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1
回答
如何对文件夹中的所有文件应用相同的转换
我是R的新手,我有1200个
基因
表达
文件,只有两列
基因
名称和
基因
表达
值。我希望过滤出63个这些
基因
,并生成一个仅包含这些
基因
的
基因
表达
值的
基因
文件,这样最终就可以在单个
数据库
中为每个1200个样本生成63个值row .
基因
表达
式文件只有两列,包含
基因
Id和
基因</e
浏览 18
提问于2019-10-24
得票数 1
2
回答
将GENCODE ID转换为Ensembl范围的SummarizedExperiment
、
、
我有一个
表达
式集矩阵,行名是我认为是格式的GENCODE ID,例如"ENSG00000000003.14“”ENSG000000457.13“"ENSG00000000005.5”等等。
浏览 0
提问于2017-07-03
得票数 4
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1
回答
如何解释两种情况下的对数折叠变化(log2FC)
、
如果可能的话,只是简单的生物信息问题。我确实读了很少的论文,不明白这个日志折叠变化意味着什么。简单地说,我在条件A和B之间有一个log2折叠变化(Log2FC)值2,意思是A比B高两倍,还是A比B小两倍?
浏览 11
提问于2022-01-13
得票数 1
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1
回答
如何从NCBI
基因
数据库
下载
基因
表达
数据
、
、
、
在NCBI
基因
数据库
中,我可以通过“跟踪”按钮添加
表达
式轨道(在图片吹气中圈出),但如何直接下载
表达
式数据,而不仅仅是查看图片?。
浏览 0
提问于2018-03-15
得票数 1
2
回答
基因
集富集分析
、
、
、
我使用cummeRbund函数findSimilar()找到了与我用Cuffdiff识别的差异
表达
基因
最相似的10个
基因
。这使用了Jensen-Shannon距离,并产生了一个排列有序的
基因
列表,我现在想要测试的是GO的富集。0.0453928603025379 "XLOC_010786" 0.0469577467848723 我首先手动搜索每一个最相似的
基因
的我做了我的排名列表文件格式(*.r
浏览 3
提问于2013-07-11
得票数 1
2
回答
我从哪里下载
基因
表达
数据?
、
、
我想下载由微阵列实验产生的
基因
表达
数据。我对这个主题了解不多,但据我所知,行通常对应于
基因
,列通常对应于样本。理想情况下,我希望得到一个
基因
表达
数据矩阵。我一直在互联网上搜索,虽然看起来有很多地方可以下载这样的数据,但当我真正下载数据时,我并不了解
基因
表达
的矩阵。有没有人可以让我知道有没有地方或者如何以我期望的格式下载
基因
表达
数据?
浏览 0
提问于2012-03-23
得票数 7
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1
回答
如何通过Python中的API查询在SQL Alchemy中插入关系数据(多对多)
、
、
、
、
编辑:我做了一个,因为我觉得这个太长了,抱歉我正在处理的上下文如下:我正在通过API查询现有的
数据库
,以便检索某些信息来设计我自己的
数据库
。创建这个
数据库
的要点是,例如,让用户引入一个
基因
,以知道它在有机体中的什么地方
表达
过(上调)或低于(下调)
表达
,以及在哪个实验中看到了这种类型的
表达
。目前,我正在做的只是查询现有的
数据库</e
浏览 1
提问于2013-04-09
得票数 2
2
回答
如何获得共享至少4列的公共集的最大行集?
、
、
、
我有一个含有
基因
名称和样本编号的矩阵。每一行都是一个逻辑向量,指示检测到
基因
的样本。
基因
必须至少出现在8个样本中的4个样本中才能做到这一点(仍在矩阵中)。编辑:这个问题源于尝试重新创建这个: 假设样本集包含不到50%的离
浏览 6
提问于2015-01-18
得票数 2
1
回答
在R中使用for循环根据前列条件组合列值
、
我正在处理一个大的数据集,对某个
基因
进行多个观察,在不同的日期和不同的
表达
水平上。我想把所有的“
表达
式”列值之和到 我试着做了一个for循环,但是我对R相对来说
浏览 1
提问于2022-05-12
得票数 0
2
回答
如何最好地索引这张表?
、
、
它代表了生物样品中
基因
表达
的测量。问题是,有时测量直接在
基因
上(“探针”然后为空),有时测量是通过
基因
的“探针”进行的(“
基因
”仍然是设置的)。一个
基因
可以有多个探针。没有其他表格包含
基因
-探针关系。"probe" INTEGER REFERENCES "probes" ON DELETE CASCADE,); 常见的查询包括获取给定样本中所有
基因</e
浏览 2
提问于2020-05-09
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2
回答
使用两个矩阵进行聚类
我有两个矩阵,包含来自40个样本和50000个
基因
的信息。Matrix Expr包含每个
基因
和样本的
基因
表达
;Matrix Methyl包含每个样本的这些
基因
的甲基化状态。是否有可能同时基于
表达
和甲基化信息对
基因
和/或样本进行聚类?我知道如何在R即hclust(dist(M))中执行基本的层次聚类,但它只在一个矩阵上。有什么想法/建议吗?
浏览 3
提问于2016-05-27
得票数 0
1
回答
用定义的细胞群绘制X轴上
基因
的小提琴图
、
、
是否有可能创造一个小提琴图,在X轴上有
基因
,Y轴上有归一化
表达
,而不是X轴上的簇或细胞类型,Y轴上有
基因
,而选择分析的细胞是用户定义的?例如,假设我有500个细胞型"A“,它们
表达
的遗传特征大致相似,但有几个
基因
是可变
表达
的。我能把
基因
表达
想象成这500个细胞的小提琴图吗?
基因
位于X轴上,而不是每个
基因
的小提琴作图,因为我只看一种细胞类型? 谢谢你在这个问题上的任何想法!
浏览 11
提问于2022-10-01
得票数 0
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1
回答
R中的正则
表达
式和中位数计算
、
我有一个
表达
矩阵,也就是一个包含一些
基因
在不同人类样本中
表达
水平的矩阵,还有一些样本是重复的,所以我需要将这些重复中的
表达
组合起来,并计算出中位数。我将样本的名称作为行,在每一列中我有一个
基因
的
表达
。(我有大约200,000个
基因
,所以大约有200,000列)。Epithelial Cells, donor2Amniotic Epithelial Cells, donor3 其余的列对应于数字(不同<
浏览 0
提问于2015-12-13
得票数 0
1
回答
差异
表达
基因
分析:如何对不同临床基质的
表达
基质进行t.test?
我有一个
表达
矩阵(trans_data : 32000个
基因
x620个样本)和一个临床矩阵(clin_data : 620个样本x42个临床特征)。样品属于A-B-C-D 4个群体中的1个。我想要比较A和B群体之间的
基因
表达
,而不是试图将这两个矩阵联系在一起。 我想选择一个矩阵,每个
基因
在两个群体中的平均
表达
,然后是pvalue,然后是调整p值。然后我只能选择差异
表达
的
基因
(padj <0.05)。 谢谢你的帮助。阿兰
浏览 12
提问于2019-03-29
得票数 0
1
回答
微阵列数据:多重t检验
问题是: 微阵列使生物学家能够测量
基因
在人类或其他物种中的
表达
水平。在一些研究中,对一些个体的
基因
表达
水平进行了测量,其中一些人患有某种疾病,另一些人没有(对照组),以确定哪些
基因
是差异
表达
的。目的是了解
基因
在所考虑的疾病发展中的作用。尽可能多地阅读下面的论文,并足够理解基本知识:相应的数据集(经过一些处理)可以在这里获得:识别差异
表达
基因
的简单(有点过时)方法是对两组比较的每个
基因
进行(双侧)学生t检验。编写执行此
浏览 1
提问于2016-05-17
得票数 1
0
回答
基因
表达
矩阵
基因
ID?
表达
矩阵中出现MSTRG的geneid,这是怎么回事呢
浏览 69
提问于2022-01-30
2
回答
仅使用通用row.names在R中组合data.frames
、
、
我有五个不同样本集的
基因
表达
数据的data.frames。我在每个data.set中有不同的行数,因此只有部分重叠的row.names (
基因
)。现在,我希望a)过滤这五个data.frames,使其只包含所有data.frames中存在的
基因
,以及b)将这些
基因
的
基因
表达
数据组合到一个data.frame中。
浏览 2
提问于2013-05-29
得票数 1
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1
回答
使用临床参数和
基因
表达
数据对R中特定乳腺癌亚型的
基因
表达
进行聚类
、
、
、
我有一组来自3个不同亚型的乳腺癌样本的1500个
基因
的
基因
表达
值及其临床参数。我需要根据乳腺癌亚型对
基因
表达
进行聚类,以找到每个乳腺癌亚型的独特
基因
。
浏览 15
提问于2020-10-26
得票数 0
2
回答
如何根据数据集中的另一列将数据集中的列划分为三组(三元组)?使用R
例如,如何根据
基因
表达
水平将
基因
表达
水平分为三组(低、中、高)?数据集中的列具有
基因
作为一列,
表达
式 作为另一列。我正在考虑使用这个函数: 排序(数据集名称$
表达
式) 因此,这将从最高到最低对
表达
式级别进行排序。但是,我不确定如何标记哪些是低、中或高,以及如何为每一个创建新的子集? 提前感谢!
浏览 88
提问于2021-02-28
得票数 0
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1
回答
热图叠加密度图
、
、
我必须绘制一些
基因
表达
值的热图。换句话说,热图的每一行代表10个
基因
的平均值,这样: row3 -> gene_expression以此
浏览 5
提问于2013-11-14
得票数 0
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