数据库服务器相互守望 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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GloBI: 物种相互作用数据库

看到一个很好的物种相互作用数据库Global Biotic Interactions (GloBI) 。...共有相互作用记录10,610,248条，覆盖715,587个类群。...GloBI每两天通过代码自动更新一次，从世界范围内的文章中收集已知的物种间相互作用关系，包括捕食、传粉、病原体、寄生、共生、宿主等几十种。...在data中可下载数据库信息。 2. 在search中随便输一个Bacilius firmus，类型选相互作用，会出来所有与他有相互作用的物种及参考文献。 3....在browse中还能进行可视化：左上是与Chelonla mydas有相互作用的物种及作用类型，右上可选定感兴趣的研究区域进行展示，左下为网络图展示的物种间相互作用关系，右下对物种分类进行聚类展示。

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circRNA相互作用预测数据库

这个数据库只要还是用来预测RNA之间的相互作用的。其中包括miRNA、lncRNA、circRNA以及mRNA。关于starBase的基本用法，可以看这个帖子。...(https://circinteractome.irp.nia.nih.gov/index.html)是一个专门的用来预测circRNA相互作用的数据数据库。...除了基本的相互作用的预测，这个数据库还可以进行circRNA相关信息的检索以及circRNA引物以及siRNA的设计。可谓是circRNA研究的一体化服务。在数据库的使用方面。...CSCD 以上两个数据库对于相互作用的预测是基于其基本的序列结构而言的。但是有些时候再某些疾病当中circRNA就不表达。那这个时候单纯的预测也就没啥用了。...CSCD(http://gb.whu.edu.cn/CSCD/)就是一个专门在肿瘤当中预测circRNA和miRNA以及RNA绑定蛋白相互作用的数据库。

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基因相互作用网络string数据库

答案是否定的，现在主流使用R语言来做，但也有很多在线网站可以完成简单这样的分析，今天就给大家介绍一款比较不错的——String数据库（https://string-db.org/）。...String是蛋白互作数据库，是Search Tool for the Retrieval of Interaction Gene/Proteins的缩写，该数据库中收录了已知和预测的蛋白质/基因间的相互作用关系...考虑到这一点，数据库设置有许多筛选标准，大家可根据自身需求选择。下面我们以BCAR1为例，详细为大家展示一下如何利用该数据库制作PPI互作网络图。...一、首先打开String数据库 1 点击Multiple proteins——2 导入数据——3 选择物种——4 点击search。 ?

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DDinter | 药物相互作用分析数据库

今天就给大家介绍一个分析药物不良反应的数据库：DDinter: http://ddinter.scbdd.com/ 在了解数据库之前，对于药物相互作用的定义还是要了解一下的。...数据库使用在 DDInter 当中主要提供了输入药物来分析相互作用关系的功能。通过分析就可以得到输入的药物之间的相互作用关系了。同时下面也给出了药物的相互作用关系的具体原因。...这这个数据库当中给的理由和介绍还是比较全面的。如果遇到药物联合使用的情况和研究可以用这个数据库检索一下的哈。药物相关数据库 1. [[DREIMT-免疫细胞和药物治疗的关系分析数据库]] 2....[[RNAactDrug-多组学数据的RNA与药物敏感相关性的数据库]] 3. [[SuperTarget-药物-靶标相互作用的数据库]] 4....[[canSAR-基因药物临床综合性查询数据库]] 5. [[DGIdb-药物相关基因查询数据库]] 6. [[PATHOMEDrug-疾病相关药物预测数据库]]

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蛋白质相互作用数据库

写在前面关于探究的蛋白质相互作用的数据库，之前介绍过STRING就是这样的数据库，为什么很多生信的文章都是使用STRING来探讨基因之间的相互作用关系，主要原因还是STRING支持输入多个基因，寻找多个基因之间的相关作用关系...该基因的基本信息，如：别称、GO、转录后修饰情况等，并提供外源数据库链接。 2. 基因间的相互作用方式、具体检测方式及其所占百分比。 3. 基因相互作用的详细信息及下载。 ?...在Interactors菜单下，可以看到与“YTHDF1”蛋白相互作用的全部基因，具体展现方式可以依据证据的多少或者字母顺序，也可看相互作用基因的转录后修饰信息。 ?...絮絮叨叨之前有小伙伴提问说，多个蛋白相互作用的数据库获得的结果不一样怎么办？如果是相同的数据进行相同的分析的话，结果肯定是一样的。...如果懒得看的话，既然数据库文章都发表了，那就说明数据库的算法是经过同行专家同意的，所以我们可以取交集或者并集的方式来获得基因相互作用的其他基因。

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BioGRID:蛋白质相互作用数据库

BioGRID数据库是一个老牌经典的蛋白质相互作用数据库，在今年9月份刚刚分布了最新版本3.5.165，该版本从66,164篇文献中整理出了1,607,037个蛋白质相互作用，28,093个嵌合体信息以及...基本描述信息示意结果如下，包含了蛋白质的名称，别名，转录后修饰，即UBI对应的行，GO注释信息，和其他数据库的链接 ? 2. 统计信息示意如下，统计每种相互作用类型的数目和比例 ? 3....通过Network菜单，可以显示该蛋白质的相互作用网络，示意如下 ?...BioGRID数据库中的数据是免费开放下载的，下载链接如下 https://downloads.thebiogrid.org/BioGRID 和其他数据库类似，同时提供了TAB和XML格式供下载。

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benchmark | 蛋白相互作用数据库比较

这周一直都在更新关于相互作用预测方面的数据库介绍。加上之前介绍的一些相互作用预测数据库 1. [[BioGRID-蛋白，化学物质相互作用数据库 V4.4]] 2....[[ConsensusPathDB-综合性相互作用分析数据库]] 3. [[PINA-肿瘤相互作用分析数据库]] 4. [[STRING-蛋白相互作用数据库使用]] 5....[[IncAct-基因相互作用分析数据库]] 6. [[IID-组织特异性相互作用预测数据库]] 一共有了 6 个相互作用方面的数据库。因此就简单的对目前的这 6 个数据库进行一下比较说明。...目前的两个数据库，其中 [[PINA-肿瘤相互作用分析数据库]] 和 [[IID-组织特异性相互作用预测数据库]] 属于组织特异性的数据库。...剩余的四个则是综合性的相互作用数据库了。所以就来比较一下这四个数据库的差异。数据来源首先从数据来源而言，除了 STRING 之外的三个数据库都是基于实验证据构建的。

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LncBase:lncRNA与miRNA相互作用数据库

有非常多的文献报导指出，lncRNA可以作为miRNA sponge，从而与miRNA发生相互作用。...LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库，最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools...其中软件预测的lncRNA与miRNA相互作用数据是可以免费下载的，实验证据支持的数据需要向开发团队申请才可以。...以实验证据支持的相互作用数据为例，在检索框输入miRNA和lncRNA的名字，可以检索二者之间是否存在相互作用 ? 检索结果示意如下 ? 点击右边的下拉按钮，可以查看详细信息。...通过这个数据库，我们可以查询到lncRNA与miRNA之间的相互作用信息，但是在线检索一次只能检索几个lncRNA或者miRNA, 同时需要注意lncRNA id的格式，只支持refseq Id,ensembl

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MINT:蛋白质相互作用数据库简介

MINT, 全称molecular interaction Database, 是一个蛋白质相互作用的数据库，该数据库中的蛋白相互作用都是由专家审核过的有实验证据支持的，目前该数据库涵盖了607个物种，...共117001个蛋白相互作用关系。...既可以一次下载整个数据库中的所有内容，也可以只下载常见物种的数据。下载的文件格式称之MITAB格式，这种格式是\t分隔的纯文本文件，专门用来描述两个蛋白间的相互作用。...interactionType)，比如psi-mi:"MI:0915"(physical association) 13. column13 第十三列记录的信息为Source databases，代表该相互作用来源的数据库...，比如psi-mi:"MI:0471"(MINT) 14. column14 第十四列记录的信息为Interaction identifiers，代表相互作用的标识符，比如在intac数据库中的标识符intact

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CSCD2 ｜circRNA相互作用预测数据库

之前在介绍[[circRNA相互作用预测]]数据库的时候，我们提到了一个 CSCD 的数据库。...在这个数据库当中，我们可以预测正常组织或者癌当中特异性的 circRNA 以及这个 circRNA 相互作用的 miRNA和RBP。...在 2.0 版本当中，作者从 ENCODE 和 SRA 数据库中收集了来自组织或细胞系的 1113 个样本的 RNA-Seq 数据集，包括 ==472 个癌组织样本、353 个正常组织样本、91 个癌细胞系样本和...功能方面的话，和之前版本没有多大的区别，主要也是用来预测 circRNA 和 miRNA/RBP 的相互作用。但是在数据查询方面的， 1.0的版本只提供了基于 circRNA 的查询。

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STRING：蛋白相互作用数据库的使用

蛋白相互作用分析的数据库有很多，至于为什么选择STRING，还是在于其强大的可视化，以及自定义功能。这样我们可以得到数据结果的同时，还可以得到相对好看的图。...下面我们就来介绍一下STRING 数据库如何使用吧~ 基本检索我们在打开数据库之后，在菜单栏可以看到很多种来进行相互作用关系预测的选项。...如果我们有一个目标蛋白，想要查看这个蛋白的可能的相互作用蛋白可以选择Protein by name；如果我们有很多蛋白，想要查看这些蛋白之间的相互作用关系，那就可以选择Multiple proteins...我们可以选择不同的数据来源，可以设定相互作用的界限以及设定网络图的设置。 ? 分析（Analysis）对于输入的基因，这个数据库也是可以进行GO和KEGG分析的。...写在最后：基本上对于STRING的蛋白相互作用分析就是这么多。这个只是通过数据库确定基因之间的相互作用关系，但对于寻找核心基因，还没进行查找。明天我们来介绍一下如何进行核心基因的查找。 ?

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BioGRID | 蛋白,化学物质相互作用数据库 | UPDATE

人体内的蛋白存在都存在相互作用关系的。通过预测蛋白之间的相互作用关系，可以了解一个蛋白的具体功能机制。之前介绍过 [[STRING-蛋白相互作用数据库使用]] 就是一个。...同时也介绍过 [[BioGRID-单个蛋白质相互作用的数据库]] 这个基于单基因蛋白相互作用数据库。在我们介绍 BioGRID 的时候，那个是 3.0 的版本。...数据库更新到了 4.4 版本。其中一些界面也发生了变化。所以这里就重新介绍一下。背景数据集介绍 BioGRID 收集的所有相互作用关系都是来自于文献，其中包括重点低通量研究和大型高通量数据集。...数据库使用 BioGRID 支持三种格式的数据输入：1）蛋白名/基因名；2）pubmed id；3）化学物质例如，我们这里想要检索YTHDF1在人体当中的相互作用关系。...总的来说 BioGRID 是一个用来分析某一个基因相互作用的数据库。对于这类基于文献结果得到的数据库，其中更新频率直接影响的结果的预测。所幸 BioGRID 是一个每年都会更新的数据库。

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4DGenome:染色质相互作用数据库

4DGenome是一个染色质相互作用数据库，采用了文献检索和软件预测两种手段来得到染色质相互作用，收录了来自5个不同物种共7百多万条互作记录，网址如下 https://4dgenome.research.chop.edu...musculus(mm9) Drosophila melanogaster(dm3) Plasmodium falciparum(3D7) Saccharomyces cerevisiae(sacCer3) 该数据库中收录的染色质互作信息来源于以下多种技术手段...InteractorB给出了互作的两个染色质区域的位置信息，Agene和Bgene表示与互作区域存在overlap的基因名称, Contact Frequency表示互作频率，LInk链接的是pubmed数据库...通过该数据库，可以检索多个物种的染色质互作信息。

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STRING:蛋白质相互作用(PPI网络)数据库简介

研究蛋白之间的相互作用网络，有助于挖掘核心的调控基因，目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库，而string绝对是其中覆盖的物种最多，相互作用信息做大的一个，网址如下 https://string-db.org.../ 该数据库的最新版本为version 10.5, 更新于2017年5月14号，存储了2031个物种，9643763种蛋白，共1380838440个相互作用的信息。...通过官网提供的SEARCH功能，可以方便的检索该数据库，示意图如下 ?...对于单个蛋白进行检索，会给出于该蛋白相互作用的所有蛋白构成的网络，该功能更适用于对某个蛋白的相互作用进行探究，而一次输入多个蛋白，只会给出输入的蛋白之间的相互作用网络，更适用于挖掘输入的蛋白之间的相互作用...STRING数据库提供了下载功能，由于整个数据库非常大，所以可以选择一个物种，然后下载该物种对应的数据，示意如下 ? 更多细节请参阅官网说明文档。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

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STITCH | 基因和化学物质相互作用预测数据库

之前我们介绍了很多蛋白相互作用的数据库。其中很多都是用来预测蛋白和蛋白之间相互作用关系的。除了基因之间的相互作用关系。基因和化学物质之间也是存在相互作用关系的。...今天就来介绍一个用来预测化学物质和基因之间相互作用关系的数据库：STITCH: chemical association networks: http://stitch.embl.de STITCH数据库主界面...背景数据集介绍看数据库的界面就可以发现。...STITCH 数据库和我们之前介绍的 [[STRING-蛋白相互作用数据库使用]] 几乎是一模一样的。可能也是太一模一样了，连开发者都懒得去改关于 STITCHl 里面的描述了。...具体的可以在 [[STRING-蛋白相互作用数据库使用]] 里面进行了解。 ---- 总的来说以上就是关于 STITCH 这个数据库的主要使用方法了。

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NAR |非编码RNA相互作用数据库NPInter v4.0

该数据库系统地收录了绝大多数种类非编码RNA的相互作用，并对相互作用以及相关分子进行了详细的注释以及可视化，提供了一个全面、系统的非编码RNA相互作用的研究平台。 ?...陈润生院士课题组于2006年发布了NPInter数据库的第一个版本（Nucleic Acids Research），在过去的十多年中，该数据库一直获得业内的广泛认可，被RNAcentral收录为专家数据库...相互作用以及作用分子还增加了疾病注释，旨在帮助研究者更好地理解相互作用的功能。...除了整合数据之外，整个数据库的网站也进行了重新构建，提高了原有搜索模块的易用性，并增加了很多新的功能性模块如biocircos.js。...构建数据库，你的数据也可以- 2篇NAR的数据库 ? ?

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SQL数据库字符串与时间相互转换「建议收藏」

SQL数据库字符串与时间转换当前时间：now() 时间转字符串: date_format(date,’%Y-%m-%d’) select date_format(now(), '%Y-%m-%d

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IID | 组织特异性蛋白相互作用预测数据库

在基因的相互作用分析预测方面，我们介绍过 [[STRING-蛋白相互作用数据库使用 | STRING]], [[BioGRID-蛋白，化学物质相互作用数据库 V4.4 | BioGRID]] 更加偏向于蛋白之间的相互作用预测...[[IncAct-基因相互作用分析数据库 | IncAct]] 是一个多组学的预测数据库。...而 [[ConsensusPathDB-综合性相互作用分析数据库 | ConsensusPathDB]] 则是一个解释蛋白质-蛋白质、遗传、代谢、信号、基因调控和药物-靶标相互作用的数据库。...相较于其他相互作用数据库。IID 主要是增加了关于组织特异性的表达情况的数据。进而确定具体的相互作用蛋白是否在特定组织当中表达。...对于来自于其他的数据库的相互作用信息而言，如果数据不跟随原始数据库实时更新的话，有可能会造成预测信息滞后的情况。例如最近的 IID 下载的 BioGRID 的数据是 2021-04-07。

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数据库-连接服务器

1.3 连接服务器数据库是CS模式的软件，所以要连接数据库必须要有客户端软件。...MySQL数据库默认端口号是3306 1.3.1 window界面连接服务器 1、Navicat 2、MySQL-Front 1.3.2 通过web窗体连接 ?...主要有浏览器就可以访问数据库 1.3.3 命令行连接 host -h 主机 port -P 端口号（大写） user -u 用户名 password -p 密码（小写）例题 -...- 连接数据库 F:\wamp\PHPTutorial\MySQL\bin>mysql -h127.0.0.1 -P3306 -uroot -proot -- 明文 -- 如果连接本地数据库 -h可以省略...如果服务器端口是3306，-P端口号也可以省略 F:\wamp\PHPTutorial\MySQL\bin>mysql -uroot -proot -- 明文 -- 密文 F:\wamp\PHPTutorial

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spring cloud系列教程第六篇-Eureka集群版

实现负载均衡+故障容错(其实从上图中也可以看出，eureka server是多个，provider也是多个) 二：Eureka集群原理：互相注册，相互守望什么意思呢？集群的话，肯定是多个。...比如我们现在单台的eureka端口是7001，假设还有一台服务是7002.那么7001的注册地址应该是7002，7002的注册地址是7001.这样就相互注册了。...所以就相互守望了。简单的示意图如下：三：Eureka集群搭建 3.1：新建cloud-eureka-server7002项目。...需要互相注册和相互守望。这个的写法和单机版的不一样了。我们先来看看单机版yml配置文件。单机版yml文件配置：集群的时候，因为要互相注册，相互守望。所以yml文件有些不同。

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