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难道铁死亡数据库记录的基因都是人类未知基因

最近看到了2023的一个数据库挖掘文章《Identification of ferroptosis-related genes in the progress of NASH》,里面有一个韦恩图展现了作者自己的转录组定量流程拿到的表达量矩阵的全部基因去跟铁死亡数据库记录的基因做交集...,但是居然交集很少,如下所示: 居然交集很少 可以看到,铁死亡数据库记录的基因有接近40%都不在人类已经基因里面,非常的诡异。...gtf文件有6万多个基因,但是在每次转录组测序数据分析的时候,绝大部分基因都是在所有的样品都是0,所以实际情况下每次转录组测序其实得到的所有的样品的涉及到的基因就是3万个左右,这个就是上面的韦恩图的左边部分...现在我们看看韦恩图的右边部分 铁死亡数据库记录的基因解析 目前最常用的铁死亡数据库包括: FerrDb:这是一个专门致力于铁死亡调节因子和铁死亡与疾病关联的数据库 FerrDb V2:这是FerrDb数据库的更新版本...: 死亡基因数据库交集 很明显可以看到, 理论上铁死亡数据库记录的基因应该是会全部的在我们人类的已知的基因注释信息里面,哪怕是我们的过滤了三分之二后,仍然是可以有很好的交集。

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癌基因都是肿瘤的风险因子

在:癌基因一定在肿瘤部位高表达 我们探索发现并不是使用的癌基因都在肿瘤部位高表达,也不是所有的高表达基因都是癌基因,对抑癌基因也是如此。...同理,我们会问另外一个问题,就是癌基因都是肿瘤的风险因子,它高表达会导致癌症比如死的越来越快?...反之,抑癌基因一定是肿瘤的保护因子,它表达量越高癌症病人越受到保护,因为想当然的我们会认为抑癌基因能抑制癌症嘛,所以它表达量越高越好。...但是可以看到,跟前面的笔记:癌基因一定在肿瘤部位高表达 的结论类似,并没有明显的倾向性。...我不相信kmplot这个网页工具的结果(生存分析免费做) 为什么不用TCGA数据库来看感兴趣基因的生存情况 200块的代码我的学徒免费送给你,GSVA和生存分析 集思广益-生存分析可以随心所欲根据表达量分组

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TCGA、ICGC、GTEx 数据库都是啥?

我们在进行数据库介绍,尤其是肿瘤相关数据库的时候,经常会提到说这个使用了 TCGA/GTEx 数据库的数据,那么这两个数据库到底是什么呢?为什么会有用这两个数据库呢?...需要明确的是,这几个数据库属于原始数据储存数据库。我们在这里得到的都是相对原始的数据库,需要具备一定的数据分析能力。...通过其名称我们就知道这个数据库主要做的就是肿瘤相关的数据库。为什么经常看到别人用这个数据库呢?还是因为这个数据库收集的信息全呀。 ? 首先,对于研究病种而言,这个数据库包括了33个种肿瘤的数据。...如果我们使用GEO数据库检索某一个癌种,同样也可以得到这些相关的数据。但是TCGA数据库珍贵的地方是,这个数据都是出自同一个人的。这样的话,我们就可以研究不同组学之间的交叉反应了。...数据下载站点推荐 以上就是三个数据库内容的基本介绍,如果想要想在相关的数据的话,各个数据库都提供了自己的下载方式。

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你写的每条SQL都是全表扫描

你写的每条SQL都是全表扫描?如果是,那MySQL可太感谢你了,每一次SQL执行都是在给MySQL上压力、上对抗。MySQL有苦难言:你不知道索引?你写的SQL索引都失效了不知道?慢查询不懂啊?...慢查询 面试官:知道MySQL慢查询MySQL的慢查询日志可以记录执行时间超过阈值的SQL查询语句,所以我们可以利用该日志查找出哪些SQL语句执行效率差,从而对SQL语句进行优化。...业务开发中涉及数据库的第一步是表设计,要优化SQL就要从第一步开始做起。...MySQL表设计要尽可能满足数据库三大范式,帮助大家回顾下: 第一范式:数据库表中的每一列都是不可再分的属性,属性相近或相同的列应该合并。 第二范式:满足第一范式的条件下,一个表只能描述一个对象。...面试官:那索引建立越多,查询效率就越高? 另外大家记住一点,索引不是建立越多越好。

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【阿里年薪百万数据库面试】MySQL会丢数据

WAL机制保证只要redo log和binlog保证持久化到磁盘,就能确保MySQL异常重启后,数据可以恢复。...MySQL redo log存储状态 TODO 三种状态: 存在redo log buffer 物理上是在MySQL进程内存 写到磁盘(write),但还没持久化(fsync) 物理上是在文件系统的...通常我们说MySQL的“双1”配置,指的就是sync_binlog、innodb_flush_log_at_trx_commit都是1。...为了让一次fsync带的组员更多,MySQL采取优化:拖时间。...s所以现在就能理解了,WAL主要得益于: redo log 和 binlog都是顺序写,磁盘的顺序写比随机写速度要快 组提交机制,可大幅度降低磁盘IOPS 所以,若MySQL出现IO性能瓶颈,可通过如下方法优化

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MySQL主从复制能完美解决数据库单点问题

一、单个数据库服务器的缺点 数据库服务器存在单点问题; 数据库服务器资源无法满足增长的读写请求; 高峰时数据库连接数经常超过上限。...二、如何解决单点问题 增加额外的数据库服务器,组建数据库集群; 同一集群中的数据库服务器需要具有相同的数据; 集群中的任一服务器宕机后,其它服务器可以取代宕机服务器。...目前MySQL支持两种复制类型: 基于二进制日志点的复制 基于GTID的复制(MySQL>=5.7推荐使用) 四、MySQL主从配置步骤 1、配置主从数据库服务器参数 有些参数配置后需要数据库重启才能生效...由于我们演示过程中的MySQL服务器都是使用的MySQL5.7,所以我们可以使用全备的方式进行: mysqldump --master-data=2 -uroot -p -A --single-transaction...主从复制的一些缺点 虽然主从复制增加了一个数据库副本,但从数据库和主数据库的数据最终会是一致的。 之所以说是最终一致,因为MySQL复制是异步的,正常情况下主从复制数据之间会有一个微小的延迟。

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你知道,优秀的代码都是这样分层的

DAO 层:数据访问层,与底层 MySQL、Oracle、Hbase 进行数据交互。...如果是 httpMannager 或 rpcMannager需要在这一层做一些数据转换 4、DAO:数据库访问层,主要负责“操作数据库的某张表,映射到某个java对象”,DAO 应该只允许自己的 Service...3、分层领域模型的转换 在阿里巴巴编码规约中列举了下面几个领域模型规约: DO(Data Object):与数据库表结构一一对应,通过 DAO 层向上传输数据源对象。...每一个层基本都自己对应的领域模型,这样就导致了有些人过于追求每一层都是用自己的领域模型,这样就导致了一个对象可能会出现 3 次甚至 4 次转换在一次请求中,当返回的时候同样也会出现 3-4 次转换,这样有可能一次完整的请求

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学校域名都是统一的

学校域名都是统一的?下面小编就为大家来详细介绍一下。 image.png 学校域名怎么查? 学校域名对于学校的网站来说是非常重要的,那么学校域名怎么查呢?...学校域名都是统一的? 大家在浏览学校网站的时候都会注意到学校域名,那么学校域名都是统一的?...答案肯定是不可能的,不同学习的域名都是不一样的,不过我国很多学校的网站域名后缀都是一样的,常用的就是edu.cn后缀,也是我国有关部门直接规定的。...关于学校域名怎么查的文章内容今天就介绍到这里,相信大家对于学校域名已经有所了解了,很多学校对于自己的网站都是非常注重的,通过网站可以广而告之自己的学校,大家可以到自己的学校网站上面浏览各种内容哦。

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