打开R的菜单栏->Packages->“Install package from local zip file…”
比如新建一个名为 LearnR的project,选择存放路径。新建好了看RSstudio的右下角模块中会有提示。
一般来说,拿到全新电脑,就按照我五年前写的生物信息学办公电脑环境配置教程安装好R和rstudio,以及对应的R包,详见:http://www.bio-info-trainee.com/3727.html
初级统计函数 max() ,min() , mean() , median() ,var()方差 , sd()标准差 , sum()总和, length(x) # 长度(x中元素的个数), unique(x) #去重复(第一次出现不为重复,第二次出现为重复),duplicated(x)#检查重复值 , table(x) 重复值(因子)统计 ,sort(x) #排序 , dim() 查看行列数, nrow()查看行数,ncol() 查看列数
SCP的完整安装分为两个部分,一个是R包安装,另一个是内部的python环境构建。
当你开始编写应用程序时,几乎可以确定会出错。导致大多数错误的原因是我们心里的 Shiny 设计模型与 Shiny 实际的运行情况的不匹配。当你阅读本文时,你的思维模式将得到改善,从而减少犯错,而一旦犯错,就更容易发现问题。但是,要想首次使用代码就可以可靠地解决复杂的问题,就需要使用多种语言的多年经验。这意味着你需要构建一个强大的工作流来识别和修复错误。
学习生信时,最常用的可视化软件就是R,可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio,究竟什么是R和Rstudio?
R是一种编程语言,也是统计计算和绘图的环境,它汇集了许多处理数据的函数,能够提供强大的功能
Rstudio Server 是Rstudio开发的基于R语言的网页版(只能在Linux),你在手机上都可以运行R,还是挺方便的。就是配置起来有点麻烦。 官方下载链接:https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
很容易上手,我是自己准备学c语言、Java,但是我对计算机语言都没有基础。我对代码非常感兴趣,第一节课学的都基础,非常容易吸收!
Java 面试中有个很常见的问题:请对比 Exception 和 Error,另外一个,“运行时异常” 与 “一般异常” 有什么区别? 今天在看 「极客时间」的 《Java 核心技术 36 讲》 中又有提到。 大家都熟悉的典型回答: Exception 和 Error 都是继承了 Throwable 类,在 Java 中只有 Throwable 类型的实例才可以被抛出(throw)或者捕获(catch),它是异常处理机制的基本组成类型。 Exception 和 Error 体现了 Java 平台设计者
运行最后library代码,报错提示缺啥就安装啥,安装方法有 BiocManager::install('xx') 或 install.packages('xx'),逐一尝试,没有明显的 ERROR 关键词就不要管。
不可以语音连线,可以打字提问。文字能梳理提问的思路,必要时还需要辅助图文并茂参考文献这样的话我们才能更好的回答学术问题
如果你的用户名不幸是中文的,那就必须改为英文,否则无法安装Rstudio,中文处理方法,参考
学习Rust最好的方法,是和其他主流语言,比如Java、Python进行对比学习。不然怎么能get到它的特别呢?
2.服务器可以配置自己的Rstudio,供大家远程登陆,用浏览器打开后面加上:8787就可以登录,但是阿里云并没有自带,用自己电脑完全可以。
File-New project—New Directory-- New project—设置name(learnR)—create project.
最近正好在探索[[管中窥rpca(ReciprocalProject)]] 函数以及seurat 家族里其他函数的用法,借此机会来总结一下。
(一) 异常处理机制概述 就像日常生活中会遇到各种意外情况一样(例如:你可能考虑过如果中了500w该怎么做),代码运行过程中也会遇到这种意外情况,python提供了这么一种机制,处理意外情况(就像如果中了5百万你希望代码怎么做一样)。 注:不处理这种意外情况,代码就会崩溃,后面全部代码都将停止运行。 实际应用中,主要分为3步: (1) 圈出你认为可能出异常的代码。 (2) 设置你认为可以忽略的异常类型。 (3) 异常出现时,你希望的处理方式。 异常类型和格式可查看:http://www.run
R语言在使用 install.packages() 安装package的时候,默认会在官方的源(https://cran.rstudio.com/)搜索R包,然后下载到你的电脑或者服务器上。但是官方的源并不在中国,下载速度往往会受到很大的限制,因此当我们安装好R之后,第一步就应该是把R的安装源修改为国内的源(也称镜像,Mirror)。
Java 语言在设计之初就提供了相对完善的异常处理机制,因为这种机制大大降低了编写和维护可靠程序的门槛。 Exception 和 Error 都是继承了 Throwable类,在 Java 中只有 Throwable 类型的实例才可以被抛出(throw)或者捕获(catch),它是异常处理机制的基本组成类型。Exception 和 Error 体现了 Java 平台设计者对不同异常情况的分类。
直接点击链接 已然打不开。也许是我网络问题,大家可以再试试!!!我这里主要借题发挥想讲个道理而已。
关心什么结果,是要结合自己的课题/实验设计,生物学背景,研究方向等等,更多的是和导师交流,参考一下相关文献等等。
Comprehensive R Archive Network CRAN是R包的最大集合。除了成功构建和安装之外,上传软件包的要求很少,因此文档和支持文件通常都很少,并且弄清楚如何使用这些软件包本身就是一个挑战。CRAN是R将搜索以查找要安装的软件包的默认存储库:
但是我们常规的的教程都是基于Linux的conda的教程,比如各个用户里面安装自己的conda,每个用户独立操作,安装方法代码如下:
boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))
不使用下载速度会慢,甚至失败。如果你人在海外的话,在自己的电脑上安装,建议找一个离自己近的镜像地址。当然你也可以先试试看我们给大家推荐的这个,如果下载速度肉眼可见的非常慢,那再去找其他的镜像。
(1)R是一种编程语言,也是统计计算和绘图的环境,它汇集了许多函数,能够提供强大的功能。
(这次电脑又出了点问题,在我做完思维导图导出之后发现是day5而不是day4,而不管我怎么修改后再导出都是打不开新导出的day5,所以就只能上传写着day4的day5了,我估计是思导软件的问题,问题回答得不完整,详情请看结尾!)
Rstudio我的理解更像是服务器的Xshell端 可以更方便的看懂你的代码以及输出的数据运行情况等
mean(), list(), sample(),这些function 都来自于某package中。这些函数以及它们的package 都作为基础的包默认安装在了R中。(安装R 就会默认安装它们)
2xx 成功 状态码 含义 200 正常 请求已完成。 201 正常 紧接 POST 命令。 202 正常 已接受用于处理,但处理尚未完成。 203 正常 部分信息 — 返回的信息只是一部分。 204 正常 无响应 — 已接收请求,但不存在要回送的信息。 3xx 重定向 状态码 含义 301 已移动 请求的数据具有新的位置且更改是永久的。 302 已找到 请求的数据临时具有不同 URI。 303 请参阅其它 可在另一 URI 下找到对请求的响应,且应使用 GET 方法检索此响应。 304 未修改 未按预期
今日学习任务:1、安装R和Rstudio;2、认识R和Rstudio;3、学会外观设置和基本操作;4、完成第一个R做的图
电脑蓝屏是在上网的时候再常见到的现象了,造成电脑蓝屏的原因很多,所以微软在操作系统中设计了蓝屏代码,让大家电脑在出现蓝屏的时候能够及时的发现是什么原因造成了蓝屏。
最近在安装Sql Server 2008 R2时意外失败,错误从来没见过,原因无从查起。于是卸载了Visual Studio 2008,然后把数据库和VS2008都重新装一遍,谁知道VS2008安装时竟然失败了,提示“WEB组件安装失败”。在网上查了下原因,很多人说的都是废话,结合部分有用的意见,我尝试了如下解决办法:
以项目的方式管理R代码和文件,可以很大程度规避 1)工作路径不对,2)找不到文件 ,3)代码和文件不对应 ,等常见的问题。
R与Rstudio——数据类型——数据结构——函数和R包——文件读写——绘图——应用专题
写在前面: 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中,我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性。 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情。学习R语言必然会安装各种各样的包,很多人在这一步就遇到了困难, 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误,比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等, 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决方案。 当然,你不一定现在就会遇到,但是如果你遇到了,请记住
来源 | 伯乐在线 我妹妹正在念大四,主修社会学。她刚刚签了下个学期一份不错的分析员工作,对方告诉她工作中要用到 R 编程语言。她让我在寒假时教教她,我欣然同意了。还有什么比这更好的方式来消磨明尼苏达的冬天呢?[注1] 问题是:在原定教她的那天,我们俩都有空的时间只有一个小时。哎呀! 不过我还是接受了这个挑战,用一个小时向我的社会学家妹妹介绍R。下面就是我所做的事情。我没有预先做功课,而且肯定犯了些错误,忽视了核心思想,纠缠于细枝末节。但妹妹给我的反馈是非常好(我确实对其他人的“一小时学会R”理念非常感兴趣
就在刚刚,JetBrains特意给我发来了一封邮件,意思是一个新的品牌IDE正式开放公共预览了,现在可以免费下载使用了,并且希望跟他反馈问题,原文如下:
那里的参数可以看下面这个网站https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/query.html然后下载你要的数据
(1)下载R和RStudio 我对RStudio的印象不错,对于初学者来说,它既方便又很有帮助,对专业人士也很有用。尤其对于初学者:鼠标指向-点击式(point-and-click)的选项非常棒,工作区面板对于建立起对R环境的概念也非常有用。我甚至都不用再花精力向我妹妹介绍R默认的集成开发环境——我马上就让她下载了RStudio,不过你仍然需要下载普通版的R。下载之后,我意识到r-project.org网站真应该在设计上进行大修整,因为:(a)它不够漂亮(b)如果你不知道什么是“CRAN镜像”,下载R将
有一些基础R包是不能清除的。想重新安装,把我们给学员准备工作的代码从第一行开始运行即可。
比如这个Arial字体下就找不到罗马数字的内容,需要到 Times New Roman字体下才能找到罗马数字
在别人的电子书,你的电子书,都在bookdown中我们讲述了bookdown用于自动化文档生成。里面涉及到一个文件Rproj用于项目管理。
🎉欢迎来到Java学习路线专栏~那些让我苦笑不得的 Bug:编码之路的坎坷经历
写在前面: 谨以此文献给那些“奋斗”在转发送别人资源,为了博人眼球,而践踏别人的辛勤的劳动成果的公众号们。 当然了,R包本来就是免费的,你只是不会下载而已,所以重新发下这篇优秀的文章,教大家如何解决R包安装问题。如果你使用了别人的R包,一定要在写文章的时候引用,尊重别人的劳动。 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误,比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等, 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决
文件保存的位置叫工作目录。working directory 即脚本,图片,文件的默认保存位置,也是文件读取的默认位置。
〖0〗-操作成功完成。 〖1〗-功能错误。 〖2〗-系统找不到指定的文件。 〖3〗-系统找不到指定的路径。 〖4〗-系统无法打开文件。 〖5〗-拒绝访问。 〖6〗-句柄无效。 〖7〗-存储控制块被损坏。 〖8〗-存储空间不足,无法处理此命令。 〖9〗-存储控制块地址无效。 〖10〗-环境错误。 〖11〗-试图加载格式错误的程序。 〖12〗-访问码无效。 〖13〗-数据无效。 〖14〗-存储器不足,无法完成此操作。 〖15〗-系统找不到指定的驱动器。 〖16〗-无法删除目录。 〖17〗-系统无法将文件移到不同的驱动器。 〖18〗-没有更多文件。 〖19〗-介质受写入保护。 〖20〗-系统找不到指定的设备。 〖21〗-设备未就绪。 〖22〗-设备不识别此命令。 〖23〗-数据错误 (循环冗余检查)。 〖24〗-程序发出命令,但命令长度不正确。 〖25〗-驱动器无法找出磁盘上特定区域或磁道的位置。 〖26〗-无法访问指定的磁盘或软盘。 〖27〗-驱动器找不到请求的扇区。 〖28〗-打印机缺纸。 〖29〗-系统无法写入指定的设备。 〖30〗-系统无法从指定的设备上读取。 〖31〗-连到系统上的设备没有发挥作用。 〖32〗-进程无法访问文件,因为另一个程序正在使用此文件。 〖33〗-进程无法访问文件,因为另一个程序已锁定文件的一部分。 〖36〗-用来共享的打开文件过多。 〖38〗-到达文件结尾。 〖39〗-磁盘已满。 〖50〗-不支持该请求。 〖51〗-远程计算机不可用 。 〖52〗-在网络上已有重复的名称。 〖53〗-找不到网络路径。 〖54〗-网络忙。 〖55〗-指定的网络资源或设备不再可用。 〖56〗-已到达网络 BIOS 命令限制。 〖57〗-网络适配器硬件出错。 〖58〗-指定的服务器无法运行请求的操作。 〖59〗-发生意外的网络错误。 〖60〗-远程适配器不兼容。 〖61〗-打印机队列已满。 〖62〗-无法在服务器上获得用于保存待打印文件的空间。 〖63〗-删除等候打印的文件。 〖64〗-指定的网络名不再可用。 〖65〗-拒绝网络访问。 〖66〗-网络资源类型错误。 〖67〗-找不到网络名。 〖68〗-超过本地计算机网卡的名称限制。 〖69〗-超出网络 BIOS 会话限制。 〖70〗-远程服务器已暂停,或正在启动过程中。 〖71〗-当前已无法再同此远程计算机连接,因为已达到计算机的连接数目极限。 〖72〗-已暂停指定的打印机或磁盘设备。 〖80〗-文件存在。 〖82〗-无法创建目录或文件。 〖83〗-INT 24 失败。 〖84〗-无法取得处理此请求的存储空间。 〖85〗-本地设备名已在使用中。 〖86〗-指定的网络密码错误。 〖87〗-参数错误。 〖88〗-网络上发生写入错误。 〖89〗-系统无法在此时启动另一个进程。 〖100〗-无法创建另一个系统信号灯。 〖101〗-另一个进程拥有独占的信号灯。 〖102〗-已设置信号灯且无法关闭。 〖103〗-无法再设置信号灯。 〖104〗-无法在中断时请求独占的信号灯。 〖105〗-此信号灯的前一个所有权已结束。 〖107〗-程序停止,因为替代的软盘未插入。 〖108〗-磁盘在使用中,或被另一个进程锁定。 〖109〗-管道已结束。 〖110〗-系统无法打开指定的设备或文件。 〖111〗-文件名太长。 〖112〗-磁盘空间不足。 〖113〗-无法再获得内部文件的标识。 〖114〗-目标内部文件的标识不正确。 〖117〗-应用程序制作的 IOCTL 调用错误。 〖118〗-验证写入的切换参数值错误。 〖119〗-系统不支持请求的命令。 〖120〗-此功能只被此系统支持。 〖121〗-信号灯超时时间已到。 〖122〗-传递到系统调用的数据区太小。 〖123〗-文件名、目录名或卷标语法不正确。 〖124〗-系统调用级别错误。 〖125〗-磁盘没有卷标。 〖126〗-找不到指定的模块。 〖127〗-找不到指定的程序。 〖128〗-没有等候的子进程。 〖130〗-试图使用操作(而非原始磁盘 I/O)的已打开磁盘分区的文件句柄。 〖131〗-试图移动文件指针到文件开头之前。 〖132〗-无法在指定的设备或文件上设置文件
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