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我在ggplot2上的热图没有显示部分数据，但data.frame似乎没问题

在ggplot2上的热图没有显示部分数据，但data.frame似乎没问题的问题可能是由于数据的缺失或者数据格式的问题导致的。下面是一些可能的原因和解决方法：

  1. 数据缺失：检查数据集中是否存在缺失值。可以使用is.na()函数来检查数据集中的缺失值，并使用complete.cases()函数来删除包含缺失值的行。另外，还可以使用tidyr包中的函数，如drop_na()来删除缺失值。
  2. 数据格式问题：确保数据集中的变量类型正确。例如，如果某些变量应该是数值型而不是字符型，可以使用as.numeric()函数将其转换为数值型。
  3. 数据筛选：检查是否对数据进行了正确的筛选。可能是由于筛选条件不正确导致部分数据没有显示在热图中。可以使用dplyr包中的filter()函数来筛选数据。
  4. 数据处理：检查是否对数据进行了正确的处理。可能是由于数据处理过程中出现了错误导致部分数据没有显示在热图中。可以使用dplyr包中的mutate()函数来进行数据处理。
  5. 图形设置：检查是否正确设置了热图的参数。可能是由于参数设置不正确导致部分数据没有显示在热图中。可以参考ggplot2官方文档或者其他教程来了解如何正确设置热图的参数。

如果以上方法都无法解决问题，建议提供更多的细节和代码，以便更好地理解问题并给出更具体的解决方案。

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相关搜索:API调用似乎正在执行并收集数据，但数据没有显示在我的自定义表视图单元格中为什么我的徽标没有显示在我的导航栏上，但其他徽标是显示的？为什么我的数据库表没有显示在Apache Superset上？我在我的github文件上删除了2个文件，但没有提交。但是当我写git status的时候，它显示为已删除我正在使用Dask在多个数据集上使用Snorkel应用LabelingFunction，但这似乎需要很长时间。这是正常的吗？我没有在rdlc报表上设置任何边框，但打印后它会显示一个红色的边框。任何边框都能告诉我如何删除它吗？我的下拉选项有值，但没有显示在表单上以供选择我的评分和评论部分没有响应，在小屏幕上显示可怕我运行下面的代码，在jupyter notebook中得到了一个空的卖点(图没有显示，但空间在那里！)腾讯云 返点
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ggplot2版本的热图-方便拼图！

之前写了8篇推文详细介绍了complexheatmap画热图，大家可以在公众号后台搜索即可看到！...超详细的R语言热图之complexheatmap系列1 前几天介绍了ggplot2版本的韦恩图，说到现在R语言画图都在ggplot2化,热图当然也不能例外！...今天介绍的ggheatmap，国产R包，必须支持！ 支持图层语法，也是把热图分为好几个部分，然后再拼起来，得到一个ggplot2对象，最大的好处是方便拼图，因为生信文章里就喜欢把热图和其他图片拼一起。...ggheatmap_plotist()：提取热图各组件 github主页上把ggheatmap()这个函数的所有参数都列出来了，大家看看，我就不翻译了，名字非常直观！...这个热图和前面介绍过的aplot拼热图类似，也是可以拆分成不同部分的，然后可以对每个部件进行自定义，支持ggplot2的theme()。

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（数据科学学习手札38）ggplot2基本图形简述

abline()、hline()与vline() 　　在R的基础绘图系统中我们可以在已绘制的图床上通过abline来添加线条，在ggplot2中当然也有类似的方法： geom_abline()： 　　...我们主要使用两个参数控制线条的位置，slope控制斜率，intercept控制截距，下面是一个简单的例子，我们在散点图层上叠加截距为20，斜率为2的直线： library(ggplot2) p <-...； 2.4 bin2d() 　　二维热图也是一种非常实用的图像，我们可以用来一览数据的某两个变量上的指标分布情况： library(ggplot2) d <- ggplot(diamonds, aes...，导致部分内容伸出边界，这里我们令vjust = "inward", hjust = "inward"使得它自适应的调整位置以显示全部信息： ggplot(df, aes(x, y)) + geom_text...，且更为美观，ggplot2可以绘制出与seaborn中的小提琴图同样优美的图形，因为涉及的内容比较复杂，我准备在之后单独开一篇来介绍，下面仅展示一张简单的小提琴图： library(ggplot2)

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116-R可视化36-把你长长的坐标轴弄短

参考： Line segments and curves — geom_segment • ggplot2 (tidyverse.org)[1] 前言 最近发现一张有意思的umap 图： 看起来，比传统的...而因为二者的长度并不相同，如果在图上显示等长的线段，因为比例的差异，UMAP_1 上显示的长度相对较长，就会让我们错以为二者并非是等长的。...而且如果我想要给小坐标图坐标轴加点文字，就得用geom_text 在坐标里寻找它们的位置了。 如果是拼图呢？ 可直接拼接的话，是没有办法得到这种覆盖的效果。...ggplot 图层的叠加： 但问题是，这种方法是无法在坐标框以外的位置添加的。...似乎左下角的箭头被遮住了似的。 用图层叠放函数方法 反正坐标空隙都已经出来了，即使是在坐标轴的图层位置叠放，也不难看的。

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一步一步教你使用ggtree

里，我介绍了强大的系统发育树在线可视化工具iTOL。然而，掌握一款本地的系统发育树可视化工具也是十分必要的。...中的treeio，以及ggplot2、ggstance、ape等软件包，如果安装失败，可能是没有预先安装依赖包。...⑵系统发育树与其他数据整合展示 除了系统发育树内置数据的注释，ggtree还可以整合其他数据进行可视化注释，接下来我们使用facet_plot函数在发育树后面绘制每个物种的序列分布柱状图，完整脚本如下：...接下来我们还可以使用gheatmap在发育树后面绘制每个物种的序列分布热图，gheatmap支持矩阵作为输入数据，完整脚本如下： library(ggplot2) library(ggtree) library...ggtree软件包的inset函数可以实现系统发育树节点或末端内插注释图形，从而极大丰富系统发育树的展示内容，下面我们在系统发育树tip处添加序列分布饼图，完整脚本如下所示： library(ggplot2

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R语言ggplot2：单元格为方块的热图简单小例子-2

昨天公众号后台有人留言作图，示例图如下 image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色...继续昨天推文的内容 R语言ggplot2绘图单元格为方块的热图—1—调整图例的位置（点击蓝色字体直达昨天的推文） 今天的推文记录一下如何实现这个热图 首先构造一份数据集 set.seed("20200407...") x<-seq(-1,1,by=0.001) df<-data.frame(matrix(sample(x,90),nrow = 6)) head(df) colnames(df)<-paste0(...data.frame( x = -Inf, xend = Inf, y = seq(1.5,14.5,1), yend = seq(1.5,14.5,1) ) 画图 library(ggplot2...暂时不知道了，手动编辑吧，可能得费一些时间 image.png 这样手动调整还挺费时间的，今天就先到这里了，好好想想有没有用代码实现的办法，欢迎大家留言讨论呀!

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这26款好看的可视化R包助你一臂之力

参数设置包括：1)连续型9种颜色；极端型11种颜色等2）配色高大上，基本满足大部分的使用场景3）可以生成多种自己喜欢的颜色库。...5.名称：ggannotate包 简介：在github上，对于ggplot2觉得调legends的位置，图形形状觉得费力的同学，可以使用ggannotate进行交互式修图，让你使用R有一种使用Graphpad...7.名称：Plotly 简介：Plotly更多是因为其在线绘图工具的属性为人所知，比如GEPIA网站中一个热图的可视化就用到了plotly的外接，但其实他也是一个可视化R包。...8.名称：ggstatsplot 简介：ggstatsplot能够提供更为丰富信息的包,其实就是画出高质量的图，不需要我们花费过多的精力去调整绘图细节,举个例子，一般的探索性数据分过程析包括数据可视化与数据统计两个部分...一个矩阵，一个分组文件，是否显示坐标轴，三个参数到位，一个精美的PCA图就来了 。想加上椭圆没问题，设置ellipse为T，想加上箭头没问题，var.axes=T. 缺点：加上三维展示更好。

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cytofWorkflow之基本质量控制（三）

facet$params$ncol <- 6 p 密度图显示，信号值被归一化。...样品之间的距离关系 这样的图表在我一直讲解的表达矩阵分析也是如此。...抗体信号强度在所有病人的热图 可以看到，在Ref组里面非常多的CD4表达，在BCRXL组却低，所以最后对这些样本的细胞进行聚类分群后，是可以看到CD4阳性T细胞的比例差异的。...PCA-based non-redundancy score 比较难理解，反正绝大部分情况下我是忽略这张图的，虽然说cytofWorkflow教程里面展现了它。...其实这个时候的分析，跟纯粹的单细胞转录组就非常类似了。单细胞转录组数据分析的细节，以及背景我就不赘述了，看我在《单细胞天地》的单细胞基础10讲。

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数据处理基础—ggplot2了解一下

很明显，我们刚刚创建的图表信息量不大，因为它们上没有显示数据。要显示数据，我们需要使用geoms。 5.8.4 Geoms 我们可以使用geoms来指定我们希望数据在图表上显示的方式。...例如，我们选择的geom可以指定我们的数据显示为散点图，条形图或箱形图。 让我们看看我们的图形怎样看起来像散点图。...现在我们可以看到，cell1和cell2中的基因表达之间似乎没有任何关联。鉴于我们counts随机生成，这并不令人惊讶。 任务2：修改上面的命令以创建折线图。提示：执行?...我们可以创建一个10维图来绘制来自所有10个细胞的数据，但这是a）不可能与ggplot b）不太容易解释。...任务4：使用更新的counts数据框绘制散点图，其中Gene_ids为x变量，Counts为y变量 5.8.6 绘制热图 可视化基因表达数据的常用方法是使用热图。

1.4K30

「Workshop」第十五期：热图

热图可以直观上通过颜色深浅来呈现多个变量之间的关系或者区别 热图可以呈现出多变量聚类结果 基本元素 数据预处理 热图主图参数 注释内容（显著性；图例） 解决问题 色块控制（热图红蓝色块问题，数字大小和正负值问题...） 显示部分热图 标记相关系数热图显著性 数值差异太大热图区分不明显 配色 pheatmap包 1....画热图 默认参数 > pheatmap(test) 参数都没有设置，聚类是默认的，默认同时对矩阵数据的行和列聚类，可以单独设置仅仅对行或者列聚类。...，在图上没有直接显示类中的具体变量，但是可以通过查看热图列表得到这个信息。...pheatmap这个包使用的数据形式是矩阵，在变量内部进行相关分析时，有一半数据冗余，但是矩阵形式只能通过test[upper.tri(test)] <- NA将冗余信息变成0，并不能够直接去除，似乎参数里也没有可以直接画上下三角热图的参数

1.6K00

绘图代码|10种绘制热图方法，你想要的全都有！

热图是生信分析中最常见的可视化数据的方法，它具有丰富的色彩变化，并且能生动饱满的进行信息表达。比如可视化基因表达、显著性P值等数据。...R 在可视化方面也提供了一系列功能强大、覆盖全面的函数和工具包，今天小编就总结了一些易操作且美观的热图绘图方法，一起来学习一下吧 ? ? ?...静态热图 01 ggplot2包的ggplot函数 library(ggplot2) ####建立模拟数据集 set.seed(123) Year <- rep(2006:2015, each = 4)...05 ComplexHeatmap包 ComplexHeatmap包擅长绘制复杂的热图，有很多功能，大家在实操的时候可以多多尝试。...小编总结 其实上述工具包的功能都很强大，有些小编只是针对热图方面进行简单介绍，大家可以去安装学习，借鉴到符合自己数据可视化的方法~ 科研菌学术讨论群，在群内可以用自己的昵称，广告一律踢；其他公众号的宣传也不发

2.6K21

10种绘制热图方法，你想要的全都有！

导语 GUIDE ╲ 热图是生信分析中最常见的可视化数据的方法，它具有丰富的色彩变化，并且能生动饱满的进行信息表达。比如可视化基因表达、显著性P值等数据。...R 在可视化方面也提供了一系列功能强大、覆盖全面的函数和工具包，今天小编就总结了一些易操作且美观的热图绘图方法，一起来学习一下吧 静态热图 01 ggplot2包的ggplot函数 library....2函数 该函数能够产生高度定制的热图。...= annotation_col #添加注释 ) 05 ComplexHeatmap包 ComplexHeatmap包擅长绘制复杂的热图，有很多功能，大家在实操的时候可以多多尝试...，有些小编只是针对热图方面进行简单介绍，大家可以去安装学习，借鉴到符合自己数据可视化的方法~

6.8K20

做数据分析，Python和R究竟哪个更强？

根据Stack Overflow在2017年的调查显示，近45％的数据科学家使用Python作为主要的编程语言。另一方面，11.2％的数据科学家使用R语言。 ?...根据Ben Frederickson进行的一项调查显示，Jupyter Notebook在Github上的月活跃用户(MAU)的占比在2015年后大幅上升。 ?...与基础的R图形相比，ggplot2允许用户在更高的抽象级别自定义绘图组件。ggplot2提供的50多种图像适用于各种行业，我最喜欢的图有日历热图，层次树图和集群图等。...ggplot2中的日历热图(左上)、集群图(左下)和层次树图(右下) Python也有出色的数据可视化库。Matplotlib及其seaborn扩展对可视化和生成统计图很有帮助。...在此我没有进行探索性数据分析和特征工程，我简单地做了80-20的训练测试的分割，用预测器来匹配逻辑回归模型。

1.3K10

R语言学习 - 热图绘制 (heatmap)

热图绘制 热图是做分析时常用的展示方式，简单、直观、清晰。可以用来显示基因在不同样品中表达的高低、表观修饰水平的高低等。任何一个数值矩阵都可以通过合适的方式用热图展示。...本篇使用R的ggplot2包实现从原始数据读入到热图输出的过程，并在教程结束后提供一份封装好的命令行绘图工具，只需要提供矩阵，即可一键绘图。...在使用ggplot2作图时，有一种长表格模式是最为常用的，尤其是数据不规则时，更应该使用 （这点，我们在讲解箱线图时再说）。...p ## 如果你没有使用Rstudio或其它R图形版工具，而是在远程登录的服务器上运行的交互式R，需要输入下面的语句，获得输出图形 （图形存储于R的工作目录下的Rplots.pdf文件中）。...但实际绘制时，经常会碰到由于数值变化很大，导致颜色过于集中，使得图的可读性下降很多。因此需要对数据进行一些处理，具体的下次再说。

5.4K80

空间转录组细胞类型和配受体的空间定位图

作者，Evil Genius空间细胞类型方向图空间细胞类型密度分布图空间转录组数据分析之近邻热图绘制10X单细胞（10X空间转录组）分析回顾之一些细节绘图操作10X空间转录组的画图操作（基础知识）文献中的热图代码实现...（热图标记感兴趣的基因,基础知识）ggplot2给并排条形图自定义添加P值这一篇我们继续来分享一点空间的个性化绘图内容，当然我知道了大家做了空间转录组拿到了公司的分析结果，但是都是标准化的结果，连图片什么的都是标准化的做法...，大家要注意一点，凡是好一点的文章图片都是精修的，而且没有两篇文章的图片格式是一样的。...今天我们来实现下面这张图图片好看的图片需要以下几个要素： 1、主题：一幅好照片必须有一个鲜明的主题，可以是表现一件事、一个人，也可以表现组照作品故事中的某一个细节。...人生没有永远的高居临下，也没有永远的低谷失意，一路走下去才是人生的本意。其实无论发生任何事，都是教我们如何做人，低调前行是最为稳妥的做法，平凡就很好。生活很好，有你更好

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R语言ggplot2画热图添加分组信息的颜色条

之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...最初的想法是左侧的颜色条用堆积柱形图来实现，又看了一遍Y叔公众号关于aplot这个包的推文，发现他是用geom_tile()函数实现的，仔细想想还是geom_tile()函数实现起来比较方便。...首先解决昨天的遗留问题：ggplot2画图添加文字内容的时候如何添加下划线 非常感谢下面这位的留言 文本添加下划线的小例子 df<-data.frame(A=1:10, B...首先是准备热图的数据 如何画这个热图昨天的推文已经介绍过了，点击下方蓝色字可以直达昨天的推文 R语言ggplot2画带有空白格的热图简单小例子 接下来是准备分组颜色条的数据 下面是画这个颜色条...用代码如何实现我暂时还不知道，出图以后手动编辑吧！

4.4K30

答读者问：R语言ggplot2绘制热图展示GO富集分析结果的简单小例子

昨天有读者在公众号留言问下面这个热图如何画 image.png 这个图的实现办法有很多，今天的推文介绍一下使用R语言的ggplot2实现上图的代码。...首先是构造示例数据 构造两份数据 一份是最左侧的分组颜色条 一份是右侧展示数值的热图 构造数据用到的代码 x<-seq(0,1,by=0.001) set.seed(1234) x1<-sample(x...，或者直接在文末留言 数据部分截图如下 image.png image.png 首先是画右侧的如图 最基本的热图代码 df1<-read.csv("GO_qvalue.csv",header = T,row.names...(angle = 90,hjust=1,vjust = 0.5))+ scale_fill_gradient(low="red",high="green") image.png 说实话这个红绿配色的热图我真欣赏不来...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本

1.5K20

跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2画基因结构示意图

image.png 今天试着重复的图片对应着的是论文附件中的Figure8c，基因结构图，论文中文字部分对图的描述是 Gene structure of Lsat_6X11620....image.png 首先是准备数据 表示整个基因的矩形数据 gene1<-data.frame( xmin=15000, xmax=16000, ymin=1, ymax=2 ) 外显子的数据...=2, label=paste0("exon_",1:3) ) 基因上下游的线段的数据 df<-data.frame( x=14500, xend=16500, y=1.5,...yend=1.5 ) snp的位置数据 df1<- data.frame( x=c(14510,14530,14560,14590), y=1.5 ) df2<- data.frame...，背景等，还可以根据区域自动换行等等，后面争取出一期推文专门介绍这个包 另外之前的推文遇到了一个问题是ggplot2添加文本标签的时候如何让文字居左或者居右显示，有人留言说是hjust参数，我原来一直以为这个参数是让文本左右移动

1.4K30

R语言ggplot2绘图单元格为方块的热图—1—调整图例的位置

image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...基本的思路有了。今天的推文记录一个小知识点是 如何将图例远离主图并且给放到右上角去 首先是构造一份数据 df<-data.frame(x=LETTERS[1:4],y=1:4) df ?...image.png 正常做一个柱形图 library(ggplot2) ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x)) ?...image.png 拉大图例与主图的距离 使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

3.5K20
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