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    用好cBioportal数据库(一个简单的例子)

    生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析; 临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库),很重要; Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性; cBio-portal...数据库做基因组学的分析(机制一); STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路(机制二); TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征(机制三)。...这是我们分享多次的论文,其中涉及基因组学的生信分析,就是用cBioPortal数据库进行机制探究。比较简单,但是在进行基因组学探究时,这些分析有时就足够了。 ?...oncomine、HPA和km plotter等数据库的使用方法,主要是分析差异表达和存活率。cBioPortal数据库是探索肿瘤的基因组学特征,是从DNA水平进行的,是对机制的进一步研究。...在完成差异分析、临床意义的问题之后,作者利用cBioportal数据库,进一步探讨可能的分子机制。

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    用好cBioportal数据库(一个高级点的例子)

    生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析; 临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库),很重要; Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性; cBio-portal...数据库做基因组学的分析(机制一); STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路(机制二); TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征(机制三)。...在芒果学习的生信论文中,第28篇生信文章是cBioPortal数据库使用最多,也是用的最好的。...在生信研究中,甲基化用UALCAN数据库,基因突变可以用cBioPortal数据库。本文提供很好的示范。 ? 探索机制时,用UALCAN数据库分析启动子区域的甲基化变化情况。...补充数据中,作者用cBioPortal数据库对ACE2的基因组学进行深入分析,从突变,融合,扩增和删除等角度分析组学变化,图文并茂。 ? ?

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    简易理解设计模式之:抽象工厂模式——更换数据库例子

    例子: 在这里引用《大话设计模式》中此篇幅的例子:数据库MySQL和Oracle虽然都是用数SQL语句写,但操作语法上也会存在区别。...假如一个公司更换数据库,对于业务层的代码来说需要把所有地方的语法都换一下,会改到崩溃。...需求:用抽象工厂模式实现数据库表操作 1、实现数据库表操作 1.1、实现User表操作(第一个产品类) public interface IUser { public void setUser...而MySQLUser、和OracleUser属于具体产品的角色,实现各自的数据库操作。如果这部分阅读有困难请先参考简单工厂模式和工厂方法模式理解一下产品类。...然后数据库中的N个表的交互都是按这样的结构去写了,每个表对应一个操作类。

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