我用RDKit计算了两个微笑结构的分子列表之间的分子相似度。现在,我能够从两个单独的csv文件中提取微笑结构。我想知道如何将这些结构放入RDKit中的指纹模块,以及如何计算两个分子列表之间的相似性。from rdkit import DataStructsms = [Chem.MolFromSmilesfor x in ms]
D
我试着用RDKIT获得微笑化学相似性。我的dataframe "subs_df“包含两个列,其中一个列包含微笑数据。import seaborn as snsimport numpy as npfrom rdkitimport Chemfrom rdkit.ML.Cluster import Butina
from rdkit
大家好,我需要一些帮助来格式化分子中原子的坐标,我正在用Python编写代码。我需要的是:分子中的每一个原子。atom.GetSymbol(), positions) print()(Atom) x y z coordinates for every atom
这会重复,使得分子中的每个原子都有整个分子的mol_list循环中的for是一个字符串列表,我将其转换为对象:rdkit.Ch