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我正在努力在我们大学的HPC上实现一个snakemake管道。我在一个激活的conda环境中这样做，并使用sbatch提交了以下脚本： --configfileinput/SampleList_ForAssembly_metaG.txt<e
浏览 13提问于2021-10-30得票数 1
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我正在尝试创建一个对多个错误源具有健壮性的snakemake流水线。我想在我的管道中调用一个bash脚本。提醒用户注意问题的一个标准过程是在bash脚本的开头使用以下内容：# Read the first argument当我在终端中直接使用运行我的脚本时
bash script.sh然后，我希
浏览 2提问于2021-06-23得票数 0
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在snakemake中，您可以像这样调用外部脚本： input: "path/to/other/inputfile/outputfile", script:
"pat
浏览 6提问于2019-08-08得票数 4
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这是我在Snakemake上的第一个问题，因为现有的资源和论坛极大地帮助我解决了大多数问题。我目前遇到的问题是，我不能让bash脚本在Snakemake中执行，尽管我可以在命令行上很好地执行相同的bash脚本 下面是我如何在命令行上成功运行bash脚本 bash scripts/genome_coverage.sh-m
浏览 16提问于2020-03-25得票数 1
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我的最终目标是在可以作为snakemake模块访问的GitHub存储库上托管一个snakemake工作流。我在托管它之前正在本地测试，但我遇到了一个问题。我无法访问snakemake模块目录中的脚本。它在当前的snakemake目录中本地查找脚本，如果我的最终目标是远程托管模块，那么我显然不能将其移动到本地。在访问远程目录中的Conda环境时，我看不到这个问题。有
浏览 12提问于2021-03-26得票数 1
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我有一个运行python脚本的Snakefile，它输出一个目录中的许多文件。我编写了以下Snakefile脚本来执行此操作SEEDS = [1, 2, 3]
input:
expand$ snakemake --cluster "sbatch --job-name=snakemake" --jobs 200
浏览 8提问于2021-02-22得票数 0
我设法让conda使用this与fish一起工作，但它的缺点是在fish中激活conda环境的命令与bash不同。在bash中，命令是source activate ...，在fish中是conda activate ...。 在使用source activate ...的bash和使用conda activate ...的fish中都可以激活环境。sourcing file “activate”:
source:
浏览 40提问于2020-07-23得票数 2
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我想在snakemake管道中运行bash脚本。但我不知道如何在bash脚本中调用snakemake的输入和输出。input: output: shell: some_bash.sh{input} {output}
浏览 14提问于2022-03-31得票数 0
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我试图通过Tibanna在AWS上执行Snakemake官方教程的工作流程。
$ snakemake --tibanna --default-remote-prefix=specific-bucket/snakemake-tutorial然而，我<
浏览 8提问于2020-09-07得票数 0
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问题很简单：
如果我使用shell:，我可以执行I/O重定向，但不能在脚本中使用snakemake变量。如果我使用script:，那么我可以访问我的snakemake变量，但是我不能执行I/O重定向和许多其他shell工具。但是
浏览 1提问于2018-02-08得票数 1
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我必须对遗传信息进行估算，但是脚本和文件位于不同的位置。还涉及到一些与are (集群)并行的作业。过多的人工运行等待是完成工作所必需的。为了简化混乱，我想把这些bash脚本放到Snakemake管道中。预期的结果将是一个Snakefile，其规则仅由shell脚本组成，因为输入/输出文件已经指定。为此，我必须运行以下简单示例：13 234 34 4
以及用于排序的bash脚本，称为test
浏览 1提问于2019-08-08得票数 0
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get_data.py --filename {re.sub(r'([()])', r'\\\1', wildcards.filename)}"模块're‘没有属性’sub‘(’r‘)
filename = 'extract_AAV(1).csv'# returns: extract_A
浏览 4提问于2020-04-28得票数 1
bash strict mode!)snakemake试图删除这些文件。我试着调试过：：运行--printshellcmds中显示的命令(它们运行得很好)在规则的shell:命令中打印实际的退出代码，并打印0
运行R脚本
浏览 14提问于2020-11-07得票数 1
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但是，当我在集群上运行时，会得到以下错误：现在。我甚至把module load anaconda放在我的.bashrc中，但这仍然不起作用。只有在集群执行时，我才会得到conda未被找到的错误。我甚至创建了一个conda env，将snakemake和conda加载到该env中，在提交脚本和Snakefile中激活env：
shell.pre
浏览 0提问于2018-04-05得票数 5
我有一个shell脚本，如果我只是从命令行运行它，它就工作得很好。当我从snakemake的规则中调用它时，它就失败了。该脚本在标识符文件上运行for循环，并使用这些标识符将fastq文件中的序列与多个序列对齐，并达成一致意见。 #!/bin/bash
function
浏览 1提问于2018-11-10得票数 3
我使用的是snakemake v5.7.0。无论是在本地启动还是通过snakemake --drmaa提交到SLURM，管道都能正常运行:提交作业后，一切都按预期运行。使用--drmaa-log-dir选项调用的Snakemake将创建选项中指定的目录，但无法执行规则。不会生成日志文件。 下面是一个最小的例子。Using shell: /usr/bin/bashRules claiming more t
浏览 28提问于2020-04-11得票数 4
现在，我使用snakemake集群来执行我自己的k8s。当提交任务时，命令如下所示：简短的lsub脚本逻辑：
从snakemakesubmita k8s作业中读取参数的是通过: cat <<EOF \ kubectl创建-f - xxxxxxxx EOF (来自snakemake的原始子步骤shell包括在
浏览 7提问于2022-04-11得票数 0
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星型索引问题到步骤4
、、、
我试图用snakemake在管道上索引一个参考基因组，我制定了这样的规则： input: (one of the commands exited with
浏览 3提问于2021-04-20得票数 0
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我正在将bash脚本转换为snakemake，并且我希望将之前使用for循环处理的步骤并行化。我遇到的问题是，snakemake没有运行并行进程，而是尝试运行一个具有所有参数的进程，但失败了。我最初的bash脚本针对参数K的一系列值多次运行程序。我的config和snakemake文件如下。--cores 3执行的。因此，问题似乎是在执行外壳命令时，{params.K}被扩展到K的所有值。我今天开始自学sna
浏览 23提问于2019-01-29得票数 1
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如下所示)： input: script:在我的test.py文件中，我正在执行以下操作：print(snakemake.input[0])
但我无法访问snakemake.input[0]。此
浏览 5提问于2020-06-03得票数 0
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