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难道铁死亡数据库记录的基因都是人类未知基因

最近看到了2023的一个数据库挖掘文章《Identification of ferroptosis-related genes in the progress of NASH》,里面有一个韦恩图展现了作者自己的转录组定量流程拿到的表达量矩阵的全部基因去跟铁死亡数据库记录的基因做交集...,但是居然交集很少,如下所示: 居然交集很少 可以看到,铁死亡数据库记录的基因有接近40%都不在人类已经基因里面,非常的诡异。...gtf文件有6万多个基因,但是在每次转录组测序数据分析的时候,绝大部分基因都是在所有的样品都是0,所以实际情况下每次转录组测序其实得到的所有的样品的涉及到的基因就是3万个左右,这个就是上面的韦恩图的左边部分...现在我们看看韦恩图的右边部分 铁死亡数据库记录的基因解析 目前最常用的铁死亡数据库包括: FerrDb:这是一个专门致力于铁死亡调节因子和铁死亡与疾病关联的数据库 FerrDb V2:这是FerrDb数据库的更新版本...: 死亡基因数据库交集 很明显可以看到, 理论上铁死亡数据库记录的基因应该是会全部的在我们人类的已知的基因注释信息里面,哪怕是我们的过滤了三分之二后,仍然是可以有很好的交集。

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你们一般都是怎么进行SQL调优的?MySQL在执行时是如何选择索引的?

Type 主要是显示连接类型,有如下几种: system:表中仅有一行数据(一般系统表才展示此类型),这是const联结类型的一个特例。...ref:非唯一索引扫描,返回匹配某个单独值的所有行,可能会返回多行,本质上也可以归为一直索引扫描,当使用二级索引时,一般都会是ref的连接类型。...key列显示使用了哪个索引,一般就是where语句中出现了between,in等范围的查询。这种范围扫描索引扫描比全表扫描要好,因为它开始于索引的某一个点,而结束另一个点,不用全表扫描。...possible_keys 指MySQL能使用哪个索引在该表中找到行,一般真正使用的索引都在possible_keys展示的索引中。...产生这样结果的原因,就是MySQL基于成本来选择了最优的计划来执行了SQL。那么MySQL到底是怎么制定执行计划以及做出选择计划的依据是什么呢? MySQL执行计划的选择过程。

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mysql注入-一般方法篇

的常用的变量(函数) Database() /查看当前数据库名 2.User() 1/用户 3.Version() / mysql 版本 4....@@basedir /安装路径 (3)Mysql的常用的符号逻辑运算符: 1.& and 2.ll or 3.xor Mysql的常用的函数 字符串截取函数 ·Substr(截取的原字符串...right(database(),1) 编码函数 Ascii() Hex()z ord() Char()/ascii()的逆函数 文件函数 Load_file()/读取文件内容 连接数据库...查询mysql版本 查询当前用户名 查询所有库名 使用数据库 查询当前库名 查询数据库所有表名 查询表中所有内容 查询表中指定内容 创建库 创建表...表明列名是忽略大小写的但是账号密码区分大小写,当为登录类型的注入是,password和username都是列名,可以忽略大小写,利用这点绕过mysql_real_escape_string函数;或者当存在二次编码时可利用像例题一样的方式绕过

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MySQL一般查询日志

MySQL有很多种日志,这一篇文章里主要介绍一般查询日志。...General Query Log,一般查询日志是用来记录MySQL服务器做了哪些事情,当客户端连接至MySQL服务器时,日志会记录来自客户端的查询语句。...二进制日志的格式对一般查询日志的影响。当二进制日志采用不同格式时,会对一般查询日志产生影响。当日志采用基于语句的格式(STATEMENT)时,主从复制的情况下,从机会记录所有接收的执行语句。...同理,当日志采用混合格式(MIX)时,会有部分语句无法记录到一般查询日志。 默认情况下,一般查询日志是关闭的,可以通过设置general_log 进行开启和关闭。...以上内容是关于MySQL一般查询日志的介绍,更多详细内容请访问:“https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/query-log.html”

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癌基因都是肿瘤的风险因子

在:癌基因一定在肿瘤部位高表达 我们探索发现并不是使用的癌基因都在肿瘤部位高表达,也不是所有的高表达基因都是癌基因,对抑癌基因也是如此。...同理,我们会问另外一个问题,就是癌基因都是肿瘤的风险因子,它高表达会导致癌症比如死的越来越快?...反之,抑癌基因一定是肿瘤的保护因子,它表达量越高癌症病人越受到保护,因为想当然的我们会认为抑癌基因能抑制癌症嘛,所以它表达量越高越好。...但是可以看到,跟前面的笔记:癌基因一定在肿瘤部位高表达 的结论类似,并没有明显的倾向性。...我不相信kmplot这个网页工具的结果(生存分析免费做) 为什么不用TCGA数据库来看感兴趣基因的生存情况 200块的代码我的学徒免费送给你,GSVA和生存分析 集思广益-生存分析可以随心所欲根据表达量分组

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TCGA、ICGC、GTEx 数据库都是啥?

我们在进行数据库介绍,尤其是肿瘤相关数据库的时候,经常会提到说这个使用了 TCGA/GTEx 数据库的数据,那么这两个数据库到底是什么呢?为什么会有用这两个数据库呢?...需要明确的是,这几个数据库属于原始数据储存数据库。我们在这里得到的都是相对原始的数据库,需要具备一定的数据分析能力。...通过其名称我们就知道这个数据库主要做的就是肿瘤相关的数据库。为什么经常看到别人用这个数据库呢?还是因为这个数据库收集的信息全呀。 ? 首先,对于研究病种而言,这个数据库包括了33个种肿瘤的数据。...如果我们使用GEO数据库检索某一个癌种,同样也可以得到这些相关的数据。但是TCGA数据库珍贵的地方是,这个数据都是出自同一个人的。这样的话,我们就可以研究不同组学之间的交叉反应了。...数据下载站点推荐 以上就是三个数据库内容的基本介绍,如果想要想在相关的数据的话,各个数据库都提供了自己的下载方式。

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黑客一般用什么操作系统,KaliLinux

所以不能简单的认为黑客都是使用KaliLinux,但是KaliLinux的确是非常适合黑客的好的系统,说起KaliLinux来本身还是linux系统基于debian的,只不过自身集成了很多安全工具,特别是黑客常用的一些工具...无论度好用的系统都抵不上黑客自身的技术情怀,真正厉害的黑客不在乎使用什么样子的工具,关键在于对技术的执着程度,黑客做的事情不像常见的技术人员,就拿程序员来讲做的工作都是围绕着项目或者产品去做事情,大部分属于被动接收类型的...从黑客的衍化历史上可以看出,纯正的黑客是能够推动人类的科技的进步发展,几乎每年的黑客大赛之后各个企业的安全部门都要针对当前的防护等级进行升级,这些都是黑客推动进步的一种表现,早期的黑客其实就是对于技术极度感兴趣的人聚集在一起做点自身觉得很有意义的事情...但是在现实中还是很多人误解了黑客的身份,其实大部分现实中认为一些行为都不是黑客所为,基本上属于骇客的行为,不但搞破坏而且还通过一些非法的手段获取利益,这些都不是严格意义上黑客的行为,不要觉得黑客就是经常破解密码之类的行为,这些都是骇客或者工具小子做的事情

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你写的每条SQL都是全表扫描

你写的每条SQL都是全表扫描?如果是,那MySQL可太感谢你了,每一次SQL执行都是在给MySQL上压力、上对抗。MySQL有苦难言:你不知道索引?你写的SQL索引都失效了不知道?慢查询不懂啊?...慢查询 面试官:知道MySQL慢查询MySQL的慢查询日志可以记录执行时间超过阈值的SQL查询语句,所以我们可以利用该日志查找出哪些SQL语句执行效率差,从而对SQL语句进行优化。...业务开发中涉及数据库的第一步是表设计,要优化SQL就要从第一步开始做起。...MySQL表设计要尽可能满足数据库三大范式,帮助大家回顾下: 第一范式:数据库表中的每一列都是不可再分的属性,属性相近或相同的列应该合并。 第二范式:满足第一范式的条件下,一个表只能描述一个对象。...面试官:那索引建立越多,查询效率就越高? 另外大家记住一点,索引不是建立越多越好。

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【阿里年薪百万数据库面试】MySQL会丢数据

一般认为fsync才占磁盘的IOPS write 和fsync的时机,由参数sync_binlog控制: sync_binlog=0,每次提交事务都只write,不fsync sync_binlog=1...在实际的业务场景中,考虑到丢失日志量的可控性,一般不建议将这个参数设成0,推荐将其设置为100~1000中的某个数值。...通常我们说MySQL的“双1”配置,指的就是sync_binlog、innodb_flush_log_at_trx_commit都是1。...一般step3执行很快,所以binlog的write、fsync间隔时间很短,导致能集合到一起持久化的binlog较少,因此binlog的组提交的效果通常不如redo log的效果。...s所以现在就能理解了,WAL主要得益于: redo log 和 binlog都是顺序写,磁盘的顺序写比随机写速度要快 组提交机制,可大幅度降低磁盘IOPS 所以,若MySQL出现IO性能瓶颈,可通过如下方法优化

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