我需要计算蛋白质片段的分子量，并将这些值放在列表中。

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python、list、for-loop、append、biopython

我正在使用Biopython来计算片段权重。到目前为止，这是我的代码 sequences4 = SeqIO.parse('/content/short_protein_fragments.fasta', 'fasta') nums.append(round(fragment_weights, 2)) fragment_weights(seq_list4

浏览 8提问于2020-12-18得票数 0

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确定蛋白质片段的组合是否涵盖完整的蛋白质序列。

python、bioinformatics

FASTA文件包含一个单一的蛋白质序列。第二个FASTA文件包含第一个文件中序列的片段。计算每个序列的分子量，并使用这些序列来确定是否有可以覆盖整个蛋白质序列的片段的组合，而没有这些片段的重叠。我试着做了下面的脚本，但是我还没能把它全部放入一个有效的代码<e

浏览 1提问于2019-08-02得票数 1

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在for循环中从不同字典中求和值

python、dictionary、for-loop、sum

因此，我试图编写一个代码来做以下事情：计数每个氨基酸(str)中有多少，每个序列(列表)。创建一个字典，将每个键(氨基酸)与特定的值(分子量)关联起来。求和每个蛋白质序列的总值(列表)。

浏览 2提问于2020-06-10得票数 0

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将蛋白质序列的权重与正确的序列配对

for-loop、biopython

这段代码是一个更大的函数的一部分。我已经创建了一个分子量列表，还定义了我的数据中所有片段的列表。我正在试图弄清楚如何才能通过碎片列表，计算它们的分子量，并检查它是否与另一个列表中的数字相匹配。如果匹配，则将该序列追加到一个空列表中。if c

浏览 16提问于2020-12-23得票数 0

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同一蛋白质片段的系统发育树(来自元基因组)

bioinformatics

好的，我有几百个感兴趣的蛋白质片段(699个序列)，我想要比对并建立一个邻居加入树。在许多情况下，这些片段彼此不能很好地对齐(相同或相似蛋白质的不同区域)。然而，整个蛋白质序列已经被定义并提交到NCBI和其他数据库等。也有文献中为这些蛋白质制作的树。有没有办法从我的元基因组中提取我</

浏览 0提问于2012-01-28得票数 0

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使用numpy将蛋白质之间的相互作用列表转换为矩阵

python、numpy、matrix

对于图Laplacian L的计算，需要有邻接矩阵。我有蛋白质列表(节点)：以及这些蛋白质(边缘)之间的相互作用列表： [('B', 'A'), ('D', 'A&#

浏览 8提问于2021-12-14得票数 1

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每隔一段时间从pandas数据框中选择值

python、list、pandas

我正在尝试运行一个计算，该计算需要一次从大量(数百)输入列表中获得多个输入(10)。我有一个随机值的数据框架：我想获取前10个值并将它们放在一个列表中，然后运行计算。然后，我想从datafra

浏览 1提问于2015-12-19得票数 2

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Python :如何创建类值的动态列表

python、list、class、dynamic

我试图找到那个问题的答案，但我找不到好的关键词.此时MyList = 2,5如果我更改值如果inst1print MyList MyList仍然是2,5，但我希望它被更新为如果您想知道原因:我正在运行一个MonteCarlo模拟，其中我有很多蛋白质<

浏览 0提问于2013-12-11得票数 5

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使用索引从另一个表检索数据

python、pandas

我想用蟒蛇和熊猫来处理生物数据。

浏览 0提问于2015-12-02得票数 0

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有没有一种方法可以将片段序列与它们各自的权重联系起来？

python

我已经做了一个脚本，它将计算一组蛋白质片段是否可以根据它们的重量形成特定的序列，这给出了以下输出： combinations =(397.5,2267.6, 475.6, 647.7), (397.5, 475.6, 811.9, 647.7, 1455.7)] 每个元素都是一组片段，它们与我正在寻找的蛋白质具

浏览 11提问于2021-01-04得票数 0

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列表和数组的问题

c#、arrays、return、method-call

我一直在研究一个程序，它可以从化学公式中计算分子量。到目前为止，它运行得很好，直到这个错误发生。我想做一个把化学式分开的数组(它工作得很好)。从这里开始，我想进行一个方法调用，将数组发送到另一个方法。在这里，它被用于从化学公式中的元素中计算分子量，并将其添加到一个新的列表中。然后将列表返回到第一个方法。{

浏览 0提问于2015-01-15得票数 1

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图像分析:在图像中发现蛋白质

python、image-processing、imagej

我试图编写一个程序，自动定位一个蛋白质在图像中，这将最终用于区分两个不同高度的蛋白质存在。背景顶部的白色区域是一个膜，蛋白质位于其中，存在的白色斑点是蛋白质。这些蛋白质有两个叶，因此它们成对出现(实际上是一个蛋白质)。我一直在斐济写一个脚本(Jython)，试图定位这些蛋白质，这样我们就可以从当地的背

浏览 1提问于2014-10-23得票数 3

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PHP在同一个html页面上生成的输出。

php、html、wordpress、output

我有一个WordPress网站运行，我想提供一个卡路里计算器。我不想在这里显示我的php文件，因为计算算法。有人告诉我，如果没有sql，就有可能解决这个问题。当我正确的时候，它是关于将输入值返回到html并创建一个输出字段.但不幸<

浏览 0提问于2018-11-22得票数 0

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从连接的fasta文件中，如何在每个蛋白质序列中找到各个位置的范围。

bioinformatics、fasta

对任何类型的帮助都表示感谢：>a>b>c请注意，a、b和c蛋白的长度分别为5、6和4(总长度现在，我提取了一些随机范围(计算基于总长度)，并将其保存为(file1.txt)如下：4-10在蛋白质文件中看到的每个蛋白质的长度(在总长度内)保存在另一个文

浏览 1提问于2016-08-18得票数 0

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蛋白质组学数据的子网分析

python、validation、network-programming

背景:我有七个样本的蛋白质组学数据(pvalue/ log-折叠率变化得分)，我想通过网络(交互组)分析这些数据。问:我喜欢从数据中创建所有蛋白质的相互作用组，并将具有显着p值的蛋白质映射到这个网络(与对照相比)，然后我喜欢创建子网络；也喜欢将路径丰富添加到子网络中。请求:请推荐适合我要求的<

浏览 16提问于2016-09-07得票数 0

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如何将来自嵌套列表的计算字段之和

reportviewer

在一份报告中，我有两个嵌套列表，最后一个嵌套列表中有一个表。我可以轻松地将表中的值和起来，并将它们放在总字段中。在嵌套列表中，我使用表的总值进行特殊计算。我希望能够在外部列表中对所有这些计算值进行汇总。

浏览 1提问于2012-12-21得票数 0

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在所有存在/缺勤数据帧的列上运行Fisher的精确测试

我有一个数据框架，其中包含在每个样本中存在/没有一个蛋白质序列，其中每一行是不同的样本，每一列是蛋白质序列，除了最后一列对每个样本都有组分配。0,1,1,1,0,0), c(0,1,0,1,0,1), c(1,0,1,0,0,0), c(0, 0,0,1,1,1)我想为Fisher的精确测试计算每个蛋白质序列(列)的<

浏览 4提问于2018-04-10得票数 1

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在函数开始时计算的值在后面的函数中不会被记住。

function、for-loop、if-statement、sum、biopython

在函数的开头，我计算了一个蛋白质序列的总重量，并将其定义为seq_weight。在此之后，我计算了几个片段的重量，并将这些权重与第一个蛋白质序列的总重量相加。第一个print语句正确地打印了总权重，但是在函数的末尾，当我想将它定义为和的结果时，它似乎忘记了这个值。当我手动输入值</em

浏览 1提问于2020-12-18得票数 1

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Python:用不完全对异矩阵在HDF5格式下运行多维缩放

python、scikit-learn、hdf5、blast、multi-dimensional-scaling

我正在研究NCBI爆炸产生的蛋白质-蛋白质相似性的大量数据集.我已经将结果存储在一个大的成对矩阵中(25,000 x 25,000)，我正在使用多维缩放(MDS)来可视化数据。这些矩阵太大，无法在内存中使用，所以我将它们以HDF5格式存储在磁盘上，并使用h5py模块访问它们。 sklearn流形MDS方法为三维小规模数据生成了很好的可视化，因此这是我目前正在使用的

浏览 0提问于2014-08-01得票数 3

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从蛋白质序列数据库中检索DNA序列？

bioinformatics、fasta、genome、protein-database

我在FASTA中有1000个蛋白质序列和它们的登录号。我想回到整个基因组猎枪数据库，检索所有编码蛋白质的DNA序列，这些序列与我的初始序列列表中的蛋白质相同。我尝试运行一个tBlastn，每个序列有<10个结果，每个查询有1个结果，e值小于1e-100或e值为0，但是我没有得到任何结果。我</em

浏览 6提问于2014-12-06得票数 0

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