我是Perl的新手，希望使用它从我的BAM (对齐)文件中提取特定长度的读取内容。 BAM文件包含读取，其长度为19到29 nt。以下是前两次读取的示例： YT:Z:UUA00182:193:HG2NLDMXX:1:1101:29884:1078 0 3R 6234066 42 22M * 0 0 TCACTGGGCTTT
浏览 162提问于2019-02-04得票数 0
我正在试图确定提取未映射的读取的最佳方法，在其中，一对中的两个伙伴都没有映射。目前，我的代码似乎只是简单地提取所有未映射的读取，而不管它们的对象是什么。我不知道该如何做，因为我已经在使用-f选项来提取未映射的读取。我会再做一个samtools视图的迭代吗？samtools view -@ 4 -buh -f4 sample${r}_pe.remo
浏览 5提问于2020-07-29得票数 2
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我正在尝试使用一个名为samtools视图的程序将一个文件从.sam转换为.bam，我需要能够执行这个BASH命令在Python中所做的工作：
浏览 2提问于2015-03-25得票数 2
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我想从RNAseq下载fastq原始文件以获得基因表达值。但是GEO只提供.bed.gz和.wig.gz格式。如何获得RPKM值？非常感谢!
浏览 2提问于2016-09-22得票数 0
我关于堆栈溢出的第一个问题，我希望你能帮我。
假设有一个BAM文件，我只想从中提取一定长度的读取(42-65 nt；第10列)，但要提取其余列的信息。samtools视图访问BAM文件(Initial.bam)，并搜索符合所需读取大小的子字符串，这些子字符串被解析为新的BAM文件Initial
浏览 12提问于2022-05-31得票数 1
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我想要计算脚本表达式，因此我需要获取bam文件中所有读取的映射数量。我当前的程序是查看所有文本，并使用Bio::DB::Sam获取映射到其上的读取内容。下面是我使用的代码：use strict;
my ($ids, $bam_file)
浏览 3提问于2012-01-15得票数 1
我在同一个目录中有许多文件，我想在中使用bash命令将它们转换为另一个文件(从.sam到.bam)。我用bash编写了这个小命令。它工作得很好，但问题是所有结果文件都将具有相同的名称，因此会相互替换，最后我将只有一个文件。您知道如何更改此命令，以便为每个.sam文件单独获取.bam文件吗？BAM_OUTDIR="bam_files"
S
浏览 0提问于2017-08-10得票数 1
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我想优化我的bash脚本，以减少每个循环所花费的时间。基本上，它所做的是：我改进它的想法：
0)如前所述，如果可能的话/extract_awk_reads_in_<e
浏览 1提问于2020-02-21得票数 2
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我有一组文件，当在我的软件中处理时，它们会有一个不同的名称(表示它成功地完成了这个过程)。例如，输入文件可以读取SAM111_tsta.fastq，然后以SAM111_tstaAligned.SortbyCoord.bam的形式出现。我想知道，是否有一种方法(通过命令行)递归地筛选一个目录，并定位所有具有“Aligned.SortbyCoord.bam”且只删除了“Aligned.SortbyCoord”的<
浏览 0提问于2016-02-15得票数 1
我正在尝试从bam文件中提取一些FastQ文件。Picard可以使用SamToFastq做到这一点，正如它在该工具的文档中所说的那样，它可以接受bam或sam文件。但当我运行它时，它只提取一次读取，然后退出。以下是错误消息。任何帮助都是非常感谢的。[davy@xxxx picard-tools-1.70]$ java -jar SamToFastq.jar I=/home
浏览 20提问于2012-06-20得票数 0
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我有一个R脚本，在这个脚本中，我可以在映射后从.sam文件中读取行，并且我希望将sam文件的行解析为字符串，以便更容易地操作它们和创建我想要的假发文件，或者计算我需要的cov3和cov5。如何更快地将大型.sam文件的行解析为数据帧？这是我的剧本：rm(list=ls())
exptPath <- "/home/
浏览 4提问于2014-05-28得票数 3
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我不知道该怎么回答这个问题，但基本上我一直在使用shell脚本来处理sam数据。这是shell脚本。nano picard_SortandIndex_from_sam.sh
这是我运行的命令，其中只有一个.out文件用于处理所有sam文件。noh
浏览 0提问于2021-09-08得票数 0
我不知道如何使用Snakemake规则来删除已经变得无用的Snakemake输出文件。如果这两个文件包含不同格式的相同信息，我想删除第一个无法成功完成此操作的文件
浏览 2提问于2016-12-06得票数 3
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我想根据条形码信息将一个sam文件分割成多个sam文件。查询条形码信息在另一个文件中列出。下面一个简单的bash脚本可以实现这个目标。
input_bam=./A_input.bam
splited_dir=.文件和input_bam文件中的条形码将被记录到一个新文件中。我尝试过<
浏览 0提问于2019-03-02得票数 2
假设有一些输出文件的进程(例如，将sam转换为bam文件)，并且希望进程的输出成为一个值通道，以便可以多次重用它。一个人能在通道的输出过程中做到这一点吗？或者，你必须先打电话给接线员吗？在队列通道上的输出和那个进程完成后？下面是一个示例： input: path '
浏览 3提问于2022-01-20得票数 1
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我的C++程序需要以下标题：在编译之前，我通常在Ubuntu中加载以下模块：我通常使用GCC/9.3.0在我已经创建了一个最小的头文件、.R文件和C++源代码脚本。脚本打开一个bam文件并输出读取的染色体名称和位置。这些文件并不代表我想要运行的实际程序(这
浏览 5提问于2021-07-03得票数 2
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我正在尝试从GEO/SRA下载一个BAM格式的数据集，我可以用它在RStudio中进行分析。sam-dump C:\Users\Desktop\sratoolkit.2.10.8-win64\bin\ncbi\SRA\sra\GSM2692389.sra--output-file GSM2692389.bam
但是，在RStudio中，这不起作用，并返回一个错误，表示它无法读取
浏览 33提问于2020-08-06得票数 0
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我正在尝试执行一个需要两个输入文件的命令，这两个文件都是针对每个示例的。我的解决方案是使用两个for循环：TARGETS=testgroup/*intervals
do谢谢你的帮助。编辑：
示例名称和相关的
浏览 0提问于2018-07-11得票数 0
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我有需要将500+文件从.bam更改为.sam的文件，所以我尝试使用samtools。) done
我在这方面完全是新手，所以我假设我在某个地方犯了一个明显的错误。我遇到的错误是目录'Data_Sam‘和’歧义重定向‘不存在。我查过了，它确实存在于划痕中。{/scratch/spec
浏览 3提问于2022-06-30得票数 0
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