那么, 如果我需要批量下载的话, 难道我需要一个个的从网页加入Cart获取mata吗, 我不要......
幸好,已经有人造了非常好用的轮子,当然可以轻松学习一下用起来啦。...TCGAbiolinks 包是从TCGA数据库官网接口下载数据的R包。它的一些函数能够轻松地帮我们下载数据和整理数据格式。其实就是broad研究所的firehose命令行工具的R包装!...效果展示
可获得文件如下:
TCGA转录组数据原始文件(tsv)及临床原始文件(xml), 均附带清单
表达矩阵表格(可选"counts", "fpkm", "tpm")
分组文件
临床数据, 其中包含生存数据...该函数的应用场景是:当需要在R中读取或写入数据时,需要指定存储数据的文件夹路径。但在执行R代码时,可能需要将当前工作目录更改为存储数据的文件夹路径。如果文件夹不存在,需要创建文件夹。...整理----
## 清除当前环境中的所有对象
rm(list = ls())
## 设置主文件夹路径, 并设置工作目录
(root_dir <- sub("/code.+", "", rstudioapi