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生信学习-Day6-学习R

语言中,%in%是一个匹配操作符,用于测试一个是否某个集合。...dplyr包filter()函数中使用时,它可以用于筛选数据匹配给定集合任一行。这行代码作用如下: filter(test, ...): test数据筛选行。...数据R语言中类似于表格二维数组结构,每一包含了一个变量,每一行包含了每个变量一个集。...内连接特点是只包含两个数据中键值匹配行。如果 test1 某行在其 "x" test2 "x" 没有对应,则这行不会出现在结果,反之亦然。...结果将是一个新数据,其中包含了test1那些test2找到匹配项行,而包含在test2找不到匹配项行。这种操作通常用于数据筛选,以保留与另一个数据集相关数据

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Python从零开始第三章数据处理与分析pythondplyr(4)目录

convert:指示是否应将新转换为适当类型(与spreadabove相同)。 extra:指示对多余处理。可以选择丢弃,或者合并给最后一。...fill:可以是'right,要么最右边填充'np.nan来填充缺失部分,也可以left填充np.nan最左边填充。...任何非字符串都将转换为字符串。 unite()参数是: *colname:新连接名称。 ** args:要连接列表,可以是字符串,符号或整数位置。...*sep:用于连接字符串分隔符。 *remove:指示是否删除用于合并原始。 *na_action:可以是maintain(默认),ignore或”as_string之一。...默认maintain 将使新行成为“NaN”如果该行任何原始单元格包含“NaN”。 ignore会在加入时将任何NaN视为空字符串。

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R语言之数据合并

1.纵向合并:rbind( ) 要纵向合并两个数据可以使用 rbind( )函数。被合并两个数据必须拥有相同变量,这种合并通常用于向数据添加观测。...横向合并:cbind ( ) 要横向合并两个数据可以使用 cbind( ) 函数。用于合并两个数据必须拥有相同行数,而且要以相同顺序排列。这种合并通常用于向数据添加变量。...该数据集是关于药物吲哚美辛(indometacin)药物代谢动力学数据,一共有 6 名试验对象,每名试验对象连续 8 小时内定时测定了血液药物浓度,共有 11 次测定。...v.names:这是一个字符串,表示要重塑变量名称。在这种情况下,"conc"表示原始数据浓度变量。 idvar:这是一个字符串或向量,表示标识变量名称或变量列表。...在对医学数据进行分析之前,通常情况下应先把数据集转换为长格式,因为 R 大多数函数都支持这种格式数据

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R语言数据处理——数据合并与追加

可视化前数据处理技巧,导入导出、长宽转换已经跟大家详细介绍过了。 今天跟大大家分享数据合并与追加,并且这里根据所依赖函数处理效率,给出诺干套解决方案。...行 data4<-full_join(x,y,by=c("Name"="name")) #(5)semi_join(x, y) :包含xy中有匹配行,结果为x子集 data5<-semi_join...下面聊一为啥要专门讲一节数据连接方式: 因为…… excel…… 这种数据连接真的……真的……真的……太费劲了 我所知道连接方式—— 第一:手动复制黏贴;(大家不要随便作死) 第二:最古老Microsoft...如果有点R语言基础同学,强烈建议将这些操作放在R操作,数据导入导出、长宽转换、横纵合并,只需修改一下代码路径、参数分分钟搞定。...我是一个比较懒、嫌麻烦但注重效率的人,很多关于数据处理上需求,如果能用简单方式解决(比如VBA、R或者效率函数),我都不会去选择安装插件或者外部软件,一方面太浪费时间,操作麻烦;另一方面,使用插件大多需要用菜单点选

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常用R包-dplyr

dplyr是一个R语言中非常流行数据处理包,它提供了许多功能强大且易于使用函数,包括 select、 filter、mutate、arrange和summarize 等。...unique count(test,Species) 6、dplyr处理关系数据 即将2个表进行连接 test1 <- data.frame(x = c('b','e','f','x'),...full_join( test1, test2, by = 'x') (4)半连接:返回能够与y表匹配x表所有记录semi_join semi_join(x = test1, y = test2,...by = 'x') (5)反连接:返回无法与y表匹配x表所记录anti_join anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x') (6)简单合并 相当于base...包里cbind()函数和rbind()函数;注意,bind_rows()函数需要两个表格数相同,而bind_cols()函数则需要两个数据有相同行数 test1 <- data.frame(x

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生信技能树- R语言-day7

(x," ")str_remove_all(x," ")玩转数据arrange,数据按照某一排序sort是给向量排序library(dplyr)arrange(test, Sepal.Length...) #默认根据这一从小到大给整个数据排序arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小distinct,数据按照某一去重复unique 给向量去掉重复duplicated...对列表/向量每个元素实施相同操作lapply(1:4,rnorm)两个数据链接merge可以合并inner_join:交集都存在取inner_join(test1,test2,by="name...")full_join:全连接full_join(test1,test2,by="name")left_join:左连接,以左边为准left_join(test1,test2,by="name")right_join...") #某文件工作目录下是否存在file.remove("douhua.txt") #用代码删除文件file.exists("douhua.txt") #删掉了就不存在啦可以批量新建和删除f = paste0

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生信入门课DAY6--向逸一(R包)

R包安装与加载 1、安装 install.packages(“包”) #要安装包存在于CRAN网站 BiocManager::install(“包”) #要安装包存在于Biocductor(存贮位置可以通过谷歌搜索...) 2、加载 library() require() dplyr包 1、五个基础函数 ①新增列 mutate() ②筛选 select(数据名称,筛选标准) ③筛选行 filter() ④排序 filter...() ⑤汇总 summarise() 2、俩个实用技能 ①管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M) ②count统计某unique 3、处理关系数据(将2个表进行连接) ①內连... 'x') ##   x z ## 1 b A ## 2 e B ## 3 f C ⑤反连接:返回无法与y表匹配x表所记录anti_join anti_join(x = test2, y = test1...) #bind_cols() 函数则需要两个数据有相同行数 bind_cols(test1, test3)

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R语言第二章数据处理(9)数据合并

========================================= 日常工作中常见需求之一便是数据合并,R语言中最常用是基于Rbasamerge函数方法,除此之外还可以借助plyr...和dplyr包join函数进行数据合并,它们数据合并原理同样是数据合并原理是这样:首先在A数据某一指定每一行内容B数据指定进逐行匹配,直到A中所有行匹配完为止。...这里数据使用merge函数两个数据(略有修改):作者信息数据和书籍信息数据。依照下面介绍合并条件,这两个数据既有相同内容,又有彼此不存在内容。...要求必须有相同列名 type为合并方式 inner,行:显示x,y中共有的行; :显示x,y所有 left,行:显示x中所有的行; :显示x,y所有,未匹配到,不论字符数字,全显示为...semi_join连接其实是inner_join结果只取属于a字段(也就是) library(dplyr) # 单指标匹配 semi_join(data1,data2) semi_join(data1

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R语言基础提升与总结

o","A") str_replace_all(x2,"o","A")1.6 字符删除xstr_remove(x," ")str_remove_all(x," ")2 玩转数据使用内置数据iris建立新数据...* Sepal.Width)⭐只是控制台上对数据test进行了一些操作,实际上test还是只有5!...3.1 if条件语句如果……就……if(一个逻辑,不可以是逻辑组成向量){ }TRUE 执行FALSE 执行如果……就……否则……if(一个逻辑,不可以是逻辑组成向量){ }else{...,按拼接成为一个矩阵 do.call完成批量操作4 表达矩阵画箱线图4.1 表达矩阵概念基因表达数据通常使用表达矩阵来表示其中矩阵行代表某个基因在不同样本(不同处理,或时间点等)表达水平列表示某个样本各个基因表达水平...name")semi_join anti_join实际上没有发生过两个数据连接,其实是对左边数据取子集7 一些顶呱呱函数7.1 match()7.2 一些处理文件函数dir() # 列出工作目录下文件

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Day6-梦琪

Day6-2023.12.02学习R包-dplyr是R中用来进行数据操作一个包,提供了一些功能强大,易于使用函数,这些函数对于数据探索分析和数据操作而言非常实用,dplyr主要用于数据清理,包括重命名...R语言中函数库和扩展包二、dplyr五个基础函数mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) 新增列select(test,1);select(test...、dpylr两个实用技能管道操作符:管道符 %>% ,符号左侧表示数据输入,右侧表示下游数据处理环节count统计某unique四、dplyr处理关系数据(即将2个表进行连接)1.內连inner_join...( test1, test2, by = 'x')4.半连接:返回能够与y表匹配x表所有记录semi_joinsemi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')5.反连接...()函数则需要两个数据有相同行数感觉今天学习内容是要背下来那种,生日快乐小焦加油努力向前冲!

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生信入门马拉松之R语言基础-脚本项目管理、条件循环、表达矩阵和一丢丢数据挖掘(Day 7)

,代码运行凡是带有{}代码,均可以被折叠下载数据代码,保留但不反复运行,用if(F){...},可以控制其运行但保留。...undefined表格文件需要赋值,读取参数不同导致读取结果不同,不能在后续代码同等处理。Rdata可以保存多个变量,下次使用只需要一次load可以到多个数据。...加载test1.Rdata,将两个数据按照probe_id连接在一起,按共同取交集load("test1.Rdata")library(dplyr)merge1 <- merge(dat,ids,...生信实战R语言几个重点函数【小洁老师语录】编程能力,就是解决问题能力,也是变优秀能力R语言基础入门课程-到此结束7. 数据挖掘生信技能树小洁老师7.1 为什么数据挖掘?...数据分析筛选。表达矩阵:一行是一个基因在所有样品里表达,一是一个样本里所有基因表达。表达矩阵,寻找不同组有表达差异基因。

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R07-R语言综合应用

# 6.字符删除(删除全部空格)2.玩转数据(dplyr)#arrange,数据按照某一排序arrange(test, Sepal.Length) #从小到大(按照Sepal.Length)arrange...(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) #数据新增一,名称是new,结果是Sepal.Length * Sepal.Width两乘积连续步骤1....X, MARGIN, FUN, …) #其中X是数据/矩阵名;#MARGIN为1表示行,为2表示,FUN是函数#对X每一行/进行FUN函数test<- iris[1:6,1:4]apply(test...) #对1:4每个元素进行rnorm操作5.数据连接inner_join #取交集连接full_join #全连接left_join(test1,test2,by="name") #左连接...,左边表name为连接标准right_join(test1,test2,by="name") #右连接,右边表name为连接标准

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阿榜生信笔记10—R语言综合运用2

让我们一起加油,一起学习进步鸭一、apply()隐式循环apply() 函数是一种隐式循环函数,可以矩阵、数组、数据等对象上进行操作。...二、两个数据连接inner_join(x, y) : 返回x和y交集,即两个数据集中有相同行。left_join(x, y) : 返回以x为基础所有行,并将y匹配行合并到x。...解决方法是检查变量名是否拼写正确,或者是否已经正确定义。 如果需要加载变量,则需要将数据导入到R可以使用 read.table() 、 read.csv() 等函数加载数据。"...解决方法是代码添加 library(x) 加载需要包,或者使用 require(x) 加载包。"...解决方法是检查数据集中是否缺少需要或者是否存在 NA 。"

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2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

-(2)列表使用不方便——simplify = T简化结果,简化成矩阵 -(3)注意:之前提到过,矩阵某一不能单独转换数据类型,需要把矩阵转换成数据再转换某数据类型;或者把这单独提取出来再转换其数据类型...-(2)用多次嵌套避免中间变量直观,且容易出错; ——设置彩虹括号,可以多层嵌套时看清楚哪个括号和哪个括号是一对: options -- code -- display --use rainbow...安装R满分操作——根据一个包是否已安装来决定要不要安装这个包; if(!...4. full_join 保留所有的,缺失位置填充NA 5. semi_join 半连接,效果是取子集:以右边表格为参考对左边取子集 6. anti_join 保留左边表格右边表格里没有的东西 test1...加载test1.Rdata,将两个数据按照probe_id连接在一起,按共同取交集 #2.

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R语言学习笔记-Day6

是否存在该字符(输出为T或F)1.5 字符替换str_replace(x2,"o","A")只会对第一次出现"o"替换成"A"#改进:str_replace_all(x2,"o","A")对所有的...2.1 排序arrange(test,Sepal.Length)#按照某一对整个数据进行排序。...,仅保留首次出现元素2.3 新增列mutate(test, new = Sepal.Length Sepal.Width)#未赋值则数据数不发生变化或:test$new = test$Sepal.Length...test$Sepal.Width#该语句运行完数据数即增加无需赋值2.4 筛选、行select() #筛选filter() #筛选行2.5 管道符号x1 = select(iris,-5)...0.365#输出为列表,包含四个向量5 两个数据连接5.1 交集inner_join()取交集5.2 全连接full_join()#保留全部主要信息5.3 左连接left_join()#保留左表主要信息

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R语言安装R包DAY6-Gaozsi

count(test,Species)5.dplyr处理关系数据#将2个表进行连接连接:一个新数据,其中包含键、 x 和 y 。...> left_join(x, y, by = "key")#如果xkey变量,y中有多个同样key,那么所有的结合可能都会罗列出来left_join(x, y1, by = "key")#右连接...:保留 y 所有观测right_join(x, y, by = "key")#全连接:保留 x 和 y 所有观测。...full_join(x, y, by = "key")#半连接:返回能够与y表匹配x表所有记录semi_joinsemi_join(x =x, y =y, by = 'key')#反连接:返回无法与y...表匹配x表所记录anti_joinanti_join(x =x, y =y, by = 'key')#简单合并:bind_rows()函数需要两个表格数相同,而bind_cols()函数则需要两个数据有相同行数

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