预测ΔΔG。本研究地成果已经形成网络服务器http://www.bayestab.com。生物制药领域的科研人员如果需要使用,可以登录网站免费使用。

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深度森林第三弹:周志华组提出可做表征学习的多层梯度提升决策树

选自arXiv 作者:冯霁、俞扬、周志华 机器之心编译 自去年周志华等研究者提出了「深度森林」以后,这种新型的层级表征方式吸引了很多研究者的关注。今日,南京大学的冯霁、俞扬和周志华提出了多层梯度提升决策树模型,它通过堆叠多个回归 GBDT 层作为构建块,并探索了其学习层级表征的能力。此外,与层级表征的神经网络不同,他们提出的方法并不要求每一层都是可微,也不需要使用反向传播更新参数。因此,多层分布式表征学习不仅有深度神经网络,同时还有决策树! 近十年来,深层神经网络的发展在机器学习领域取得了显著进展。通过构建

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SCENIC||单细胞基因调控网络推断与聚类

(a)使用GENIE3或GRNBoost推断转录因子与候选靶基因之间的共表达模块。RcisTarget可识别那些调节子的结合基序在目标基因中显着富集的模块。并创建仅具有直接target的调节单元。AUCell对每个细胞中每个调节单元的活性进行评分,从而产生活性矩阵。细胞状态基于调节子网络的共有的活性。(b)SCENIC在小鼠大脑数据上的结果; 聚类标签的颜色对应主调节子。(c)显示了文献(A)证实的转录因子或具有MGI(B)的脑表型的转录因子,以及丰富的DNA基序。(d)活性矩阵上得到的t-SNE。每个细胞标记了最活跃的基因调节网络的颜色。(e)此数据集上不同聚类方法的准确性。 原文:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5937676/

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悦读推荐 :《链接》 复杂网络的基石 大数据时代的开端

《链接》是《爆发》的作者,艾伯特-拉斯洛•巴拉巴西的成名之作,同时也是复杂网络的奠基之作,社交网络的入门之作。巴拉巴西之前,随机网络理论一直主导者我们的网络思维,是巴拉巴西第一个证明了,我们不是生活在随机世界里,真实网络是无尺度的。 巴拉巴西在书中追溯了网络的数学起源,分析了社会学家在此基础上得出的研究成果,最后提出自己的观点:我们周围的复杂网络,从鸡尾酒会、恐怖组织、细胞网络、跨国公司到万维网,等等,所有这些网络都不是随机的,都可以用同一个稳健而普适的架构来刻画。这一发现为我们的网络研究提供了一个全新的

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